Doublet Group distance statistics: 54345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 2, 3, 4, 6, 3, 3, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3	A	0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1	A	0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6	A	0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1'	A	0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4	A	0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O2	A	0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N4	A	0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7	B	0, 0.619, 0.879, 1.139, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.879 std_dev=0.260
O4'	A	0, 0.065, 0.332, 0.599, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.332 std_dev=0.267
C2'	A	0, 0.090, 0.364, 0.638, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.364 std_dev=0.274
C5	B	0, 0.708, 1.017, 1.326, 1.583 max_d=1.583 avg_d=1.017 std_dev=0.309
C4	B	0, 0.686, 1.017, 1.347, 1.516 max_d=1.516 avg_d=1.017 std_dev=0.330
N3	B	0, 0.757, 1.125, 1.493, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.125 std_dev=0.368
C3'	A	0, 0.161, 0.547, 0.933, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.547 std_dev=0.386
C8	B	0, 0.677, 1.065, 1.453, 1.614 max_d=1.614 avg_d=1.065 std_dev=0.388
O2'	A	0, 0.062, 0.460, 0.858, 2.364 max_d=2.364 avg_d=0.460 std_dev=0.398
C4'	A	0, 0.089, 0.502, 0.915, 2.427 max_d=2.427 avg_d=0.502 std_dev=0.413
C2	B	0, 0.931, 1.376, 1.821, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.376 std_dev=0.445
N9	B	0, 0.719, 1.176, 1.633, 1.874 max_d=1.874 avg_d=1.176 std_dev=0.457
C6	B	0, 0.944, 1.416, 1.887, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.416 std_dev=0.472
O3'	A	0, 0.329, 0.802, 1.274, 2.759 max_d=2.759 avg_d=0.802 std_dev=0.473
N1	B	0, 1.075, 1.625, 2.175, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.625 std_dev=0.550
O5'	A	0, 0.266, 0.851, 1.436, 3.465 max_d=3.465 avg_d=0.851 std_dev=0.585
C5'	A	0, 0.249, 0.844, 1.438, 3.510 max_d=3.510 avg_d=0.844 std_dev=0.594
N6	B	0, 1.113, 1.731, 2.348, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.731 std_dev=0.617
OP2	A	0, 0.495, 1.199, 1.903, 4.105 max_d=4.105 avg_d=1.199 std_dev=0.704
C2'	B	0, 0.965, 1.683, 2.401, 2.663 max_d=2.663 avg_d=1.683 std_dev=0.718
C1'	B	0, 0.935, 1.656, 2.378, 2.638 max_d=2.638 avg_d=1.656 std_dev=0.722
P	A	0, 0.917, 1.663, 2.410, 4.157 max_d=4.157 avg_d=1.663 std_dev=0.746
O2'	B	0, 1.128, 2.071, 3.013, 3.377 max_d=3.377 avg_d=2.071 std_dev=0.943
O4'	B	0, 1.242, 2.218, 3.194, 3.276 max_d=3.276 avg_d=2.218 std_dev=0.976
C3'	B	0, 1.326, 2.303, 3.280, 3.312 max_d=3.312 avg_d=2.303 std_dev=0.977
OP1	A	0, 1.403, 2.569, 3.736, 6.113 max_d=6.113 avg_d=2.569 std_dev=1.166
C4'	B	0, 1.489, 2.664, 3.838, 3.836 max_d=3.836 avg_d=2.664 std_dev=1.174
C5'	B	0, 1.773, 3.073, 4.372, 4.314 max_d=4.314 avg_d=3.073 std_dev=1.299
O3'	B	0, 1.702, 3.019, 4.336, 4.229 max_d=4.229 avg_d=3.019 std_dev=1.317
O5'	B	0, 2.146, 3.606, 5.067, 5.000 max_d=5.000 avg_d=3.606 std_dev=1.461
OP2	B	0, 2.304, 3.779, 5.253, 4.914 max_d=4.914 avg_d=3.779 std_dev=1.474
P	B	0, 2.537, 4.370, 6.203, 5.852 max_d=5.852 avg_d=4.370 std_dev=1.833
OP1	B	0, 3.112, 5.591, 8.069, 7.510 max_d=7.510 avg_d=5.591 std_dev=2.479

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.12	0.00	0.04	0.16	0.10	0.08
C2	0.01	0.00	0.14	0.13	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.08	0.10	0.11	0.10	0.30	0.19	0.09
