ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54346

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 2, 1, 2, 4, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.020, 0.037, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.019, 0.037, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.021, 0.038, 0.056, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.020, 0.039, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.049, 0.093, 0.137, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.093 std_dev=0.044
N4 A 0, 0.063, 0.119, 0.174, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.119 std_dev=0.055
C5 B 0, 0.312, 0.595, 0.877, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.595 std_dev=0.282
N7 B 0, 0.352, 0.657, 0.961, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.657 std_dev=0.305
C6 B 0, 0.221, 0.533, 0.845, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.533 std_dev=0.312
N6 B 0, 0.349, 0.684, 1.020, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.684 std_dev=0.335
C4 B 0, 0.478, 0.860, 1.242, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.860 std_dev=0.382
C8 B 0, 0.477, 0.863, 1.249, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.863 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.247, 0.652, 1.057, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.652 std_dev=0.405
O4' A 0, 0.111, 0.527, 0.944, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.527 std_dev=0.417
N9 B 0, 0.579, 1.017, 1.456, 1.739 max_d=1.739 avg_d=1.017 std_dev=0.439
C2' A 0, 0.106, 0.586, 1.066, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.586 std_dev=0.480
N3 B 0, 0.523, 1.038, 1.553, 1.976 max_d=1.976 avg_d=1.038 std_dev=0.515
C2 B 0, 0.342, 0.865, 1.387, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.865 std_dev=0.523
C4' A 0, 0.328, 0.880, 1.432, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.880 std_dev=0.552
C3' A 0, 0.260, 0.842, 1.424, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.842 std_dev=0.582
C1' B 0, 0.716, 1.333, 1.950, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.333 std_dev=0.617
O2' A 0, 0.226, 0.944, 1.663, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.944 std_dev=0.719
O4' B 0, 0.576, 1.349, 2.122, 2.606 max_d=2.606 avg_d=1.349 std_dev=0.773
C3' B 0, 0.635, 1.440, 2.246, 2.839 max_d=2.839 avg_d=1.440 std_dev=0.806
C5' A 0, 0.747, 1.596, 2.446, 2.860 max_d=2.860 avg_d=1.596 std_dev=0.849
O5' B 0, 0.748, 1.615, 2.481, 3.237 max_d=3.237 avg_d=1.615 std_dev=0.866
O3' A 0, 0.317, 1.225, 2.134, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.225 std_dev=0.908
C4' B 0, 0.490, 1.413, 2.335, 3.021 max_d=3.021 avg_d=1.413 std_dev=0.922
C2' B 0, 0.638, 1.568, 2.498, 2.846 max_d=2.846 avg_d=1.568 std_dev=0.930
OP2 A 0, 1.000, 1.930, 2.860, 3.367 max_d=3.367 avg_d=1.930 std_dev=0.930
P A 0, 0.769, 1.708, 2.646, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.708 std_dev=0.939
C5' B 0, 0.752, 1.733, 2.713, 3.524 max_d=3.524 avg_d=1.733 std_dev=0.980
OP1 A 0, 1.030, 2.040, 3.049, 3.506 max_d=3.506 avg_d=2.040 std_dev=1.009
O5' A 0, 0.262, 1.284, 2.306, 3.479 max_d=3.479 avg_d=1.284 std_dev=1.022
O3' B 0, 0.432, 1.487, 2.542, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.487 std_dev=1.055
P B 0, 0.951, 2.090, 3.229, 3.850 max_d=3.850 avg_d=2.090 std_dev=1.139
OP1 B 0, 1.027, 2.260, 3.493, 4.983 max_d=4.983 avg_d=2.260 std_dev=1.233
O2' B 0, 0.533, 1.995, 3.457, 4.498 max_d=4.498 avg_d=1.995 std_dev=1.462
OP2 B 0, 0.524, 2.306, 4.089, 5.944 max_d=5.944 avg_d=2.306 std_dev=1.782

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.33 0.00 0.23 0.26 0.32 0.15
