ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54334

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N4 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.012, 0.025, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 B 0, 0.507, 0.808, 1.110, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.808 std_dev=0.301
O4' A 0, 0.163, 0.478, 0.793, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.478 std_dev=0.315
C3' A 0, 0.307, 0.632, 0.958, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.632 std_dev=0.325
C2' A 0, 0.177, 0.517, 0.858, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.517 std_dev=0.341
O3' A 0, 0.314, 0.676, 1.039, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.676 std_dev=0.363
N4 B 0, 0.542, 0.908, 1.274, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.908 std_dev=0.366
C4' A 0, 0.350, 0.747, 1.144, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.747 std_dev=0.397
C2 B 0, 0.508, 0.906, 1.304, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.906 std_dev=0.398
N1 B 0, 0.511, 0.910, 1.309, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.910 std_dev=0.399
N3 B 0, 0.500, 0.906, 1.312, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.906 std_dev=0.406
C6 B 0, 0.546, 0.994, 1.441, 1.483 max_d=1.483 avg_d=0.994 std_dev=0.447
O4' B 0, 0.492, 0.940, 1.387, 1.489 max_d=1.489 avg_d=0.940 std_dev=0.447
C5 B 0, 0.392, 0.855, 1.318, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.855 std_dev=0.463
C1' B 0, 0.546, 1.049, 1.553, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.049 std_dev=0.504
O2' A 0, 0.354, 0.862, 1.369, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.862 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.240, 0.750, 1.261, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.750 std_dev=0.510
O2 B 0, 0.553, 1.104, 1.656, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.104 std_dev=0.551
C5' B 0, 0.309, 0.867, 1.425, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.867 std_dev=0.558
P B 0, 0.225, 0.810, 1.395, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.810 std_dev=0.585
C2' B 0, 0.431, 1.080, 1.729, 2.078 max_d=2.078 avg_d=1.080 std_dev=0.649
C3' B 0, 0.192, 0.869, 1.547, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.869 std_dev=0.677
C5' A 0, 0.639, 1.357, 2.074, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.357 std_dev=0.717
O3' B 0, 0.190, 0.928, 1.667, 1.794 max_d=1.794 avg_d=0.928 std_dev=0.738
O5' A 0, 0.864, 1.607, 2.351, 2.787 max_d=2.787 avg_d=1.607 std_dev=0.743
O2' B 0, 0.423, 1.259, 2.095, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.259 std_dev=0.836
P A 0, 0.813, 1.764, 2.716, 3.317 max_d=3.317 avg_d=1.764 std_dev=0.952
O5' B 0, 0.189, 1.178, 2.167, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.178 std_dev=0.989
OP1 B 0, 0.202, 1.231, 2.260, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.231 std_dev=1.029
OP2 A 0, 0.675, 1.714, 2.753, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.714 std_dev=1.039
OP1 A 0, 1.045, 2.143, 3.241, 3.900 max_d=3.900 avg_d=2.143 std_dev=1.098
OP2 B 0, 0.176, 1.356, 2.537, 2.954 max_d=2.954 avg_d=1.356 std_dev=1.180

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.11 0.22 0.43 0.20
