ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54328

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.046 std_dev=0.033
N4 A 0, 0.023, 0.061, 0.099, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.061 std_dev=0.038
C5 B 0, 0.271, 0.641, 1.012, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.641 std_dev=0.370
C2' A 0, 0.048, 0.473, 0.899, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.473 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.316, 0.754, 1.192, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.754 std_dev=0.438
N6 B 0, 0.342, 0.810, 1.278, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.810 std_dev=0.468
N7 B 0, 0.294, 0.765, 1.236, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.765 std_dev=0.471
O4' A 0, 0.017, 0.499, 0.981, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.499 std_dev=0.482
O2' A 0, 0.091, 0.605, 1.119, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.605 std_dev=0.514
C8 B 0, 0.408, 0.976, 1.544, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.976 std_dev=0.568
C4 B 0, 0.218, 0.812, 1.406, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.812 std_dev=0.594
C4' A 0, 0.075, 0.679, 1.284, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.679 std_dev=0.605
N9 B 0, 0.278, 0.943, 1.609, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.943 std_dev=0.665
C3' A 0, 0.090, 0.776, 1.461, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.776 std_dev=0.686
N1 B 0, 0.410, 1.116, 1.822, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.116 std_dev=0.706
N3 B 0, 0.230, 1.102, 1.975, 2.444 max_d=2.444 avg_d=1.102 std_dev=0.873
C2 B 0, 0.388, 1.264, 2.139, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.264 std_dev=0.876
O3' A 0, 0.143, 1.060, 1.977, 1.978 max_d=1.978 avg_d=1.060 std_dev=0.917
C1' B 0, 0.241, 1.265, 2.288, 2.858 max_d=2.858 avg_d=1.265 std_dev=1.024
C3' B 0, 0.675, 1.731, 2.787, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.731 std_dev=1.056
C2' B 0, 0.430, 1.504, 2.578, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.504 std_dev=1.074
O5' A 0, 0.153, 1.237, 2.320, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.237 std_dev=1.084
C5' A 0, 0.124, 1.209, 2.295, 2.299 max_d=2.299 avg_d=1.209 std_dev=1.086
O4' B 0, 0.446, 1.599, 2.753, 3.261 max_d=3.261 avg_d=1.599 std_dev=1.153
C4' B 0, 0.683, 1.856, 3.029, 3.254 max_d=3.254 avg_d=1.856 std_dev=1.173
C5' B 0, 0.848, 2.045, 3.243, 3.055 max_d=3.055 avg_d=2.045 std_dev=1.198
OP2 A 0, 0.250, 1.460, 2.670, 2.658 max_d=2.658 avg_d=1.460 std_dev=1.210
O3' B 0, 0.829, 2.098, 3.366, 3.414 max_d=3.414 avg_d=2.098 std_dev=1.269
P A 0, 0.233, 1.556, 2.880, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.556 std_dev=1.324
O2' B 0, 0.375, 1.756, 3.136, 3.871 max_d=3.871 avg_d=1.756 std_dev=1.381
O5' B 0, 1.024, 2.425, 3.826, 3.300 max_d=3.300 avg_d=2.425 std_dev=1.401
OP1 A 0, 0.265, 1.863, 3.461, 3.460 max_d=3.460 avg_d=1.863 std_dev=1.598
OP2 B 0, 0.949, 2.635, 4.321, 4.699 max_d=4.699 avg_d=2.635 std_dev=1.686
P B 0, 1.074, 2.855, 4.636, 4.908 max_d=4.908 avg_d=2.855 std_dev=1.781
OP1 B 0, 1.244, 3.626, 6.008, 6.691 max_d=6.691 avg_d=3.626 std_dev=2.382

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.07
C2 0.02 0.00 0.14 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.11 0.00 0.11 0.05 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.01 0.18 0.04 0.08 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.10 0.07
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.08 0.08 0.08
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04
C5 0.01 0.00 0.07 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.09 0.08 0.07 0.08
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C6 0.00 0.00 0.11 0.18 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.18 0.05 0.09 0.07 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06
N3 0.01 0.00 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.11 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08
N4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.09 0.09 0.09
O2 0.02 0.00 0.23 0.20 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.25 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.11 0.06 0.21 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02
O3' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.03 0.11 0.02 0.25 0.03 0.00 0.00 0.10 0.19 0.16 0.12
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.03 0.09 0.02 0.00 0.00 0.05 0.09 0.12 0.12
