ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54350

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.015, 0.037, 0.058, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.021, 0.046, 0.071, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.046 std_dev=0.025
N6 B 0, 0.221, 0.499, 0.777, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.499 std_dev=0.278
C6 B 0, 0.274, 0.649, 1.024, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.649 std_dev=0.375
N7 B 0, 0.175, 0.599, 1.023, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.599 std_dev=0.424
C5 B 0, 0.225, 0.662, 1.099, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.662 std_dev=0.437
O4' A 0, 0.211, 0.683, 1.156, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.683 std_dev=0.472
N1 B 0, 0.456, 0.930, 1.405, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.930 std_dev=0.475
OP2 A 0, 0.393, 0.911, 1.429, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.911 std_dev=0.518
P A 0, 0.351, 0.882, 1.412, 1.638 max_d=1.638 avg_d=0.882 std_dev=0.531
C8 B 0, 0.303, 0.852, 1.402, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.852 std_dev=0.550
C2' A 0, 0.194, 0.746, 1.299, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.746 std_dev=0.553
C4 B 0, 0.385, 0.948, 1.511, 1.827 max_d=1.827 avg_d=0.948 std_dev=0.563
O5' A 0, 0.334, 0.899, 1.464, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.899 std_dev=0.565
C2 B 0, 0.553, 1.141, 1.730, 1.934 max_d=1.934 avg_d=1.141 std_dev=0.588
OP1 B 0, 0.677, 1.289, 1.902, 1.901 max_d=1.901 avg_d=1.289 std_dev=0.613
C3' A 0, 0.378, 1.006, 1.634, 1.836 max_d=1.836 avg_d=1.006 std_dev=0.628
N3 B 0, 0.534, 1.172, 1.810, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.172 std_dev=0.638
N9 B 0, 0.395, 1.033, 1.671, 2.088 max_d=2.088 avg_d=1.033 std_dev=0.638
C4' A 0, 0.357, 1.010, 1.663, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.010 std_dev=0.653
OP1 A 0, 0.551, 1.217, 1.883, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.217 std_dev=0.666
O3' A 0, 0.506, 1.200, 1.893, 1.827 max_d=1.827 avg_d=1.200 std_dev=0.694
C1' B 0, 0.533, 1.337, 2.140, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.337 std_dev=0.804
P B 0, 0.201, 1.036, 1.871, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.036 std_dev=0.835
O4' B 0, 0.523, 1.373, 2.223, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.373 std_dev=0.850
O5' B 0, 0.239, 1.134, 2.028, 2.393 max_d=2.393 avg_d=1.134 std_dev=0.895
O2' A 0, 0.178, 1.093, 2.009, 2.722 max_d=2.722 avg_d=1.093 std_dev=0.916
OP2 B 0, 0.442, 1.378, 2.314, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.378 std_dev=0.936
C2' B 0, 0.496, 1.436, 2.376, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.436 std_dev=0.940
C5' B 0, 0.335, 1.331, 2.326, 2.776 max_d=2.776 avg_d=1.331 std_dev=0.995
C5' A 0, 0.587, 1.614, 2.642, 3.045 max_d=3.045 avg_d=1.614 std_dev=1.027
C4' B 0, 0.275, 1.306, 2.337, 2.930 max_d=2.930 avg_d=1.306 std_dev=1.031
C3' B 0, 0.111, 1.190, 2.269, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.190 std_dev=1.079
O2' B 0, 0.721, 1.802, 2.883, 3.501 max_d=3.501 avg_d=1.802 std_dev=1.081
O3' B 0, 0.058, 1.337, 2.617, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.337 std_dev=1.280

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.21 0.30 0.24 0.17
C2 0.01 0.00 0.13 0.17 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.20 0.07 0.25 0.27 0.25 0.18
