ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54351

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.011, 0.039, 0.066, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.007, 0.049, 0.091, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.049 std_dev=0.042
O2' A 0, 0.263, 0.573, 0.882, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.573 std_dev=0.309
C2' A 0, 0.044, 0.368, 0.691, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.368 std_dev=0.324
C4 B 0, 0.291, 0.670, 1.048, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.670 std_dev=0.379
C3' B 0, 0.314, 0.695, 1.077, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.695 std_dev=0.381
C6 B 0, 0.220, 0.608, 0.996, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.608 std_dev=0.388
C5 B 0, 0.198, 0.589, 0.980, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.589 std_dev=0.391
N3 B 0, 0.357, 0.773, 1.189, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.773 std_dev=0.416
N6 B 0, 0.171, 0.605, 1.039, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.605 std_dev=0.434
N1 B 0, 0.242, 0.685, 1.127, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.685 std_dev=0.442
O4' A 0, -0.100, 0.352, 0.803, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.352 std_dev=0.452
N9 B 0, 0.210, 0.668, 1.126, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.668 std_dev=0.458
C2 B 0, 0.287, 0.758, 1.230, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.758 std_dev=0.471
N7 B 0, 0.083, 0.565, 1.047, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.565 std_dev=0.482
C1' B 0, 0.251, 0.752, 1.254, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.752 std_dev=0.501
C8 B 0, 0.074, 0.597, 1.120, 1.511 max_d=1.511 avg_d=0.597 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.252, 0.816, 1.380, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.816 std_dev=0.564
C4' B 0, 0.295, 0.878, 1.461, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.878 std_dev=0.583
O4' B 0, 0.228, 0.904, 1.580, 1.997 max_d=1.997 avg_d=0.904 std_dev=0.676
C3' A 0, 0.161, 0.859, 1.557, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.859 std_dev=0.698
O3' B 0, 0.345, 1.066, 1.786, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.066 std_dev=0.721
C4' A 0, 0.116, 0.914, 1.712, 2.410 max_d=2.410 avg_d=0.914 std_dev=0.798
O5' A 0, 0.444, 1.302, 2.160, 2.640 max_d=2.640 avg_d=1.302 std_dev=0.858
C5' B 0, 0.248, 1.122, 1.995, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.122 std_dev=0.874
O3' A 0, 0.363, 1.279, 2.194, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.279 std_dev=0.915
O2' B 0, 0.165, 1.205, 2.245, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.205 std_dev=1.040
O5' B 0, 0.347, 1.537, 2.727, 3.103 max_d=3.103 avg_d=1.537 std_dev=1.190
P A 0, 0.531, 1.839, 3.148, 4.007 max_d=4.007 avg_d=1.839 std_dev=1.308
C5' A 0, 0.221, 1.593, 2.966, 4.151 max_d=4.151 avg_d=1.593 std_dev=1.372
OP2 A 0, 0.506, 1.951, 3.396, 4.439 max_d=4.439 avg_d=1.951 std_dev=1.445
P B 0, 0.475, 1.939, 3.404, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.939 std_dev=1.464
OP2 B 0, 0.524, 2.006, 3.488, 4.386 max_d=4.386 avg_d=2.006 std_dev=1.482
OP1 A 0, 0.638, 2.261, 3.885, 4.980 max_d=4.980 avg_d=2.261 std_dev=1.623
OP1 B 0, 0.504, 2.285, 4.065, 4.790 max_d=4.790 avg_d=2.285 std_dev=1.780

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.12 0.10 0.28 0.11
