ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54335

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.004, 0.032, 0.060, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.028
C6 A 0, 0.006, 0.037, 0.069, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.008, 0.039, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.007, 0.041, 0.075, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.041 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.008, 0.043, 0.078, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.043 std_dev=0.035
O2 A 0, 0.021, 0.092, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.092 std_dev=0.072
N4 A 0, 0.017, 0.117, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.117 std_dev=0.100
O4' A 0, 0.136, 0.343, 0.549, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.343 std_dev=0.207
C2' A 0, 0.145, 0.495, 0.844, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.495 std_dev=0.350
C3' A 0, 0.231, 0.597, 0.964, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.597 std_dev=0.367
C4' A 0, 0.224, 0.624, 1.023, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.624 std_dev=0.399
C6 B 0, 0.288, 0.837, 1.386, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.837 std_dev=0.549
O5' A 0, 0.394, 0.964, 1.533, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.964 std_dev=0.570
C5 B 0, 0.390, 0.963, 1.536, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.963 std_dev=0.573
C5' A 0, 0.320, 0.940, 1.559, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.940 std_dev=0.619
N1 B 0, 0.457, 1.107, 1.756, 1.665 max_d=1.665 avg_d=1.107 std_dev=0.650
C1' B 0, 0.395, 1.060, 1.724, 1.816 max_d=1.816 avg_d=1.060 std_dev=0.664
O3' A 0, 0.324, 1.003, 1.682, 1.738 max_d=1.738 avg_d=1.003 std_dev=0.679
C2' B 0, 0.484, 1.200, 1.916, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.200 std_dev=0.716
C3' B 0, 0.426, 1.160, 1.895, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.160 std_dev=0.735
O4' B 0, 0.270, 1.034, 1.799, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.034 std_dev=0.765
O2' B 0, 0.554, 1.323, 2.093, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.323 std_dev=0.770
O3' B 0, 0.534, 1.322, 2.110, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.322 std_dev=0.788
C4' B 0, 0.298, 1.088, 1.879, 2.170 max_d=2.170 avg_d=1.088 std_dev=0.790
P A 0, 0.224, 1.080, 1.937, 2.355 max_d=2.355 avg_d=1.080 std_dev=0.857
C5' B 0, 0.226, 1.129, 2.032, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.129 std_dev=0.903
C4 B 0, 0.531, 1.438, 2.345, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.438 std_dev=0.907
O5' B 0, 0.263, 1.171, 2.080, 2.511 max_d=2.511 avg_d=1.171 std_dev=0.908
C2 B 0, 0.600, 1.542, 2.484, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.542 std_dev=0.942
O2' A 0, 0.161, 1.110, 2.060, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.110 std_dev=0.950
OP2 A 0, 0.220, 1.181, 2.141, 2.678 max_d=2.678 avg_d=1.181 std_dev=0.961
P B 0, 0.449, 1.425, 2.400, 2.416 max_d=2.416 avg_d=1.425 std_dev=0.975
N3 B 0, 0.585, 1.711, 2.837, 3.162 max_d=3.162 avg_d=1.711 std_dev=1.126
O2 B 0, 0.669, 1.795, 2.922, 3.110 max_d=3.110 avg_d=1.795 std_dev=1.126
N4 B 0, 0.520, 1.658, 2.795, 3.214 max_d=3.214 avg_d=1.658 std_dev=1.138
OP1 A 0, 0.501, 1.710, 2.920, 3.418 max_d=3.418 avg_d=1.710 std_dev=1.210
OP2 B 0, 0.564, 1.866, 3.168, 3.203 max_d=3.203 avg_d=1.866 std_dev=1.302
