ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 2, 0, 4, 2, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.020, 0.033, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.019, 0.033, 0.048, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.021, 0.036, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.020, 0.036, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.036 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.035 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.046, 0.077, 0.108, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.077 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.057, 0.096, 0.135, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.096 std_dev=0.039
C6 B 0, 0.297, 0.549, 0.802, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.549 std_dev=0.252
N3 B 0, 0.260, 0.526, 0.793, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.526 std_dev=0.267
C3' A 0, 0.613, 0.903, 1.193, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.903 std_dev=0.290
C5 B 0, 0.262, 0.554, 0.845, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.554 std_dev=0.291
N6 B 0, 0.407, 0.730, 1.054, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.730 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.307, 0.632, 0.958, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.632 std_dev=0.326
C2 B 0, 0.419, 0.765, 1.112, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.765 std_dev=0.346
C4' A 0, 0.515, 0.870, 1.224, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.870 std_dev=0.355
O4' A 0, 0.171, 0.526, 0.881, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.526 std_dev=0.355
N1 B 0, 0.512, 0.886, 1.260, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.886 std_dev=0.374
O3' A 0, 0.912, 1.310, 1.708, 1.968 max_d=1.968 avg_d=1.310 std_dev=0.398
C2' A 0, 0.279, 0.738, 1.197, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.738 std_dev=0.459
N7 B 0, 0.590, 1.056, 1.522, 1.748 max_d=1.748 avg_d=1.056 std_dev=0.466
N9 B 0, 0.654, 1.178, 1.702, 2.039 max_d=2.039 avg_d=1.178 std_dev=0.524
C5' A 0, 0.751, 1.335, 1.918, 1.970 max_d=1.970 avg_d=1.335 std_dev=0.584
C8 B 0, 0.800, 1.431, 2.063, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.431 std_dev=0.631
O4' B 0, 0.891, 1.534, 2.176, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.534 std_dev=0.643
C3' B 0, 1.011, 1.658, 2.305, 2.555 max_d=2.555 avg_d=1.658 std_dev=0.647
C1' B 0, 0.804, 1.458, 2.111, 2.578 max_d=2.578 avg_d=1.458 std_dev=0.653
C2' B 0, 0.964, 1.634, 2.305, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.634 std_dev=0.671
C4' B 0, 0.854, 1.583, 2.311, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.583 std_dev=0.728
O3' B 0, 1.120, 1.897, 2.674, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.897 std_dev=0.777
O2' A 0, 0.596, 1.461, 2.326, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.461 std_dev=0.865
O2' B 0, 1.082, 1.970, 2.858, 3.650 max_d=3.650 avg_d=1.970 std_dev=0.888
O5' A 0, 0.439, 1.378, 2.317, 3.298 max_d=3.298 avg_d=1.378 std_dev=0.939
C5' B 0, 0.713, 1.672, 2.631, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.672 std_dev=0.959
P A 0, 0.898, 1.988, 3.078, 4.098 max_d=4.098 avg_d=1.988 std_dev=1.090
OP1 A 0, 0.897, 2.080, 3.263, 4.157 max_d=4.157 avg_d=2.080 std_dev=1.183
OP2 A 0, 1.314, 2.503, 3.691, 4.551 max_d=4.551 avg_d=2.503 std_dev=1.189
O5' B 0, 0.588, 1.784, 2.979, 3.787 max_d=3.787 avg_d=1.784 std_dev=1.196
P B 0, 0.696, 2.069, 3.442, 5.395 max_d=5.395 avg_d=2.069 std_dev=1.373
OP2 B 0, 0.515, 2.125, 3.735, 7.173 max_d=7.173 avg_d=2.125 std_dev=1.610
OP1 B 0, 2.142, 4.090, 6.038, 7.275 max_d=7.275 avg_d=4.090 std_dev=1.948