C2 0.02 0.00 0.14 0.06 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.31 0.21 0.15 0.43 0.54 0.79 0.57
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.02 0.15 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.04 0.01 0.20 0.18 0.28 0.09
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.04 0.05 0.14 0.01 0.02 0.00 0.20 0.12 0.17 0.06
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.42 0.68 0.92 0.66
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.10 0.08 0.13 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.20 0.04
C5 0.01 0.00 0.11 0.11 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.03 0.11 0.27 0.58 0.80 0.50
C5' 0.03 0.23 0.02 0.01 0.22 0.01 0.14 0.00 0.10 0.12 0.26 0.25 0.26 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.04 0.16 0.19 0.43 0.64 0.34
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.00 0.26 0.41 0.64 0.40
N3 0.02 0.00 0.10 0.04 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.19 0.11 0.49 0.66 0.91 0.68
N4 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.45 0.75 0.96 0.72
O2 0.03 0.00 0.24 0.14 0.01 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.51 0.33 0.25 0.46 0.51 0.75 0.57
O2' 0.02 0.31 0.00 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.19 0.06 0.26 0.09 0.51 0.00 0.04 0.02 0.22 0.18 0.29 0.11
O3' 0.10 0.21 0.04 0.02 0.09 0.04 0.03 0.04 0.04 0.10 0.19 0.09 0.33 0.04 0.00 0.05 0.18 0.11 0.16 0.07
O4' 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.25 0.02 0.05 0.00 0.14 0.14 0.34 0.16
O5' 0.11 0.43 0.20 0.20 0.42 0.02 0.27 0.00 0.19 0.26 0.49 0.45 0.46 0.22 0.18 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.22 0.54 0.18 0.12 0.68 0.06 0.58 0.06 0.43 0.41 0.66 0.75 0.51 0.18 0.11 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.43 0.79 0.28 0.17 0.92 0.20 0.80 0.13 0.64 0.64 0.91 0.96 0.75 0.29 0.16 0.34 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.20 0.57 0.09 0.06 0.66 0.04 0.50 0.01 0.34 0.40 0.68 0.72 0.57 0.11 0.07 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.14 0.21 0.47 0.07 0.22 0.11 0.34 0.17 0.18 0.09 0.07 0.16 0.32 0.57 0.19 0.74 0.15 1.09 0.53
C2 0.16 0.18 0.14 0.59 0.20 0.35 0.15 0.44 0.15 0.15 0.21 0.24 0.19 0.32 0.58 0.19 0.78 0.27 1.15 0.55
C2' 0.37 0.30 0.45 0.28 0.20 0.10 0.25 0.15 0.33 0.34 0.24 0.14 0.32 0.50 0.52 0.32 0.40 0.21 0.46 0.17
C3' 0.42 0.36 0.49 0.14 0.23 0.09 0.25 0.08 0.34 0.39 0.29 0.17 0.39 0.42 0.42 0.38 0.32 0.48 0.16 0.03
C4 0.18 0.22 0.14 0.57 0.22 0.33 0.18 0.43 0.17 0.17 0.24 0.25 0.24 0.30 0.56 0.19 0.80 0.09 1.04 0.48
C4' 0.14 0.16 0.16 0.38 0.13 0.20 0.11 0.37 0.07 0.13 0.15 0.16 0.20 0.11 0.48 0.15 0.82 0.31 0.66 0.31
C5 0.16 0.15 0.16 0.50 0.15 0.26 0.16 0.38 0.17 0.15 0.16 0.18 0.17 0.29 0.54 0.16 0.78 0.08 0.96 0.43
C5' 0.17 0.22 0.15 0.34 0.24 0.22 0.21 0.32 0.13 0.16 0.25 0.30 0.26 0.19 0.39 0.19 0.74 0.71 0.44 0.10
C6 0.17 0.13 0.18 0.48 0.10 0.22 0.15 0.35 0.16 0.15 0.10 0.12 0.14 0.29 0.55 0.17 0.76 0.09 0.95 0.43
N1 0.15 0.10 0.16 0.52 0.09 0.27 0.12 0.39 0.14 0.12 0.08 0.13 0.11 0.30 0.57 0.15 0.77 0.12 1.08 0.51
N3 0.19 0.25 0.15 0.61 0.25 0.37 0.19 0.46 0.17 0.20 0.29 0.30 0.28 0.32 0.57 0.22 0.79 0.23 1.11 0.53
