ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 9, 10, 9, 8, 0, 3, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.007, 0.009, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.005, 0.007, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N4 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.014
O3' A 0, 0.077, 0.163, 0.249, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.163 std_dev=0.086
C3' A 0, 0.083, 0.180, 0.277, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.180 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.035, 0.134, 0.233, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.134 std_dev=0.099
C4' A 0, 0.070, 0.178, 0.286, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.178 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.066, 0.184, 0.301, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.184 std_dev=0.117
N4 B 0, 0.417, 0.579, 0.740, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.579 std_dev=0.162
C4 B 0, 0.447, 0.628, 0.809, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.628 std_dev=0.181
O2' A 0, 0.108, 0.308, 0.508, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.308 std_dev=0.200
N3 B 0, 0.488, 0.690, 0.891, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.690 std_dev=0.202
C5' A 0, 0.150, 0.363, 0.575, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.363 std_dev=0.212
C5 B 0, 0.415, 0.628, 0.841, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.628 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.517, 0.753, 0.989, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.753 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.443, 0.683, 0.924, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.683 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.505, 0.750, 0.996, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.750 std_dev=0.246
O5' A 0, 0.165, 0.425, 0.686, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.425 std_dev=0.261
O2 B 0, 0.544, 0.821, 1.098, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.821 std_dev=0.277
C1' B 0, 0.561, 0.848, 1.135, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.848 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.300, 0.588, 0.877, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.588 std_dev=0.288
O4' B 0, 0.621, 0.910, 1.200, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.910 std_dev=0.290
P A 0, 0.142, 0.455, 0.768, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.455 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.762, 1.083, 1.404, 2.127 max_d=2.127 avg_d=1.083 std_dev=0.321
C4' B 0, 0.697, 1.028, 1.359, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.028 std_dev=0.331
C5' B 0, 0.742, 1.077, 1.413, 2.095 max_d=2.095 avg_d=1.077 std_dev=0.336
C2' B 0, 0.613, 0.949, 1.285, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.949 std_dev=0.336
P B 0, 0.835, 1.175, 1.514, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.175 std_dev=0.339
C3' B 0, 0.687, 1.036, 1.385, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.036 std_dev=0.349
OP2 B 0, 0.716, 1.074, 1.433, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.074 std_dev=0.358
OP2 A 0, 0.106, 0.482, 0.857, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.482 std_dev=0.376
O2' B 0, 0.661, 1.039, 1.418, 2.306 max_d=2.306 avg_d=1.039 std_dev=0.379
OP1 B 0, 1.006, 1.388, 1.770, 2.715 max_d=2.715 avg_d=1.388 std_dev=0.382
O3' B 0, 0.735, 1.145, 1.556, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.145 std_dev=0.410

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.15 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.04 0.09 0.18 0.09 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.04 0.05
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.12 0.21 0.15 0.14
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.13 0.22 0.16 0.15
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.04 0.12 0.21 0.13 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.18 0.09 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.10 0.19 0.12 0.12
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.13 0.22 0.17 0.16
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.07 0.07 0.16 0.07 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.13 0.00 0.03 0.01 0.05 0.14 0.05 0.06
O3' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.04 0.12 0.05 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.14 0.06 0.06
O5' 0.05 0.09 0.04 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.12 0.09 0.10 0.13 0.07 0.05 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.18 0.14 0.11 0.21 0.10 0.22 0.05 0.21 0.18 0.19 0.22 0.16 0.14 0.12 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.05 0.15 0.04 0.16 0.04 0.13 0.09 0.12 0.17 0.07 0.05 0.05 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.05 0.04 0.14 0.03 0.15 0.01 0.13 0.09 0.12 0.16 0.07 0.06 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.10 0.10 0.12 0.09
C2 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.08
C2' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07
C3' 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09
C4 0.08 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.09
C4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.12 0.10
C5 0.08 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.07 0.11 0.13 0.15 0.12
C5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.11 0.09 0.12 0.09
C6 0.07 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.13 0.15 0.12
N1 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.07 0.06 0.09 0.10 0.12 0.09
N3 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08
N4 0.09 0.10 0.12 0.11 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.08 0.12 0.12 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10
O2 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.09 0.09 0.09
O2' 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.07 0.08 0.11 0.07
O3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.11 0.14 0.11
O4' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.13 0.10
O5' 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08
OP1 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.14 0.15 0.13 0.14 0.14 0.16 0.16 0.16 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.12
OP2 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.11 0.10 0.12 0.09 0.08 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.13 0.11
P 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.11 0.13 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.12 0.13 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.07 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.10 0.10 0.08
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.10 0.11 0.09
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.11 0.13 0.15 0.12
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.09 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.07 0.02 0.03 0.10 0.01 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.11 0.06 0.02 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.06 0.07 0.11 0.04 0.12 0.03 0.10 0.07 0.10 0.13 0.07 0.05 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.09 0.05 0.05 0.13 0.02 0.13 0.01 0.10 0.07 0.11 0.15 0.08 0.04 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.04 0.11 0.01 0.11 0.01 0.08 0.06 0.09 0.12 0.06 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00