ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.015, 0.031, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.003, 0.021, 0.039, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.021, 0.040, 0.059, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.031, 0.072, 0.112, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.072 std_dev=0.040
N4 A 0, 0.049, 0.101, 0.153, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.101 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.092, 0.221, 0.349, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.221 std_dev=0.129
C2' A 0, 0.175, 0.379, 0.583, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.379 std_dev=0.204
C4' A 0, 0.278, 0.511, 0.743, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.511 std_dev=0.233
O2' A 0, 0.360, 0.695, 1.030, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.695 std_dev=0.335
C3' A 0, 0.398, 0.740, 1.082, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.740 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.479, 0.857, 1.236, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.857 std_dev=0.378
O5' A 0, 0.475, 0.865, 1.255, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.865 std_dev=0.390
P A 0, 0.514, 0.987, 1.461, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.987 std_dev=0.473
C2 B 0, 0.381, 0.866, 1.351, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.866 std_dev=0.485
N3 B 0, 0.505, 0.996, 1.487, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.996 std_dev=0.491
N6 B 0, 0.544, 1.057, 1.571, 1.737 max_d=1.737 avg_d=1.057 std_dev=0.514
C6 B 0, 0.444, 0.967, 1.490, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.967 std_dev=0.523
OP2 A 0, 0.657, 1.184, 1.711, 1.612 max_d=1.612 avg_d=1.184 std_dev=0.527
N1 B 0, 0.295, 0.824, 1.354, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.824 std_dev=0.530
C4 B 0, 0.531, 1.080, 1.629, 1.721 max_d=1.721 avg_d=1.080 std_dev=0.549
C5 B 0, 0.548, 1.101, 1.653, 1.780 max_d=1.780 avg_d=1.101 std_dev=0.552
O3' A 0, 0.710, 1.294, 1.878, 1.921 max_d=1.921 avg_d=1.294 std_dev=0.584
N9 B 0, 0.676, 1.273, 1.870, 1.827 max_d=1.827 avg_d=1.273 std_dev=0.597
N7 B 0, 0.735, 1.343, 1.951, 1.956 max_d=1.956 avg_d=1.343 std_dev=0.608
C1' B 0, 0.790, 1.412, 2.034, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.412 std_dev=0.622
C8 B 0, 0.771, 1.414, 2.057, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.414 std_dev=0.643
OP1 A 0, 0.407, 1.059, 1.711, 1.929 max_d=1.929 avg_d=1.059 std_dev=0.652
O2' B 0, 0.898, 1.558, 2.218, 2.085 max_d=2.085 avg_d=1.558 std_dev=0.660
C2' B 0, 0.800, 1.528, 2.256, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.528 std_dev=0.728
O4' B 0, 1.016, 1.852, 2.688, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.852 std_dev=0.836
C4' B 0, 1.071, 2.148, 3.224, 3.596 max_d=3.596 avg_d=2.148 std_dev=1.077
C3' B 0, 0.811, 1.916, 3.021, 3.525 max_d=3.525 avg_d=1.916 std_dev=1.105
O3' B 0, 0.851, 2.086, 3.321, 3.954 max_d=3.954 avg_d=2.086 std_dev=1.235
C5' B 0, 1.123, 2.804, 4.484, 5.308 max_d=5.308 avg_d=2.804 std_dev=1.680
O5' B 0, 1.236, 3.884, 6.532, 7.827 max_d=7.827 avg_d=3.884 std_dev=2.648
P B 0, 1.641, 5.285, 8.930, 10.496 max_d=10.496 avg_d=5.285 std_dev=3.645
OP2 B 0, 1.835, 5.727, 9.618, 11.266 max_d=11.266 avg_d=5.727 std_dev=3.891
OP1 B 0, 2.199, 6.279, 10.358, 11.942 max_d=11.942 avg_d=6.279 std_dev=4.080

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.22 0.13
