ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 5, 5, 4, 11, 8, 8, 9, 4, 7, 10, 5, 2, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.019, 0.026, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.022, 0.031, 0.039, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.031 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.022, 0.031, 0.040, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.031 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.023, 0.034, 0.044, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.034 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.029, 0.042, 0.055, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.042 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.028, 0.042, 0.057, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.042 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.031, 0.057, 0.083, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.057 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.070, 0.102, 0.134, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.102 std_dev=0.032
C5 B 0, 0.308, 0.504, 0.701, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.504 std_dev=0.196
O4' A 0, 0.228, 0.438, 0.648, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.438 std_dev=0.210
C2' A 0, 0.326, 0.538, 0.750, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.538 std_dev=0.212
N7 B 0, 0.401, 0.663, 0.925, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.663 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.382, 0.650, 0.917, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.650 std_dev=0.267
O2' A 0, 0.737, 1.018, 1.299, 1.890 max_d=1.890 avg_d=1.018 std_dev=0.281
C4 B 0, 0.320, 0.637, 0.955, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.637 std_dev=0.317
C3' A 0, 0.590, 0.919, 1.248, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.919 std_dev=0.329
C4' A 0, 0.470, 0.799, 1.129, 2.098 max_d=2.098 avg_d=0.799 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.653, 0.987, 1.320, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.987 std_dev=0.333
C8 B 0, 0.566, 0.925, 1.285, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.925 std_dev=0.359
N6 B 0, 0.588, 0.959, 1.331, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.959 std_dev=0.371
C1' B 0, 0.475, 0.892, 1.309, 2.363 max_d=2.363 avg_d=0.892 std_dev=0.417
N3 B 0, 0.737, 1.228, 1.718, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.228 std_dev=0.491
O4' B 0, 0.613, 1.125, 1.637, 3.024 max_d=3.024 avg_d=1.125 std_dev=0.512
N1 B 0, 1.135, 1.648, 2.161, 2.515 max_d=2.515 avg_d=1.648 std_dev=0.513
C2' B 0, 0.513, 1.033, 1.552, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.033 std_dev=0.519
C2 B 0, 1.182, 1.722, 2.262, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.722 std_dev=0.540
O5' A 0, 1.219, 1.791, 2.363, 3.096 max_d=3.096 avg_d=1.791 std_dev=0.572
C3' B 0, 0.711, 1.290, 1.869, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.290 std_dev=0.579
C4' B 0, 0.855, 1.451, 2.047, 3.341 max_d=3.341 avg_d=1.451 std_dev=0.596
C5' A 0, 0.557, 1.188, 1.819, 3.522 max_d=3.522 avg_d=1.188 std_dev=0.631
O3' A 0, 1.003, 1.688, 2.373, 2.964 max_d=2.964 avg_d=1.688 std_dev=0.685
P A 0, 1.414, 2.108, 2.802, 3.896 max_d=3.896 avg_d=2.108 std_dev=0.694
OP2 A 0, 1.714, 2.450, 3.185, 5.257 max_d=5.257 avg_d=2.450 std_dev=0.735
C5' B 0, 1.148, 1.921, 2.694, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.921 std_dev=0.773
O2' B 0, 0.767, 1.571, 2.375, 3.654 max_d=3.654 avg_d=1.571 std_dev=0.804
OP1 A 0, 1.457, 2.265, 3.072, 4.395 max_d=4.395 avg_d=2.265 std_dev=0.808
O3' B 0, 0.865, 1.707, 2.549, 3.871 max_d=3.871 avg_d=1.707 std_dev=0.842
O5' B 0, 1.182, 2.134, 3.086, 4.689 max_d=4.689 avg_d=2.134 std_dev=0.952
