ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54349

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.012, 0.026, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.012 std_dev=0.014
N3 A 0, -0.004, 0.022, 0.047, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.022 std_dev=0.025
C6 A 0, -0.005, 0.025, 0.054, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.025 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.003, 0.029, 0.061, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.029 std_dev=0.032
C4 A 0, -0.006, 0.027, 0.060, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.027 std_dev=0.033
N1 A 0, -0.008, 0.030, 0.069, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.030 std_dev=0.039
C1' A 0, -0.007, 0.032, 0.071, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.032 std_dev=0.039
O2 A 0, -0.002, 0.059, 0.119, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.059 std_dev=0.060
N4 A 0, -0.009, 0.063, 0.135, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.063 std_dev=0.072
N6 B 0, 0.248, 0.539, 0.831, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.539 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.255, 0.576, 0.898, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.576 std_dev=0.321
N7 B 0, 0.262, 0.604, 0.947, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.604 std_dev=0.343
N1 B 0, 0.353, 0.697, 1.040, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.697 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.247, 0.592, 0.936, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.592 std_dev=0.345
C4 B 0, 0.365, 0.725, 1.085, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.725 std_dev=0.360
C8 B 0, 0.349, 0.717, 1.084, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.717 std_dev=0.368
N9 B 0, 0.407, 0.785, 1.163, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.785 std_dev=0.378
C2 B 0, 0.421, 0.803, 1.185, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.803 std_dev=0.382
C2' A 0, -0.070, 0.315, 0.699, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.315 std_dev=0.385
N3 B 0, 0.449, 0.835, 1.221, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.835 std_dev=0.386
O2' A 0, -0.024, 0.376, 0.776, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.376 std_dev=0.400
C1' B 0, 0.508, 0.914, 1.320, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.914 std_dev=0.406
C3' B 0, 0.406, 0.853, 1.301, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.853 std_dev=0.448
O4' B 0, 0.549, 0.998, 1.447, 1.606 max_d=1.606 avg_d=0.998 std_dev=0.449
O4' A 0, -0.144, 0.321, 0.786, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.321 std_dev=0.465
C2' B 0, 0.384, 0.857, 1.329, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.857 std_dev=0.472
C4' B 0, 0.455, 0.927, 1.400, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.927 std_dev=0.472
P B 0, 0.616, 1.108, 1.601, 1.468 max_d=1.468 avg_d=1.108 std_dev=0.493
O5' B 0, 0.508, 1.001, 1.494, 1.577 max_d=1.577 avg_d=1.001 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.636, 1.150, 1.664, 1.708 max_d=1.708 avg_d=1.150 std_dev=0.514
O3' B 0, 0.447, 0.974, 1.500, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.974 std_dev=0.526
O2' B 0, 0.531, 1.106, 1.682, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.106 std_dev=0.576
C4' A 0, -0.079, 0.555, 1.189, 2.272 max_d=2.272 avg_d=0.555 std_dev=0.634
OP1 B 0, 0.577, 1.227, 1.877, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.227 std_dev=0.650
C3' A 0, -0.202, 0.478, 1.158, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.478 std_dev=0.680
OP2 B 0, 0.312, 1.256, 2.200, 3.627 max_d=3.627 avg_d=1.256 std_dev=0.944
