ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54320

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O5' A 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C3' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C5' A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.000, 0.073, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.073 std_dev=0.073
P B 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
P A 0, 0.000, 0.207, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.207 std_dev=0.207
O4 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
OP2 B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O5' B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
OP1 B 0, 0.000, 0.275, 0.550, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C4 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
OP1 A 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
OP2 A 0, 0.000, 0.328, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.328 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C6 B 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
N1 B 0, 0.000, 0.428, 0.857, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.428 std_dev=0.428
C4' B 0, 0.000, 0.441, 0.882, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.441 std_dev=0.441
O4' B 0, 0.000, 0.445, 0.890, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.445 std_dev=0.445
O2 B 0, 0.000, 0.446, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.446 std_dev=0.446
C3' B 0, 0.000, 0.482, 0.963, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.482 std_dev=0.482
O3' B 0, 0.000, 0.483, 0.966, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C1' B 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C2' B 0, 0.000, 0.530, 1.059, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.530 std_dev=0.530
O2' B 0, 0.000, 0.568, 1.136, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.568 std_dev=0.568

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.08 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.09 0.08
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01
O2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.15 0.08 0.06
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.19 0.13 0.10
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
O5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.08 0.06 0.14 0.15 0.02 0.08 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.08 0.15 0.19 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.13 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.06 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.18 0.17 0.19 0.05 0.18 0.03 0.18 0.06 0.13 0.13 0.25 0.15 0.19 0.02 0.16 0.12 0.04 0.05 0.03
C2 0.25 0.27 0.26 0.26 0.13 0.23 0.11 0.21 0.17 0.24 0.21 0.31 0.23 0.25 0.08 0.24 0.15 0.07 0.02 0.05
C2' 0.09 0.13 0.13 0.17 0.01 0.15 0.03 0.17 0.00 0.07 0.08 0.23 0.10 0.17 0.01 0.11 0.14 0.08 0.00 0.06
C3' 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04 0.08 0.06 0.07 0.02 0.00 0.11 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00
C4 0.18 0.22 0.20 0.20 0.15 0.16 0.12 0.14 0.14 0.19 0.21 0.23 0.17 0.21 0.11 0.15 0.10 0.03 0.05 0.01
C4' 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.11 0.03 0.08 0.04 0.03 0.02 0.05 0.12 0.05
C5 0.12 0.17 0.15 0.17 0.09 0.13 0.05 0.12 0.08 0.13 0.16 0.20 0.12 0.17 0.06 0.11 0.08 0.01 0.07 0.00
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.12 0.18 0.10
C6 0.13 0.18 0.15 0.17 0.06 0.14 0.03 0.13 0.06 0.12 0.15 0.22 0.12 0.18 0.03 0.12 0.09 0.01 0.07 0.01
N1 0.18 0.22 0.20 0.21 0.09 0.19 0.06 0.18 0.10 0.17 0.17 0.28 0.17 0.21 0.05 0.18 0.13 0.04 0.05 0.03
N3 0.24 0.27 0.25 0.25 0.16 0.21 0.15 0.18 0.20 0.25 0.23 0.28 0.23 0.24 0.11 0.21 0.13 0.06 0.03 0.04
O2 0.30 0.28 0.30 0.30 0.14 0.28 0.13 0.24 0.19 0.27 0.21 0.32 0.28 0.29 0.09 0.29 0.18 0.10 0.00 0.07
O2' 0.12 0.13 0.15 0.18 0.02 0.18 0.01 0.21 0.02 0.09 0.08 0.22 0.13 0.19 0.00 0.13 0.16 0.11 0.02 0.08
O3' 0.08 0.03 0.04 0.00 0.08 0.03 0.10 0.01 0.11 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
O4 0.17 0.20 0.20 0.20 0.17 0.16 0.15 0.14 0.16 0.19 0.20 0.21 0.18 0.21 0.14 0.15 0.09 0.03 0.05 0.01
O4' 0.09 0.12 0.11 0.13 0.02 0.12 0.00 0.12 0.03 0.08 0.08 0.18 0.09 0.13 0.01 0.10 0.07 0.02 0.11 0.02
O5' 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.10 0.17 0.08
OP1 0.03 0.01 0.06 0.10 0.06 0.10 0.05 0.12 0.02 0.01 0.03 0.05 0.07 0.15 0.08 0.06 0.10 0.06 0.05 0.10
OP2 0.04 0.04 0.09 0.14 0.05 0.11 0.05 0.13 0.02 0.02 0.00 0.09 0.09 0.19 0.08 0.06 0.11 0.06 0.05 0.09
P 0.01 0.01 0.05 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.12 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.06
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.10 0.05
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.07 0.13 0.08
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.07 0.13 0.09
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.06 0.12 0.08
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.10 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.06 0.12 0.06
O2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.02
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.07 0.10 0.07
O4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.03 0.08 0.13 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.08 0.06
O5' 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.05 0.00 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.03 0.02 0.07 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.10 0.01 0.03 0.13 0.01 0.13 0.00 0.12 0.10 0.12 0.07 0.00 0.10 0.13 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.05 0.01 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.06 0.02 0.01 0.07 0.08 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00