ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54321

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C3' A 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.000, 0.178, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C5' B 0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5' A 0, 0.000, 0.247, 0.494, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.247 std_dev=0.247
O5' B 0, 0.000, 0.274, 0.548, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O3' A 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4' B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
O2 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C3' B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
C2 B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
O4' B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.000, 0.393, 0.786, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.393
O3' B 0, 0.000, 0.403, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C4 B 0, 0.000, 0.403, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.000, 0.408, 0.815, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.408 std_dev=0.408
C6 B 0, 0.000, 0.410, 0.821, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.410 std_dev=0.410
O4 B 0, 0.000, 0.416, 0.833, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.416 std_dev=0.416
C5 B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
C2' B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
O2' B 0, 0.000, 0.490, 0.979, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.490 std_dev=0.490
O5' A 0, 0.000, 1.083, 2.166, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.083 std_dev=1.083
P A 0, 0.000, 1.415, 2.829, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.415 std_dev=1.415
P B 0, 0.000, 1.543, 3.086, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.543 std_dev=1.543
OP1 B 0, 0.000, 1.916, 3.832, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.916 std_dev=1.916
OP1 A 0, 0.000, 2.291, 4.583, 4.583 max_d=4.583 avg_d=2.291 std_dev=2.291
OP2 A 0, 0.000, 2.502, 5.003, 5.003 max_d=5.003 avg_d=2.502 std_dev=2.502
OP2 B 0, 0.000, 2.697, 5.395, 5.395 max_d=5.395 avg_d=2.697 std_dev=2.697

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.16 0.10
C2 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.16 0.02 0.60 0.24
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.32 0.16 0.20
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.31 0.52 0.15 0.27
C4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.07 0.00 0.04 0.21 0.03 1.01 0.37
C4' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.22 0.23 0.00
C5 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.23 0.01 1.02 0.39
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.05 0.00 0.08 0.04 0.09 0.00 0.00 0.33 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.21 0.04 0.76 0.32
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.15 0.02 0.52 0.23
N3 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.19 0.04 0.82 0.31
O2 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.13 0.02 0.46 0.19
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.14 0.30 0.06 0.12
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.07 0.01 0.05 0.04 0.03 0.04 0.08 0.07 0.00 0.00 0.08 0.00 0.34 0.73 0.03 0.29
O4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.00 0.04 0.22 0.05 1.13 0.39
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.07 0.08 0.04
O5' 0.06 0.16 0.21 0.31 0.21 0.01 0.23 0.00 0.21 0.15 0.19 0.13 0.14 0.34 0.22 0.09 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.03 0.02 0.32 0.52 0.03 0.22 0.01 0.33 0.04 0.02 0.04 0.02 0.30 0.73 0.05 0.07 0.04 0.00 0.00 0.01
OP2 0.16 0.60 0.16 0.15 1.01 0.23 1.02 0.27 0.76 0.52 0.82 0.46 0.06 0.03 1.13 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.24 0.20 0.27 0.37 0.00 0.39 0.01 0.32 0.23 0.31 0.19 0.12 0.29 0.39 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.09 0.03 0.08 0.09 0.12 0.06 0.14 0.03 0.04 0.11 0.11 0.04 0.08 0.11 0.06 0.08 0.36 0.44 0.22
