ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54318

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.000, 0.056, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C6 B 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C2' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C5 B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C3' A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
N1 B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
O2' A 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.000, 0.213, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.213 std_dev=0.213
O5' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C4 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C1' B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
C2 B 0, 0.000, 0.269, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.269 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
O3' A 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O4 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
O2' B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C2' B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
P B 0, 0.000, 0.329, 0.659, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O2 B 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.000, 0.410, 0.819, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.410 std_dev=0.410
OP2 A 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
P A 0, 0.000, 0.535, 1.070, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.535 std_dev=0.535
OP2 B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
OP1 A 0, 0.000, 0.553, 1.105, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C3' B 0, 0.000, 0.654, 1.308, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.654 std_dev=0.654
C4' B 0, 0.000, 0.676, 1.353, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.676 std_dev=0.676
OP1 B 0, 0.000, 0.769, 1.539, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.769 std_dev=0.769
O3' B 0, 0.000, 0.890, 1.779, 1.779 max_d=1.779 avg_d=0.890 std_dev=0.890
O5' A 0, 0.000, 0.895, 1.789, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.895 std_dev=0.895
C5' B 0, 0.000, 0.897, 1.794, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.897 std_dev=0.897

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.26 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.09 0.23 0.09
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.13 0.06 0.28 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.17 0.06 0.30 0.03
C4 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.13 0.03 0.14 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.24 0.03
C5 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.25 0.03 0.11 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.25 0.02 0.16 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.23 0.04
N3 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.20 0.07
O2 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.02 0.15 0.14 0.26 0.14
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.07 0.28 0.04
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.17 0.08 0.31 0.03
O4 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.03 0.13 0.03 0.11 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.10 0.09 0.24 0.07
O5' 0.01 0.04 0.13 0.17 0.13 0.00 0.25 0.00 0.25 0.07 0.01 0.15 0.05 0.17 0.13 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.09 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.05 0.08 0.14 0.07 0.08 0.03 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.23 0.28 0.30 0.14 0.24 0.11 0.16 0.16 0.23 0.20 0.26 0.28 0.31 0.11 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.04 0.07 0.14 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.07 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.16 0.05
C2 0.03 0.11 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.12 0.15 0.01 0.08 0.05 0.01 0.07 0.08 0.22 0.07
C2' 0.03 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.15 0.02 0.13 0.06 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.02 0.02 0.04 0.22 0.07
C3' 0.07 0.07 0.11 0.11 0.13 0.08 0.16 0.10 0.15 0.10 0.08 0.02 0.04 0.09 0.13 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00
C4 0.09 0.17 0.11 0.22 0.05 0.17 0.05 0.23 0.00 0.09 0.17 0.23 0.05 0.23 0.02 0.11 0.07 0.22 0.29 0.14
C4' 0.03 0.02 0.06 0.09 0.09 0.09 0.12 0.14 0.10 0.05 0.04 0.01 0.01 0.09 0.10 0.05 0.01 0.04 0.09 0.04
C5 0.11 0.17 0.11 0.23 0.01 0.21 0.07 0.28 0.01 0.09 0.13 0.24 0.08 0.25 0.08 0.14 0.05 0.26 0.30 0.16
C5' 0.05 0.06 0.10 0.12 0.13 0.10 0.14 0.15 0.12 0.08 0.09 0.03 0.01 0.11 0.14 0.06 0.04 0.02 0.25 0.09
C6 0.09 0.13 0.08 0.16 0.04 0.15 0.09 0.20 0.03 0.07 0.08 0.19 0.07 0.18 0.09 0.11 0.06 0.20 0.25 0.13
N1 0.04 0.09 0.03 0.08 0.02 0.05 0.09 0.08 0.05 0.03 0.07 0.14 0.03 0.09 0.04 0.04 0.06 0.10 0.21 0.08
N3 0.06 0.15 0.07 0.15 0.08 0.09 0.03 0.14 0.01 0.07 0.16 0.19 0.02 0.15 0.08 0.05 0.07 0.14 0.27 0.10
O2 0.01 0.08 0.01 0.03 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.10 0.11 0.03 0.01 0.07 0.04 0.07 0.01 0.20 0.04
O2' 0.03 0.01 0.04 0.06 0.08 0.08 0.12 0.10 0.12 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.23 0.06
O3' 0.12 0.10 0.16 0.18 0.14 0.14 0.18 0.19 0.18 0.14 0.10 0.05 0.07 0.16 0.14 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01
O4 0.10 0.19 0.13 0.25 0.07 0.20 0.03 0.28 0.01 0.10 0.19 0.26 0.06 0.28 0.05 0.12 0.06 0.25 0.32 0.16
O4' 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.09 0.09 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01
O5' 0.21 0.28 0.29 0.33 0.27 0.28 0.23 0.34 0.22 0.24 0.29 0.29 0.19 0.32 0.27 0.23 0.34 0.23 0.58 0.35
OP1 0.02 0.05 0.09 0.11 0.09 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.09 0.11 0.02 0.08 0.06 0.37 0.09
OP2 0.24 0.22 0.19 0.23 0.11 0.27 0.10 0.28 0.14 0.20 0.17 0.26 0.24 0.26 0.06 0.26 0.13 0.38 0.05 0.23
P 0.03 0.05 0.09 0.10 0.09 0.06 0.10 0.09 0.08 0.05 0.06 0.02 0.02 0.08 0.11 0.04 0.13 0.04 0.31 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.32 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.25 0.01 0.33 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.16 0.27 0.04
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.00 0.06 0.02 0.04 0.05 0.09 0.10 0.01 0.00 0.09 0.00 0.21 0.19 0.28 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.26 0.04 0.21 0.04
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.07 0.14 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.35 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.05 0.22 0.10 0.20 0.06
C5' 0.00 0.14 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.14 0.24 0.05 0.03 0.08 0.00 0.00 0.18 0.34 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.18 0.13 0.23 0.05
N1 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.19 0.08 0.30 0.01
N3 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.03 0.27 0.01 0.27 0.01
O2 0.00 0.00 0.07 0.10 0.00 0.14 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.00 0.09 0.25 0.05 0.38 0.06
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.07 0.09 0.00 0.02 0.06 0.04 0.00 0.08 0.33 0.06
O3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.09 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.10 0.11 0.02 0.00 0.10 0.00 0.12 0.18 0.30 0.02
O4 0.01 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.01 0.27 0.02 0.18 0.05
O4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.03 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.35 0.05
O5' 0.10 0.25 0.18 0.21 0.26 0.01 0.22 0.00 0.18 0.19 0.27 0.25 0.00 0.12 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.10 0.01 0.16 0.19 0.04 0.13 0.10 0.18 0.13 0.08 0.01 0.05 0.08 0.18 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.32 0.33 0.27 0.28 0.21 0.35 0.20 0.34 0.23 0.30 0.27 0.38 0.33 0.30 0.18 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00