ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54348

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.023, 0.046, 0.068, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.046 std_dev=0.022
N4 A 0, 0.022, 0.050, 0.079, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N7 B 0, 0.250, 0.515, 0.780, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.515 std_dev=0.265
C8 B 0, 0.269, 0.634, 1.000, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.634 std_dev=0.365
C5 B 0, 0.336, 0.732, 1.128, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.732 std_dev=0.396
C6 B 0, 0.472, 0.926, 1.380, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.926 std_dev=0.454
N6 B 0, 0.451, 0.907, 1.363, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.907 std_dev=0.456
O4' A 0, 0.092, 0.594, 1.096, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.594 std_dev=0.502
N9 B 0, 0.378, 0.926, 1.474, 1.724 max_d=1.724 avg_d=0.926 std_dev=0.548
C2' A 0, 0.104, 0.667, 1.231, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.667 std_dev=0.563
C4 B 0, 0.360, 0.969, 1.579, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.969 std_dev=0.609
O5' B 0, 0.409, 1.047, 1.685, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.047 std_dev=0.638
N1 B 0, 0.597, 1.268, 1.939, 2.213 max_d=2.213 avg_d=1.268 std_dev=0.671
C4' A 0, 0.170, 0.846, 1.521, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.846 std_dev=0.676
O4' B 0, 0.390, 1.104, 1.819, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.104 std_dev=0.715
C3' A 0, 0.196, 0.912, 1.627, 2.496 max_d=2.496 avg_d=0.912 std_dev=0.715
C1' B 0, 0.469, 1.230, 1.992, 2.516 max_d=2.516 avg_d=1.230 std_dev=0.761
C5' B 0, 0.289, 1.063, 1.838, 3.097 max_d=3.097 avg_d=1.063 std_dev=0.775
C4' B 0, 0.132, 0.983, 1.835, 3.249 max_d=3.249 avg_d=0.983 std_dev=0.851
N3 B 0, 0.447, 1.312, 2.176, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.312 std_dev=0.865
C2 B 0, 0.541, 1.406, 2.271, 2.601 max_d=2.601 avg_d=1.406 std_dev=0.865
C3' B 0, 0.386, 1.284, 2.182, 3.327 max_d=3.327 avg_d=1.284 std_dev=0.898
O3' A 0, 0.407, 1.320, 2.232, 2.615 max_d=2.615 avg_d=1.320 std_dev=0.912
O2' A 0, 0.170, 1.128, 2.085, 2.692 max_d=2.692 avg_d=1.128 std_dev=0.958
C2' B 0, 0.536, 1.528, 2.519, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.528 std_dev=0.991
C5' A 0, 0.107, 1.289, 2.470, 4.338 max_d=4.338 avg_d=1.289 std_dev=1.181
O3' B 0, 0.525, 1.807, 3.089, 4.411 max_d=4.411 avg_d=1.807 std_dev=1.282
O5' A 0, -0.056, 1.231, 2.519, 5.092 max_d=5.092 avg_d=1.231 std_dev=1.288
O2' B 0, 0.624, 1.976, 3.327, 3.743 max_d=3.743 avg_d=1.976 std_dev=1.352
P B 0, 0.321, 1.714, 3.107, 3.855 max_d=3.855 avg_d=1.714 std_dev=1.393
OP1 A 0, 0.913, 2.393, 3.873, 6.209 max_d=6.209 avg_d=2.393 std_dev=1.480
OP2 B 0, 0.252, 1.856, 3.461, 4.267 max_d=4.267 avg_d=1.856 std_dev=1.604
P A 0, 0.011, 1.650, 3.290, 6.808 max_d=6.808 avg_d=1.650 std_dev=1.639
OP1 B 0, 0.587, 2.340, 4.093, 4.883 max_d=4.883 avg_d=2.340 std_dev=1.753
OP2 A 0, 0.596, 2.433, 4.270, 7.984 max_d=7.984 avg_d=2.433 std_dev=1.837

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.32 0.00 0.29 0.27 0.39 0.31
C2 0.02 0.00 0.23 0.23 0.01 0.10 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.20 0.26 0.19 0.31 0.28 0.44 0.33
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.05 0.01 0.24 0.23 0.30 0.03 0.16 0.06 0.45 0.00 0.03 0.03 0.62 0.66 0.51 0.55