OP1 B 0, 3.850, 5.124, 6.397, 7.830 max_d=7.830 avg_d=5.124 std_dev=1.273
P B 0, 1.664, 3.169, 4.673, 6.473 max_d=6.473 avg_d=3.169 std_dev=1.504
OP2 B 0, 2.593, 4.384, 6.175, 8.477 max_d=8.477 avg_d=4.384 std_dev=1.791

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.28 0.01 0.19 0.21 0.34 0.19
C2 0.03 0.00 0.15 0.21 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.26 0.22 0.10 0.27 0.24 0.55 0.33
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.18 0.15 0.03 0.12 0.07 0.27 0.00 0.04 0.02 0.38 0.40 0.50 0.38
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.33 0.01 0.35 0.02 0.31 0.20 0.27 0.36 0.17 0.03 0.01 0.03 0.29 0.29 0.28 0.21
C4 0.02 0.01 0.06 0.33 0.00 0.15 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.32 0.22 0.04 0.40 0.46 0.79 0.56
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.08 0.09 0.16 0.12 0.28 0.03 0.01 0.02 0.24 0.19 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.20 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.27 0.07 0.45 0.52 0.81 0.61
C5' 0.08 0.19 0.18 0.02 0.32 0.01 0.37 0.00 0.32 0.19 0.25 0.35 0.18 0.14 0.21 0.02 0.01 0.15 0.21 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.31 0.01 0.19 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.21 0.10 0.40 0.39 0.65 0.49
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.02 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.18 0.15 0.02 0.28 0.24 0.50 0.32
N3 0.02 0.00 0.12 0.27 0.01 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.20 0.08 0.33 0.34 0.68 0.44
N4 0.03 0.02 0.07 0.36 0.01 0.16 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.26 0.04 0.44 0.55 0.88 0.63
O2 0.04 0.01 0.27 0.17 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.33 0.36 0.17 0.24 0.21 0.47 0.26
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.32 0.28 0.33 0.14 0.28 0.18 0.30 0.35 0.33 0.00 0.08 0.19 0.34 0.35 0.53 0.33
O3' 0.28 0.22 0.04 0.01 0.22 0.03 0.27 0.21 0.21 0.15 0.20 0.26 0.36 0.08 0.00 0.19 0.40 0.53 0.44 0.39
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.08 0.04 0.17 0.19 0.19 0.00 0.15 0.22 0.26 0.16
O5' 0.19 0.27 0.38 0.29 0.40 0.02 0.45 0.01 0.40 0.28 0.33 0.44 0.24 0.34 0.40 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.24 0.40 0.29 0.46 0.24 0.52 0.15 0.39 0.24 0.34 0.55 0.21 0.35 0.53 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.55 0.50 0.28 0.79 0.19 0.81 0.21 0.65 0.50 0.68 0.88 0.47 0.53 0.44 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.33 0.38 0.21 0.56 0.10 0.61 0.02 0.49 0.32 0.44 0.63 0.26 0.33 0.39 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.23 0.26 0.29 0.20 0.26 0.20 0.43 0.22 0.25 0.25 0.21 0.25 0.23 0.22 0.50 0.31 0.28 0.60 0.78 1.52 0.91
C2 0.24 0.21 0.25 0.30 0.20 0.26 0.20 0.40 0.20 0.26 0.22 0.19 0.24 0.24 0.23 0.48 0.29 0.27 0.59 0.71 1.44 0.87
C2' 0.28 0.30 0.29 0.32 0.26 0.29 0.25 0.43 0.27 0.27 0.30 0.28 0.27 0.25 0.26 0.51 0.32 0.30 0.63 0.78 1.56 0.95
C3' 0.41 0.32 0.41 0.45 0.34 0.50 0.33 0.66 0.30 0.43 0.32 0.32 0.30 0.39 0.39 0.57 0.47 0.48 0.85 1.08 1.79 1.20
C4 0.22 0.14 0.24 0.32 0.14 0.27 0.13 0.41 0.16 0.22 0.17 0.13 0.21 0.17 0.19 0.43 0.35 0.28 0.62 0.76 1.54 0.92
C4' 0.30 0.30 0.31 0.33 0.25 0.35 0.24 0.52 0.27 0.31 0.32 0.26 0.29 0.27 0.28 0.53 0.36 0.36 0.68 0.92 1.64 1.03
C5 0.23 0.14 0.27 0.35 0.15 0.29 0.14 0.44 0.16 0.22 0.17 0.14 0.20 0.17 0.20 0.44 0.41 0.30 0.64 0.84 1.63 0.97
C5' 0.46 0.38 0.45 0.44 0.38 0.51 0.36 0.65 0.36 0.45 0.39 0.37 0.36 0.40 0.43 0.62 0.48 0.53 0.79 1.03 1.74 1.12
C6 0.23 0.16 0.26 0.33 0.15 0.28 0.14 0.44 0.16 0.22 0.19 0.14 0.21 0.18 0.20 0.46 0.38 0.29 0.63 0.83 1.61 0.96
N1 0.23 0.19 0.25 0.30 0.18 0.26 0.17 0.42 0.19 0.24 0.22 0.17 0.22 0.21 0.21 0.48 0.32 0.28 0.61 0.77 1.53 0.91
