ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54329

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O2' A 0, 0.000, 0.374, 0.749, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.374 std_dev=0.374
O4' A 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.382 std_dev=0.382
N9 B 0, 0.000, 0.500, 1.000, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.500 std_dev=0.500
C5 B 0, 0.000, 0.502, 1.004, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.502 std_dev=0.502
C1' B 0, 0.000, 0.517, 1.034, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.517 std_dev=0.517
N6 B 0, 0.000, 0.524, 1.047, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.524 std_dev=0.524
N7 B 0, 0.000, 0.540, 1.079, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.540 std_dev=0.540
C8 B 0, 0.000, 0.549, 1.098, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.549 std_dev=0.549
O4' B 0, 0.000, 0.551, 1.102, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.551 std_dev=0.551
C6 B 0, 0.000, 0.553, 1.106, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.553 std_dev=0.553
C4 B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.554 std_dev=0.554
C4' A 0, 0.000, 0.576, 1.152, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.576 std_dev=0.576
C3' A 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O2' B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.651 std_dev=0.651
P B 0, 0.000, 0.666, 1.333, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.666 std_dev=0.666
OP1 B 0, 0.000, 0.715, 1.430, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.715 std_dev=0.715
N1 B 0, 0.000, 0.732, 1.463, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.732 std_dev=0.732
N3 B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C2' B 0, 0.000, 0.740, 1.480, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.740 std_dev=0.740
C4' B 0, 0.000, 0.788, 1.577, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.788 std_dev=0.788
C2 B 0, 0.000, 0.834, 1.668, 1.669 max_d=1.669 avg_d=0.834 std_dev=0.834
O3' A 0, 0.000, 0.836, 1.673, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.836 std_dev=0.836
C3' B 0, 0.000, 0.920, 1.840, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.920 std_dev=0.920
C5' B 0, 0.000, 0.922, 1.844, 1.847 max_d=1.847 avg_d=0.922 std_dev=0.922
O5' A 0, 0.000, 0.935, 1.870, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.935 std_dev=0.935
C5' A 0, 0.000, 0.954, 1.909, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.954 std_dev=0.954
OP2 A 0, 0.000, 0.990, 1.979, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.990 std_dev=0.990
P A 0, 0.000, 1.093, 2.185, 2.190 max_d=2.190 avg_d=1.093 std_dev=1.093
O5' B 0, 0.000, 1.100, 2.200, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.100 std_dev=1.100
O3' B 0, 0.000, 1.211, 2.423, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.211 std_dev=1.211
OP2 B 0, 0.000, 1.246, 2.493, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.246 std_dev=1.246
OP1 A 0, 0.000, 1.280, 2.559, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.280 std_dev=1.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.15 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.03 0.21 0.00 0.03 0.00 0.04 0.10 0.06 0.03
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.11 0.02 0.13 0.05 0.21 0.02 0.00 0.00 0.02 0.12 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.08 0.09 0.09 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.02 0.11 0.12 0.10 0.08
C5' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.10 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.12 0.11 0.07 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.07 0.04 0.02
N3 0.01 0.00 0.10 0.13 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.08 0.10 0.11 0.09
O2 0.02 0.00 0.21 0.21 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.23 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.16 0.00 0.10 0.00 0.03 0.08 0.04 0.01
O3' 0.03 0.15 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.11 0.02 0.16 0.09 0.23 0.10 0.00 0.02 0.03 0.09 0.02 0.00
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06
O5' 0.04 0.04 0.04 0.02 0.08 0.00 0.11 0.01 0.12 0.06 0.05 0.08 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.10 0.12 0.09 0.04 0.12 0.03 0.11 0.07 0.06 0.10 0.03 0.08 0.09 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.04 0.06 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.07 0.04 0.06 0.11 0.03 0.04 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.25 0.13 0.06 0.17 0.02 0.01 0.14 0.01 0.10 0.13 0.28 0.17 0.21 0.12 0.20 0.05 0.10 0.18 0.55 1.05 0.29
