Doublet Group distance statistics: 54316

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C2	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.024 std_dev=0.013
C5	A	0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.014
O4	A	0, 0.015, 0.031, 0.047, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C1'	A	0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O2	A	0, 0.020, 0.047, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C5	B	0, 0.083, 0.203, 0.323, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.203 std_dev=0.120
C4	B	0, 0.092, 0.218, 0.343, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.218 std_dev=0.125
O2'	A	0, 0.024, 0.160, 0.297, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.160 std_dev=0.136
N3	B	0, 0.097, 0.243, 0.389, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.243 std_dev=0.146
C2'	A	0, -0.028, 0.121, 0.271, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.121 std_dev=0.149
C2	B	0, 0.094, 0.250, 0.405, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.250 std_dev=0.155
O4	B	0, 0.114, 0.272, 0.430, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.272 std_dev=0.158
C6	B	0, 0.085, 0.244, 0.403, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.244 std_dev=0.159
N1	B	0, 0.097, 0.256, 0.415, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.256 std_dev=0.159
O4'	A	0, -0.067, 0.123, 0.313, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.123 std_dev=0.190
O2	B	0, 0.107, 0.307, 0.506, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.307 std_dev=0.200
C1'	B	0, 0.104, 0.306, 0.508, 0.664 max_d=0.664 avg_d=0.306 std_dev=0.202
O4'	B	0, 0.082, 0.312, 0.541, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.312 std_dev=0.229
C2'	B	0, 0.132, 0.373, 0.615, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.373 std_dev=0.242
C3'	A	0, -0.070, 0.186, 0.442, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.186 std_dev=0.256
O2'	B	0, 0.147, 0.414, 0.681, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.414 std_dev=0.267
C4'	A	0, -0.104, 0.177, 0.458, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.177 std_dev=0.281
O3'	A	0, -0.057, 0.237, 0.532, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.237 std_dev=0.295
C3'	B	0, 0.118, 0.418, 0.719, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.418 std_dev=0.301
C4'	B	0, 0.093, 0.403, 0.713, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.403 std_dev=0.310
C5'	B	0, 0.086, 0.448, 0.810, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.448 std_dev=0.362
O5'	B	0, 0.024, 0.396, 0.768, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.396 std_dev=0.372
O3'	B	0, 0.119, 0.504, 0.889, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.504 std_dev=0.385
C5'	A	0, -0.209, 0.303, 0.815, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.303 std_dev=0.512
O5'	A	0, -0.118, 0.404, 0.926, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.404 std_dev=0.522
P	A	0, -0.109, 0.432, 0.974, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.432 std_dev=0.542
OP1	A	0, -0.254, 0.606, 1.466, 2.676 max_d=2.676 avg_d=0.606 std_dev=0.860
OP1	B	0, -0.218, 0.697, 1.612, 2.901 max_d=2.901 avg_d=0.697 std_dev=0.915
P	B	0, -0.331, 0.645, 1.622, 3.017 max_d=3.017 avg_d=0.645 std_dev=0.977
OP2	A	0, -0.533, 0.791, 2.114, 4.008 max_d=4.008 avg_d=0.791 std_dev=1.324
OP2	B	0, -0.758, 1.037, 2.831, 5.417 max_d=5.417 avg_d=1.037 std_dev=1.795