N3 0.23 0.16 0.23 0.30 0.17 0.25 0.16 0.40 0.16 0.25 0.18 0.15 0.21 0.22 0.21 0.45 0.29 0.27 0.60 0.70 1.43 0.86
N4 0.23 0.17 0.25 0.35 0.16 0.28 0.16 0.41 0.20 0.21 0.20 0.16 0.25 0.17 0.19 0.40 0.38 0.29 0.64 0.77 1.55 0.93
O2 0.27 0.27 0.27 0.32 0.25 0.27 0.25 0.40 0.26 0.28 0.28 0.25 0.28 0.28 0.26 0.51 0.30 0.29 0.58 0.69 1.37 0.83
O2' 0.46 0.48 0.42 0.43 0.45 0.42 0.43 0.45 0.44 0.44 0.47 0.47 0.43 0.42 0.45 0.59 0.38 0.48 0.55 0.64 1.39 0.81
O3' 0.37 0.50 0.38 0.39 0.38 0.40 0.37 0.57 0.43 0.36 0.52 0.44 0.44 0.35 0.36 0.55 0.38 0.41 0.76 1.01 1.70 1.12
O4' 0.27 0.32 0.30 0.31 0.25 0.28 0.25 0.45 0.30 0.27 0.35 0.27 0.34 0.25 0.25 0.53 0.36 0.31 0.61 0.83 1.55 0.93
O5' 0.54 0.38 0.54 0.46 0.43 0.58 0.42 0.73 0.38 0.53 0.38 0.40 0.38 0.47 0.50 0.71 0.50 0.61 0.86 1.09 1.82 1.19
OP1 0.67 0.41 0.68 0.65 0.51 0.79 0.48 0.95 0.41 0.65 0.40 0.46 0.39 0.56 0.61 0.80 0.71 0.78 1.07 1.32 2.01 1.40
OP2 1.00 0.75 0.99 0.94 0.86 1.06 0.83 1.18 0.74 0.97 0.71 0.82 0.70 0.90 0.94 1.08 0.97 1.08 1.29 1.48 2.18 1.57
P 0.73 0.49 0.74 0.69 0.59 0.82 0.56 0.96 0.49 0.72 0.47 0.54 0.47 0.64 0.68 0.86 0.73 0.82 1.08 1.31 2.01 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.20 0.42 0.31 0.24
C2 0.05 0.00 0.22 0.24 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.35 0.14 0.33 0.44 0.61 0.40
C2' 0.01 0.22 0.00 0.01 0.12 0.02 0.06 0.14 0.10 0.12 0.17 0.22 0.08 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.35 0.58 0.47 0.38
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.20 0.01 0.26 0.03 0.26 0.32 0.25 0.22 0.29 0.33 0.18 0.03 0.01 0.02 0.26 0.43 0.25 0.19
C4 0.02 0.01 0.12 0.20 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.17 0.07 0.36 0.41 0.64 0.42
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.15 0.10 0.11 0.11 0.14 0.07 0.25 0.03 0.01 0.02 0.31 0.29 0.14
C5 0.02 0.01 0.06 0.26 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.12 0.05 0.46 0.45 0.90 0.58
C5' 0.06 0.20 0.14 0.03 0.16 0.01 0.20 0.00 0.21 0.21 0.21 0.17 0.23 0.23 0.13 0.13 0.16 0.02 0.01 0.23 0.25 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.26 0.01 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.16 0.07 0.45 0.47 0.94 0.59
C8 0.02 0.02 0.12 0.32 0.01 0.15 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.20 0.22 0.07 0.52 0.46 0.89 0.61
N1 0.04 0.01 0.17 0.25 0.02 0.10 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.38 0.26 0.11 0.39 0.44 0.79 0.50
N3 0.05 0.01 0.22 0.22 0.01 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.35 0.13 0.29 0.43 0.50 0.34
N6 0.02 0.01 0.08 0.29 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.32 0.17 0.06 0.51 0.52 1.11 0.68
N7 0.01 0.01 0.08 0.33 0.00 0.14 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.24 0.22 0.04 0.55 0.52 1.09 0.70
N9 0.01 0.02 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.09 0.02 0.35 0.39 0.57 0.40
O2' 0.02 0.40 0.00 0.03 0.27 0.25 0.27 0.13 0.33 0.20 0.38 0.37 0.32 0.24 0.16 0.00 0.07 0.18 0.19 0.57 0.53 0.32
O3' 0.23 0.35 0.03 0.01 0.17 0.03 0.12 0.16 0.16 0.22 0.26 0.35 0.17 0.22 0.09 0.07 0.00 0.17 0.31 0.46 0.45 0.26
O4' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.07 0.11 0.13 0.06 0.04 0.02 0.18 0.17 0.00 0.17 0.42 0.30 0.28
O5' 0.20 0.33 0.35 0.26 0.36 0.02 0.46 0.01 0.45 0.52 0.39 0.29 0.51 0.55 0.35 0.19 0.31 0.17 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.44 0.58 0.43 0.41 0.31 0.45 0.23 0.47 0.46 0.44 0.43 0.52 0.52 0.39 0.57 0.46 0.42 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.61 0.47 0.25 0.64 0.29 0.90 0.25 0.94 0.89 0.79 0.50 1.11 1.09 0.57 0.53 0.45 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 0.40 0.38 0.19 0.42 0.14 0.58 0.02 0.59 0.61 0.50 0.34 0.68 0.70 0.40 0.32 0.26 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00