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.02 0.16 0.16 0.19 0.03 0.07 0.05 0.29 0.01 0.06 0.01 0.26 0.36 0.61 0.37
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.15 0.00 0.15 0.02 0.14 0.10 0.17 0.16 0.23 0.03 0.01 0.01 0.30 0.15 0.48 0.28
C4 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.11 0.05 0.29 0.20 0.25 0.17
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.07 0.08 0.19 0.02 0.01 0.01 0.27 0.22 0.02
C5 0.01 0.00 0.16 0.15 0.00 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.11 0.09 0.29 0.18 0.24 0.16
C5' 0.06 0.07 0.16 0.02 0.13 0.00 0.18 0.00 0.17 0.09 0.09 0.15 0.09 0.12 0.15 0.01 0.01 0.37 0.29 0.02
C6 0.01 0.00 0.19 0.14 0.00 0.11 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.12 0.11 0.28 0.21 0.25 0.16
N1 0.00 0.00 0.03 0.10 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.14 0.02 0.26 0.27 0.25 0.18
N3 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.16 0.06 0.27 0.25 0.25 0.17
N4 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.27 0.11 0.05 0.30 0.18 0.24 0.17
O2 0.02 0.01 0.29 0.23 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.30 0.13 0.22 0.30 0.25 0.18
O2' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.25 0.19 0.30 0.12 0.27 0.13 0.14 0.27 0.14 0.00 0.14 0.13 0.15 0.38 0.52 0.29
O3' 0.23 0.20 0.06 0.01 0.11 0.02 0.11 0.15 0.12 0.14 0.16 0.11 0.30 0.14 0.00 0.16 0.45 0.27 0.51 0.37
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.06 0.05 0.13 0.13 0.16 0.00 0.35 0.40 0.08 0.24
O5' 0.21 0.25 0.26 0.30 0.29 0.01 0.29 0.01 0.28 0.26 0.27 0.30 0.22 0.15 0.45 0.35 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.27 0.36 0.15 0.20 0.27 0.18 0.37 0.21 0.27 0.25 0.18 0.30 0.38 0.27 0.40 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.24 0.25 0.61 0.48 0.25 0.22 0.24 0.29 0.25 0.25 0.25 0.24 0.25 0.52 0.51 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.18 0.37 0.28 0.17 0.02 0.16 0.02 0.16 0.18 0.17 0.17 0.18 0.29 0.37 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.12 0.08 0.21 0.06 0.26 0.06 0.33 0.08 0.17 0.15 0.07 0.12 0.14 0.12 0.07 0.24 0.23 0.31 0.24 0.30 0.26
C2 0.14 0.09 0.09 0.20 0.06 0.23 0.05 0.27 0.07 0.18 0.12 0.03 0.13 0.15 0.13 0.07 0.23 0.21 0.27 0.20 0.36 0.21
C2' 0.12 0.28 0.10 0.17 0.14 0.23 0.14 0.29 0.25 0.15 0.32 0.19 0.30 0.12 0.11 0.10 0.20 0.20 0.30 0.28 0.17 0.27
C3' 0.13 0.23 0.12 0.11 0.15 0.17 0.16 0.23 0.22 0.14 0.26 0.17 0.26 0.14 0.13 0.12 0.13 0.16 0.22 0.15 0.31 0.12
C4 0.12 0.16 0.06 0.13 0.04 0.22 0.06 0.27 0.18 0.15 0.21 0.08 0.27 0.08 0.09 0.05 0.15 0.23 0.28 0.20 0.39 0.24
C4' 0.15 0.12 0.07 0.21 0.07 0.29 0.06 0.39 0.09 0.18 0.15 0.07 0.12 0.13 0.13 0.07 0.24 0.26 0.34 0.30 0.34 0.26
C5 0.12 0.16 0.05 0.11 0.03 0.24 0.06 0.32 0.17 0.14 0.21 0.08 0.24 0.08 0.08 0.03 0.12 0.25 0.31 0.26 0.35 0.28
C5' 0.22 0.26 0.23 0.30 0.20 0.34 0.17 0.44 0.21 0.21 0.27 0.23 0.23 0.17 0.20 0.24 0.34 0.30 0.38 0.36 0.31 0.30
C6 0.13 0.13 0.04 0.14 0.02 0.26 0.02 0.33 0.13 0.16 0.17 0.05 0.19 0.10 0.10 0.03 0.15 0.25 0.32 0.26 0.32 0.28
N1 0.14 0.10 0.06 0.19 0.05 0.25 0.04 0.31 0.09 0.17 0.14 0.04 0.14 0.13 0.12 0.05 0.21 0.23 0.30 0.23 0.33 0.25
N3 0.14 0.11 0.08 0.18 0.04 0.22 0.02 0.25 0.12 0.17 0.16 0.04 0.20 0.13 0.12 0.07 0.20 0.20 0.25 0.20 0.39 0.20
N4 0.12 0.21 0.11 0.13 0.10 0.20 0.14 0.24 0.25 0.13 0.27 0.14 0.32 0.05 0.08 0.09 0.15 0.23 0.25 0.18 0.44 0.23
