ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2' A 0, -0.011, 0.048, 0.107, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.048 std_dev=0.059
O4' A 0, -0.004, 0.064, 0.131, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.064 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.015, 0.094, 0.173, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.094 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.009, 0.089, 0.168, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.089 std_dev=0.080
C3' A 0, 0.010, 0.093, 0.176, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.093 std_dev=0.083
O3' A 0, 0.030, 0.136, 0.241, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.136 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.018, 0.162, 0.306, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.162 std_dev=0.144
O4 B 0, 0.086, 0.230, 0.374, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.230 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.024, 0.171, 0.319, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.171 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.058, 0.216, 0.375, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.216 std_dev=0.158
C5 B 0, 0.052, 0.221, 0.390, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.221 std_dev=0.169
OP1 A 0, 0.046, 0.234, 0.422, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.234 std_dev=0.188
C2' B 0, 0.116, 0.306, 0.497, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.306 std_dev=0.191
P A 0, 0.030, 0.227, 0.423, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.227 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.067, 0.265, 0.464, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.265 std_dev=0.199
N3 B 0, 0.050, 0.254, 0.459, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.254 std_dev=0.204
N1 B 0, 0.085, 0.295, 0.505, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.295 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.069, 0.291, 0.514, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.291 std_dev=0.223
OP2 A 0, 0.049, 0.272, 0.494, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.272 std_dev=0.223
C1' B 0, 0.126, 0.373, 0.620, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.373 std_dev=0.247
C3' B 0, 0.111, 0.370, 0.629, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.370 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.215, 0.478, 0.740, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.478 std_dev=0.263
O2 B 0, 0.078, 0.348, 0.617, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.348 std_dev=0.269
P B 0, 0.049, 0.349, 0.649, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.349 std_dev=0.300
C4' B 0, 0.126, 0.442, 0.757, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.442 std_dev=0.315
O3' B 0, 0.202, 0.535, 0.869, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.535 std_dev=0.333
OP2 B 0, 0.116, 0.464, 0.811, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.464 std_dev=0.347
C5' B 0, 0.153, 0.502, 0.852, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.502 std_dev=0.350
O4' B 0, 0.144, 0.499, 0.854, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.499 std_dev=0.355
OP1 B 0, 0.242, 0.775, 1.308, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.775 std_dev=0.533
O5' B 0, 0.170, 0.714, 1.257, 1.543 max_d=1.543 avg_d=0.714 std_dev=0.544

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.06
O4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.05
O5' 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.07 0.18 0.16 0.05 0.12 0.14 0.16 0.15 0.11 0.05 0.08 0.28 0.21 0.06 0.10 0.33 0.24 0.05 0.12
C2 0.20 0.11 0.18 0.18 0.09 0.16 0.17 0.21 0.20 0.17 0.06 0.09 0.23 0.26 0.06 0.14 0.36 0.12 0.13 0.07
C2' 0.09 0.06 0.15 0.12 0.03 0.09 0.09 0.14 0.10 0.08 0.04 0.06 0.22 0.15 0.04 0.11 0.38 0.31 0.05 0.12
C3' 0.10 0.06 0.18 0.15 0.05 0.11 0.11 0.15 0.12 0.09 0.04 0.07 0.28 0.17 0.05 0.13 0.37 0.33 0.07 0.12
