ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54315

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.023, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.018, 0.035, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.035 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.036, 0.071, 0.105, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.071 std_dev=0.035
O4 A 0, 0.092, 0.161, 0.231, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.161 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.089, 0.248, 0.407, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.248 std_dev=0.159
O4' A 0, 0.167, 0.330, 0.492, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.330 std_dev=0.162
C4' A 0, 0.165, 0.411, 0.656, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.411 std_dev=0.246
C6 B 0, 0.299, 0.547, 0.795, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.547 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.290, 0.557, 0.823, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.557 std_dev=0.266
N3 B 0, 0.269, 0.538, 0.807, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.538 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.314, 0.588, 0.863, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.588 std_dev=0.274
C4 B 0, 0.268, 0.543, 0.817, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.543 std_dev=0.275
N1 B 0, 0.332, 0.608, 0.883, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.608 std_dev=0.275
C3' A 0, 0.157, 0.465, 0.774, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.465 std_dev=0.308
O4 B 0, 0.276, 0.594, 0.912, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.594 std_dev=0.318
O2 B 0, 0.358, 0.677, 0.995, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.677 std_dev=0.318
C1' B 0, 0.397, 0.756, 1.115, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.756 std_dev=0.359
O2' A 0, -0.026, 0.343, 0.712, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.343 std_dev=0.369
C5' A 0, 0.241, 0.638, 1.034, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.638 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.608, 1.107, 1.606, 1.543 max_d=1.543 avg_d=1.107 std_dev=0.499
C2' B 0, 0.563, 1.064, 1.565, 1.588 max_d=1.588 avg_d=1.064 std_dev=0.501
O5' A 0, 0.293, 0.830, 1.367, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.830 std_dev=0.537
P A 0, 0.516, 1.060, 1.603, 1.756 max_d=1.756 avg_d=1.060 std_dev=0.543
O3' A 0, 0.120, 0.688, 1.256, 2.336 max_d=2.336 avg_d=0.688 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.732, 1.351, 1.969, 1.902 max_d=1.902 avg_d=1.351 std_dev=0.618
O3' B 0, 0.741, 1.367, 1.993, 2.129 max_d=2.129 avg_d=1.367 std_dev=0.626
OP2 A 0, 0.348, 1.004, 1.660, 2.643 max_d=2.643 avg_d=1.004 std_dev=0.656
C4' B 0, 0.753, 1.409, 2.065, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.409 std_dev=0.656
OP1 A 0, 0.671, 1.368, 2.066, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.368 std_dev=0.697
O2' B 0, 0.484, 1.290, 2.097, 2.749 max_d=2.749 avg_d=1.290 std_dev=0.807
O5' B 0, 0.734, 1.641, 2.549, 3.565 max_d=3.565 avg_d=1.641 std_dev=0.908
C5' B 0, 0.984, 1.943, 2.903, 3.069 max_d=3.069 avg_d=1.943 std_dev=0.959
P B 0, 0.846, 1.909, 2.973, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.909 std_dev=1.064
OP2 B 0, 1.051, 2.125, 3.198, 4.026 max_d=4.026 avg_d=2.125 std_dev=1.073
