ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54344

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 12, 2, 5, 3, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.005, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.003, 0.005, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.004, 0.024, 0.045, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C4' A 0, 0.065, 0.124, 0.183, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.124 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.042, 0.109, 0.176, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.109 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.025, 0.099, 0.173, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.099 std_dev=0.074
C2' A 0, 0.036, 0.111, 0.186, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.111 std_dev=0.075
O3' A 0, 0.059, 0.145, 0.230, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.145 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.068, 0.189, 0.309, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.189 std_dev=0.121
C5' A 0, 0.100, 0.233, 0.366, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.233 std_dev=0.133
O5' A 0, 0.113, 0.282, 0.451, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.282 std_dev=0.169
C6 B 0, 0.194, 0.368, 0.542, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.368 std_dev=0.174
N6 B 0, 0.155, 0.334, 0.514, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.334 std_dev=0.179
OP2 A 0, 0.132, 0.311, 0.491, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.311 std_dev=0.180
P A 0, 0.124, 0.305, 0.485, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.305 std_dev=0.180
OP2 B 0, 0.188, 0.373, 0.557, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.373 std_dev=0.185
C5 B 0, 0.172, 0.360, 0.549, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.360 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.255, 0.451, 0.646, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.451 std_dev=0.196
P B 0, 0.221, 0.424, 0.627, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.424 std_dev=0.203
N7 B 0, 0.117, 0.326, 0.536, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.326 std_dev=0.210
O5' B 0, 0.187, 0.401, 0.616, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.401 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.220, 0.436, 0.651, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.436 std_dev=0.215
OP1 A 0, 0.133, 0.349, 0.565, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.349 std_dev=0.216
C8 B 0, 0.133, 0.354, 0.574, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.354 std_dev=0.220
N9 B 0, 0.193, 0.417, 0.642, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.417 std_dev=0.225
OP1 B 0, 0.264, 0.497, 0.730, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.497 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.278, 0.529, 0.780, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.529 std_dev=0.251
C5' B 0, 0.238, 0.489, 0.740, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.489 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.234, 0.488, 0.742, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.488 std_dev=0.254
C1' B 0, 0.224, 0.482, 0.740, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.482 std_dev=0.258
N3 B 0, 0.265, 0.529, 0.794, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.529 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.245, 0.513, 0.782, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.513 std_dev=0.269
C3' B 0, 0.221, 0.490, 0.759, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.490 std_dev=0.269
C2' B 0, 0.229, 0.509, 0.788, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.509 std_dev=0.279
O3' B 0, 0.239, 0.543, 0.848, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.543 std_dev=0.305
O2' B 0, 0.282, 0.603, 0.925, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.603 std_dev=0.322

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.07 0.06 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.11 0.10 0.08 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.11 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.11 0.06
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.10 0.08 0.08 0.07
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.07 0.08 0.07
C5' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.09 0.07 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.06 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.07 0.06 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.12 0.10 0.08 0.08
N4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.11 0.09 0.09 0.08
O2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.09 0.13 0.13 0.09 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.11 0.15 0.09
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.00 0.03 0.03 0.11 0.12 0.06
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
O5' 0.03 0.11 0.04 0.03 0.10 0.01 0.08 0.00 0.06 0.07 0.12 0.11 0.13 0.05 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.07 0.10 0.09 0.13 0.11 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.08 0.11 0.11 0.08 0.04 0.08 0.01 0.08 0.06 0.08 0.09 0.09 0.15 0.12 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.07 0.06 0.07 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.17 0.05 0.05 0.09 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.16 0.14 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
C2 0.08 0.14 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.09 0.15 0.11 0.10 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.12 0.12 0.11 0.12
C2' 0.06 0.17 0.05 0.05 0.09 0.06 0.07 0.06 0.11 0.06 0.16 0.14 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
C3' 0.06 0.16 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.10 0.07 0.15 0.13 0.11 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.07
C4 0.06 0.16 0.05 0.05 0.10 0.07 0.11 0.09 0.15 0.05 0.17 0.13 0.16 0.05 0.07 0.05 0.05 0.07 0.10 0.12 0.12 0.12
C4' 0.07 0.17 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.11 0.06 0.16 0.14 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07
C5 0.09 0.19 0.07 0.06 0.13 0.07 0.12 0.07 0.16 0.06 0.19 0.17 0.15 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.08
C5' 0.08 0.18 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.07 0.13 0.06 0.18 0.16 0.12 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07
C6 0.08 0.20 0.06 0.06 0.13 0.07 0.10 0.07 0.14 0.05 0.19 0.17 0.12 0.05 0.08 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08
N1 0.06 0.17 0.05 0.05 0.10 0.06 0.08 0.07 0.12 0.05 0.17 0.14 0.10 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08
N3 0.08 0.13 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.12 0.12 0.10 0.15 0.11 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.13 0.14 0.14 0.14
N4 0.08 0.16 0.06 0.06 0.11 0.09 0.13 0.12 0.17 0.07 0.17 0.13 0.19 0.09 0.08 0.07 0.06 0.09 0.13 0.16 0.16 0.16
O2 0.11 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.13 0.13 0.14
O2' 0.06 0.16 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.11 0.09 0.15 0.13 0.12 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.10 0.08
O3' 0.06 0.17 0.06 0.06 0.09 0.05 0.09 0.06 0.13 0.09 0.16 0.14 0.15 0.11 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.09 0.07
O4' 0.07 0.19 0.06 0.06 0.11 0.06 0.09 0.07 0.12 0.06 0.18 0.16 0.11 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08
O5' 0.10 0.19 0.09 0.09 0.13 0.08 0.12 0.07 0.15 0.08 0.19 0.17 0.14 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.09 0.07
OP1 0.09 0.18 0.07 0.07 0.12 0.07 0.10 0.07 0.13 0.07 0.18 0.16 0.12 0.07 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06
OP2 0.09 0.17 0.07 0.07 0.11 0.07 0.10 0.06 0.13 0.08 0.16 0.14 0.12 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.06
P 0.07 0.16 0.06 0.05 0.10 0.05 0.09 0.05 0.12 0.06 0.16 0.13 0.11 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.07 0.09 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.06
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.06
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05 0.05 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.09 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07
N6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.06 0.08 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.04 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.06 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00