N4 0.20 0.27 0.15 0.58 0.26 0.35 0.20 0.45 0.18 0.21 0.30 0.29 0.30 0.30 0.55 0.21 0.81 0.08 1.03 0.48
O2 0.18 0.24 0.15 0.63 0.27 0.40 0.18 0.45 0.17 0.19 0.28 0.32 0.24 0.35 0.59 0.22 0.74 0.44 1.20 0.58
O2' 0.58 0.53 0.67 0.28 0.43 0.21 0.46 0.13 0.54 0.56 0.47 0.35 0.55 0.80 0.57 0.48 0.17 0.09 0.29 0.15
O3' 0.70 0.67 0.73 0.08 0.53 0.24 0.52 0.09 0.64 0.69 0.60 0.44 0.71 0.66 0.40 0.63 0.01 0.01 0.01 0.00
O4' 0.13 0.16 0.10 0.62 0.21 0.38 0.22 0.53 0.17 0.13 0.19 0.25 0.16 0.08 0.62 0.15 1.05 0.10 1.17 0.63
O5' 0.33 0.51 0.16 0.44 0.55 0.31 0.44 0.32 0.33 0.38 0.57 0.62 0.53 0.27 0.48 0.33 0.72 0.87 0.39 0.05
OP1 0.21 0.36 0.24 0.21 0.45 0.20 0.35 0.19 0.20 0.23 0.45 0.57 0.39 0.21 0.27 0.22 0.46 1.30 0.13 0.30
OP2 0.39 0.64 0.22 0.49 0.77 0.33 0.62 0.33 0.46 0.49 0.77 0.91 0.64 0.29 0.56 0.35 0.73 0.89 0.48 0.18
P 0.27 0.49 0.14 0.34 0.59 0.21 0.46 0.23 0.32 0.35 0.59 0.70 0.51 0.23 0.37 0.25 0.63 1.03 0.32 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.35 0.00 0.06 0.39 0.35 0.08
C2 0.03 0.00 0.06 0.13 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.37 0.34 0.05 0.27 0.56 0.82 0.33
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.20 0.06 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.04 0.02 0.43 0.49 0.04 0.10
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.38 0.00 0.49 0.00 0.46 0.23 0.23 0.41 0.10 0.02 0.01 0.02 0.08 0.96 0.46 0.43
C4 0.02 0.01 0.02 0.38 0.00 0.19 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.46 0.07 0.02 0.55 0.68 1.19 0.56
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.19 0.00 0.27 0.00 0.25 0.10 0.09 0.21 0.10 0.31 0.02 0.00 0.01 0.41 0.25 0.16
C5 0.01 0.00 0.04 0.49 0.00 0.27 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.29 0.05 0.62 0.67 1.20 0.58
C5' 0.05 0.09 0.20 0.00 0.28 0.00 0.35 0.00 0.28 0.12 0.18 0.32 0.06 0.10 0.20 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.46 0.00 0.25 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.25 0.06 0.49 0.59 0.92 0.44
N1 0.01 0.01 0.01 0.23 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.12 0.01 0.26 0.53 0.71 0.28
N3 0.03 0.00 0.05 0.23 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.45 0.20 0.04 0.41 0.64 1.03 0.46
N4 0.02 0.01 0.03 0.41 0.00 0.21 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.50 0.12 0.03 0.62 0.72 1.30 0.63
O2 0.05 0.00 0.10 0.10 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.33 0.66 0.09 0.13 0.50 0.68 0.23
O2' 0.02 0.37 0.00 0.02 0.46 0.31 0.38 0.10 0.28 0.25 0.45 0.50 0.33 0.00 0.04 0.23 0.33 0.65 0.16 0.08
O3' 0.35 0.34 0.04 0.01 0.07 0.02 0.29 0.20 0.25 0.12 0.20 0.12 0.66 0.04 0.00 0.23 0.15 1.50 0.74 0.78
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.09 0.23 0.23 0.00 0.12 0.18 0.32 0.07
O5' 0.06 0.27 0.43 0.08 0.55 0.01 0.62 0.01 0.49 0.26 0.41 0.62 0.13 0.33 0.15 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.39 0.56 0.49 0.96 0.68 0.41 0.67 0.04 0.59 0.53 0.64 0.72 0.50 0.65 1.50 0.18 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.82 0.04 0.46 1.19 0.25 1.20 0.04 0.92 0.71 1.03 1.30 0.68 0.16 0.74 0.32 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.08 0.33 0.10 0.43 0.56 0.16 0.58 0.01 0.44 0.28 0.46 0.63 0.23 0.08 0.78 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00