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.04	0.01	0.12	0.50	0.29	0.15
C2	0.02	0.00	0.08	0.10	0.01	0.05	0.02	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.10	0.02	0.02	0.25	0.69	0.11	0.09
C2'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.05	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.07	0.12	0.00	0.00	0.05	0.01	0.03	0.47	0.19	0.17
C3'	0.01	0.10	0.00	0.00	0.11	0.01	0.09	0.02	0.06	0.06	0.12	0.12	0.01	0.01	0.12	0.01	0.06	0.28	0.16	0.14
C4	0.03	0.01	0.05	0.11	0.00	0.10	0.01	0.19	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.11	0.01	0.06	0.36	0.80	0.30	0.07
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.10	0.00	0.13	0.01	0.12	0.06	0.07	0.04	0.02	0.02	0.11	0.01	0.01	0.10	0.35	0.09
C5	0.03	0.02	0.04	0.09	0.01	0.13	0.00	0.22	0.00	0.02	0.01	0.02	0.04	0.09	0.01	0.09	0.37	0.80	0.35	0.08
C5'	0.03	0.09	0.02	0.02	0.19	0.01	0.22	0.00	0.19	0.10	0.13	0.06	0.02	0.03	0.20	0.02	0.00	0.24	0.32	0.01
C6	0.03	0.01	0.04	0.06	0.01	0.12	0.00	0.19	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.06	0.01	0.10	0.33	0.74	0.15	0.06
N1	0.01	0.01	0.02	0.06	0.02	0.06	0.02	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.03	0.24	0.66	0.12	0.10
N3	0.02	0.01	0.07	0.12	0.01	0.07	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.12	0.02	0.03	0.31	0.76	0.15	0.07
O2	0.03	0.01	0.12	0.12	0.02	0.04	0.02	0.06	0.02	0.02	0.01	0.00	0.06	0.12	0.03	0.04	0.21	0.64	0.19	0.12
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.03	0.06	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02	0.35	0.25	0.13
O3'	0.01	0.10	0.00	0.01	0.11	0.02	0.09	0.03	0.06	0.05	0.12	0.12	0.01	0.00	0.13	0.02	0.12	0.11	0.12	0.10
O4	0.04	0.02	0.05	0.12	0.01	0.11	0.01	0.20	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.13	0.00	0.07	0.38	0.81	0.40	0.10
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.01	0.09	0.02	0.10	0.03	0.03	0.04	0.03	0.02	0.07	0.00	0.13	0.31	0.43	0.13
O5'	0.12	0.25	0.03	0.06	0.36	0.01	0.37	0.00	0.33	0.24	0.31	0.21	0.02	0.12	0.38	0.13	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.50	0.69	0.47	0.28	0.80	0.10	0.80	0.24	0.74	0.66	0.76	0.64	0.35	0.11	0.81	0.31	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.29	0.11	0.19	0.16	0.30	0.35	0.35	0.32	0.15	0.12	0.15	0.19	0.25	0.12	0.40	0.43	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.15	0.09	0.17	0.14	0.07	0.09	0.08	0.01	0.06	0.10	0.07	0.12	0.13	0.10	0.10	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.11	0.05	0.13	0.16	0.09	0.17	0.11	0.18	0.11	0.08	0.07	0.06	0.12	0.18	0.10	0.15	0.14	0.09	0.54	0.39
C2	0.13	0.06	0.13	0.15	0.09	0.17	0.11	0.15	0.13	0.10	0.08	0.06	0.13	0.16	0.10	0.17	0.17	0.13	0.34	0.30
C2'	0.18	0.06	0.20	0.22	0.09	0.23	0.13	0.22	0.15	0.13	0.06	0.05	0.20	0.24	0.09	0.22	0.16	0.04	0.51	0.41
C3'	0.30	0.25	0.35	0.38	0.25	0.35	0.28	0.34	0.28	0.28	0.24	0.22	0.32	0.38	0.24	0.33	0.43	0.40	1.15	0.88
C4	0.11	0.02	0.10	0.09	0.05	0.11	0.12	0.07	0.14	0.10	0.05	0.04	0.12	0.10	0.09	0.13	0.32	0.12	0.72	0.53
C4'	0.25	0.23	0.29	0.33	0.27	0.30	0.27	0.32	0.25	0.24	0.25	0.21	0.25	0.35	0.28	0.27	0.34	0.27	1.15	0.80
C5	0.11	0.04	0.10	0.08	0.05	0.10	0.12	0.06	0.12	0.09	0.04	0.06	0.11	0.09	0.08	0.13	0.37	0.24	0.98	0.68
C5'	0.35	0.37	0.40	0.43	0.43	0.37	0.42	0.37	0.38	0.36	0.41	0.34	0.35	0.44	0.45	0.35	0.50	0.49	1.57	1.04
C6	0.10	0.02	0.10	0.10	0.07	0.11	0.11	0.08	0.11	0.08	0.05	0.06	0.10	0.10	0.09	0.13	0.33	0.20	0.97	0.66
N1	0.12	0.04	0.12	0.13	0.09	0.15	0.12	0.14	0.12	0.09	0.07	0.06	0.12	0.15	0.11	0.15	0.23	0.03	0.64	0.47