C2 0.03 0.00 0.18 0.25 0.03 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.21 0.14 0.20 0.17 0.54 0.27
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.12 0.04 0.15 0.09 0.27 0.00 0.01 0.00 0.20 0.30 0.11 0.16
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.32 0.01 0.28 0.04 0.21 0.19 0.30 0.35 0.20 0.03 0.01 0.02 0.28 0.40 0.10 0.25
C4 0.05 0.03 0.08 0.32 0.00 0.20 0.00 0.46 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.16 0.33 0.04 0.46 0.57 0.94 0.66
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.20 0.00 0.31 0.01 0.30 0.11 0.10 0.22 0.17 0.12 0.01 0.01 0.01 0.12 0.24 0.02
C5 0.03 0.01 0.08 0.28 0.00 0.31 0.00 0.62 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.21 0.29 0.15 0.60 0.73 1.05 0.82
C5' 0.05 0.18 0.04 0.04 0.46 0.01 0.62 0.00 0.56 0.26 0.29 0.51 0.19 0.11 0.04 0.02 0.00 0.11 0.33 0.00
C6 0.02 0.01 0.12 0.21 0.01 0.30 0.01 0.56 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.20 0.21 0.19 0.55 0.57 0.84 0.68
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.04 0.11 0.03 0.26 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.15 0.01 0.29 0.25 0.55 0.35
N3 0.03 0.01 0.15 0.30 0.01 0.10 0.01 0.29 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.29 0.10 0.29 0.33 0.73 0.43
N4 0.05 0.04 0.09 0.35 0.00 0.22 0.01 0.51 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.16 0.38 0.04 0.50 0.69 1.06 0.75
O2 0.04 0.01 0.27 0.20 0.04 0.17 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.15 0.16 0.25 0.15 0.13 0.37 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.16 0.12 0.21 0.11 0.20 0.09 0.09 0.16 0.15 0.00 0.05 0.12 0.06 0.19 0.15 0.04
O3' 0.03 0.21 0.01 0.01 0.33 0.01 0.29 0.04 0.21 0.15 0.29 0.38 0.16 0.05 0.00 0.01 0.22 0.47 0.12 0.28
O4' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.19 0.01 0.10 0.04 0.25 0.12 0.01 0.00 0.08 0.05 0.29 0.13
O5' 0.12 0.20 0.20 0.28 0.46 0.01 0.60 0.00 0.55 0.29 0.29 0.50 0.15 0.06 0.22 0.08 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.10 0.17 0.30 0.40 0.57 0.12 0.73 0.11 0.57 0.25 0.33 0.69 0.13 0.19 0.47 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.54 0.11 0.10 0.94 0.24 1.05 0.33 0.84 0.55 0.73 1.06 0.37 0.15 0.12 0.29 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.27 0.16 0.25 0.66 0.02 0.82 0.00 0.68 0.35 0.43 0.75 0.07 0.04 0.28 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.12 0.33 0.37 0.21 0.42 0.22 0.50 0.10 0.43 0.13 0.13 0.07 0.38 0.35 0.65 0.27 0.52 0.41 0.30 0.43 0.17
C2 0.37 0.11 0.31 0.36 0.21 0.39 0.22 0.46 0.08 0.44 0.14 0.12 0.08 0.40 0.34 0.63 0.23 0.49 0.42 0.30 0.41 0.20
C2' 0.41 0.32 0.38 0.35 0.33 0.41 0.33 0.46 0.30 0.44 0.32 0.31 0.30 0.40 0.39 0.68 0.24 0.52 0.42 0.50 0.56 0.35
C3' 0.52 0.46 0.46 0.47 0.46 0.53 0.46 0.60 0.46 0.53 0.47 0.44 0.47 0.51 0.50 0.69 0.39 0.62 0.59 0.70 0.82 0.59
C4 0.34 0.14 0.28 0.31 0.14 0.37 0.10 0.43 0.17 0.36 0.21 0.10 0.30 0.26 0.28 0.59 0.23 0.49 0.48 0.45 0.66 0.37
C4' 0.33 0.21 0.26 0.42 0.18 0.41 0.19 0.51 0.17 0.38 0.24 0.15 0.21 0.32 0.29 0.56 0.37 0.48 0.53 0.50 0.69 0.42
C5 0.33 0.14 0.30 0.30 0.13 0.39 0.10 0.45 0.17 0.32 0.21 0.10 0.29 0.21 0.26 0.60 0.27 0.50 0.47 0.49 0.75 0.39
C5' 0.42 0.35 0.32 0.54 0.33 0.52 0.36 0.63 0.37 0.49 0.40 0.31 0.42 0.46 0.40 0.55 0.54 0.57 0.74 0.79 1.00 0.72
C6 0.34 0.13 0.30 0.33 0.14 0.39 0.11 0.47 0.12 0.35 0.19 0.10 0.21 0.25 0.28 0.61 0.28 0.50 0.45 0.42 0.65 0.32