O2 0.15 0.07 0.13 0.24 0.10 0.23 0.10 0.25 0.06 0.19 0.09 0.06 0.07 0.18 0.15 0.11 0.28 0.19 0.26 0.21 0.37 0.20
O2' 0.25 0.25 0.20 0.31 0.12 0.39 0.12 0.46 0.18 0.31 0.29 0.15 0.22 0.25 0.22 0.19 0.32 0.37 0.46 0.57 0.36 0.53
O3' 0.15 0.29 0.17 0.16 0.20 0.17 0.20 0.19 0.26 0.14 0.31 0.23 0.29 0.15 0.16 0.17 0.17 0.16 0.18 0.09 0.22 0.07
O4' 0.19 0.17 0.10 0.26 0.12 0.35 0.12 0.45 0.14 0.23 0.19 0.12 0.17 0.18 0.17 0.09 0.29 0.31 0.41 0.37 0.41 0.35
O5' 0.27 0.32 0.32 0.29 0.26 0.32 0.26 0.36 0.30 0.25 0.33 0.28 0.32 0.24 0.26 0.31 0.29 0.31 0.35 0.39 0.37 0.33
OP1 0.14 0.29 0.19 0.13 0.18 0.20 0.20 0.26 0.28 0.13 0.33 0.22 0.33 0.15 0.14 0.16 0.13 0.22 0.23 0.23 0.12 0.18
OP2 0.20 0.31 0.24 0.21 0.25 0.24 0.25 0.30 0.30 0.21 0.33 0.27 0.32 0.22 0.22 0.23 0.21 0.24 0.25 0.25 0.20 0.21
P 0.07 0.25 0.18 0.09 0.13 0.15 0.15 0.23 0.23 0.05 0.28 0.18 0.27 0.08 0.07 0.15 0.09 0.15 0.18 0.21 0.10 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.18 0.43 0.14
C2 0.01 0.00 0.14 0.26 0.01 0.12 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.34 0.02 0.06 0.24 0.47 0.15
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.05 0.11 0.15 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.28 0.30 0.16
C3' 0.03 0.26 0.00 0.00 0.17 0.00 0.13 0.02 0.17 0.06 0.23 0.25 0.14 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.15 0.25 0.20 0.17
C4 0.00 0.01 0.08 0.17 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.20 0.01 0.06 0.24 0.49 0.16
C4' 0.01 0.12 0.02 0.00 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.11 0.12 0.06 0.02 0.03 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.17 0.06
C5 0.00 0.01 0.04 0.13 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.17 0.01 0.06 0.27 0.52 0.18
C5' 0.02 0.12 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.09 0.11 0.11 0.06 0.07 0.05 0.05 0.04 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03
C6 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.08 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.23 0.01 0.04 0.28 0.51 0.19
C8 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.14 0.26 0.55 0.20
N1 0.01 0.00 0.11 0.23 0.01 0.11 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.31 0.01 0.05 0.26 0.49 0.17
N3 0.01 0.00 0.15 0.25 0.00 0.12 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.06 0.22 0.46 0.14
N6 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.20 0.02 0.03 0.30 0.52 0.21
N7 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.29 0.55 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.08 0.22 0.49 0.16
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.07 0.08 0.07 0.04 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.19 0.26 0.06
O3' 0.02 0.34 0.02 0.00 0.20 0.02 0.17 0.04 0.23 0.06 0.31 0.30 0.20 0.07 0.08 0.03 0.00 0.01 0.16 0.25 0.17 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.10 0.15 0.41 0.17
O5' 0.07 0.06 0.11 0.15 0.06 0.02 0.06 0.01 0.04 0.14 0.05 0.06 0.03 0.10 0.08 0.05 0.16 0.10 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.18 0.24 0.28 0.25 0.24 0.09 0.27 0.04 0.28 0.26 0.26 0.22 0.30 0.29 0.22 0.19 0.25 0.15 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.47 0.30 0.20 0.49 0.17 0.52 0.10 0.51 0.55 0.49 0.46 0.52 0.55 0.49 0.26 0.17 0.41 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.16 0.17 0.16 0.06 0.18 0.03 0.19 0.20 0.17 0.14 0.21 0.21 0.16 0.06 0.19 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00