N3	0.13	0.04	0.12	0.12	0.07	0.14	0.11	0.11	0.15	0.10	0.06	0.04	0.13	0.13	0.10	0.15	0.24	0.06	0.43	0.36
O2	0.15	0.09	0.15	0.18	0.10	0.21	0.11	0.21	0.13	0.11	0.10	0.10	0.15	0.21	0.11	0.19	0.09	0.31	0.06	0.11
O2'	0.05	0.07	0.07	0.11	0.06	0.12	0.04	0.16	0.04	0.04	0.08	0.10	0.07	0.14	0.07	0.06	0.23	0.38	0.07	0.07
O3'	0.31	0.26	0.37	0.42	0.26	0.37	0.28	0.39	0.27	0.27	0.25	0.25	0.34	0.43	0.26	0.32	0.41	0.59	1.16	0.97
O4	0.11	0.04	0.10	0.08	0.04	0.10	0.11	0.05	0.14	0.10	0.05	0.04	0.12	0.09	0.10	0.12	0.34	0.15	0.72	0.53
O4'	0.17	0.14	0.20	0.24	0.17	0.23	0.19	0.25	0.18	0.16	0.15	0.11	0.16	0.25	0.18	0.20	0.25	0.07	0.89	0.62
O5'	0.43	0.45	0.46	0.44	0.56	0.37	0.56	0.30	0.51	0.47	0.50	0.36	0.42	0.42	0.58	0.40	0.55	0.54	1.69	1.07
OP1	0.41	0.45	0.33	0.23	0.51	0.24	0.53	0.18	0.52	0.47	0.47	0.39	0.35	0.19	0.49	0.32	0.26	0.62	1.70	1.00
OP2	0.49	0.64	0.59	0.57	0.86	0.41	0.77	0.34	0.65	0.59	0.79	0.55	0.50	0.58	0.99	0.40	0.60	0.45	1.78	1.07
P	0.20	0.22	0.26	0.27	0.32	0.20	0.30	0.17	0.26	0.23	0.28	0.17	0.22	0.27	0.36	0.20	0.48	0.54	1.74	1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.01	0.02	0.00	0.14	0.04	0.23	0.04
C2	0.03	0.00	0.06	0.04	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.01	0.01	0.01	0.05	0.04	0.03	0.05	0.42	0.39	0.66	0.54
C2'	0.01	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.05	0.01	0.05	0.12	0.00	0.01	0.02	0.01	0.18	0.17	0.33	0.02
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.01	0.05	0.02	0.04	0.11	0.01	0.01	0.02	0.01	0.22	0.33	0.30	0.06
C4	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.01	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.00	0.06	0.48	0.44	0.92	0.68
C4'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.04	0.06	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.09	0.57	0.17
C5	0.01	0.04	0.03	0.03	0.00	0.02	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.04	0.04	0.04	0.01	0.05	0.38	0.27	0.57	0.49
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.03	0.01	0.02	0.00	0.03	0.05	0.04	0.06	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.34	0.30	0.01
C6	0.01	0.02	0.05	0.05	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.03	0.04	0.05	0.02	0.02	0.28	0.14	0.25	0.30
N1	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.00	0.01	0.03	0.02	0.02	0.01	0.01	0.28	0.18	0.23	0.29
N3	0.03	0.01	0.05	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.04	0.02	0.06	0.50	0.51	0.99	0.72
O2	0.07	0.01	0.12	0.11	0.03	0.06	0.04	0.06	0.03	0.03	0.01	0.00	0.11	0.11	0.03	0.09	0.48	0.49	0.74	0.60
O2'	0.01	0.05	0.00	0.01	0.03	0.02	0.04	0.02	0.04	0.02	0.04	0.11	0.00	0.03	0.03	0.03	0.03	0.06	0.75	0.26
O3'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.04	0.11	0.03	0.00	0.02	0.01	0.15	0.34	0.59	0.13
O4	0.02	0.03	0.02	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.00	0.07	0.53	0.54	1.15	0.81
O4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.06	0.00	0.05	0.01	0.02	0.01	0.06	0.09	0.03	0.01	0.07	0.00	0.08	0.06	0.32	0.07
O5'	0.14	0.42	0.18	0.22	0.48	0.01	0.38	0.00	0.28	0.28	0.50	0.48	0.03	0.15	0.53	0.08	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.04	0.39	0.17	0.33	0.44	0.09	0.27	0.34	0.14	0.18	0.51	0.49	0.06	0.34	0.54	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.23	0.66	0.33	0.30	0.92	0.57	0.57	0.30	0.25	0.23	0.99	0.74	0.75	0.59	1.15	0.32	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.04	0.54	0.02	0.06	0.68	0.17	0.49	0.01	0.30	0.29	0.72	0.60	0.26	0.13	0.81	0.07	0.01	0.00	0.01	0.00