C4 0.24 0.10 0.18 0.20 0.04 0.20 0.15 0.21 0.21 0.18 0.07 0.12 0.23 0.29 0.08 0.19 0.29 0.09 0.20 0.05
C4' 0.12 0.06 0.21 0.18 0.04 0.12 0.13 0.15 0.14 0.10 0.04 0.08 0.34 0.22 0.05 0.13 0.31 0.29 0.09 0.12
C5 0.20 0.11 0.20 0.20 0.04 0.18 0.13 0.19 0.19 0.14 0.12 0.16 0.29 0.27 0.10 0.15 0.24 0.07 0.16 0.07
C5' 0.13 0.06 0.23 0.19 0.04 0.13 0.14 0.14 0.15 0.10 0.04 0.09 0.40 0.24 0.06 0.14 0.24 0.26 0.12 0.12
C6 0.17 0.10 0.19 0.19 0.03 0.15 0.14 0.17 0.18 0.13 0.10 0.14 0.29 0.24 0.09 0.13 0.26 0.12 0.09 0.10
N1 0.17 0.08 0.19 0.18 0.05 0.14 0.16 0.18 0.18 0.14 0.05 0.09 0.27 0.24 0.06 0.11 0.32 0.15 0.09 0.09
N3 0.23 0.12 0.18 0.19 0.08 0.19 0.17 0.23 0.21 0.19 0.05 0.10 0.21 0.28 0.06 0.18 0.34 0.07 0.18 0.06
O2 0.19 0.13 0.17 0.17 0.11 0.16 0.17 0.22 0.19 0.17 0.09 0.11 0.22 0.25 0.08 0.14 0.40 0.14 0.12 0.08
O2' 0.07 0.05 0.13 0.11 0.02 0.08 0.05 0.13 0.06 0.06 0.04 0.05 0.19 0.13 0.03 0.11 0.41 0.36 0.06 0.12
O3' 0.09 0.06 0.18 0.15 0.04 0.11 0.08 0.16 0.09 0.08 0.04 0.07 0.27 0.15 0.04 0.16 0.42 0.39 0.10 0.12
O4 0.26 0.10 0.17 0.21 0.04 0.22 0.14 0.23 0.21 0.19 0.07 0.12 0.19 0.32 0.08 0.23 0.27 0.15 0.24 0.05
O4' 0.15 0.07 0.22 0.19 0.05 0.14 0.15 0.17 0.17 0.12 0.04 0.09 0.34 0.25 0.06 0.13 0.29 0.24 0.07 0.14
O5' 0.14 0.07 0.24 0.20 0.06 0.12 0.16 0.13 0.17 0.10 0.06 0.10 0.41 0.25 0.08 0.13 0.21 0.17 0.09 0.08
OP1 0.11 0.09 0.21 0.16 0.08 0.13 0.12 0.10 0.12 0.08 0.09 0.13 0.39 0.20 0.10 0.21 0.10 0.29 0.23 0.13
OP2 0.10 0.06 0.22 0.18 0.07 0.12 0.15 0.12 0.16 0.06 0.07 0.12 0.40 0.23 0.09 0.15 0.13 0.09 0.12 0.09
P 0.12 0.06 0.23 0.19 0.06 0.12 0.15 0.11 0.15 0.08 0.06 0.11 0.42 0.24 0.09 0.15 0.13 0.15 0.14 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.20 0.04 0.24 0.08
C2 0.01 0.00 0.12 0.05 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.08 0.00 0.09 0.31 0.06 0.21 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.12 0.01 0.08 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.29 0.39 0.13
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.04 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.36 0.33 0.11
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.44 0.18 0.19 0.10
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.17 0.06
C5 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.02 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.06 0.49 0.21 0.22 0.10
C5' 0.04 0.11 0.08 0.01 0.15 0.00 0.14 0.00 0.12 0.10 0.14 0.10 0.07 0.06 0.16 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01
C6 0.01 0.00 0.12 0.07 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.09 0.00 0.09 0.45 0.15 0.25 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.33 0.07 0.23 0.09
N3 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.08 0.00 0.07 0.37 0.12 0.20 0.10
O2 0.01 0.00 0.21 0.11 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.11 0.01 0.15 0.23 0.03 0.22 0.11
O2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.03 0.01 0.12 0.07 0.14 0.03 0.16 0.40 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.40 0.51 0.21
O3' 0.07 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.06 0.09 0.07 0.08 0.11 0.01 0.00 0.07 0.06 0.12 0.38 0.34 0.11
O4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.46 0.21 0.18 0.10
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.07 0.15 0.01 0.06 0.02 0.00 0.15 0.15 0.14 0.22
O5' 0.20 0.31 0.14 0.07 0.44 0.01 0.49 0.00 0.45 0.33 0.37 0.23 0.13 0.12 0.46 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.06 0.29 0.36 0.18 0.13 0.21 0.10 0.15 0.07 0.12 0.03 0.40 0.38 0.21 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.21 0.39 0.33 0.19 0.17 0.22 0.09 0.25 0.23 0.20 0.22 0.51 0.34 0.18 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.10 0.13 0.11 0.10 0.06 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.11 0.21 0.11 0.10 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00