O3' A 0, -0.248, 0.702, 1.653, 3.242 max_d=3.242 avg_d=0.702 std_dev=0.951
C5' A 0, 0.112, 1.094, 2.075, 3.664 max_d=3.664 avg_d=1.094 std_dev=0.982
O5' A 0, 0.324, 1.315, 2.305, 3.722 max_d=3.722 avg_d=1.315 std_dev=0.991
OP1 A 0, 0.690, 1.942, 3.194, 4.824 max_d=4.824 avg_d=1.942 std_dev=1.252
P A 0, 0.438, 1.710, 2.981, 4.892 max_d=4.892 avg_d=1.710 std_dev=1.271
OP2 A 0, 0.294, 1.903, 3.513, 6.061 max_d=6.061 avg_d=1.903 std_dev=1.610

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.04 0.04 0.10 0.01 0.02 0.01 0.12 0.13 0.32 0.13
C2 0.05 0.00 0.14 0.09 0.04 0.16 0.04 0.36 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.15 0.11 0.21 0.13 0.16 0.55 0.25
C2' 0.00 0.14 0.00 0.01 0.06 0.03 0.10 0.04 0.13 0.01 0.14 0.07 0.22 0.00 0.02 0.01 0.19 0.21 0.23 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.05 0.14 0.06 0.09 0.06 0.13 0.01 0.01 0.03 0.31 0.27 0.18 0.20
C4 0.04 0.04 0.06 0.07 0.00 0.15 0.01 0.41 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.08 0.09 0.15 0.24 0.67 0.35
C4' 0.01 0.16 0.03 0.00 0.15 0.00 0.11 0.01 0.08 0.09 0.16 0.16 0.20 0.08 0.01 0.00 0.02 0.18 0.22 0.05
C5 0.02 0.04 0.10 0.11 0.01 0.11 0.00 0.35 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.08 0.13 0.08 0.29 0.28 0.69 0.43
C5' 0.07 0.36 0.04 0.05 0.41 0.01 0.35 0.00 0.28 0.25 0.41 0.45 0.38 0.09 0.02 0.03 0.01 0.12 0.33 0.01
C6 0.02 0.00 0.13 0.14 0.02 0.08 0.00 0.28 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.16 0.15 0.32 0.21 0.61 0.39
N1 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.14 0.07 0.47 0.22
N3 0.04 0.01 0.14 0.09 0.01 0.16 0.01 0.41 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.15 0.12 0.18 0.13 0.20 0.63 0.31
N4 0.04 0.04 0.07 0.06 0.00 0.16 0.02 0.45 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.10 0.09 0.10 0.15 0.30 0.72 0.39
O2 0.10 0.00 0.22 0.13 0.04 0.20 0.04 0.38 0.01 0.02 0.02 0.05 0.00 0.22 0.16 0.35 0.25 0.25 0.56 0.30
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.04 0.15 0.10 0.22 0.00 0.03 0.06 0.08 0.29 0.15 0.07
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.08 0.01 0.13 0.02 0.16 0.05 0.12 0.09 0.16 0.03 0.00 0.02 0.30 0.39 0.11 0.25
O4' 0.01 0.21 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.03 0.15 0.03 0.18 0.10 0.35 0.06 0.02 0.00 0.15 0.17 0.31 0.16
O5' 0.12 0.13 0.19 0.31 0.15 0.02 0.29 0.01 0.32 0.14 0.13 0.15 0.25 0.08 0.30 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.13 0.16 0.21 0.27 0.24 0.18 0.28 0.12 0.21 0.07 0.20 0.30 0.25 0.29 0.39 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.55 0.23 0.18 0.67 0.22 0.69 0.33 0.61 0.47 0.63 0.72 0.56 0.15 0.11 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.25 0.11 0.20 0.35 0.05 0.43 0.01 0.39 0.22 0.31 0.39 0.30 0.07 0.25 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.11 0.20 0.32 0.14 0.33 0.16 0.42 0.10 0.29 0.13 0.09 0.11 0.27 0.21 0.15 0.33 0.29 0.39 0.52 0.96 0.49
C2 0.18 0.18 0.18 0.30 0.10 0.30 0.13 0.39 0.14 0.27 0.22 0.10 0.19 0.25 0.18 0.14 0.31 0.26 0.40 0.49 0.93 0.48
C2' 0.19 0.41 0.25 0.30 0.24 0.23 0.23 0.27 0.31 0.21 0.42 0.32 0.32 0.21 0.19 0.26 0.33 0.18 0.42 0.46 1.03 0.51
C3' 0.11 0.44 0.16 0.20 0.21 0.16 0.19 0.27 0.33 0.13 0.46 0.33 0.34 0.12 0.12 0.19 0.22 0.11 0.27 0.40 0.90 0.38
C4 0.16 0.18 0.13 0.22 0.10 0.25 0.10 0.31 0.19 0.20 0.23 0.11 0.28 0.15 0.14 0.11 0.23 0.24 0.35 0.44 1.04 0.49
C4' 0.23 0.19 0.21 0.34 0.12 0.39 0.12 0.53 0.11 0.31 0.21 0.11 0.13 0.26 0.22 0.16 0.36 0.33 0.28 0.51 0.75 0.39
C5 0.16 0.16 0.13 0.22 0.10 0.24 0.10 0.29 0.16 0.19 0.20 0.11 0.23 0.14 0.14 0.11 0.24 0.23 0.36 0.46 1.12 0.52