C2 0.04 0.00 0.05 0.09 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.09 0.04 0.05 0.04 0.21 0.10
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.12 0.06
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.13 0.07 0.10 0.15 0.10 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.02 0.03
C4 0.03 0.02 0.04 0.13 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.15 0.04 0.11 0.09 0.20 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.10 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.08 0.09 0.05
C5 0.03 0.02 0.05 0.14 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.16 0.06 0.13 0.08 0.19 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.07 0.14 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.03 0.02 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03 0.14 0.05 0.10 0.06 0.20 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.21 0.10
N3 0.04 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.07 0.12 0.03 0.08 0.05 0.20 0.10
N4 0.05 0.04 0.06 0.15 0.02 0.10 0.04 0.14 0.04 0.04 0.04 0.00 0.03 0.05 0.18 0.07 0.15 0.16 0.24 0.18
O2 0.06 0.01 0.10 0.10 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.12 0.12 0.06 0.06 0.05 0.22 0.12
O2' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.07 0.05 0.12 0.00 0.05 0.04 0.03 0.12 0.11 0.05
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.15 0.05 0.16 0.04 0.14 0.07 0.12 0.18 0.12 0.05 0.00 0.04 0.07 0.24 0.09 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04 0.04 0.00 0.05 0.08 0.24 0.16
O5' 0.04 0.05 0.03 0.04 0.11 0.01 0.13 0.01 0.10 0.05 0.08 0.15 0.06 0.03 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.04 0.10 0.15 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.04 0.05 0.16 0.05 0.12 0.24 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.21 0.12 0.02 0.20 0.09 0.19 0.03 0.20 0.21 0.20 0.24 0.22 0.11 0.09 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.10 0.06 0.03 0.12 0.05 0.11 0.02 0.09 0.10 0.10 0.18 0.12 0.05 0.10 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.20 0.24 0.28 0.14 0.27 0.08 0.26 0.18 0.26 0.24 0.16 0.28 0.15 0.22 0.24 0.32 0.31 0.69 1.55 1.07 1.07
C2 0.23 0.17 0.15 0.19 0.16 0.27 0.15 0.37 0.16 0.27 0.20 0.14 0.23 0.23 0.22 0.16 0.18 0.27 0.92 1.76 1.40 1.42
C2' 0.30 0.35 0.39 0.37 0.27 0.29 0.27 0.32 0.35 0.25 0.37 0.30 0.40 0.20 0.27 0.37 0.42 0.34 0.86 1.89 1.34 1.38
C3' 0.38 0.36 0.55 0.57 0.31 0.41 0.29 0.39 0.34 0.30 0.37 0.33 0.39 0.25 0.33 0.51 0.68 0.42 0.77 1.97 1.30 1.31
C4 0.22 0.20 0.14 0.16 0.16 0.24 0.16 0.33 0.19 0.25 0.23 0.16 0.23 0.21 0.20 0.15 0.15 0.25 0.89 1.79 1.42 1.40
C4' 0.39 0.28 0.52 0.64 0.25 0.48 0.20 0.46 0.25 0.29 0.29 0.28 0.31 0.17 0.32 0.47 0.76 0.45 0.57 1.55 0.91 0.86
C5 0.22 0.16 0.14 0.16 0.11 0.23 0.10 0.27 0.16 0.23 0.21 0.10 0.24 0.16 0.18 0.16 0.20 0.27 0.78 1.71 1.25 1.23
C5' 0.43 0.27 0.59 0.75 0.26 0.56 0.19 0.57 0.23 0.30 0.27 0.28 0.30 0.18 0.34 0.53 0.90 0.50 0.53 1.49 0.83 0.72
C6 0.24 0.16 0.19 0.24 0.10 0.25 0.06 0.27 0.16 0.23 0.21 0.10 0.25 0.14 0.19 0.20 0.28 0.29 0.73 1.65 1.15 1.13
N1 0.23 0.16 0.16 0.18 0.10 0.23 0.07 0.27 0.16 0.24 0.21 0.10 0.25 0.16 0.19 0.17 0.20 0.28 0.78 1.67 1.22 1.22
N3 0.25 0.21 0.20 0.25 0.21 0.30 0.21 0.42 0.21 0.29 0.23 0.19 0.23 0.26 0.24 0.20 0.24 0.28 0.98 1.83 1.51 1.51
N4 0.23 0.24 0.18 0.21 0.21 0.26 0.21 0.37 0.23 0.26 0.26 0.21 0.25 0.24 0.23 0.18 0.21 0.26 0.94 1.84 1.49 1.47
O2 0.25 0.18 0.20 0.27 0.19 0.31 0.18 0.44 0.18 0.30 0.21 0.16 0.24 0.27 0.24 0.19 0.26 0.28 0.98 1.75 1.45 1.48
