ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54340

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 13, 4, 13, 19, 33, 22, 12, 11, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.033, 0.047, 0.060, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.047 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.031, 0.045, 0.058, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.045 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.033, 0.047, 0.060, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.047 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.030, 0.046, 0.061, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.046 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.021, 0.037, 0.052, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.037 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.087, 0.119, 0.151, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.119 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.084, 0.128, 0.172, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.128 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.380, 0.540, 0.701, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.540 std_dev=0.161
O4' A 0, 0.337, 0.516, 0.696, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.516 std_dev=0.180
C5 B 0, 0.649, 0.835, 1.021, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.835 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.611, 0.831, 1.050, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.831 std_dev=0.219
C6 B 0, 0.555, 0.784, 1.012, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.784 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.605, 0.852, 1.098, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.852 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.779, 1.040, 1.301, 1.765 max_d=1.765 avg_d=1.040 std_dev=0.261
C3' A 0, 0.842, 1.116, 1.390, 1.572 max_d=1.572 avg_d=1.116 std_dev=0.274
N9 B 0, 0.717, 0.995, 1.273, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.995 std_dev=0.278
N1 B 0, 0.605, 0.884, 1.163, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.884 std_dev=0.279
N6 B 0, 0.532, 0.812, 1.091, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.812 std_dev=0.279
C2 B 0, 0.636, 0.917, 1.198, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.917 std_dev=0.281
C8 B 0, 0.800, 1.141, 1.481, 1.886 max_d=1.886 avg_d=1.141 std_dev=0.340
C1' B 0, 0.738, 1.091, 1.444, 1.971 max_d=1.971 avg_d=1.091 std_dev=0.353
C4' A 0, 0.550, 0.942, 1.333, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.942 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.775, 1.241, 1.708, 2.347 max_d=2.347 avg_d=1.241 std_dev=0.467
C3' B 0, 0.475, 0.948, 1.421, 2.569 max_d=2.569 avg_d=0.948 std_dev=0.473
C4' B 0, 0.760, 1.284, 1.808, 2.852 max_d=2.852 avg_d=1.284 std_dev=0.524
C2' B 0, 0.629, 1.196, 1.763, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.196 std_dev=0.567
O2' A 0, 0.555, 1.125, 1.696, 2.194 max_d=2.194 avg_d=1.125 std_dev=0.571
O3' B 0, 0.828, 1.466, 2.105, 3.209 max_d=3.209 avg_d=1.466 std_dev=0.638
O3' A 0, 1.261, 1.939, 2.618, 2.950 max_d=2.950 avg_d=1.939 std_dev=0.679
C5' B 0, 1.082, 1.801, 2.520, 3.402 max_d=3.402 avg_d=1.801 std_dev=0.719
C5' A 0, 0.665, 1.407, 2.148, 3.072 max_d=3.072 avg_d=1.407 std_dev=0.742
O5' B 0, 0.892, 1.718, 2.544, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.718 std_dev=0.826
O5' A 0, 0.602, 1.504, 2.407, 3.662 max_d=3.662 avg_d=1.504 std_dev=0.903
P B 0, 0.951, 2.147, 3.342, 4.846 max_d=4.846 avg_d=2.147 std_dev=1.195
OP1 B 0, 1.282, 2.486, 3.691, 4.632 max_d=4.632 avg_d=2.486 std_dev=1.204
O2' B 0, 0.567, 1.926, 3.284, 4.135 max_d=4.135 avg_d=1.926 std_dev=1.358
P A 0, 0.225, 1.671, 3.116, 4.911 max_d=4.911 avg_d=1.671 std_dev=1.445