C5' 0.48 0.30 0.43 0.54 0.36 0.63 0.35 0.80 0.28 0.53 0.30 0.32 0.26 0.46 0.46 0.41 0.54 0.59 0.43 0.67 0.56 0.51
C6 0.16 0.16 0.15 0.25 0.10 0.25 0.10 0.31 0.14 0.20 0.19 0.10 0.19 0.17 0.15 0.12 0.27 0.23 0.39 0.49 1.11 0.53
N1 0.17 0.15 0.17 0.28 0.10 0.28 0.11 0.36 0.11 0.25 0.18 0.09 0.15 0.22 0.17 0.13 0.30 0.25 0.39 0.50 1.02 0.50
N3 0.17 0.19 0.16 0.27 0.10 0.29 0.11 0.37 0.18 0.25 0.24 0.11 0.26 0.23 0.17 0.13 0.28 0.26 0.37 0.45 0.93 0.47
N4 0.17 0.18 0.12 0.19 0.11 0.23 0.13 0.28 0.23 0.17 0.23 0.13 0.32 0.11 0.14 0.11 0.20 0.24 0.31 0.39 1.03 0.47
O2 0.18 0.21 0.21 0.34 0.12 0.32 0.15 0.43 0.15 0.29 0.24 0.12 0.19 0.28 0.19 0.17 0.36 0.26 0.42 0.51 0.86 0.48
O2' 0.27 0.41 0.33 0.39 0.29 0.31 0.29 0.33 0.34 0.29 0.41 0.34 0.34 0.30 0.27 0.34 0.42 0.27 0.51 0.54 1.06 0.57
O3' 0.23 0.60 0.27 0.24 0.34 0.16 0.30 0.21 0.45 0.16 0.61 0.47 0.44 0.18 0.22 0.32 0.27 0.15 0.30 0.37 0.91 0.38
O4' 0.32 0.14 0.30 0.42 0.23 0.46 0.23 0.57 0.14 0.38 0.14 0.18 0.13 0.34 0.31 0.26 0.43 0.40 0.35 0.55 0.84 0.45
O5' 0.24 0.22 0.23 0.36 0.15 0.41 0.14 0.55 0.18 0.27 0.25 0.16 0.22 0.21 0.22 0.21 0.38 0.33 0.24 0.48 0.70 0.34
OP1 0.29 0.22 0.27 0.37 0.17 0.46 0.16 0.63 0.18 0.32 0.26 0.16 0.22 0.24 0.26 0.25 0.39 0.40 0.23 0.42 0.39 0.24
OP2 0.73 0.69 0.72 0.73 0.68 0.81 0.67 0.91 0.68 0.72 0.70 0.68 0.69 0.68 0.71 0.73 0.74 0.78 0.60 0.56 0.26 0.49
P 0.38 0.35 0.36 0.42 0.32 0.50 0.30 0.64 0.33 0.38 0.38 0.32 0.36 0.33 0.36 0.36 0.44 0.45 0.23 0.34 0.39 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.19 0.14
C2 0.01 0.00 0.15 0.17 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.23 0.04 0.20 0.16 0.49 0.27
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.02 0.10 0.06 0.13 0.14 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.16 0.24 0.17 0.17
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.11 0.00 0.12 0.02 0.15 0.11 0.17 0.15 0.16 0.11 0.06 0.02 0.01 0.01 0.24 0.39 0.14 0.20
C4 0.01 0.01 0.08 0.11 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.12 0.02 0.22 0.17 0.51 0.29
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.02 0.29 0.23 0.69 0.37
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.28 0.28 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.15 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.18 0.02 0.29 0.24 0.73 0.38
C8 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.32 0.23 0.66 0.36
N1 0.02 0.00 0.13 0.17 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.04 0.25 0.20 0.62 0.33
N3 0.01 0.01 0.14 0.15 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.04 0.17 0.13 0.40 0.24
N6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.19 0.02 0.33 0.29 0.85 0.43
N7 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.01 0.35 0.27 0.80 0.42
N9 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01 0.21 0.16 0.45 0.26
O2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.12 0.12 0.08 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.13 0.12 0.06
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.18 0.11 0.22 0.19 0.19 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.21 0.48 0.22 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.09 0.10 0.10
O5' 0.10 0.20 0.16 0.24 0.22 0.01 0.29 0.01 0.29 0.32 0.25 0.17 0.33 0.35 0.21 0.04 0.21 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.16 0.24 0.39 0.17 0.16 0.23 0.28 0.24 0.23 0.20 0.13 0.29 0.27 0.16 0.13 0.48 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.49 0.17 0.14 0.51 0.16 0.69 0.28 0.73 0.66 0.62 0.40 0.85 0.80 0.45 0.12 0.22 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.17 0.20 0.29 0.03 0.37 0.01 0.38 0.36 0.33 0.24 0.43 0.42 0.26 0.06 0.18 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00