ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54341

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 6, 10, 9, 9, 9, 20, 10, 12, 7, 3, 9, 4, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.010, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.028, 0.057, 0.087, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.057 std_dev=0.030
C5 B 0, 0.241, 0.495, 0.748, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.495 std_dev=0.254
N7 B 0, 0.174, 0.449, 0.723, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.449 std_dev=0.275
N9 B 0, 0.237, 0.522, 0.808, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.522 std_dev=0.285
C4 B 0, 0.274, 0.560, 0.845, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.560 std_dev=0.286
C8 B 0, 0.213, 0.536, 0.859, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.536 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.284, 0.608, 0.933, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.608 std_dev=0.324
C6 B 0, 0.264, 0.630, 0.997, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.630 std_dev=0.367
N6 B 0, 0.255, 0.632, 1.009, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.632 std_dev=0.377
N3 B 0, 0.330, 0.739, 1.149, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.739 std_dev=0.410
C2' B 0, 0.258, 0.706, 1.155, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.706 std_dev=0.449
O4' B 0, 0.219, 0.679, 1.140, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.679 std_dev=0.460
O2' B 0, 0.360, 0.879, 1.398, 2.999 max_d=2.999 avg_d=0.879 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.319, 0.845, 1.371, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.845 std_dev=0.526
C2 B 0, 0.348, 0.880, 1.413, 2.388 max_d=2.388 avg_d=0.880 std_dev=0.533
C4' B 0, 0.291, 0.860, 1.429, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.860 std_dev=0.569
O4' A 0, 0.010, 0.595, 1.179, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.595 std_dev=0.584
C3' B 0, 0.210, 0.804, 1.398, 2.962 max_d=2.962 avg_d=0.804 std_dev=0.594
C2' A 0, 0.024, 0.618, 1.213, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.618 std_dev=0.595
C5' B 0, 0.401, 1.162, 1.923, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.162 std_dev=0.761
C3' A 0, 0.178, 0.958, 1.738, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.958 std_dev=0.780
O3' B 0, 0.286, 1.079, 1.873, 3.843 max_d=3.843 avg_d=1.079 std_dev=0.794
C4' A 0, 0.077, 0.946, 1.814, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.946 std_dev=0.868
O5' B 0, 0.419, 1.380, 2.341, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.380 std_dev=0.961
O3' A 0, 0.369, 1.339, 2.308, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.339 std_dev=0.970
O2' A 0, 0.051, 1.022, 1.992, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.022 std_dev=0.970
O5' A 0, 0.260, 1.477, 2.694, 4.186 max_d=4.186 avg_d=1.477 std_dev=1.217
C5' A 0, 0.160, 1.432, 2.703, 3.845 max_d=3.845 avg_d=1.432 std_dev=1.271
OP1 B 0, 0.464, 1.788, 3.112, 7.173 max_d=7.173 avg_d=1.788 std_dev=1.324
P A 0, 0.469, 1.909, 3.349, 4.513 max_d=4.513 avg_d=1.909 std_dev=1.440
OP2 A 0, 0.527, 2.023, 3.519, 4.681 max_d=4.681 avg_d=2.023 std_dev=1.496
P B 0, 0.278, 1.781, 3.285, 4.953 max_d=4.953 avg_d=1.781 std_dev=1.503
OP1 A 0, 0.650, 2.291, 3.933, 5.175 max_d=5.175 avg_d=2.291 std_dev=1.641
OP2 B 0, -0.074, 2.608, 5.290, 7.554 max_d=7.554 avg_d=2.608 std_dev=2.682

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.36 0.01 0.22 0.39 0.20 0.19
C2 0.01 0.00 0.26 0.27 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.25 0.22 0.32 0.32 0.44 0.31
