ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 5, 2, 1, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.016, 0.035, 0.054, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.016, 0.036, 0.055, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.028, 0.067, 0.105, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.067 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.028, 0.092, 0.156, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.092 std_dev=0.064
O4' A 0, 0.230, 0.451, 0.673, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.451 std_dev=0.221
C2 B 0, 0.383, 0.640, 0.898, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.640 std_dev=0.257
N1 B 0, 0.292, 0.563, 0.835, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.563 std_dev=0.272
C2' A 0, 0.223, 0.524, 0.824, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.524 std_dev=0.300
N3 B 0, 0.125, 0.433, 0.740, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.433 std_dev=0.307
C4' A 0, 0.194, 0.510, 0.827, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.510 std_dev=0.317
C5 B 0, 0.356, 0.676, 0.995, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.676 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.118, 0.442, 0.766, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.442 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.248, 0.584, 0.920, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.584 std_dev=0.336
C1' B 0, 0.433, 0.786, 1.138, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.786 std_dev=0.352
O4 B 0, 0.205, 0.560, 0.916, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.560 std_dev=0.355
O2 B 0, 0.630, 0.994, 1.358, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.994 std_dev=0.364
C3' A 0, 0.258, 0.656, 1.055, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.656 std_dev=0.398
O2' A 0, 0.332, 0.744, 1.157, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.744 std_dev=0.413
O4' B 0, 0.525, 1.001, 1.477, 1.789 max_d=1.789 avg_d=1.001 std_dev=0.476
C2' B 0, 0.525, 1.046, 1.567, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.046 std_dev=0.521
O3' A 0, 0.323, 0.865, 1.407, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.865 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.556, 1.116, 1.676, 2.272 max_d=2.272 avg_d=1.116 std_dev=0.560
C5' A 0, 0.376, 0.942, 1.508, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.942 std_dev=0.566
C5' B 0, 0.730, 1.392, 2.055, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.392 std_dev=0.662
C4' B 0, 0.658, 1.359, 2.060, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.359 std_dev=0.701
O5' A 0, 0.565, 1.279, 1.993, 2.705 max_d=2.705 avg_d=1.279 std_dev=0.714
O5' B 0, 0.933, 1.655, 2.376, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.655 std_dev=0.722
C3' B 0, 0.696, 1.505, 2.313, 2.377 max_d=2.377 avg_d=1.505 std_dev=0.808
P B 0, 1.027, 1.991, 2.954, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.991 std_dev=0.964
P A 0, -0.063, 0.919, 1.901, 3.109 max_d=3.109 avg_d=0.919 std_dev=0.982
OP2 B 0, 1.441, 2.433, 3.425, 3.490 max_d=3.490 avg_d=2.433 std_dev=0.992
OP1 A 0, 0.635, 1.704, 2.774, 4.985 max_d=4.985 avg_d=1.704 std_dev=1.069
O3' B 0, 1.045, 2.425, 3.804, 3.834 max_d=3.834 avg_d=2.425 std_dev=1.380
OP1 B 0, 0.675, 2.075, 3.475, 5.353 max_d=5.353 avg_d=2.075 std_dev=1.400