C2 0.03 0.12 0.04 0.08 0.15 0.13 0.09 0.11 0.05 0.05 0.16 0.12 0.09 0.08 0.17 0.09 0.07 0.37 0.29 0.13
C2' 0.04 0.12 0.01 0.06 0.12 0.08 0.09 0.15 0.08 0.09 0.13 0.14 0.02 0.05 0.13 0.00 0.10 0.38 0.30 0.15
C3' 0.07 0.17 0.05 0.00 0.16 0.00 0.14 0.05 0.12 0.13 0.18 0.18 0.05 0.00 0.17 0.04 0.06 0.10 0.93 0.61
C4 0.17 0.03 0.15 0.14 0.05 0.17 0.04 0.09 0.11 0.11 0.06 0.01 0.19 0.14 0.11 0.19 0.00 0.05 0.75 0.39
C4' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.11 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.11 0.98 0.64
C5 0.19 0.07 0.17 0.16 0.00 0.18 0.07 0.11 0.13 0.13 0.00 0.05 0.20 0.16 0.06 0.21 0.01 0.09 1.01 0.54
C5' 0.06 0.01 0.06 0.07 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.07 0.12 0.44 1.36 0.87
C6 0.14 0.02 0.14 0.15 0.03 0.18 0.03 0.13 0.07 0.08 0.04 0.00 0.16 0.15 0.07 0.19 0.01 0.01 0.96 0.52
N1 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.15 0.04 0.13 0.00 0.00 0.11 0.08 0.10 0.11 0.12 0.13 0.06 0.24 0.58 0.30
N3 0.09 0.07 0.09 0.09 0.13 0.14 0.06 0.09 0.01 0.01 0.14 0.07 0.15 0.10 0.16 0.13 0.03 0.25 0.43 0.21
O2 0.06 0.18 0.03 0.03 0.19 0.09 0.15 0.10 0.11 0.13 0.20 0.17 0.02 0.03 0.20 0.01 0.10 0.59 0.07 0.08
O2' 0.05 0.13 0.02 0.05 0.11 0.07 0.09 0.17 0.07 0.09 0.13 0.14 0.03 0.05 0.12 0.03 0.18 0.77 0.19 0.19
O3' 0.16 0.23 0.13 0.09 0.22 0.11 0.21 0.05 0.20 0.20 0.24 0.25 0.14 0.08 0.23 0.14 0.16 0.31 0.91 0.74
O4 0.18 0.06 0.17 0.13 0.01 0.16 0.09 0.07 0.15 0.14 0.01 0.04 0.22 0.14 0.09 0.19 0.01 0.00 0.77 0.40
O4' 0.03 0.06 0.04 0.08 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.09 0.04 0.06 0.06 0.06 0.01 0.14 0.77 0.45
O5' 0.38 0.53 0.40 0.44 0.48 0.41 0.42 0.47 0.41 0.44 0.54 0.59 0.36 0.44 0.48 0.36 0.55 0.76 1.92 1.29
OP1 0.45 0.57 0.54 0.70 0.41 0.68 0.33 0.87 0.36 0.46 0.53 0.70 0.47 0.75 0.38 0.51 0.95 1.46 2.50 1.82
OP2 0.85 1.19 0.88 0.82 1.43 0.67 1.30 0.64 1.16 1.08 1.39 1.10 0.77 0.77 1.54 0.69 0.55 0.66 2.10 1.22
P 0.45 0.63 0.49 0.52 0.64 0.47 0.57 0.53 0.53 0.54 0.68 0.66 0.43 0.51 0.67 0.41 0.58 0.90 2.11 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.06 0.08
C2 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.25 0.43 1.03 0.64
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.26 0.10
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.04 0.29 0.13
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.25 0.47 1.12 0.68
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.31 0.15
C5 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.20 0.29 0.77 0.48
C5' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.16 0.00 0.14 0.00 0.11 0.10 0.16 0.11 0.02 0.01 0.17 0.00 0.00 0.19 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.00 0.16 0.16 0.51 0.34
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.17 0.20 0.57 0.38
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.28 0.55 1.26 0.76
O2 0.03 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.27 0.53 1.22 0.76
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.30 0.68 0.33
O3' 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.68 0.34
O4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.27 0.56 1.27 0.77
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.07 0.03 0.09 0.10
O5' 0.07 0.25 0.03 0.01 0.25 0.01 0.20 0.00 0.16 0.17 0.28 0.27 0.03 0.03 0.27 0.07 0.00 0.03 0.00 0.00
OP1 0.04 0.43 0.07 0.04 0.47 0.04 0.29 0.19 0.16 0.20 0.55 0.53 0.30 0.04 0.56 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 1.03 0.26 0.29 1.12 0.31 0.77 0.00 0.51 0.57 1.26 1.22 0.68 0.68 1.27 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.64 0.10 0.13 0.68 0.15 0.48 0.00 0.34 0.38 0.76 0.76 0.33 0.34 0.77 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00