C2 0.02 0.00 0.21 0.23 0.01 0.10 0.01 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.19 0.19 0.29 0.30 0.46 0.28
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.05 0.02 0.16 0.33 0.22 0.02 0.16 0.06 0.36 0.00 0.03 0.01 0.28 0.46 0.66 0.40
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.31 0.01 0.29 0.05 0.23 0.18 0.29 0.33 0.19 0.02 0.01 0.03 0.28 0.44 0.25 0.26
C4 0.01 0.01 0.05 0.31 0.00 0.16 0.00 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.15 0.05 0.39 0.41 0.64 0.46
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.13 0.18 0.14 0.30 0.03 0.00 0.02 0.28 0.26 0.07
C5 0.01 0.01 0.16 0.29 0.00 0.21 0.00 0.60 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.42 0.18 0.10 0.46 0.46 0.67 0.52
C5' 0.21 0.42 0.33 0.05 0.57 0.01 0.60 0.00 0.53 0.40 0.51 0.61 0.37 0.07 0.24 0.04 0.01 0.35 0.42 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.23 0.01 0.20 0.00 0.53 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.13 0.16 0.45 0.36 0.55 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.09 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.15 0.02 0.31 0.27 0.43 0.27
N3 0.02 0.01 0.16 0.29 0.01 0.13 0.00 0.51 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.15 0.16 0.33 0.33 0.55 0.36
N4 0.02 0.02 0.06 0.33 0.00 0.18 0.01 0.61 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.32 0.19 0.06 0.41 0.47 0.70 0.51
O2 0.03 0.01 0.36 0.19 0.02 0.14 0.02 0.37 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.36 0.31 0.31 0.29 0.34 0.41 0.25
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.29 0.30 0.42 0.07 0.41 0.17 0.19 0.32 0.36 0.00 0.07 0.20 0.20 0.28 0.61 0.23
O3' 0.33 0.19 0.03 0.01 0.15 0.03 0.18 0.24 0.13 0.15 0.15 0.19 0.31 0.07 0.00 0.32 0.31 0.53 0.21 0.30
O4' 0.00 0.19 0.01 0.03 0.05 0.00 0.10 0.04 0.16 0.02 0.16 0.06 0.31 0.20 0.32 0.00 0.34 0.38 0.19 0.27
O5' 0.23 0.29 0.28 0.28 0.39 0.02 0.46 0.01 0.45 0.31 0.33 0.41 0.29 0.20 0.31 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.26 0.30 0.46 0.44 0.41 0.28 0.46 0.35 0.36 0.27 0.33 0.47 0.34 0.28 0.53 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.46 0.66 0.25 0.64 0.26 0.67 0.42 0.55 0.43 0.55 0.70 0.41 0.61 0.21 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.28 0.40 0.26 0.46 0.07 0.52 0.01 0.44 0.27 0.36 0.51 0.25 0.23 0.30 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.15 0.33 0.31 0.22 0.23 0.22 0.32 0.15 0.34 0.14 0.18 0.13 0.32 0.28 0.69 0.31 0.30 0.82 1.03 1.93 1.33
C2 0.29 0.15 0.33 0.30 0.22 0.22 0.21 0.28 0.13 0.33 0.14 0.18 0.11 0.30 0.28 0.69 0.28 0.28 0.80 0.97 1.82 1.27
C2' 0.33 0.54 0.42 0.47 0.38 0.33 0.36 0.40 0.46 0.33 0.57 0.46 0.48 0.33 0.33 0.59 0.45 0.33 0.88 1.07 2.00 1.41
C3' 0.40 0.46 0.42 0.53 0.40 0.43 0.39 0.43 0.42 0.39 0.46 0.43 0.42 0.38 0.39 0.62 0.45 0.43 0.88 1.09 2.08 1.45
C4 0.33 0.15 0.48 0.21 0.22 0.23 0.19 0.33 0.16 0.35 0.17 0.18 0.23 0.28 0.30 0.85 0.25 0.28 0.81 1.04 2.00 1.36
C4' 0.35 0.18 0.41 0.29 0.26 0.28 0.27 0.35 0.20 0.39 0.18 0.21 0.20 0.36 0.34 0.81 0.29 0.34 0.76 1.05 1.96 1.32
C5 0.34 0.15 0.52 0.22 0.21 0.25 0.19 0.37 0.16 0.35 0.17 0.18 0.22 0.28 0.30 0.88 0.26 0.29 0.82 1.10 2.12 1.42
C5' 0.75 0.46 0.84 0.56 0.62 0.66 0.62 0.76 0.51 0.79 0.44 0.55 0.48 0.74 0.72 1.23 0.61 0.70 0.92 1.21 2.03 1.41
C6 0.32 0.15 0.45 0.23 0.22 0.24 0.20 0.36 0.15 0.35 0.16 0.18 0.18 0.30 0.30 0.82 0.26 0.30 0.82 1.09 2.08 1.41
N1 0.30 0.15 0.37 0.27 0.22 0.23 0.21 0.32 0.14 0.34 0.15 0.18 0.13 0.31 0.29 0.74 0.27 0.29 0.81 1.03 1.95 1.34
N3 0.31 0.15 0.37 0.25 0.22 0.21 0.20 0.28 0.13 0.33 0.15 0.18 0.18 0.30 0.29 0.74 0.24 0.27 0.79 0.97 1.83 1.27