OP2 A 0, 0.745, 2.145, 3.545, 5.129 max_d=5.129 avg_d=2.145 std_dev=1.400

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.18 0.30 0.51 0.18
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.03 0.39 0.58 0.80 0.39
C2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.03 0.13 0.03 0.05 0.18 0.00 0.03 0.06 0.01 0.26 0.31 0.45 0.24
C3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.16 0.05 0.07 0.19 0.02 0.01 0.10 0.02 0.31 0.31 0.41 0.27
C4 0.03 0.02 0.06 0.09 0.00 0.07 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.59 0.97 1.13 0.65
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.03 0.04 0.09 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.30 0.31 0.05
C5 0.04 0.02 0.12 0.16 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.18 0.01 0.08 0.63 0.98 1.15 0.69
C5' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.16 0.08 0.10 0.09 0.07 0.05 0.17 0.02 0.01 0.33 0.38 0.02
C6 0.04 0.01 0.13 0.16 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.17 0.02 0.08 0.55 0.72 0.96 0.55
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.39 0.51 0.76 0.38
N3 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.08 0.02 0.04 0.49 0.78 0.97 0.52
O2 0.04 0.01 0.18 0.19 0.02 0.09 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.16 0.21 0.03 0.05 0.29 0.47 0.68 0.30
O2' 0.03 0.07 0.00 0.02 0.05 0.07 0.08 0.07 0.08 0.03 0.06 0.16 0.00 0.06 0.05 0.05 0.09 0.32 0.30 0.10
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.10 0.02 0.18 0.05 0.17 0.05 0.08 0.21 0.06 0.00 0.12 0.02 0.25 0.45 0.28 0.24
O4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.08 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.12 0.00 0.07 0.64 1.10 1.22 0.73
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.00 0.12 0.36 0.49 0.19
O5' 0.18 0.39 0.26 0.31 0.59 0.02 0.63 0.01 0.55 0.39 0.49 0.29 0.09 0.25 0.64 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.30 0.58 0.31 0.31 0.97 0.30 0.98 0.33 0.72 0.51 0.78 0.47 0.32 0.45 1.10 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.80 0.45 0.41 1.13 0.31 1.15 0.38 0.96 0.76 0.97 0.68 0.30 0.28 1.22 0.49 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.39 0.24 0.27 0.65 0.05 0.69 0.02 0.55 0.38 0.52 0.30 0.10 0.24 0.73 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.18 0.22 0.54 0.14 0.30 0.33 0.47 0.30 0.17 0.17 0.27 0.54 0.54 0.15 0.21 0.74 1.16 0.68 0.75
C2 0.17 0.18 0.24 0.60 0.22 0.34 0.36 0.45 0.29 0.17 0.14 0.30 0.50 0.57 0.28 0.19 0.69 0.95 0.64 0.66
C2' 0.11 0.15 0.14 0.46 0.10 0.20 0.26 0.41 0.22 0.11 0.17 0.25 0.46 0.39 0.11 0.16 0.66 1.07 0.75 0.61
C3' 0.19 0.24 0.18 0.46 0.20 0.23 0.25 0.42 0.24 0.19 0.27 0.30 0.46 0.41 0.24 0.21 0.64 1.16 0.85 0.63
C4 0.22 0.26 0.27 0.67 0.12 0.44 0.24 0.52 0.23 0.19 0.20 0.36 0.60 0.70 0.17 0.24 0.68 0.79 0.68 0.63
C4' 0.26 0.24 0.26 0.48 0.22 0.30 0.33 0.50 0.34 0.25 0.25 0.28 0.57 0.51 0.24 0.29 0.73 1.29 0.77 0.77
C5 0.26 0.28 0.31 0.63 0.14 0.43 0.22 0.55 0.26 0.23 0.26 0.34 0.64 0.70 0.20 0.27 0.74 0.97 0.65 0.72
C5' 0.35 0.28 0.36 0.48 0.28 0.38 0.37 0.58 0.40 0.33 0.29 0.30 0.64 0.56 0.31 0.38 0.73 1.37 0.80 0.80
C6 0.25 0.25 0.29 0.59 0.15 0.38 0.28 0.53 0.30 0.23 0.25 0.31 0.62 0.64 0.20 0.26 0.76 1.11 0.66 0.76
N1 0.20 0.20 0.24 0.57 0.15 0.34 0.34 0.48 0.30 0.19 0.19 0.29 0.56 0.58 0.17 0.22 0.74 1.08 0.65 0.73