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.24 0.01 0.23 0.03 0.21 0.15 0.26 0.26 0.27 0.02 0.01 0.02 0.33 0.55 0.36 0.27
C4 0.02 0.01 0.05 0.24 0.00 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.12 0.04 0.42 0.46 0.59 0.49
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.01 0.16 0.05 0.09 0.09 0.19 0.26 0.02 0.01 0.04 0.25 0.34 0.08
C5 0.02 0.02 0.24 0.23 0.01 0.14 0.00 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.51 0.16 0.12 0.52 0.58 0.72 0.62
C5' 0.09 0.14 0.23 0.03 0.12 0.01 0.25 0.00 0.27 0.09 0.12 0.14 0.28 0.09 0.21 0.02 0.01 0.27 0.38 0.02
C6 0.02 0.00 0.30 0.21 0.01 0.16 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.48 0.18 0.18 0.53 0.54 0.67 0.61
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.18 0.01 0.37 0.35 0.49 0.41
N3 0.02 0.00 0.16 0.26 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.20 0.15 0.35 0.33 0.49 0.38
N4 0.03 0.02 0.06 0.26 0.01 0.09 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.42 0.13 0.05 0.43 0.49 0.62 0.51
O2 0.03 0.00 0.45 0.27 0.02 0.19 0.02 0.28 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.39 0.40 0.33 0.29 0.26 0.38 0.29
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.38 0.26 0.51 0.09 0.48 0.21 0.25 0.42 0.39 0.00 0.07 0.17 0.44 0.56 0.54 0.45
O3' 0.32 0.26 0.03 0.01 0.12 0.02 0.16 0.21 0.18 0.18 0.20 0.13 0.40 0.07 0.00 0.22 0.23 0.71 0.59 0.38
O4' 0.00 0.19 0.03 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.18 0.01 0.15 0.05 0.33 0.17 0.22 0.00 0.19 0.19 0.44 0.31
O5' 0.29 0.31 0.62 0.33 0.42 0.04 0.52 0.01 0.53 0.37 0.35 0.43 0.29 0.44 0.23 0.19 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.27 0.28 0.66 0.55 0.46 0.25 0.58 0.27 0.54 0.35 0.33 0.49 0.26 0.56 0.71 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.44 0.51 0.36 0.59 0.34 0.72 0.38 0.67 0.49 0.49 0.62 0.38 0.54 0.59 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.33 0.55 0.27 0.49 0.08 0.62 0.02 0.61 0.41 0.38 0.51 0.29 0.45 0.38 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.25 0.32 0.16 0.22 0.20 0.28 0.21 0.25 0.20 0.14 0.31 0.27 0.19 0.19 0.41 0.27 0.28 0.39 0.39 0.42
C2 0.18 0.16 0.27 0.31 0.17 0.19 0.21 0.24 0.20 0.24 0.19 0.15 0.28 0.27 0.19 0.23 0.40 0.24 0.29 0.43 0.46 0.45
C2' 0.31 0.44 0.23 0.19 0.27 0.28 0.19 0.36 0.26 0.25 0.41 0.38 0.27 0.23 0.25 0.32 0.22 0.36 0.36 0.47 0.51 0.50
C3' 0.48 0.49 0.32 0.13 0.39 0.37 0.29 0.39 0.33 0.29 0.43 0.49 0.36 0.23 0.38 0.47 0.10 0.50 0.40 0.39 0.33 0.40
C4 0.15 0.20 0.31 0.38 0.14 0.21 0.17 0.29 0.24 0.20 0.25 0.15 0.34 0.21 0.15 0.24 0.47 0.20 0.31 0.43 0.42 0.44
C4' 0.16 0.17 0.13 0.26 0.05 0.18 0.11 0.29 0.20 0.13 0.21 0.12 0.35 0.17 0.08 0.08 0.38 0.28 0.29 0.37 0.30 0.38
C5 0.15 0.22 0.30 0.40 0.13 0.25 0.17 0.33 0.26 0.19 0.28 0.16 0.38 0.20 0.13 0.21 0.50 0.24 0.34 0.45 0.45 0.44
C5' 0.17 0.21 0.20 0.35 0.10 0.16 0.18 0.26 0.28 0.17 0.27 0.14 0.43 0.23 0.10 0.13 0.50 0.28 0.24 0.37 0.37 0.35
C6 0.16 0.21 0.27 0.36 0.12 0.24 0.16 0.32 0.24 0.20 0.25 0.15 0.35 0.22 0.14 0.19 0.46 0.25 0.32 0.43 0.43 0.43
N1 0.17 0.17 0.26 0.33 0.14 0.21 0.18 0.28 0.21 0.23 0.21 0.14 0.31 0.26 0.17 0.20 0.42 0.25 0.29 0.40 0.40 0.42
N3 0.18 0.17 0.30 0.33 0.17 0.19 0.19 0.24 0.20 0.23 0.20 0.15 0.27 0.25 0.19 0.26 0.41 0.21 0.29 0.44 0.47 0.46
N4 0.13 0.23 0.34 0.41 0.16 0.21 0.20 0.29 0.28 0.16 0.28 0.17 0.35 0.18 0.13 0.27 0.51 0.16 0.33 0.44 0.44 0.45
O2 0.20 0.19 0.26 0.28 0.21 0.17 0.24 0.21 0.24 0.25 0.21 0.18 0.31 0.28 0.22 0.24 0.37 0.25 0.29 0.47 0.53 0.47