OP1 A 0, 0.273, 1.769, 3.264, 5.106 max_d=5.106 avg_d=1.769 std_dev=1.495
OP2 B 0, 0.793, 2.362, 3.931, 7.130 max_d=7.130 avg_d=2.362 std_dev=1.569
OP2 A 0, 0.293, 1.900, 3.506, 5.513 max_d=5.513 avg_d=1.900 std_dev=1.607

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.19 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.33 0.01 0.27 0.28 0.35 0.24
C2 0.03 0.00 0.19 0.26 0.01 0.07 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.27 0.14 0.38 0.32 0.46 0.35
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.07 0.03 0.11 0.30 0.16 0.04 0.16 0.08 0.31 0.01 0.03 0.02 0.39 0.40 0.66 0.44
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.40 0.01 0.40 0.02 0.33 0.24 0.34 0.43 0.18 0.03 0.01 0.03 0.18 0.30 0.24 0.13
C4 0.03 0.01 0.07 0.40 0.00 0.18 0.01 0.50 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.28 0.04 0.57 0.57 0.79 0.66
C4' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.18 0.00 0.28 0.01 0.28 0.10 0.08 0.19 0.18 0.31 0.03 0.01 0.02 0.26 0.22 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.40 0.01 0.28 0.00 0.64 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.39 0.30 0.12 0.66 0.67 0.89 0.80
C5' 0.19 0.28 0.30 0.02 0.50 0.01 0.64 0.00 0.60 0.35 0.35 0.53 0.26 0.17 0.22 0.03 0.01 0.33 0.34 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.33 0.01 0.28 0.01 0.60 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.16 0.60 0.54 0.72 0.66
N1 0.01 0.01 0.04 0.24 0.02 0.10 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.20 0.18 0.02 0.39 0.33 0.48 0.39
N3 0.03 0.01 0.16 0.34 0.01 0.08 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.27 0.26 0.11 0.46 0.41 0.61 0.48
N4 0.03 0.02 0.08 0.43 0.01 0.19 0.01 0.53 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.38 0.32 0.05 0.61 0.66 0.90 0.75
O2 0.04 0.01 0.31 0.18 0.02 0.18 0.02 0.26 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.22 0.40 0.24 0.34 0.31 0.34 0.25
O2' 0.02 0.20 0.01 0.03 0.35 0.31 0.39 0.17 0.35 0.20 0.27 0.38 0.22 0.00 0.09 0.21 0.33 0.31 0.72 0.37
O3' 0.33 0.27 0.03 0.01 0.28 0.03 0.30 0.22 0.21 0.18 0.26 0.32 0.40 0.09 0.00 0.30 0.27 0.56 0.31 0.31
O4' 0.01 0.14 0.02 0.03 0.04 0.01 0.12 0.03 0.16 0.02 0.11 0.05 0.24 0.21 0.30 0.00 0.33 0.41 0.23 0.30
O5' 0.27 0.38 0.39 0.18 0.57 0.02 0.66 0.01 0.60 0.39 0.46 0.61 0.34 0.33 0.27 0.33 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.28 0.32 0.40 0.30 0.57 0.26 0.67 0.33 0.54 0.33 0.41 0.66 0.31 0.31 0.56 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.46 0.66 0.24 0.79 0.22 0.89 0.34 0.72 0.48 0.61 0.90 0.34 0.72 0.31 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.35 0.44 0.13 0.66 0.10 0.80 0.03 0.66 0.39 0.48 0.75 0.25 0.37 0.31 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.22 0.36 0.33 0.25 0.21 0.25 0.34 0.22 0.31 0.21 0.23 0.22 0.30 0.28 0.91 0.21 0.23 0.56 0.88 1.26 0.97
C2 0.29 0.17 0.35 0.32 0.24 0.20 0.24 0.32 0.17 0.32 0.16 0.20 0.16 0.30 0.28 0.88 0.19 0.23 0.55 0.79 1.20 0.92
C2' 0.36 0.40 0.43 0.31 0.38 0.26 0.38 0.34 0.40 0.37 0.41 0.38 0.43 0.38 0.37 0.89 0.25 0.33 0.55 0.86 1.25 0.94
C3' 0.54 0.41 0.59 0.44 0.48 0.47 0.49 0.50 0.44 0.56 0.40 0.45 0.43 0.54 0.53 1.02 0.40 0.54 0.59 0.79 1.16 0.84
C4 0.24 0.11 0.44 0.33 0.14 0.26 0.12 0.38 0.11 0.26 0.12 0.12 0.17 0.20 0.21 0.93 0.26 0.21 0.57 0.85 1.23 0.94
C4' 0.32 0.23 0.43 0.35 0.26 0.24 0.26 0.34 0.22 0.35 0.22 0.24 0.21 0.32 0.31 0.98 0.27 0.27 0.53 0.90 1.23 0.93
C5 0.22 0.11 0.47 0.35 0.14 0.30 0.12 0.43 0.11 0.24 0.12 0.12 0.14 0.19 0.20 0.97 0.31 0.24 0.59 0.95 1.28 0.99
C5' 0.54 0.37 0.70 0.36 0.45 0.39 0.44 0.51 0.37 0.56 0.35 0.41 0.34 0.51 0.52 1.25 0.38 0.44 0.66 1.03 1.32 1.04
C6 0.24 0.13 0.44 0.34 0.17 0.27 0.16 0.40 0.12 0.26 0.13 0.15 0.13 0.22 0.22 0.96 0.27 0.22 0.58 0.95 1.28 0.99
N1 0.27 0.17 0.38 0.33 0.22 0.22 0.21 0.35 0.17 0.29 0.16 0.19 0.16 0.27 0.26 0.92 0.21 0.21 0.56 0.87 1.25 0.96