C2 0.29 0.35 0.27 0.25 0.31 0.18 0.22 0.05 0.19 0.16 0.27 0.37 0.04 0.09 0.28 0.29 0.26 0.23 0.00 0.57 1.08 0.20
C2' 0.31 0.37 0.25 0.16 0.33 0.12 0.21 0.07 0.19 0.13 0.28 0.40 0.07 0.06 0.30 0.30 0.14 0.23 0.13 0.59 0.94 0.23
C3' 0.25 0.29 0.21 0.15 0.26 0.11 0.16 0.02 0.15 0.12 0.22 0.32 0.05 0.06 0.24 0.26 0.12 0.20 0.08 0.89 0.59 0.02
C4 0.27 0.41 0.26 0.22 0.33 0.14 0.25 0.01 0.27 0.16 0.36 0.41 0.17 0.13 0.27 0.28 0.23 0.20 0.06 0.61 1.05 0.21
C4' 0.11 0.12 0.09 0.04 0.07 0.01 0.06 0.10 0.08 0.10 0.02 0.16 0.20 0.18 0.06 0.14 0.01 0.06 0.11 0.91 0.59 0.02
C5 0.22 0.40 0.19 0.12 0.29 0.05 0.19 0.11 0.22 0.07 0.33 0.39 0.10 0.03 0.22 0.23 0.12 0.13 0.18 0.59 1.04 0.28
C5' 0.09 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.08 0.04 0.11 0.08 0.03 0.12 0.23 0.17 0.04 0.13 0.02 0.06 0.05 1.10 0.37 0.13
C6 0.20 0.37 0.16 0.07 0.25 0.01 0.13 0.16 0.15 0.01 0.28 0.36 0.02 0.05 0.18 0.21 0.06 0.10 0.23 0.57 1.05 0.31
N1 0.23 0.34 0.19 0.13 0.26 0.07 0.12 0.08 0.12 0.03 0.24 0.35 0.03 0.05 0.20 0.24 0.13 0.15 0.14 0.57 1.07 0.27
N3 0.31 0.39 0.30 0.28 0.35 0.21 0.28 0.08 0.27 0.21 0.34 0.40 0.16 0.18 0.30 0.30 0.31 0.24 0.03 0.60 1.06 0.17
N4 0.29 0.43 0.28 0.25 0.35 0.17 0.29 0.04 0.31 0.20 0.39 0.42 0.24 0.18 0.29 0.29 0.28 0.22 0.03 0.62 1.02 0.18
O2 0.32 0.31 0.31 0.31 0.32 0.25 0.24 0.14 0.17 0.22 0.22 0.35 0.02 0.14 0.31 0.31 0.34 0.27 0.09 0.54 1.09 0.16
O2' 0.29 0.32 0.21 0.09 0.27 0.05 0.11 0.17 0.10 0.02 0.21 0.36 0.02 0.09 0.24 0.29 0.06 0.20 0.22 0.41 1.05 0.35
O3' 0.20 0.23 0.16 0.11 0.21 0.08 0.15 0.02 0.13 0.13 0.18 0.25 0.07 0.09 0.20 0.20 0.08 0.16 0.07 1.01 0.36 0.09
O4' 0.07 0.09 0.04 0.01 0.02 0.05 0.15 0.16 0.17 0.20 0.04 0.13 0.31 0.31 0.01 0.10 0.03 0.01 0.18 0.72 0.86 0.18
O5' 0.12 0.12 0.10 0.07 0.09 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.16 0.19 0.13 0.08 0.15 0.05 0.08 0.06 1.08 0.46 0.09
OP1 0.06 0.09 0.04 0.01 0.04 0.04 0.08 0.11 0.10 0.09 0.01 0.12 0.22 0.16 0.02 0.09 0.05 0.02 0.13 1.13 0.27 0.12
OP2 0.15 0.20 0.12 0.08 0.14 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.10 0.23 0.12 0.07 0.12 0.17 0.06 0.10 0.10 1.04 0.50 0.04
P 0.13 0.15 0.11 0.07 0.11 0.03 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.19 0.18 0.12 0.09 0.16 0.04 0.09 0.07 1.10 0.40 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 1.03 0.28
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 1.36 0.40
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.03 0.09 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.27 1.08 0.37
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.14 0.12 0.12 0.05 0.16 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.05 0.34 1.01 0.38
C4 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.02 0.05 1.30 0.35
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.10 0.62 0.14
C5 0.00 0.01 0.07 0.13 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.02 0.01 0.14 1.31 0.33
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.01 0.37 0.38 0.00
C6 0.00 0.00 0.08 0.14 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.02 0.01 0.11 1.35 0.35
C8 0.01 0.01 0.05 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.03 0.01 0.28 1.16 0.26
N1 0.01 0.00 0.07 0.12 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 1.38 0.38
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.07 1.31 0.39
N6 0.01 0.00 0.09 0.16 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.23 0.04 0.01 0.17 1.33 0.32
N7 0.01 0.01 0.07 0.15 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.20 0.03 0.01 0.28 1.22 0.26
N9 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.02 0.12 1.20 0.31
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.07 0.22 0.79 0.23
O3' 0.02 0.09 0.02 0.00 0.10 0.02 0.17 0.03 0.19 0.15 0.15 0.05 0.23 0.20 0.08 0.06 0.00 0.02 0.01 0.58 0.66 0.30
O4' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.29 0.77 0.14
O5' 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.06 0.07 0.27 0.34 0.05 0.10 0.14 0.37 0.11 0.28 0.01 0.07 0.17 0.28 0.12 0.22 0.58 0.29 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 1.03 1.36 1.08 1.01 1.30 0.62 1.31 0.38 1.35 1.16 1.38 1.31 1.33 1.22 1.20 0.79 0.66 0.77 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.40 0.37 0.38 0.35 0.14 0.33 0.00 0.35 0.26 0.38 0.39 0.32 0.26 0.31 0.23 0.30 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00