O2' 0.31 0.40 0.40 0.38 0.31 0.28 0.31 0.27 0.39 0.24 0.42 0.35 0.41 0.20 0.28 0.37 0.43 0.32 0.83 1.76 1.21 1.27
O3' 0.46 0.44 0.73 0.73 0.41 0.46 0.39 0.43 0.42 0.37 0.44 0.42 0.44 0.36 0.41 0.67 0.87 0.46 0.84 2.18 1.46 1.46
O4' 0.35 0.19 0.36 0.46 0.18 0.39 0.10 0.39 0.15 0.30 0.21 0.19 0.25 0.17 0.28 0.35 0.53 0.40 0.57 1.38 0.84 0.78
O5' 0.38 0.23 0.54 0.66 0.22 0.48 0.16 0.47 0.21 0.27 0.24 0.23 0.28 0.16 0.29 0.48 0.81 0.45 0.57 1.66 0.98 0.91
OP1 0.41 0.23 0.60 0.77 0.23 0.53 0.16 0.53 0.20 0.27 0.23 0.25 0.27 0.15 0.31 0.54 0.96 0.48 0.60 1.66 0.94 0.83
OP2 0.41 0.33 0.53 0.62 0.30 0.48 0.26 0.47 0.31 0.32 0.34 0.31 0.36 0.25 0.34 0.49 0.76 0.47 0.60 1.74 1.04 0.99
P 0.41 0.28 0.56 0.71 0.26 0.53 0.20 0.52 0.24 0.30 0.28 0.28 0.30 0.19 0.33 0.51 0.87 0.48 0.55 1.59 0.90 0.81

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.22 0.35 0.09 0.24
C2 0.02 0.00 0.47 0.39 0.02 0.08 0.03 0.15 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.43 0.53 0.27 0.45 0.57 0.29 0.41
C2' 0.01 0.47 0.00 0.01 0.24 0.01 0.12 0.03 0.23 0.24 0.37 0.47 0.17 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.31 0.36 0.31 0.27
C3' 0.01 0.39 0.01 0.00 0.22 0.01 0.15 0.02 0.24 0.16 0.34 0.37 0.20 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.42 0.43 0.43 0.36
C4 0.01 0.02 0.24 0.22 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.27 0.15 0.45 0.60 0.35 0.51
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.01 0.03 0.30 0.31 0.06
C5 0.01 0.03 0.12 0.15 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.18 0.08 0.60 0.90 0.63 0.78
C5' 0.04 0.15 0.03 0.02 0.10 0.01 0.14 0.00 0.13 0.24 0.14 0.12 0.14 0.21 0.12 0.02 0.04 0.02 0.01 0.37 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.24 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.31 0.13 0.59 0.85 0.64 0.75
C8 0.01 0.04 0.24 0.16 0.02 0.09 0.01 0.24 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.21 0.21 0.15 0.77 1.19 0.76 0.98
N1 0.01 0.01 0.37 0.34 0.01 0.08 0.02 0.14 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.33 0.46 0.23 0.52 0.66 0.45 0.56
N3 0.03 0.01 0.47 0.37 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.42 0.48 0.25 0.39 0.49 0.21 0.33
N6 0.02 0.02 0.17 0.20 0.02 0.07 0.02 0.14 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.14 0.26 0.09 0.67 1.03 0.82 0.90
N7 0.01 0.03 0.13 0.09 0.02 0.08 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.13 0.12 0.07 0.78 1.27 0.88 1.05
N9 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.48 0.69 0.37 0.57
O2' 0.02 0.43 0.01 0.01 0.18 0.03 0.09 0.02 0.19 0.21 0.33 0.42 0.14 0.13 0.04 0.00 0.03 0.04 0.11 0.33 0.46 0.08
O3' 0.02 0.53 0.02 0.01 0.27 0.03 0.18 0.04 0.31 0.21 0.46 0.48 0.26 0.12 0.05 0.03 0.00 0.02 0.40 0.37 0.70 0.35
O4' 0.01 0.27 0.01 0.02 0.15 0.01 0.08 0.02 0.13 0.15 0.23 0.25 0.09 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.20 0.30 0.23 0.23
O5' 0.22 0.45 0.31 0.42 0.45 0.03 0.60 0.01 0.59 0.77 0.52 0.39 0.67 0.78 0.48 0.11 0.40 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.57 0.36 0.43 0.60 0.30 0.90 0.37 0.85 1.19 0.66 0.49 1.03 1.27 0.69 0.33 0.37 0.30 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.29 0.31 0.43 0.35 0.31 0.63 0.24 0.64 0.76 0.45 0.21 0.82 0.88 0.37 0.46 0.70 0.23 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.41 0.27 0.36 0.51 0.06 0.78 0.01 0.75 0.98 0.56 0.33 0.90 1.05 0.57 0.08 0.35 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00