O5' 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.01 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.06 0.07 0.03 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.05 0.10 0.08 0.02 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.09 0.09 0.06 0.19 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.02 0.10 0.08 0.02 0.07 0.01 0.05 0.05 0.08 0.09 0.08 0.02 0.16 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.07 0.02 0.07 0.08 0.04 0.08 0.02 0.06 0.06 0.08 0.09 0.08 0.02 0.12 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.57 0.47 0.32 0.50 0.43 0.29 0.27 0.23 0.31 0.41 0.62 0.13 0.16 0.50 0.58 0.31 0.65 0.24 0.20 0.22 0.21
C2 0.44 0.35 0.31 0.23 0.36 0.35 0.28 0.24 0.24 0.35 0.29 0.38 0.17 0.27 0.39 0.37 0.21 0.52 0.34 0.64 0.74 0.60
C2' 0.87 0.82 0.69 0.50 0.81 0.61 0.62 0.38 0.55 0.59 0.68 0.89 0.31 0.44 0.79 0.79 0.47 0.89 0.34 0.37 0.29 0.35
C3' 1.15 0.90 0.97 0.80 0.94 0.94 0.70 0.68 0.56 0.79 0.70 1.02 0.30 0.56 1.00 1.07 0.78 1.22 0.53 0.42 0.12 0.37
C4 0.46 0.31 0.31 0.26 0.34 0.42 0.28 0.34 0.23 0.40 0.27 0.34 0.18 0.31 0.40 0.37 0.24 0.59 0.46 0.84 0.77 0.74
C4' 0.94 0.72 0.79 0.63 0.70 0.76 0.41 0.50 0.30 0.47 0.49 0.84 0.10 0.22 0.74 0.93 0.63 1.00 0.31 0.09 0.24 0.10
C5 0.55 0.40 0.39 0.31 0.41 0.48 0.30 0.38 0.24 0.40 0.31 0.45 0.17 0.28 0.46 0.47 0.29 0.67 0.42 0.66 0.48 0.56
C5' 1.03 0.71 0.91 0.78 0.73 0.93 0.44 0.70 0.30 0.55 0.47 0.85 0.09 0.29 0.80 1.04 0.80 1.13 0.45 0.08 0.29 0.05
C6 0.60 0.48 0.43 0.32 0.46 0.48 0.30 0.36 0.25 0.38 0.36 0.53 0.15 0.24 0.49 0.53 0.31 0.69 0.36 0.47 0.32 0.41
N1 0.55 0.47 0.40 0.29 0.44 0.42 0.30 0.29 0.25 0.35 0.36 0.51 0.15 0.22 0.46 0.49 0.28 0.63 0.31 0.43 0.41 0.40
N3 0.40 0.28 0.27 0.22 0.31 0.35 0.27 0.27 0.22 0.37 0.26 0.30 0.19 0.31 0.36 0.32 0.20 0.51 0.43 0.84 0.90 0.77
N4 0.43 0.27 0.29 0.26 0.31 0.42 0.27 0.37 0.22 0.42 0.26 0.29 0.19 0.35 0.39 0.33 0.23 0.57 0.54 1.01 0.91 0.88
O2 0.36 0.32 0.26 0.18 0.32 0.26 0.27 0.15 0.24 0.30 0.28 0.34 0.17 0.25 0.33 0.32 0.17 0.42 0.30 0.62 0.87 0.61
O2' 0.79 0.93 0.61 0.36 0.83 0.42 0.59 0.28 0.56 0.39 0.76 0.97 0.28 0.20 0.72 0.73 0.34 0.71 0.27 0.25 0.23 0.25
O3' 1.40 1.10 1.21 0.99 1.14 1.14 0.84 0.81 0.70 0.95 0.86 1.24 0.40 0.66 1.22 1.31 0.96 1.47 0.56 0.34 0.05 0.29
O4' 0.69 0.53 0.55 0.42 0.49 0.54 0.24 0.34 0.14 0.31 0.32 0.62 0.18 0.13 0.52 0.68 0.42 0.74 0.24 0.12 0.17 0.14
O5' 1.03 0.69 0.89 0.78 0.73 0.96 0.49 0.77 0.34 0.63 0.47 0.82 0.11 0.40 0.82 1.00 0.79 1.15 0.58 0.38 0.09 0.30
OP1 1.11 0.73 0.99 0.89 0.77 1.08 0.50 0.90 0.35 0.65 0.49 0.88 0.11 0.40 0.87 1.12 0.92 1.25 0.64 0.32 0.37 0.21
OP2 0.98 0.63 0.83 0.74 0.69 0.94 0.48 0.79 0.33 0.63 0.43 0.76 0.13 0.42 0.79 0.94 0.76 1.12 0.64 0.56 0.01 0.43
P 1.04 0.69 0.91 0.81 0.73 0.99 0.48 0.81 0.34 0.63 0.47 0.83 0.10 0.39 0.82 1.03 0.83 1.17 0.60 0.35 0.19 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.18 0.84 0.15
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.08 0.18 1.19 0.42
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.18 0.18 1.24 0.47
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.09 0.07 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.28 0.38 1.23 0.61
C4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.16 1.07 0.37
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.03 0.24 0.48 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.11 0.32 1.05 0.45
C5' 0.05 0.14 0.03 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.18 0.15 0.17 0.12 0.20 0.17 0.12 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.11 0.37 1.10 0.49
C8 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.09 0.22 0.84 0.35
N1 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.07 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02 0.10 0.31 1.18 0.47
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.09 1.14 0.35
N6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.02 0.09 0.02 0.20 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.09 0.02 0.12 0.48 1.05 0.53
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.07 0.00 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.11 0.37 0.91 0.45
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.08 0.95 0.29
O2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.09 0.07 0.06 0.14 1.04 0.24
O3' 0.04 0.09 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.09 0.08 0.09 0.05 0.04 0.09 0.00 0.05 0.31 0.44 1.21 0.63
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.11 0.48 0.41 0.16
O5' 0.02 0.08 0.18 0.28 0.08 0.03 0.11 0.01 0.11 0.09 0.10 0.07 0.12 0.11 0.06 0.06 0.31 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.18 0.18 0.18 0.38 0.16 0.24 0.32 0.07 0.37 0.22 0.31 0.09 0.48 0.37 0.08 0.14 0.44 0.48 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.84 1.19 1.24 1.23 1.07 0.48 1.05 0.10 1.10 0.84 1.18 1.14 1.05 0.91 0.95 1.04 1.21 0.41 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.42 0.47 0.61 0.37 0.02 0.45 0.01 0.49 0.35 0.47 0.35 0.53 0.45 0.29 0.24 0.63 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00