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.22 0.23 0.03 0.21 0.08 0.44 0.00 0.06 0.02 0.44 0.81 0.65 0.59
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.39 0.01 0.39 0.02 0.33 0.24 0.35 0.42 0.22 0.03 0.01 0.02 0.15 0.54 0.25 0.24
C4 0.01 0.01 0.07 0.39 0.00 0.15 0.00 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.20 0.03 0.49 0.52 0.78 0.62
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.15 0.00 0.27 0.01 0.28 0.09 0.07 0.16 0.21 0.32 0.03 0.01 0.02 0.27 0.14 0.08
C5 0.01 0.01 0.16 0.39 0.00 0.27 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.51 0.22 0.16 0.55 0.57 0.78 0.69
C5' 0.10 0.18 0.22 0.02 0.28 0.01 0.40 0.00 0.38 0.18 0.20 0.30 0.27 0.13 0.25 0.02 0.01 0.19 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.23 0.33 0.01 0.28 0.00 0.38 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.50 0.17 0.23 0.47 0.40 0.53 0.51
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.18 0.01 0.31 0.29 0.35 0.29
N3 0.02 0.00 0.21 0.35 0.00 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.21 0.17 0.39 0.39 0.63 0.46
N4 0.02 0.01 0.08 0.42 0.00 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.39 0.24 0.04 0.53 0.63 0.92 0.72
O2 0.02 0.01 0.44 0.22 0.01 0.21 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.46 0.38 0.37 0.28 0.36 0.34 0.23
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.36 0.32 0.51 0.13 0.50 0.22 0.26 0.39 0.46 0.00 0.09 0.22 0.35 0.82 0.78 0.58
O3' 0.36 0.25 0.06 0.01 0.20 0.03 0.22 0.25 0.17 0.18 0.21 0.24 0.38 0.09 0.00 0.26 0.31 0.41 0.36 0.27
O4' 0.01 0.22 0.02 0.02 0.03 0.01 0.16 0.02 0.23 0.01 0.17 0.04 0.37 0.22 0.26 0.00 0.19 0.24 0.16 0.18
O5' 0.22 0.32 0.44 0.15 0.49 0.02 0.55 0.01 0.47 0.31 0.39 0.53 0.28 0.35 0.31 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.32 0.81 0.54 0.52 0.27 0.57 0.19 0.40 0.29 0.39 0.63 0.36 0.82 0.41 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.44 0.65 0.25 0.78 0.14 0.78 0.21 0.53 0.35 0.63 0.92 0.34 0.78 0.36 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.31 0.59 0.24 0.62 0.08 0.69 0.02 0.51 0.29 0.46 0.72 0.23 0.58 0.27 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.21 0.20 0.26 0.21 0.20 0.21 0.50 0.21 0.22 0.21 0.20 0.22 0.22 0.21 0.35 0.31 0.20 1.01 0.86 2.58 1.54
C2 0.21 0.17 0.20 0.24 0.19 0.19 0.19 0.47 0.17 0.22 0.16 0.18 0.17 0.22 0.21 0.34 0.28 0.21 0.97 0.77 2.39 1.44
C2' 0.27 0.41 0.33 0.41 0.32 0.34 0.32 0.62 0.38 0.25 0.43 0.37 0.39 0.26 0.28 0.39 0.45 0.25 1.08 0.85 2.61 1.58
C3' 0.36 0.28 0.36 0.52 0.32 0.52 0.32 0.84 0.29 0.38 0.28 0.30 0.28 0.37 0.35 0.39 0.53 0.42 1.34 1.25 2.98 1.93
C4 0.19 0.13 0.25 0.30 0.15 0.24 0.15 0.54 0.13 0.20 0.13 0.14 0.15 0.18 0.18 0.36 0.36 0.18 1.02 0.82 2.55 1.53
C4' 0.29 0.49 0.29 0.22 0.36 0.22 0.34 0.54 0.42 0.27 0.50 0.42 0.43 0.27 0.30 0.47 0.22 0.24 1.03 1.04 2.74 1.65
C5 0.18 0.12 0.26 0.34 0.15 0.28 0.14 0.59 0.13 0.19 0.13 0.13 0.14 0.17 0.18 0.38 0.41 0.19 1.06 0.92 2.73 1.63
C5' 0.42 0.60 0.46 0.31 0.47 0.33 0.45 0.64 0.53 0.39 0.61 0.53 0.53 0.39 0.42 0.63 0.33 0.35 1.06 1.17 2.86 1.73
C6 0.18 0.13 0.23 0.31 0.15 0.25 0.15 0.57 0.14 0.19 0.14 0.14 0.15 0.18 0.18 0.37 0.38 0.18 1.05 0.92 2.72 1.62
N1 0.20 0.16 0.20 0.27 0.18 0.21 0.18 0.52 0.17 0.21 0.17 0.17 0.17 0.20 0.19 0.35 0.32 0.19 1.02 0.85 2.58 1.54
N3 0.20 0.14 0.21 0.25 0.17 0.20 0.17 0.47 0.14 0.21 0.13 0.15 0.14 0.20 0.20 0.34 0.29 0.20 0.97 0.74 2.36 1.43
N4 0.20 0.16 0.29 0.33 0.17 0.27 0.17 0.56 0.17 0.20 0.17 0.16 0.19 0.18 0.19 0.38 0.39 0.20 1.03 0.80 2.51 1.52