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.30 0.01 0.22 0.32 0.50 0.35
C2 0.02 0.00 0.18 0.25 0.01 0.06 0.02 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.20 0.08 0.35 0.30 0.48 0.35
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.02 0.18 0.18 0.21 0.04 0.14 0.10 0.33 0.00 0.03 0.03 0.39 0.53 0.76 0.54
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.35 0.01 0.35 0.03 0.30 0.21 0.31 0.38 0.21 0.03 0.01 0.02 0.23 0.46 0.31 0.25
C4 0.02 0.01 0.09 0.35 0.00 0.17 0.01 0.32 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.37 0.21 0.05 0.53 0.39 0.54 0.42
C4' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.21 0.09 0.10 0.19 0.08 0.30 0.03 0.01 0.03 0.23 0.25 0.12
C5 0.03 0.02 0.18 0.35 0.01 0.22 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.41 0.24 0.10 0.56 0.38 0.50 0.42
C5' 0.07 0.17 0.18 0.03 0.32 0.01 0.37 0.00 0.31 0.17 0.24 0.36 0.13 0.14 0.19 0.02 0.01 0.25 0.24 0.02
C6 0.03 0.02 0.21 0.30 0.01 0.21 0.01 0.31 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.36 0.18 0.12 0.47 0.31 0.44 0.36
N1 0.01 0.01 0.04 0.21 0.02 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.15 0.02 0.34 0.29 0.47 0.35
N3 0.02 0.01 0.14 0.31 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.31 0.18 0.06 0.44 0.34 0.51 0.38
N4 0.03 0.01 0.10 0.38 0.01 0.19 0.02 0.36 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.41 0.25 0.06 0.58 0.44 0.59 0.46
O2 0.05 0.01 0.33 0.21 0.02 0.08 0.03 0.13 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.33 0.33 0.15 0.27 0.28 0.48 0.34
O2' 0.03 0.25 0.00 0.03 0.37 0.30 0.41 0.14 0.36 0.22 0.31 0.41 0.33 0.00 0.08 0.19 0.30 0.50 0.82 0.47
O3' 0.30 0.20 0.03 0.01 0.21 0.03 0.24 0.19 0.18 0.15 0.18 0.25 0.33 0.08 0.00 0.20 0.28 0.63 0.24 0.29
O4' 0.01 0.08 0.03 0.02 0.05 0.01 0.10 0.02 0.12 0.02 0.06 0.06 0.15 0.19 0.20 0.00 0.24 0.33 0.45 0.37
O5' 0.22 0.35 0.39 0.23 0.53 0.03 0.56 0.01 0.47 0.34 0.44 0.58 0.27 0.30 0.28 0.24 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.32 0.30 0.53 0.46 0.39 0.23 0.38 0.25 0.31 0.29 0.34 0.44 0.28 0.50 0.63 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.48 0.76 0.31 0.54 0.25 0.50 0.24 0.44 0.47 0.51 0.59 0.48 0.82 0.24 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.35 0.35 0.54 0.25 0.42 0.12 0.42 0.02 0.36 0.35 0.38 0.46 0.34 0.47 0.29 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.18 0.40 0.48 0.22 0.32 0.23 0.34 0.20 0.32 0.19 0.19 0.23 0.30 0.28 0.46 0.54 0.27 1.02 1.61 0.89 1.08
C2 0.28 0.18 0.33 0.43 0.22 0.32 0.22 0.35 0.19 0.32 0.19 0.19 0.22 0.30 0.27 0.39 0.45 0.29 1.03 1.58 0.92 1.09
C2' 0.25 0.34 0.30 0.41 0.23 0.31 0.22 0.39 0.28 0.28 0.37 0.28 0.30 0.25 0.24 0.40 0.46 0.30 1.08 1.76 1.08 1.21
C3' 0.27 0.27 0.33 0.31 0.23 0.23 0.23 0.27 0.25 0.29 0.29 0.24 0.27 0.27 0.26 0.45 0.40 0.35 0.83 1.54 0.72 0.90
C4 0.26 0.18 0.35 0.52 0.20 0.35 0.20 0.41 0.21 0.29 0.21 0.18 0.26 0.25 0.25 0.35 0.57 0.27 1.07 1.63 0.98 1.14
C4' 0.34 0.20 0.51 0.57 0.25 0.34 0.24 0.33 0.20 0.34 0.20 0.23 0.22 0.30 0.31 0.57 0.69 0.30 0.99 1.60 0.77 0.98
C5 0.28 0.18 0.42 0.58 0.21 0.37 0.21 0.41 0.21 0.31 0.21 0.19 0.25 0.27 0.27 0.41 0.67 0.28 1.06 1.65 0.99 1.12
C5' 0.35 0.25 0.51 0.60 0.28 0.39 0.28 0.41 0.27 0.37 0.26 0.26 0.29 0.34 0.33 0.55 0.77 0.39 1.02 1.70 0.75 1.01
C6 0.29 0.17 0.42 0.55 0.21 0.35 0.21 0.38 0.19 0.31 0.19 0.17 0.23 0.28 0.27 0.43 0.64 0.27 1.04 1.63 0.94 1.09
N1 0.28 0.17 0.38 0.48 0.21 0.33 0.22 0.36 0.19 0.32 0.19 0.18 0.22 0.29 0.27 0.42 0.54 0.28 1.04 1.61 0.91 1.09
N3 0.27 0.16 0.31 0.44 0.20 0.33 0.20 0.38 0.18 0.30 0.18 0.17 0.23 0.28 0.26 0.34 0.46 0.29 1.04 1.58 0.94 1.11