N3 0.27 0.12 0.37 0.31 0.20 0.21 0.18 0.32 0.11 0.30 0.11 0.16 0.14 0.28 0.26 0.88 0.19 0.21 0.55 0.77 1.18 0.90
N4 0.22 0.14 0.49 0.34 0.13 0.29 0.12 0.40 0.17 0.22 0.18 0.13 0.25 0.15 0.19 0.93 0.31 0.25 0.58 0.83 1.22 0.93
O2 0.33 0.24 0.31 0.33 0.29 0.20 0.29 0.30 0.25 0.34 0.22 0.27 0.24 0.33 0.32 0.82 0.23 0.30 0.54 0.73 1.16 0.88
O2' 0.43 0.34 0.41 0.46 0.39 0.49 0.40 0.64 0.37 0.45 0.35 0.36 0.39 0.44 0.42 0.75 0.38 0.51 0.83 1.14 1.47 1.23
O3' 0.51 0.50 0.53 0.34 0.49 0.42 0.48 0.48 0.48 0.51 0.50 0.49 0.48 0.50 0.50 0.98 0.32 0.51 0.58 0.76 1.12 0.81
O4' 0.31 0.32 0.40 0.44 0.29 0.30 0.28 0.42 0.29 0.30 0.32 0.31 0.29 0.29 0.30 0.98 0.33 0.25 0.61 0.97 1.30 1.03
O5' 0.58 0.40 0.66 0.63 0.49 0.59 0.48 0.58 0.42 0.59 0.39 0.45 0.40 0.55 0.55 1.10 0.58 0.60 0.62 0.86 1.15 0.86
OP1 0.65 0.36 0.78 0.64 0.49 0.66 0.47 0.69 0.37 0.65 0.33 0.44 0.34 0.57 0.60 1.25 0.63 0.68 0.78 1.04 1.30 1.01
OP2 0.92 0.62 1.07 0.81 0.76 0.84 0.73 0.85 0.61 0.91 0.56 0.71 0.55 0.82 0.87 1.49 0.79 0.90 0.95 1.11 1.41 1.12
P 0.71 0.41 0.84 0.65 0.56 0.66 0.53 0.68 0.42 0.71 0.37 0.49 0.38 0.64 0.66 1.32 0.63 0.70 0.77 1.00 1.28 0.98

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.40 0.00 0.31 0.36 0.42 0.29
C2 0.04 0.00 0.48 0.34 0.01 0.20 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.35 0.38 0.28 0.26 0.50 0.34
C2' 0.01 0.48 0.00 0.01 0.27 0.02 0.15 0.25 0.25 0.20 0.39 0.47 0.19 0.08 0.04 0.00 0.04 0.02 0.58 0.84 0.86 0.69
C3' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.33 0.01 0.42 0.02 0.44 0.38 0.41 0.28 0.48 0.44 0.27 0.02 0.01 0.03 0.17 0.58 0.28 0.28
C4 0.02 0.01 0.27 0.33 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.20 0.20 0.29 0.24 0.53 0.38
C4' 0.01 0.20 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.07 0.29 0.12 0.20 0.10 0.25 0.10 0.34 0.03 0.01 0.02 0.27 0.18 0.10
C5 0.01 0.01 0.15 0.42 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.12 0.10 0.34 0.34 0.71 0.53
C5' 0.11 0.27 0.25 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.14 0.32 0.19 0.26 0.17 0.29 0.12 0.11 0.24 0.03 0.01 0.13 0.14 0.02
C6 0.02 0.01 0.25 0.44 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.16 0.18 0.32 0.34 0.75 0.54
C8 0.02 0.01 0.20 0.38 0.01 0.29 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.51 0.15 0.22 0.44 0.39 0.70 0.58
N1 0.04 0.00 0.39 0.41 0.02 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.20 0.25 0.30 0.28 0.25 0.64 0.44
N3 0.04 0.01 0.47 0.28 0.01 0.20 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.38 0.37 0.29 0.29 0.44 0.31
N6 0.02 0.01 0.19 0.48 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.18 0.13 0.37 0.47 0.89 0.65
N7 0.01 0.01 0.08 0.44 0.01 0.25 0.00 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.47 0.18 0.11 0.45 0.49 0.84 0.68
N9 0.01 0.02 0.04 0.27 0.00 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.14 0.01 0.31 0.24 0.50 0.38
O2' 0.02 0.33 0.00 0.02 0.12 0.34 0.25 0.11 0.19 0.51 0.20 0.34 0.26 0.47 0.22 0.00 0.07 0.23 0.41 0.77 0.96 0.62
O3' 0.40 0.35 0.04 0.01 0.20 0.03 0.12 0.24 0.16 0.15 0.25 0.38 0.18 0.18 0.14 0.07 0.00 0.28 0.31 0.52 0.36 0.30
O4' 0.00 0.38 0.02 0.03 0.20 0.01 0.10 0.03 0.18 0.22 0.30 0.37 0.13 0.11 0.01 0.23 0.28 0.00 0.15 0.18 0.21 0.19
O5' 0.31 0.28 0.58 0.17 0.29 0.02 0.34 0.01 0.32 0.44 0.28 0.29 0.37 0.45 0.31 0.41 0.31 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.26 0.84 0.58 0.24 0.27 0.34 0.13 0.34 0.39 0.25 0.29 0.47 0.49 0.24 0.77 0.52 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.50 0.86 0.28 0.53 0.18 0.71 0.14 0.75 0.70 0.64 0.44 0.89 0.84 0.50 0.96 0.36 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.34 0.69 0.28 0.38 0.10 0.53 0.02 0.54 0.58 0.44 0.31 0.65 0.68 0.38 0.62 0.30 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00