OP1 B 0, 0.601, 2.230, 3.860, 3.933 max_d=3.933 avg_d=2.230 std_dev=1.630

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.27 0.00 0.27 0.08 0.62 0.25
C2 0.03 0.00 0.13 0.18 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.23 0.06 0.34 0.20 0.56 0.23
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.09 0.02 0.20 0.17 0.22 0.05 0.07 0.10 0.29 0.00 0.04 0.02 0.63 0.49 0.27 0.24
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.20 0.00 0.18 0.02 0.15 0.14 0.20 0.21 0.17 0.03 0.01 0.00 0.33 0.40 0.40 0.08
C4 0.03 0.00 0.09 0.20 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.38 0.17 0.05 0.43 0.31 0.43 0.21
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.12 0.00 0.17 0.00 0.16 0.08 0.07 0.13 0.03 0.28 0.01 0.00 0.00 0.06 0.60 0.23
C5 0.03 0.00 0.20 0.18 0.00 0.17 0.00 0.33 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.42 0.15 0.09 0.48 0.30 0.39 0.20
C5' 0.06 0.14 0.17 0.02 0.28 0.00 0.33 0.00 0.31 0.18 0.20 0.30 0.08 0.15 0.17 0.03 0.02 0.24 0.37 0.02
C6 0.02 0.00 0.22 0.15 0.00 0.16 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.14 0.11 0.48 0.22 0.49 0.20
N1 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.19 0.03 0.36 0.17 0.58 0.22
N3 0.03 0.00 0.07 0.20 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.21 0.04 0.37 0.27 0.51 0.22
N4 0.03 0.01 0.10 0.21 0.00 0.13 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.42 0.17 0.05 0.43 0.37 0.38 0.21
O2 0.03 0.00 0.29 0.17 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.29 0.12 0.30 0.16 0.59 0.25
O2' 0.04 0.16 0.00 0.03 0.38 0.28 0.42 0.15 0.36 0.21 0.27 0.42 0.04 0.00 0.03 0.21 0.49 0.30 0.16 0.22
O3' 0.27 0.23 0.04 0.01 0.17 0.01 0.15 0.17 0.14 0.19 0.21 0.17 0.29 0.03 0.00 0.16 0.10 0.23 0.45 0.10
O4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.03 0.11 0.03 0.04 0.05 0.12 0.21 0.16 0.00 0.05 0.30 0.87 0.48
O5' 0.27 0.34 0.63 0.33 0.43 0.00 0.48 0.02 0.48 0.36 0.37 0.43 0.30 0.49 0.10 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.20 0.49 0.40 0.31 0.06 0.30 0.24 0.22 0.17 0.27 0.37 0.16 0.30 0.23 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.62 0.56 0.27 0.40 0.43 0.60 0.39 0.37 0.49 0.58 0.51 0.38 0.59 0.16 0.45 0.87 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.23 0.24 0.08 0.21 0.23 0.20 0.02 0.20 0.22 0.22 0.21 0.25 0.22 0.10 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.17 0.06 0.07 0.24 0.28 0.21 0.37 0.21 0.19 0.21 0.33 0.16 0.12 0.12 0.39 0.38 0.33 0.43 0.14
C2 0.23 0.15 0.18 0.14 0.18 0.27 0.15 0.35 0.21 0.17 0.19 0.30 0.15 0.19 0.14 0.37 0.60 0.13 0.92 0.40
C2' 0.67 0.63 0.49 0.43 0.56 0.66 0.56 0.68 0.61 0.64 0.60 0.53 0.64 0.52 0.34 0.79 0.68 0.08 0.56 0.36
C3' 0.14 0.20 0.18 0.25 0.29 0.25 0.29 0.34 0.22 0.18 0.25 0.32 0.18 0.19 0.33 0.20 0.17 0.31 0.15 0.02
C4 0.23 0.14 0.19 0.13 0.15 0.27 0.16 0.36 0.21 0.18 0.16 0.22 0.14 0.19 0.15 0.37 0.56 0.04 0.87 0.37
C4' 0.28 0.35 0.34 0.42 0.46 0.43 0.48 0.55 0.42 0.34 0.42 0.50 0.32 0.35 0.48 0.26 0.15 0.65 0.10 0.20
C5 0.23 0.14 0.12 0.06 0.16 0.28 0.15 0.39 0.20 0.18 0.15 0.23 0.13 0.13 0.06 0.38 0.47 0.14 0.69 0.28
C5' 0.46 0.43 0.52 0.61 0.47 0.65 0.51 0.78 0.52 0.46 0.46 0.48 0.41 0.56 0.69 0.45 0.40 0.93 0.21 0.40
C6 0.24 0.14 0.08 0.03 0.18 0.29 0.16 0.40 0.19 0.17 0.16 0.27 0.13 0.11 0.06 0.38 0.42 0.21 0.58 0.22
N1 0.23 0.15 0.09 0.04 0.20 0.28 0.15 0.38 0.19 0.17 0.19 0.30 0.15 0.12 0.03 0.38 0.48 0.16 0.68 0.27