N4 0.26 0.21 0.36 0.56 0.21 0.38 0.21 0.45 0.25 0.26 0.24 0.20 0.31 0.22 0.24 0.33 0.61 0.28 1.10 1.65 1.05 1.19
O2 0.30 0.22 0.33 0.39 0.25 0.31 0.26 0.34 0.23 0.33 0.22 0.23 0.24 0.33 0.29 0.43 0.40 0.30 1.00 1.54 0.90 1.07
O2' 0.49 0.49 0.47 0.61 0.45 0.57 0.45 0.67 0.46 0.54 0.50 0.46 0.47 0.52 0.48 0.50 0.62 0.54 1.37 2.00 1.42 1.55
O3' 0.36 0.40 0.49 0.51 0.35 0.34 0.35 0.33 0.37 0.37 0.40 0.37 0.38 0.36 0.36 0.55 0.59 0.34 0.97 1.57 0.85 1.00
O4' 0.41 0.26 0.57 0.64 0.33 0.41 0.33 0.38 0.29 0.42 0.27 0.29 0.32 0.39 0.38 0.60 0.75 0.32 1.04 1.57 0.82 1.02
O5' 0.43 0.33 0.54 0.54 0.37 0.40 0.36 0.39 0.34 0.43 0.33 0.35 0.33 0.40 0.41 0.61 0.66 0.48 0.82 1.43 0.66 0.78
OP1 0.56 0.41 0.82 0.84 0.46 0.53 0.43 0.44 0.39 0.52 0.39 0.44 0.38 0.47 0.52 0.86 1.03 0.48 0.98 1.26 0.88 0.81
OP2 0.53 0.52 0.56 0.48 0.52 0.37 0.54 0.29 0.54 0.55 0.53 0.51 0.56 0.55 0.53 0.60 0.56 0.55 0.72 1.15 0.74 0.60
P 0.52 0.41 0.72 0.69 0.46 0.43 0.45 0.31 0.42 0.52 0.41 0.44 0.42 0.49 0.50 0.76 0.83 0.46 0.88 1.20 0.81 0.72

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.22 0.36 0.52 0.23
C2 0.04 0.00 0.34 0.32 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.50 0.49 0.18 0.52 0.85 0.54 0.60
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.17 0.02 0.07 0.05 0.14 0.19 0.25 0.35 0.10 0.12 0.02 0.01 0.03 0.02 0.32 0.51 0.41 0.29
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.19 0.01 0.19 0.03 0.21 0.33 0.26 0.31 0.22 0.29 0.14 0.04 0.01 0.03 0.34 0.54 0.23 0.28
C4 0.02 0.01 0.17 0.19 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.30 0.24 0.10 0.52 0.78 0.54 0.56
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.07 0.06 0.10 0.13 0.07 0.17 0.03 0.01 0.03 0.31 0.41 0.07
C5 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.18 0.05 0.66 0.98 0.62 0.71
C5' 0.02 0.12 0.05 0.03 0.13 0.01 0.18 0.00 0.18 0.20 0.16 0.10 0.21 0.22 0.12 0.13 0.11 0.02 0.01 0.42 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.21 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.32 0.26 0.09 0.68 1.06 0.63 0.77
C8 0.01 0.01 0.19 0.33 0.01 0.13 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.14 0.29 0.10 0.64 0.82 0.65 0.63
N1 0.05 0.00 0.25 0.26 0.02 0.07 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.43 0.39 0.15 0.62 0.99 0.58 0.71
N3 0.04 0.01 0.35 0.31 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.48 0.45 0.17 0.45 0.73 0.51 0.51
N6 0.03 0.02 0.10 0.22 0.02 0.10 0.02 0.21 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.29 0.24 0.07 0.75 1.19 0.70 0.85
N7 0.01 0.01 0.12 0.29 0.01 0.13 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.15 0.24 0.05 0.72 1.04 0.70 0.77
N9 0.01 0.01 0.02 0.14 0.00 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.08 0.01 0.47 0.64 0.54 0.46
O2' 0.02 0.50 0.01 0.04 0.30 0.17 0.24 0.13 0.32 0.14 0.43 0.48 0.29 0.15 0.12 0.00 0.10 0.12 0.13 0.38 0.46 0.18
O3' 0.13 0.49 0.03 0.01 0.24 0.03 0.18 0.11 0.26 0.29 0.39 0.45 0.24 0.24 0.08 0.10 0.00 0.07 0.30 0.53 0.20 0.28
O4' 0.01 0.18 0.02 0.03 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.10 0.15 0.17 0.07 0.05 0.01 0.12 0.07 0.00 0.10 0.31 0.64 0.23
O5' 0.22 0.52 0.32 0.34 0.52 0.03 0.66 0.01 0.68 0.64 0.62 0.45 0.75 0.72 0.47 0.13 0.30 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.36 0.85 0.51 0.54 0.78 0.31 0.98 0.42 1.06 0.82 0.99 0.73 1.19 1.04 0.64 0.38 0.53 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.52 0.54 0.41 0.23 0.54 0.41 0.62 0.39 0.63 0.65 0.58 0.51 0.70 0.70 0.54 0.46 0.20 0.64 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.60 0.29 0.28 0.56 0.07 0.71 0.02 0.77 0.63 0.71 0.51 0.85 0.77 0.46 0.18 0.28 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00