OP1 B 0, 0.824, 2.155, 3.487, 5.295 max_d=5.295 avg_d=2.155 std_dev=1.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.19 0.02 0.01 0.09 0.16 0.35 0.05
C2 0.02 0.00 0.10 0.17 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.02 0.02 0.12 0.12 0.50 0.12
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.17 0.06 0.03 0.08 0.18 0.01 0.03 0.04 0.01 0.13 0.32 0.24 0.13
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.18 0.01 0.14 0.01 0.11 0.11 0.20 0.18 0.02 0.01 0.20 0.02 0.02 0.32 0.27 0.10
C4 0.02 0.01 0.03 0.18 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.08 0.00 0.04 0.20 0.22 0.60 0.22
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.00 0.07 0.01 0.05 0.05 0.10 0.10 0.16 0.03 0.09 0.01 0.01 0.28 0.17 0.14
C5 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.07 0.01 0.04 0.24 0.22 0.59 0.23
C5' 0.06 0.11 0.17 0.01 0.14 0.01 0.13 0.00 0.12 0.08 0.13 0.10 0.04 0.14 0.15 0.01 0.01 0.17 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.08 0.01 0.04 0.22 0.15 0.53 0.17
N1 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.09 0.01 0.02 0.14 0.11 0.47 0.11
N3 0.02 0.00 0.08 0.20 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.09 0.01 0.03 0.15 0.17 0.56 0.17
O2 0.04 0.00 0.18 0.18 0.02 0.10 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.03 0.08 0.13 0.46 0.09
O2' 0.02 0.14 0.01 0.02 0.17 0.16 0.15 0.04 0.11 0.10 0.17 0.12 0.00 0.08 0.19 0.11 0.09 0.19 0.35 0.08
O3' 0.19 0.09 0.03 0.01 0.08 0.03 0.07 0.14 0.08 0.09 0.09 0.12 0.08 0.00 0.09 0.15 0.13 0.28 0.19 0.12
O4 0.02 0.02 0.04 0.20 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.09 0.00 0.04 0.21 0.26 0.62 0.25
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.11 0.15 0.04 0.00 0.09 0.13 0.32 0.05
O5' 0.09 0.12 0.13 0.02 0.20 0.01 0.24 0.01 0.22 0.14 0.15 0.08 0.09 0.13 0.21 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.12 0.32 0.32 0.22 0.28 0.22 0.17 0.15 0.11 0.17 0.13 0.19 0.28 0.26 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.50 0.24 0.27 0.60 0.17 0.59 0.24 0.53 0.47 0.56 0.46 0.35 0.19 0.62 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.12 0.13 0.10 0.22 0.14 0.23 0.01 0.17 0.11 0.17 0.09 0.08 0.12 0.25 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.19 0.39 0.19 0.25 0.29 0.50 0.23 0.13 0.14 0.21 0.58 0.33 0.23 0.14 0.68 0.74 0.78 0.63
C2 0.15 0.11 0.21 0.35 0.25 0.16 0.32 0.36 0.25 0.14 0.13 0.20 0.42 0.29 0.30 0.14 0.54 0.56 0.59 0.45
C2' 0.16 0.18 0.20 0.44 0.27 0.30 0.30 0.53 0.24 0.17 0.21 0.23 0.47 0.35 0.33 0.20 0.76 0.76 0.84 0.69
C3' 0.26 0.24 0.23 0.19 0.31 0.14 0.35 0.46 0.31 0.26 0.25 0.25 0.66 0.17 0.35 0.20 0.54 0.53 0.62 0.45
C4 0.18 0.13 0.25 0.35 0.22 0.16 0.29 0.31 0.26 0.16 0.15 0.22 0.40 0.28 0.24 0.16 0.49 0.52 0.50 0.40
C4' 0.16 0.10 0.20 0.33 0.20 0.21 0.30 0.50 0.25 0.15 0.11 0.11 0.67 0.33 0.23 0.11 0.72 0.79 0.82 0.68
C5 0.18 0.19 0.23 0.41 0.17 0.27 0.26 0.44 0.24 0.15 0.18 0.26 0.56 0.33 0.19 0.17 0.63 0.69 0.64 0.56
C5' 0.18 0.12 0.24 0.36 0.17 0.26 0.26 0.50 0.24 0.17 0.13 0.13 0.66 0.39 0.17 0.22 0.80 0.84 0.88 0.75
C6 0.17 0.18 0.21 0.42 0.17 0.29 0.27 0.50 0.23 0.14 0.18 0.25 0.59 0.35 0.21 0.17 0.69 0.76 0.74 0.64
N1 0.16 0.14 0.20 0.39 0.21 0.23 0.30 0.45 0.24 0.14 0.14 0.22 0.53 0.32 0.25 0.14 0.63 0.68 0.70 0.57
N3 0.16 0.11 0.24 0.33 0.26 0.13 0.32 0.30 0.26 0.15 0.15 0.19 0.36 0.27 0.30 0.17 0.47 0.49 0.50 0.38