N3 0.23 0.15 0.22 0.18 0.16 0.27 0.18 0.35 0.22 0.18 0.18 0.25 0.15 0.23 0.19 0.37 0.62 0.11 0.97 0.43
N4 0.24 0.15 0.22 0.17 0.15 0.27 0.18 0.36 0.22 0.19 0.16 0.20 0.15 0.23 0.19 0.37 0.57 0.02 0.91 0.39
O2 0.24 0.15 0.24 0.21 0.20 0.28 0.17 0.33 0.24 0.18 0.22 0.37 0.16 0.24 0.21 0.37 0.67 0.24 1.01 0.47
O2' 1.12 0.97 0.79 0.67 0.78 1.08 0.78 1.06 1.01 1.04 0.88 0.69 1.00 0.84 0.46 1.34 0.99 0.33 0.41 0.48
O3' 0.28 0.44 0.37 0.39 0.53 0.17 0.55 0.26 0.48 0.41 0.49 0.54 0.40 0.32 0.44 0.11 0.03 0.02 0.03 0.01
O4' 0.12 0.21 0.12 0.21 0.36 0.28 0.30 0.43 0.20 0.14 0.33 0.46 0.20 0.13 0.26 0.23 0.18 0.58 0.22 0.12
O5' 0.50 0.46 0.44 0.49 0.53 0.63 0.53 0.73 0.52 0.48 0.50 0.58 0.43 0.51 0.50 0.56 0.24 0.90 0.47 0.37
OP1 0.39 0.31 0.37 0.48 0.35 0.49 0.44 0.60 0.45 0.37 0.30 0.34 0.26 0.42 0.59 0.40 0.42 1.37 0.88 0.76
OP2 0.90 0.82 0.75 0.74 0.82 0.92 0.91 0.98 0.93 0.88 0.79 0.77 0.80 0.82 0.73 0.94 0.58 0.89 0.17 0.46
P 0.64 0.49 0.51 0.51 0.47 0.69 0.58 0.74 0.64 0.58 0.44 0.43 0.46 0.60 0.52 0.69 0.29 0.96 0.33 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.34 0.22 0.12
C2 0.02 0.00 0.18 0.21 0.01 0.07 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.24 0.06 0.32 0.36 0.59 0.13
C2' 0.00 0.18 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.14 0.05 0.31 0.00 0.01 0.01 0.06 0.16 0.20 0.04
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.12 0.00 0.11 0.01 0.16 0.07 0.21 0.13 0.30 0.00 0.01 0.01 0.07 0.23 0.19 0.13
C4 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.13 0.04 0.34 0.29 0.75 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.11 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.09 0.12 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.12 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.07 0.26 0.34 0.57 0.03
C5' 0.04 0.13 0.01 0.01 0.25 0.01 0.29 0.00 0.26 0.15 0.19 0.28 0.08 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.18 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.16 0.01 0.11 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.17 0.09 0.22 0.35 0.39 0.06
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.25 0.34 0.42 0.08
N3 0.02 0.00 0.14 0.21 0.00 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.24 0.05 0.36 0.33 0.74 0.15
N4 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.12 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.15 0.05 0.37 0.26 0.87 0.17
O2 0.02 0.00 0.31 0.30 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.37 0.11 0.31 0.42 0.57 0.15
O2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.03 0.11 0.02 0.12 0.04 0.10 0.07 0.23 0.00 0.02 0.06 0.06 0.14 0.17 0.08
O3' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.13 0.01 0.13 0.03 0.17 0.06 0.24 0.15 0.37 0.02 0.00 0.01 0.28 0.49 0.40 0.31
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.09 0.02 0.05 0.05 0.11 0.06 0.01 0.00 0.25 0.45 0.25 0.24
O5' 0.19 0.32 0.06 0.07 0.34 0.01 0.26 0.00 0.22 0.25 0.36 0.37 0.31 0.06 0.28 0.25 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.34 0.36 0.16 0.23 0.29 0.10 0.34 0.02 0.35 0.34 0.33 0.26 0.42 0.14 0.49 0.45 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.59 0.20 0.19 0.75 0.03 0.57 0.18 0.39 0.42 0.74 0.87 0.57 0.17 0.40 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.04 0.13 0.12 0.01 0.03 0.01 0.06 0.08 0.15 0.17 0.15 0.08 0.31 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00