C2'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.03	0.01	0.10	0.08	0.13	0.02	0.11	0.03	0.24	0.00	0.01	0.01	0.17	0.23	0.30	0.21
C3'	0.01	0.13	0.00	0.00	0.16	0.00	0.17	0.01	0.16	0.10	0.15	0.17	0.16	0.01	0.01	0.01	0.06	0.28	0.11	0.10
C4	0.01	0.01	0.03	0.16	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.13	0.08	0.03	0.21	0.38	0.34	0.15
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.12	0.04	0.03	0.06	0.11	0.13	0.01	0.00	0.01	0.13	0.07	0.03
C5	0.01	0.01	0.10	0.17	0.00	0.11	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.23	0.14	0.07	0.27	0.37	0.35	0.19
C5'	0.03	0.07	0.08	0.01	0.06	0.00	0.13	0.00	0.13	0.03	0.06	0.07	0.14	0.05	0.09	0.01	0.00	0.15	0.14	0.01
C6	0.01	0.01	0.13	0.16	0.01	0.12	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.23	0.13	0.10	0.23	0.30	0.24	0.15
N1	0.01	0.01	0.02	0.10	0.01	0.04	0.01	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.08	0.04	0.01	0.12	0.24	0.16	0.08
N3	0.01	0.00	0.11	0.15	0.00	0.03	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.08	0.09	0.15	0.35	0.27	0.10
N4	0.01	0.01	0.03	0.17	0.00	0.06	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.14	0.10	0.03	0.24	0.42	0.40	0.17
O2	0.02	0.00	0.24	0.16	0.01	0.11	0.01	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.22	0.19	0.18	0.08	0.31	0.15	0.11
O2'	0.02	0.08	0.00	0.01	0.13	0.13	0.23	0.05	0.23	0.08	0.07	0.14	0.22	0.00	0.03	0.09	0.13	0.22	0.34	0.19
O3'	0.12	0.10	0.01	0.01	0.08	0.01	0.14	0.09	0.13	0.04	0.08	0.10	0.19	0.03	0.00	0.08	0.09	0.47	0.09	0.20
O4'	0.00	0.11	0.01	0.01	0.03	0.00	0.07	0.01	0.10	0.01	0.09	0.03	0.18	0.09	0.08	0.00	0.09	0.08	0.08	0.04
O5'	0.04	0.10	0.17	0.06	0.21	0.01	0.27	0.00	0.23	0.12	0.15	0.24	0.08	0.13	0.09	0.09	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.16	0.30	0.23	0.28	0.38	0.13	0.37	0.15	0.30	0.24	0.35	0.42	0.31	0.22	0.47	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.10	0.19	0.30	0.11	0.34	0.07	0.35	0.14	0.24	0.16	0.27	0.40	0.15	0.34	0.09	0.08	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.08	0.09	0.21	0.10	0.15	0.03	0.19	0.01	0.15	0.08	0.10	0.17	0.11	0.19	0.20	0.04	0.00	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.15	0.31	0.56	0.08	0.49	0.11	0.68	0.23	0.15	0.24	0.08	0.36	0.11	0.13	0.26	0.72	0.27	0.55	0.57	0.56	0.50
C2	0.15	0.12	0.25	0.46	0.08	0.38	0.11	0.54	0.20	0.13	0.20	0.07	0.34	0.12	0.11	0.20	0.58	0.20	0.48	0.44	0.43	0.42
C2'	0.23	0.19	0.38	0.60	0.16	0.49	0.12	0.63	0.17	0.17	0.20	0.18	0.24	0.12	0.19	0.33	0.77	0.27	0.52	0.50	0.51	0.46
C3'	0.20	0.15	0.31	0.51	0.15	0.42	0.12	0.56	0.13	0.16	0.15	0.15	0.17	0.12	0.17	0.26	0.66	0.24	0.43	0.36	0.38	0.33
C4	0.13	0.07	0.19	0.31	0.09	0.26	0.08	0.38	0.07	0.13	0.08	0.09	0.10	0.11	0.12	0.17	0.39	0.15	0.49	0.46	0.41	0.47
C4'	0.18	0.15	0.29	0.47	0.12	0.41	0.14	0.58	0.19	0.16	0.20	0.12	0.26	0.14	0.15	0.27	0.62	0.21	0.53	0.50	0.49	0.45
C5	0.15	0.07	0.21	0.35	0.10	0.31	0.08	0.45	0.08	0.14	0.08	0.09	0.11	0.11	0.13	0.19	0.44	0.18	0.51	0.46	0.45	0.47
C5'	0.20	0.16	0.30	0.40	0.16	0.34	0.16	0.49	0.17	0.18	0.18	0.15	0.21	0.17	0.18	0.31	0.53	0.18	0.52	0.46	0.46	0.44
C6	0.17	0.08	0.24	0.43	0.08	0.39	0.08	0.54	0.12	0.15	0.12	0.07	0.20	0.10	0.13	0.22	0.54	0.22	0.52	0.48	0.49	0.47
N1	0.17	0.12	0.27	0.48	0.08	0.42	0.10	0.59	0.18	0.14	0.19	0.07	0.30	0.11	0.12	0.22	0.62	0.23	0.52	0.49	0.49	0.46
N3	0.13	0.08	0.21	0.37	0.08	0.30	0.09	0.43	0.13	0.13	0.12	0.07	0.22	0.11	0.11	0.17	0.46	0.15	0.46	0.42	0.38	0.42
N4	0.14	0.12	0.18	0.25	0.12	0.20	0.12	0.29	0.13	0.14	0.13	0.12	0.16	0.12	0.13	0.17	0.29	0.14	0.52	0.57	0.47	0.57
O2	0.15	0.18	0.28	0.51	0.09	0.42	0.15	0.57	0.29	0.13	0.28	0.10	0.46	0.13	0.11	0.22	0.66	0.21	0.47	0.45	0.44	0.40