O2 0.14 0.10 0.21 0.34 0.26 0.13 0.31 0.34 0.24 0.13 0.12 0.18 0.38 0.28 0.32 0.15 0.51 0.53 0.58 0.43
O2' 0.29 0.40 0.33 0.56 0.40 0.41 0.36 0.57 0.31 0.31 0.43 0.46 0.40 0.46 0.47 0.32 0.83 0.81 0.87 0.74
O3' 0.24 0.23 0.19 0.24 0.34 0.16 0.38 0.48 0.32 0.26 0.27 0.22 0.59 0.25 0.40 0.22 0.51 0.49 0.55 0.39
O4 0.18 0.11 0.30 0.30 0.22 0.13 0.27 0.23 0.25 0.16 0.15 0.18 0.30 0.27 0.23 0.19 0.39 0.44 0.40 0.31
O4' 0.18 0.10 0.21 0.36 0.19 0.25 0.33 0.54 0.27 0.16 0.10 0.15 0.68 0.34 0.21 0.12 0.70 0.79 0.80 0.66
O5' 0.23 0.22 0.22 0.57 0.19 0.48 0.23 0.66 0.23 0.22 0.22 0.25 0.59 0.64 0.18 0.38 1.05 1.16 1.15 1.05
OP1 0.44 0.35 0.64 0.15 0.36 0.21 0.41 0.45 0.44 0.40 0.35 0.34 1.05 0.17 0.38 0.31 0.57 0.53 0.50 0.46
OP2 0.70 0.71 0.83 0.27 0.75 0.33 0.80 0.53 0.76 0.72 0.72 0.68 1.26 0.18 0.73 0.46 0.46 0.71 0.65 0.52
P 0.38 0.31 0.53 0.11 0.35 0.13 0.41 0.45 0.41 0.35 0.31 0.29 1.00 0.21 0.35 0.20 0.62 0.75 0.70 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.25 0.02 0.00 0.29 0.30 0.32 0.24
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.08 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.19 0.02 0.16 0.30 0.27 0.37 0.27
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.05 0.02 0.16 0.22 0.20 0.01 0.10 0.28 0.00 0.05 0.06 0.03 0.38 0.38 0.29 0.27
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.25 0.00 0.27 0.02 0.25 0.16 0.21 0.13 0.01 0.01 0.27 0.02 0.29 0.41 0.11 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.25 0.00 0.14 0.01 0.42 0.01 0.02 0.01 0.02 0.34 0.10 0.00 0.04 0.45 0.44 0.56 0.42
C4' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.14 0.00 0.23 0.01 0.23 0.08 0.08 0.18 0.23 0.01 0.15 0.01 0.01 0.20 0.27 0.04
C5 0.02 0.01 0.16 0.27 0.01 0.23 0.00 0.49 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.15 0.01 0.13 0.57 0.56 0.65 0.54
C5' 0.14 0.29 0.22 0.02 0.42 0.01 0.49 0.00 0.44 0.29 0.34 0.31 0.11 0.19 0.45 0.03 0.01 0.37 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.23 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.11 0.01 0.17 0.54 0.51 0.55 0.48
N1 0.01 0.01 0.01 0.16 0.02 0.08 0.01 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.02 0.02 0.35 0.32 0.39 0.29
N3 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.08 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.13 0.01 0.11 0.34 0.31 0.44 0.31
O2 0.03 0.00 0.28 0.13 0.02 0.18 0.02 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.31 0.32 0.02 0.28 0.27 0.29 0.34 0.30
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.34 0.23 0.49 0.11 0.46 0.18 0.18 0.31 0.00 0.08 0.37 0.16 0.35 0.41 0.27 0.25
O3' 0.25 0.19 0.05 0.01 0.10 0.01 0.15 0.19 0.11 0.09 0.13 0.32 0.08 0.00 0.12 0.20 0.20 0.48 0.26 0.23
O4 0.02 0.02 0.06 0.27 0.00 0.15 0.01 0.45 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.12 0.00 0.04 0.47 0.48 0.60 0.45
O4' 0.00 0.16 0.03 0.02 0.04 0.01 0.13 0.03 0.17 0.02 0.11 0.28 0.16 0.20 0.04 0.00 0.31 0.31 0.41 0.30
O5' 0.29 0.30 0.38 0.29 0.45 0.01 0.57 0.01 0.54 0.35 0.34 0.27 0.35 0.20 0.47 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.30 0.27 0.38 0.41 0.44 0.20 0.56 0.37 0.51 0.32 0.31 0.29 0.41 0.48 0.48 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.37 0.29 0.11 0.56 0.27 0.65 0.38 0.55 0.39 0.44 0.34 0.27 0.26 0.60 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.27 0.27 0.19 0.42 0.04 0.54 0.02 0.48 0.29 0.31 0.30 0.25 0.23 0.45 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00