ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54327

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N4 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.008, 0.028, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.048, 0.160, 0.273, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.160 std_dev=0.112
O4' A 0, 0.063, 0.178, 0.292, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.178 std_dev=0.115
C4' A 0, 0.136, 0.304, 0.471, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.304 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.085, 0.258, 0.430, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.258 std_dev=0.172
O2' A 0, 0.029, 0.202, 0.374, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.202 std_dev=0.173
O3' A 0, 0.123, 0.390, 0.657, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.390 std_dev=0.267
C6 B 0, 0.238, 0.511, 0.783, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.511 std_dev=0.273
C5 B 0, 0.252, 0.536, 0.819, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.536 std_dev=0.284
N7 B 0, 0.196, 0.489, 0.782, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.489 std_dev=0.293
N6 B 0, 0.185, 0.480, 0.776, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.480 std_dev=0.295
N1 B 0, 0.296, 0.593, 0.889, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.593 std_dev=0.296
C5' A 0, 0.260, 0.565, 0.870, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.565 std_dev=0.305
C8 B 0, 0.272, 0.587, 0.903, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.587 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.346, 0.684, 1.022, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.684 std_dev=0.338
N9 B 0, 0.369, 0.726, 1.083, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.726 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.365, 0.723, 1.080, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.723 std_dev=0.357
P B 0, 0.336, 0.718, 1.101, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.718 std_dev=0.382
N3 B 0, 0.407, 0.795, 1.183, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.795 std_dev=0.388
O4' B 0, 0.425, 0.843, 1.261, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.843 std_dev=0.418
C1' B 0, 0.466, 0.900, 1.335, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.900 std_dev=0.434
O5' B 0, 0.370, 0.818, 1.266, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.818 std_dev=0.448
P A 0, 0.535, 0.987, 1.439, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.987 std_dev=0.452
O5' A 0, 0.383, 0.857, 1.330, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.857 std_dev=0.474
OP2 A 0, 0.553, 1.030, 1.507, 1.460 max_d=1.460 avg_d=1.030 std_dev=0.477
C2' B 0, 0.606, 1.144, 1.683, 1.509 max_d=1.509 avg_d=1.144 std_dev=0.538
C4' B 0, 0.604, 1.196, 1.788, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.196 std_dev=0.592
OP1 A 0, 0.681, 1.287, 1.894, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.287 std_dev=0.607
C5' B 0, 0.610, 1.218, 1.827, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.218 std_dev=0.609
O2' B 0, 0.409, 1.049, 1.689, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.049 std_dev=0.640
C3' B 0, 0.721, 1.406, 2.091, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.406 std_dev=0.685
OP2 B 0, 0.847, 1.610, 2.373, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.610 std_dev=0.763
OP1 B 0, 1.048, 1.916, 2.784, 2.502 max_d=2.502 avg_d=1.916 std_dev=0.868