O2'	0.26	0.16	0.45	0.70	0.13	0.57	0.10	0.73	0.18	0.20	0.21	0.14	0.31	0.14	0.19	0.40	0.91	0.31	0.62	0.66	0.64	0.60
O3'	0.20	0.12	0.34	0.53	0.14	0.40	0.12	0.54	0.11	0.16	0.11	0.14	0.13	0.14	0.17	0.30	0.69	0.20	0.47	0.38	0.39	0.38
O4'	0.21	0.25	0.29	0.47	0.18	0.44	0.22	0.63	0.30	0.20	0.32	0.19	0.39	0.20	0.18	0.28	0.62	0.25	0.57	0.60	0.57	0.53
O5'	0.14	0.12	0.19	0.31	0.12	0.28	0.12	0.41	0.13	0.13	0.13	0.12	0.15	0.13	0.13	0.18	0.42	0.19	0.39	0.28	0.30	0.28
OP1	0.38	0.44	0.45	0.50	0.40	0.43	0.40	0.48	0.45	0.38	0.47	0.41	0.48	0.38	0.38	0.45	0.59	0.37	0.62	0.47	0.50	0.51
OP2	0.30	0.33	0.26	0.23	0.32	0.24	0.33	0.25	0.34	0.31	0.34	0.32	0.35	0.32	0.31	0.27	0.25	0.32	0.37	0.29	0.29	0.31
P	0.16	0.11	0.26	0.27	0.12	0.17	0.11	0.23	0.11	0.16	0.12	0.11	0.13	0.13	0.15	0.27	0.35	0.13	0.47	0.35	0.37	0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.14	0.24	0.17	0.22
C2	0.02	0.00	0.12	0.15	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.14	0.17	0.06	0.25	0.40	0.22	0.36
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.01	0.04	0.01	0.06	0.06	0.10	0.12	0.05	0.04	0.02	0.00	0.02	0.01	0.17	0.19	0.12	0.18
C3'	0.01	0.15	0.00	0.00	0.11	0.00	0.12	0.02	0.14	0.09	0.15	0.14	0.13	0.10	0.07	0.01	0.00	0.01	0.19	0.21	0.09	0.14
C4	0.01	0.01	0.07	0.11	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.11	0.03	0.26	0.36	0.21	0.34
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.07	0.01	0.06	0.08	0.05	0.03	0.07	0.09	0.04	0.04	0.01	0.00	0.02	0.14	0.18	0.08
C5	0.01	0.01	0.04	0.12	0.00	0.07	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.12	0.02	0.31	0.39	0.23	0.37
C5'	0.02	0.08	0.01	0.02	0.10	0.01	0.15	0.00	0.15	0.16	0.12	0.06	0.17	0.18	0.10	0.04	0.03	0.01	0.01	0.20	0.23	0.01
C6	0.02	0.00	0.06	0.14	0.01	0.06	0.01	0.15	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.09	0.15	0.03	0.31	0.42	0.25	0.40
C8	0.01	0.01	0.06	0.09	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.05	0.10	0.05	0.31	0.32	0.20	0.32
N1	0.02	0.00	0.10	0.15	0.01	0.05	0.01	0.12	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.17	0.05	0.29	0.42	0.25	0.39
N3	0.02	0.00	0.12	0.14	0.00	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.13	0.14	0.06	0.22	0.36	0.20	0.33
N6	0.02	0.01	0.05	0.13	0.01	0.07	0.01	0.17	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.16	0.02	0.34	0.43	0.28	0.41
N7	0.01	0.01	0.04	0.10	0.00	0.09	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.05	0.12	0.03	0.33	0.37	0.24	0.36
N9	0.00	0.01	0.02	0.07	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.01	0.24	0.31	0.19	0.29
O2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.08	0.04	0.07	0.04	0.09	0.05	0.12	0.13	0.08	0.05	0.03	0.00	0.05	0.05	0.07	0.12	0.14	0.10
O3'	0.02	0.17	0.02	0.00	0.11	0.01	0.12	0.03	0.15	0.10	0.17	0.14	0.16	0.12	0.06	0.05	0.00	0.01	0.11	0.22	0.12	0.06
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.05	0.05	0.06	0.02	0.03	0.01	0.05	0.01	0.00	0.06	0.23	0.20	0.19
O5'	0.14	0.25	0.17	0.19	0.26	0.02	0.31	0.01	0.31	0.31	0.29	0.22	0.34	0.33	0.24	0.07	0.11	0.06	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.24	0.40	0.19	0.21	0.36	0.14	0.39	0.20	0.42	0.32	0.42	0.36	0.43	0.37	0.31	0.12	0.22	0.23	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.17	0.22	0.12	0.09	0.21	0.18	0.23	0.23	0.25	0.20	0.25	0.20	0.28	0.24	0.19	0.14	0.12	0.20	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.22	0.36	0.18	0.14	0.34	0.08	0.37	0.01	0.40	0.32	0.39	0.33	0.41	0.36	0.29	0.10	0.06	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00