ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54338

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.000, 0.079, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.079 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.000, 0.120, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.120
C3' A 0, 0.000, 0.152, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
O4 B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.000, 0.214, 0.429, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.214 std_dev=0.214
OP1 A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C5' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C4 B 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
P A 0, 0.000, 0.283, 0.566, 0.566 max_d=0.566 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O5' A 0, 0.000, 0.291, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.000, 0.317, 0.634, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.317 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
C6 B 0, 0.000, 0.413, 0.826, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C2 B 0, 0.000, 0.422, 0.845, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.422 std_dev=0.422
N1 B 0, 0.000, 0.459, 0.918, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.459 std_dev=0.459
O2 B 0, 0.000, 0.486, 0.972, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.486 std_dev=0.486
OP2 B 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
O5' B 0, 0.000, 0.550, 1.100, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.550 std_dev=0.550
C1' B 0, 0.000, 0.555, 1.110, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.555 std_dev=0.555
P B 0, 0.000, 0.566, 1.133, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.566 std_dev=0.566
C2' B 0, 0.000, 0.574, 1.147, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.574 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.000, 0.577, 1.153, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.577 std_dev=0.577
O2' B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
O4' B 0, 0.000, 0.595, 1.191, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.595 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.000, 0.615, 1.231, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.615 std_dev=0.615
C4' B 0, 0.000, 0.617, 1.234, 1.234 max_d=1.234 avg_d=0.617 std_dev=0.617
O3' B 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
OP2 A 0, 0.000, 0.632, 1.265, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.632 std_dev=0.632
OP1 B 0, 0.000, 0.646, 1.292, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.646 std_dev=0.646

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.37 0.10
C2 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.10 0.28 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.36 0.09
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.28 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.11 0.17 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.28 0.07
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.11 0.14 0.02
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01
C6 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.10 0.20 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.28 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.12 0.22 0.00
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.01 0.10 0.14 0.02
O2 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.08 0.33 0.07
O2' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.40 0.11
O3' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.28 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.34 0.11
O5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.10 0.05 0.06 0.11 0.03 0.11 0.04 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08 0.04 0.06 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01
OP2 0.37 0.28 0.36 0.28 0.17 0.28 0.14 0.10 0.20 0.28 0.22 0.14 0.33 0.40 0.28 0.34 0.00 0.04 0.00 0.03
P 0.10 0.04 0.09 0.04 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.07 0.11 0.04 0.11 0.00 0.01 0.03 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
C2 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04
C2' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C3' 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04
C4 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02
C5 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.05 0.08 0.06 0.05 0.07 0.04 0.04 0.05 0.04
C5' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
C6 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.03
N1 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
N3 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
N4 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02
O2 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.08 0.04 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06
O2' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
O3' 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03
O4' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02
O5' 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.08 0.06 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.10 0.08 0.06 0.09 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.11 0.11 0.07 0.07 0.09 0.04 0.04 0.02 0.02 0.03
OP2 0.04 0.08 0.01 0.02 0.11 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.11 0.09 0.03 0.05 0.15 0.03 0.03 0.11 0.08 0.08
P 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.05 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04
O2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03
O4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
O5' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00