O3' B 0, 0.916, 1.815, 2.714, 2.911 max_d=2.911 avg_d=1.815 std_dev=0.899

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.16 0.34 0.06
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.06 0.04 0.21 0.10 0.51 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.15 0.20 0.34 0.07
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.03 0.01 0.02 0.22 0.22 0.33 0.11
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.06 0.28 0.26 0.65 0.31
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.12 0.07 0.08 0.12 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.18 0.34 0.06
C5 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.29 0.29 0.65 0.34
C5' 0.04 0.17 0.01 0.02 0.29 0.01 0.31 0.00 0.27 0.17 0.23 0.31 0.12 0.04 0.04 0.02 0.00 0.18 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.06 0.26 0.20 0.55 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.21 0.10 0.47 0.13
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.08 0.00 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05 0.25 0.17 0.59 0.23
N4 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.30 0.32 0.70 0.36
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.10 0.03 0.17 0.11 0.46 0.08
O2' 0.02 0.09 0.00 0.03 0.06 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.09 0.07 0.13 0.00 0.05 0.07 0.06 0.18 0.34 0.06
O3' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.10 0.05 0.00 0.01 0.18 0.24 0.31 0.12
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.03 0.07 0.01 0.00 0.11 0.17 0.31 0.09
O5' 0.13 0.21 0.15 0.22 0.28 0.01 0.29 0.00 0.26 0.21 0.25 0.30 0.17 0.06 0.18 0.11 0.00 0.05 0.02 0.00
OP1 0.16 0.10 0.20 0.22 0.26 0.18 0.29 0.18 0.20 0.10 0.17 0.32 0.11 0.18 0.24 0.17 0.05 0.00 0.02 0.00
OP2 0.34 0.51 0.34 0.33 0.65 0.34 0.65 0.39 0.55 0.47 0.59 0.70 0.46 0.34 0.31 0.31 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.06 0.14 0.07 0.11 0.31 0.06 0.34 0.02 0.24 0.13 0.23 0.36 0.08 0.06 0.12 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.09 0.14 0.19 0.12 0.16 0.07 0.05 0.10 0.17 0.11 0.11 0.20 0.09 0.17 0.18 0.18 0.22 0.15 0.35 0.17 0.16
C2 0.17 0.11 0.11 0.14 0.11 0.11 0.09 0.06 0.12 0.15 0.14 0.11 0.18 0.12 0.14 0.21 0.10 0.20 0.09 0.31 0.19 0.11
C2' 0.17 0.09 0.09 0.15 0.05 0.14 0.08 0.04 0.20 0.09 0.17 0.05 0.34 0.06 0.11 0.12 0.15 0.19 0.15 0.36 0.16 0.16
C3' 0.12 0.15 0.08 0.10 0.11 0.09 0.19 0.12 0.26 0.10 0.23 0.10 0.37 0.18 0.08 0.12 0.15 0.10 0.16 0.40 0.13 0.17
C4 0.13 0.14 0.11 0.09 0.10 0.07 0.10 0.10 0.14 0.12 0.17 0.12 0.18 0.10 0.11 0.21 0.06 0.17 0.06 0.29 0.16 0.05
C4' 0.10 0.12 0.08 0.07 0.08 0.09 0.15 0.09 0.22 0.08 0.19 0.07 0.32 0.15 0.06 0.13 0.24 0.09 0.15 0.41 0.12 0.17
C5 0.14 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.10 0.13 0.12 0.16 0.10 0.19 0.08 0.11 0.15 0.10 0.16 0.09 0.31 0.13 0.07
C5' 0.10 0.14 0.11 0.11 0.13 0.15 0.19 0.19 0.23 0.16 0.20 0.11 0.31 0.21 0.12 0.12 0.33 0.12 0.21 0.46 0.19 0.22
C6 0.17 0.10 0.09 0.12 0.08 0.11 0.06 0.07 0.12 0.13 0.14 0.09 0.19 0.07 0.12 0.15 0.13 0.18 0.11 0.33 0.13 0.09
N1 0.18 0.09 0.10 0.15 0.10 0.12 0.07 0.04 0.11 0.15 0.12 0.10 0.19 0.09 0.14 0.16 0.13 0.20 0.11 0.33 0.16 0.11
N3 0.14 0.14 0.12 0.12 0.11 0.08 0.11 0.09 0.13 0.14 0.16 0.12 0.18 0.12 0.12 0.24 0.07 0.18 0.06 0.29 0.18 0.07
N4 0.12 0.17 0.14 0.07 0.11 0.06 0.11 0.13 0.15 0.12 0.19 0.14 0.18 0.11 0.11 0.24 0.04 0.16 0.07 0.28 0.17 0.05
O2 0.18 0.11 0.12 0.18 0.13 0.14 0.12 0.08 0.11 0.17 0.13 0.12 0.17 0.14 0.16 0.23 0.13 0.23 0.11 0.31 0.22 0.14