N3 0.19 0.21 0.26 0.64 0.22 0.39 0.33 0.46 0.26 0.16 0.16 0.33 0.52 0.62 0.27 0.20 0.66 0.82 0.66 0.62
O2 0.16 0.16 0.24 0.58 0.29 0.32 0.39 0.42 0.30 0.16 0.13 0.27 0.45 0.53 0.38 0.18 0.68 0.95 0.64 0.65
O2' 0.12 0.15 0.15 0.46 0.15 0.20 0.28 0.41 0.24 0.12 0.16 0.25 0.45 0.38 0.19 0.17 0.66 1.07 0.73 0.61
O3' 0.18 0.26 0.16 0.45 0.21 0.21 0.19 0.40 0.19 0.18 0.29 0.32 0.40 0.37 0.25 0.19 0.58 1.13 0.93 0.58
O4 0.24 0.28 0.30 0.74 0.13 0.52 0.20 0.55 0.17 0.19 0.20 0.38 0.63 0.77 0.18 0.30 0.62 0.65 0.76 0.59
O4' 0.27 0.23 0.28 0.52 0.22 0.34 0.39 0.52 0.39 0.27 0.23 0.28 0.61 0.58 0.22 0.31 0.81 1.31 0.72 0.86
O5' 0.79 0.70 0.74 0.87 0.66 0.85 0.77 0.94 0.81 0.77 0.66 0.70 0.84 0.92 0.60 0.85 0.95 1.36 1.31 1.04
OP1 1.43 1.06 1.52 1.21 0.86 1.47 1.18 1.62 1.38 1.30 0.86 1.02 1.72 1.12 0.60 1.51 1.70 1.99 1.56 1.74
OP2 1.32 1.25 1.28 1.68 1.14 1.59 1.19 1.68 1.27 1.29 1.18 1.27 1.18 1.81 1.04 1.43 1.44 1.63 1.93 1.49
P 0.91 0.75 0.89 0.98 0.67 1.02 0.81 1.15 0.91 0.85 0.68 0.74 1.00 1.04 0.58 0.99 1.10 1.48 1.42 1.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.08 0.03 0.01 0.04 0.08 0.02 0.33 0.03 0.02 0.29 0.44 0.42 0.27
C2 0.05 0.00 0.22 0.24 0.02 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.20 0.02 0.08 0.36 0.50 0.46 0.27
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.06 0.02 0.12 0.21 0.16 0.03 0.17 0.38 0.01 0.03 0.07 0.03 0.61 0.78 0.82 0.71
C3' 0.03 0.24 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.03 0.29 0.20 0.29 0.26 0.02 0.01 0.35 0.03 0.27 0.59 0.52 0.37
C4 0.03 0.02 0.06 0.33 0.00 0.12 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.39 0.10 0.00 0.08 0.52 0.71 0.72 0.41
C4' 0.03 0.08 0.02 0.01 0.12 0.00 0.19 0.02 0.19 0.07 0.07 0.17 0.27 0.02 0.13 0.01 0.03 0.31 0.36 0.10
C5 0.02 0.01 0.12 0.34 0.02 0.19 0.00 0.33 0.01 0.01 0.02 0.01 0.38 0.19 0.02 0.10 0.57 0.76 0.76 0.44
C5' 0.08 0.07 0.21 0.03 0.24 0.02 0.33 0.00 0.29 0.12 0.13 0.13 0.09 0.21 0.27 0.02 0.01 0.26 0.36 0.03
C6 0.03 0.02 0.16 0.29 0.02 0.19 0.01 0.29 0.00 0.01 0.03 0.02 0.33 0.17 0.03 0.11 0.50 0.63 0.56 0.33
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.15 0.03 0.05 0.38 0.50 0.43 0.26
N3 0.04 0.01 0.17 0.29 0.01 0.07 0.02 0.13 0.03 0.02 0.00 0.02 0.36 0.12 0.01 0.08 0.43 0.59 0.57 0.32
O2 0.08 0.00 0.38 0.26 0.02 0.17 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.42 0.38 0.03 0.12 0.31 0.46 0.47 0.29
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.39 0.27 0.38 0.09 0.33 0.21 0.36 0.42 0.00 0.06 0.41 0.17 0.42 0.67 0.91 0.63
O3' 0.33 0.20 0.03 0.01 0.10 0.02 0.19 0.21 0.17 0.15 0.12 0.38 0.06 0.00 0.12 0.22 0.21 0.49 0.45 0.20
O4 0.03 0.02 0.07 0.35 0.00 0.13 0.02 0.27 0.03 0.03 0.01 0.03 0.41 0.12 0.00 0.09 0.56 0.78 0.83 0.46
O4' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.08 0.01 0.10 0.02 0.11 0.05 0.08 0.12 0.17 0.22 0.09 0.00 0.17 0.30 0.49 0.26
O5' 0.29 0.36 0.61 0.27 0.52 0.03 0.57 0.01 0.50 0.38 0.43 0.31 0.42 0.21 0.56 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.44 0.50 0.78 0.59 0.71 0.31 0.76 0.26 0.63 0.50 0.59 0.46 0.67 0.49 0.78 0.30 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.42 0.46 0.82 0.52 0.72 0.36 0.76 0.36 0.56 0.43 0.57 0.47 0.91 0.45 0.83 0.49 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.27 0.27 0.71 0.37 0.41 0.10 0.44 0.03 0.33 0.26 0.32 0.29 0.63 0.20 0.46 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00