O2' 0.54 0.26 0.48 0.60 0.41 0.66 0.44 0.73 0.29 0.65 0.22 0.32 0.31 0.63 0.53 0.43 0.60 0.70 0.66 0.73 0.79 0.80
O3' 0.42 0.39 0.36 0.30 0.35 0.36 0.36 0.37 0.40 0.37 0.40 0.38 0.54 0.39 0.36 0.43 0.32 0.46 0.36 0.38 0.40 0.40
O4' 0.16 0.30 0.33 0.43 0.23 0.21 0.28 0.28 0.36 0.23 0.36 0.24 0.46 0.29 0.19 0.24 0.56 0.21 0.29 0.39 0.31 0.41
O5' 0.57 0.34 0.52 0.62 0.43 0.63 0.41 0.68 0.35 0.54 0.29 0.41 0.41 0.51 0.51 0.51 0.69 0.70 0.58 0.62 0.69 0.62
OP1 0.73 0.33 0.54 0.57 0.46 0.76 0.39 0.81 0.25 0.62 0.20 0.45 0.29 0.53 0.60 0.64 0.61 0.88 0.74 0.88 0.83 0.82
OP2 0.89 0.62 0.73 0.72 0.69 0.84 0.60 0.83 0.50 0.76 0.51 0.71 0.49 0.69 0.77 0.84 0.75 0.99 0.75 0.92 1.05 0.86
P 0.72 0.37 0.56 0.59 0.49 0.73 0.44 0.76 0.32 0.63 0.27 0.48 0.37 0.55 0.61 0.63 0.63 0.86 0.68 0.78 0.80 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.29 0.25 0.16
C2 0.05 0.00 0.12 0.18 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.12 0.20 0.07 0.40 0.65 0.77 0.54
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.09 0.09 0.13 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.40 0.20 0.15
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.10 0.13 0.15 0.16 0.09 0.11 0.05 0.02 0.01 0.03 0.12 0.41 0.14 0.15
C4 0.03 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.03 0.37 0.56 0.62 0.46
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.11 0.08 0.05 0.12 0.12 0.05 0.08 0.02 0.01 0.03 0.18 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.10 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.46 0.66 0.73 0.58
C5' 0.04 0.18 0.02 0.02 0.18 0.01 0.25 0.00 0.27 0.23 0.24 0.14 0.31 0.29 0.15 0.09 0.05 0.02 0.01 0.10 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.01 0.27 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.10 0.03 0.49 0.74 0.85 0.66
C8 0.03 0.02 0.09 0.13 0.01 0.11 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.15 0.07 0.38 0.48 0.43 0.41
N1 0.03 0.00 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.04 0.47 0.73 0.86 0.63
N3 0.06 0.00 0.13 0.16 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.11 0.19 0.07 0.34 0.55 0.64 0.44
N6 0.02 0.02 0.04 0.09 0.02 0.12 0.02 0.31 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.10 0.05 0.52 0.80 0.91 0.72
N7 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.12 0.01 0.29 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.13 0.07 0.46 0.62 0.65 0.57
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.30 0.44 0.43 0.34
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.10 0.11 0.08 0.06 0.03 0.00 0.05 0.06 0.07 0.33 0.15 0.09
O3' 0.03 0.20 0.02 0.01 0.09 0.02 0.08 0.05 0.10 0.15 0.16 0.19 0.10 0.13 0.05 0.05 0.00 0.02 0.25 0.43 0.25 0.23
O4' 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04 0.07 0.05 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.13 0.15 0.15 0.10
O5' 0.16 0.40 0.07 0.12 0.37 0.03 0.46 0.01 0.49 0.38 0.47 0.34 0.52 0.46 0.30 0.07 0.25 0.13 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.29 0.65 0.40 0.41 0.56 0.18 0.66 0.10 0.74 0.48 0.73 0.55 0.80 0.62 0.44 0.33 0.43 0.15 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.77 0.20 0.14 0.62 0.06 0.73 0.04 0.85 0.43 0.86 0.64 0.91 0.65 0.43 0.15 0.25 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.54 0.15 0.15 0.46 0.03 0.58 0.01 0.66 0.41 0.63 0.44 0.72 0.57 0.34 0.09 0.23 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00