O2' 0.21 0.13 0.14 0.17 0.08 0.19 0.13 0.08 0.26 0.13 0.22 0.09 0.41 0.07 0.14 0.16 0.23 0.23 0.16 0.34 0.18 0.18
O3' 0.13 0.23 0.14 0.12 0.21 0.11 0.30 0.16 0.35 0.21 0.30 0.18 0.43 0.31 0.16 0.17 0.20 0.10 0.19 0.42 0.14 0.19
O4' 0.19 0.08 0.13 0.15 0.09 0.12 0.06 0.05 0.12 0.13 0.12 0.09 0.20 0.07 0.14 0.18 0.20 0.16 0.13 0.38 0.12 0.14
O5' 0.09 0.15 0.06 0.07 0.08 0.12 0.12 0.16 0.19 0.06 0.19 0.10 0.27 0.10 0.05 0.15 0.26 0.07 0.19 0.44 0.14 0.21
OP1 0.32 0.31 0.33 0.35 0.34 0.38 0.39 0.35 0.39 0.40 0.35 0.31 0.44 0.43 0.35 0.29 0.59 0.36 0.35 0.50 0.22 0.29
OP2 0.31 0.32 0.28 0.30 0.28 0.25 0.26 0.27 0.27 0.25 0.29 0.31 0.27 0.24 0.28 0.33 0.14 0.27 0.36 0.60 0.45 0.44
P 0.09 0.13 0.11 0.11 0.13 0.16 0.19 0.16 0.22 0.17 0.18 0.11 0.29 0.22 0.12 0.11 0.35 0.13 0.19 0.45 0.11 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.18 0.00 0.08 0.12 0.10 0.05
C2 0.03 0.00 0.10 0.28 0.02 0.16 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.28 0.13 0.23 0.12 0.29 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.16 0.06 0.03 0.08 0.10 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.14 0.11 0.23 0.15
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.17 0.00 0.16 0.02 0.20 0.04 0.26 0.27 0.19 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.09 0.16 0.14 0.06
C4 0.01 0.02 0.06 0.17 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.08 0.05 0.15 0.12 0.17 0.08
C4' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.09 0.00 0.08 0.01 0.10 0.08 0.14 0.15 0.10 0.08 0.04 0.15 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.02
C5 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.06 0.02 0.17 0.20 0.18 0.11
C5' 0.07 0.18 0.16 0.02 0.17 0.01 0.20 0.00 0.21 0.18 0.20 0.15 0.23 0.21 0.15 0.07 0.13 0.01 0.01 0.16 0.15 0.03
C6 0.02 0.01 0.06 0.20 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.26 0.11 0.04 0.19 0.21 0.23 0.13
C8 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.20 0.09 0.14 0.20 0.12 0.09
N1 0.02 0.00 0.08 0.26 0.02 0.14 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.22 0.09 0.21 0.16 0.27 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.27 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.24 0.13 0.21 0.11 0.24 0.12
N6 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.10 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.09 0.02 0.20 0.26 0.23 0.16
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.13 0.06 0.17 0.24 0.15 0.12
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.11 0.02 0.11 0.12 0.12 0.05
O2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.23 0.15 0.21 0.07 0.26 0.07 0.32 0.32 0.25 0.12 0.11 0.00 0.06 0.09 0.14 0.17 0.15 0.08
O3' 0.18 0.28 0.02 0.01 0.08 0.01 0.06 0.13 0.11 0.20 0.22 0.24 0.09 0.13 0.11 0.06 0.00 0.14 0.06 0.17 0.21 0.10
O4' 0.00 0.13 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.09 0.09 0.13 0.02 0.06 0.02 0.09 0.14 0.00 0.10 0.16 0.11 0.11
O5' 0.08 0.23 0.14 0.09 0.15 0.01 0.17 0.01 0.19 0.14 0.21 0.21 0.20 0.17 0.11 0.14 0.06 0.10 0.00 0.04 0.03 0.00
OP1 0.12 0.12 0.11 0.16 0.12 0.10 0.20 0.16 0.21 0.20 0.16 0.11 0.26 0.24 0.12 0.17 0.17 0.16 0.04 0.00 0.02 0.00
OP2 0.10 0.29 0.23 0.14 0.17 0.12 0.18 0.15 0.23 0.12 0.27 0.24 0.23 0.15 0.12 0.15 0.21 0.11 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.14 0.15 0.06 0.08 0.02 0.11 0.03 0.13 0.09 0.14 0.12 0.16 0.12 0.05 0.08 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00