O2 0.24 0.21 0.20 0.23 0.23 0.19 0.23 0.43 0.22 0.24 0.21 0.22 0.23 0.24 0.24 0.34 0.27 0.24 0.93 0.71 2.24 1.36
O2' 0.34 0.48 0.34 0.32 0.36 0.34 0.35 0.52 0.42 0.34 0.50 0.41 0.43 0.33 0.33 0.43 0.40 0.38 0.86 0.60 2.26 1.28
O3' 0.34 0.49 0.32 0.30 0.39 0.33 0.38 0.61 0.44 0.32 0.50 0.44 0.44 0.33 0.34 0.47 0.31 0.33 1.08 1.03 2.68 1.68
O4' 0.41 0.63 0.37 0.22 0.50 0.21 0.49 0.42 0.58 0.36 0.65 0.56 0.60 0.39 0.42 0.55 0.19 0.33 0.90 0.90 2.58 1.50
O5' 0.49 0.46 0.46 0.60 0.45 0.62 0.45 0.92 0.44 0.51 0.46 0.45 0.44 0.48 0.48 0.48 0.60 0.56 1.32 1.42 3.11 1.98
OP1 0.60 0.47 0.56 0.75 0.49 0.83 0.48 1.21 0.46 0.61 0.49 0.47 0.47 0.55 0.56 0.58 0.78 0.73 1.63 1.81 3.49 2.36
OP2 0.96 0.63 0.92 1.07 0.79 1.18 0.75 1.53 0.62 0.95 0.57 0.72 0.55 0.86 0.90 0.95 1.10 1.08 1.91 2.03 3.75 2.61
P 0.66 0.41 0.63 0.80 0.51 0.89 0.50 1.26 0.41 0.68 0.39 0.46 0.39 0.61 0.62 0.65 0.83 0.79 1.67 1.83 3.53 2.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.32 0.17 0.38 0.35
C2 0.03 0.00 0.25 0.23 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.34 0.13 0.50 0.31 0.90 0.65
C2' 0.01 0.25 0.00 0.00 0.14 0.03 0.09 0.11 0.14 0.12 0.21 0.25 0.12 0.08 0.04 0.00 0.03 0.01 0.32 0.37 0.35 0.31
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.16 0.01 0.20 0.07 0.22 0.24 0.22 0.20 0.24 0.24 0.13 0.02 0.01 0.02 0.19 0.37 0.15 0.14
C4 0.02 0.01 0.14 0.16 0.00 0.05 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.19 0.07 0.56 0.33 0.99 0.72
C4' 0.03 0.09 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.17 0.07 0.09 0.11 0.16 0.06 0.15 0.03 0.01 0.02 0.15 0.35 0.09
C5 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.09 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.18 0.04 0.72 0.46 1.43 0.96
C5' 0.06 0.14 0.11 0.07 0.19 0.01 0.30 0.00 0.29 0.37 0.21 0.12 0.35 0.40 0.20 0.13 0.11 0.04 0.01 0.19 0.43 0.03
C6 0.02 0.01 0.14 0.22 0.01 0.08 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.23 0.07 0.72 0.48 1.49 0.99
C8 0.01 0.01 0.12 0.24 0.00 0.17 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.16 0.22 0.07 0.77 0.46 1.42 0.98
N1 0.03 0.00 0.21 0.22 0.01 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.29 0.11 0.62 0.40 1.23 0.84
N3 0.03 0.00 0.25 0.20 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.32 0.12 0.44 0.26 0.72 0.55
N6 0.02 0.01 0.12 0.24 0.01 0.11 0.01 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.24 0.06 0.81 0.58 1.78 1.14
N7 0.01 0.01 0.08 0.24 0.01 0.16 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.23 0.04 0.83 0.55 1.71 1.12
N9 0.00 0.01 0.04 0.13 0.00 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.56 0.31 0.90 0.68
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.12 0.15 0.12 0.13 0.14 0.16 0.19 0.23 0.14 0.15 0.08 0.00 0.07 0.09 0.17 0.27 0.54 0.25
O3' 0.16 0.34 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.11 0.23 0.22 0.29 0.32 0.24 0.23 0.12 0.07 0.00 0.12 0.23 0.49 0.52 0.27
O4' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.04 0.07 0.07 0.11 0.12 0.06 0.04 0.01 0.09 0.12 0.00 0.22 0.15 0.26 0.26
O5' 0.32 0.50 0.32 0.19 0.56 0.02 0.72 0.01 0.72 0.77 0.62 0.44 0.81 0.83 0.56 0.17 0.23 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.17 0.31 0.37 0.37 0.33 0.15 0.46 0.19 0.48 0.46 0.40 0.26 0.58 0.55 0.31 0.27 0.49 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 0.90 0.35 0.15 0.99 0.35 1.43 0.43 1.49 1.42 1.23 0.72 1.78 1.71 0.90 0.54 0.52 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.65 0.31 0.14 0.72 0.09 0.96 0.03 0.99 0.98 0.84 0.55 1.14 1.12 0.68 0.25 0.27 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00