N4 0.36 0.17 0.58 0.23 0.22 0.24 0.18 0.35 0.19 0.35 0.19 0.20 0.28 0.24 0.31 0.91 0.28 0.28 0.80 1.05 2.04 1.36
O2 0.27 0.16 0.29 0.37 0.22 0.23 0.23 0.26 0.16 0.31 0.15 0.19 0.15 0.30 0.27 0.60 0.33 0.28 0.79 0.93 1.68 1.20
O2' 0.38 0.51 0.41 0.35 0.38 0.39 0.40 0.58 0.45 0.46 0.54 0.42 0.49 0.46 0.39 0.62 0.45 0.47 0.97 1.14 1.92 1.44
O3' 0.35 0.27 0.39 0.30 0.31 0.30 0.32 0.38 0.30 0.39 0.28 0.28 0.34 0.38 0.35 0.72 0.32 0.35 0.81 1.02 1.92 1.35
O4' 0.43 0.34 0.46 0.28 0.38 0.29 0.38 0.33 0.34 0.44 0.33 0.37 0.33 0.42 0.42 0.89 0.29 0.38 0.74 1.02 1.89 1.27
O5' 0.44 0.32 0.50 0.46 0.37 0.45 0.37 0.51 0.34 0.46 0.33 0.33 0.35 0.43 0.42 0.85 0.44 0.47 0.93 1.32 2.21 1.52
OP1 0.57 0.33 0.70 0.50 0.43 0.58 0.43 0.72 0.36 0.60 0.34 0.37 0.36 0.54 0.53 1.05 0.53 0.57 1.09 1.55 2.41 1.73
OP2 0.89 0.59 1.07 0.77 0.74 0.85 0.73 0.97 0.62 0.90 0.56 0.68 0.58 0.83 0.84 1.40 0.80 0.83 1.29 1.70 2.59 1.90
P 0.64 0.36 0.79 0.54 0.49 0.61 0.48 0.73 0.38 0.65 0.34 0.43 0.36 0.59 0.60 1.16 0.57 0.61 1.12 1.56 2.45 1.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.35 0.00 0.38 0.32 0.44 0.32
C2 0.02 0.00 0.44 0.35 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.39 0.24 0.50 0.44 0.60 0.55
C2' 0.00 0.44 0.00 0.00 0.24 0.01 0.14 0.24 0.23 0.19 0.35 0.43 0.18 0.09 0.03 0.00 0.04 0.01 0.59 0.63 0.75 0.59
C3' 0.02 0.35 0.00 0.00 0.26 0.01 0.31 0.02 0.35 0.31 0.35 0.31 0.37 0.34 0.19 0.02 0.01 0.02 0.29 0.41 0.33 0.14
C4 0.01 0.00 0.24 0.26 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.21 0.13 0.56 0.50 0.68 0.62
C4' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.19 0.07 0.11 0.09 0.16 0.07 0.26 0.03 0.01 0.02 0.11 0.59 0.18
C5 0.01 0.01 0.14 0.31 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.11 0.08 0.69 0.68 1.05 0.86
C5' 0.11 0.20 0.24 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.17 0.18 0.18 0.19 0.19 0.19 0.12 0.05 0.21 0.02 0.01 0.36 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.35 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.16 0.14 0.69 0.69 1.09 0.89
C8 0.01 0.01 0.19 0.31 0.00 0.19 0.01 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.36 0.21 0.13 0.73 0.71 1.09 0.89
N1 0.02 0.00 0.35 0.35 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.28 0.20 0.60 0.57 0.84 0.73
N3 0.02 0.00 0.43 0.31 0.00 0.11 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.40 0.23 0.46 0.38 0.50 0.46
N6 0.02 0.01 0.18 0.37 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.20 0.15 0.11 0.76 0.82 1.34 1.04
N7 0.01 0.01 0.09 0.34 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.19 0.06 0.78 0.82 1.33 1.04
N9 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.16 0.02 0.55 0.49 0.64 0.59
O2' 0.02 0.31 0.00 0.02 0.13 0.26 0.19 0.05 0.16 0.36 0.21 0.31 0.20 0.33 0.17 0.00 0.07 0.17 0.38 0.43 1.02 0.52
O3' 0.35 0.39 0.04 0.01 0.21 0.03 0.11 0.21 0.16 0.21 0.28 0.40 0.15 0.19 0.16 0.07 0.00 0.26 0.27 0.42 0.69 0.29
O4' 0.00 0.24 0.01 0.02 0.13 0.01 0.08 0.02 0.14 0.13 0.20 0.23 0.11 0.06 0.02 0.17 0.26 0.00 0.17 0.19 0.32 0.12
O5' 0.38 0.50 0.59 0.29 0.56 0.02 0.69 0.01 0.69 0.73 0.60 0.46 0.76 0.78 0.55 0.38 0.27 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.32 0.44 0.63 0.41 0.50 0.11 0.68 0.36 0.69 0.71 0.57 0.38 0.82 0.82 0.49 0.43 0.42 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.44 0.60 0.75 0.33 0.68 0.59 1.05 0.34 1.09 1.09 0.84 0.50 1.34 1.33 0.64 1.02 0.69 0.32 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.55 0.59 0.14 0.62 0.18 0.86 0.02 0.89 0.89 0.73 0.46 1.04 1.04 0.59 0.52 0.29 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00