N1 0.37 0.12 0.31 0.36 0.19 0.41 0.18 0.48 0.08 0.41 0.15 0.12 0.11 0.35 0.33 0.63 0.26 0.51 0.42 0.33 0.49 0.22
N3 0.36 0.11 0.30 0.34 0.19 0.37 0.19 0.44 0.08 0.43 0.17 0.11 0.18 0.39 0.34 0.61 0.20 0.49 0.44 0.35 0.47 0.26
N4 0.33 0.17 0.27 0.28 0.13 0.36 0.11 0.41 0.25 0.32 0.26 0.12 0.39 0.17 0.25 0.56 0.21 0.49 0.51 0.52 0.77 0.46
O2 0.36 0.13 0.32 0.38 0.24 0.37 0.27 0.46 0.14 0.45 0.14 0.14 0.12 0.44 0.36 0.63 0.22 0.48 0.41 0.26 0.32 0.15
O2' 0.37 0.14 0.33 0.34 0.25 0.37 0.27 0.43 0.19 0.42 0.14 0.18 0.18 0.39 0.35 0.64 0.19 0.48 0.39 0.38 0.39 0.23
O3' 0.56 0.50 0.48 0.50 0.50 0.57 0.50 0.64 0.50 0.56 0.51 0.49 0.50 0.53 0.53 0.69 0.41 0.66 0.66 0.83 0.92 0.71
O4' 0.37 0.22 0.31 0.42 0.20 0.43 0.18 0.52 0.14 0.40 0.23 0.17 0.15 0.33 0.32 0.63 0.38 0.52 0.45 0.24 0.44 0.15
O5' 0.65 0.20 0.59 0.25 0.43 0.62 0.43 0.72 0.26 0.69 0.16 0.32 0.23 0.60 0.60 0.91 0.21 0.80 0.32 0.75 0.71 0.49
OP1 0.74 0.30 0.69 0.55 0.52 0.80 0.52 0.94 0.38 0.78 0.30 0.41 0.37 0.69 0.68 0.93 0.56 0.89 0.80 1.24 1.22 0.99
OP2 1.08 0.77 1.06 0.90 0.92 1.09 0.92 1.19 0.83 1.10 0.77 0.85 0.82 1.04 1.03 1.24 0.89 1.17 1.05 1.40 1.46 1.20
P 0.79 0.38 0.75 0.55 0.58 0.81 0.58 0.93 0.46 0.83 0.37 0.47 0.45 0.75 0.74 0.99 0.55 0.93 0.72 1.10 1.11 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.32 0.00 0.24 0.21 0.55 0.23
C2 0.02 0.00 0.28 0.25 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.30 0.35 0.13 0.46 0.34 0.28 0.32
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.20 0.14 0.12 0.22 0.28 0.11 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.11 0.17 0.84 0.41
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.24 0.00 0.33 0.02 0.34 0.33 0.30 0.21 0.39 0.36 0.21 0.03 0.00 0.02 0.34 0.38 0.40 0.29
C4 0.01 0.02 0.15 0.24 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.19 0.07 0.53 0.40 0.38 0.37
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.10 0.18 0.06 0.07 0.13 0.17 0.08 0.31 0.02 0.01 0.02 0.26 0.37 0.07
C5 0.01 0.02 0.08 0.33 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.08 0.05 0.69 0.53 0.47 0.50
C5' 0.05 0.03 0.20 0.02 0.06 0.00 0.13 0.00 0.13 0.19 0.07 0.04 0.18 0.21 0.07 0.14 0.19 0.02 0.01 0.37 0.32 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.34 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.33 0.13 0.06 0.70 0.54 0.45 0.51
C8 0.03 0.02 0.12 0.33 0.00 0.18 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.12 0.74 0.56 0.60 0.52
N1 0.01 0.00 0.22 0.30 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.23 0.10 0.59 0.44 0.32 0.41
N3 0.02 0.00 0.28 0.21 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.38 0.13 0.40 0.30 0.34 0.29
N6 0.00 0.01 0.11 0.39 0.02 0.13 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.35 0.14 0.05 0.79 0.63 0.58 0.61
N7 0.03 0.02 0.06 0.36 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.16 0.09 0.80 0.63 0.65 0.61
N9 0.01 0.02 0.01 0.21 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.12 0.02 0.52 0.39 0.47 0.35
O2' 0.02 0.30 0.00 0.03 0.26 0.31 0.32 0.14 0.33 0.32 0.31 0.28 0.35 0.36 0.21 0.00 0.07 0.21 0.20 0.18 0.89 0.34
O3' 0.32 0.35 0.03 0.00 0.19 0.02 0.08 0.19 0.13 0.15 0.23 0.38 0.14 0.16 0.12 0.07 0.00 0.22 0.36 0.61 0.30 0.32
O4' 0.00 0.13 0.02 0.02 0.07 0.01 0.05 0.02 0.06 0.12 0.10 0.13 0.05 0.09 0.02 0.21 0.22 0.00 0.32 0.38 0.48 0.30
O5' 0.24 0.46 0.11 0.34 0.53 0.02 0.69 0.01 0.70 0.74 0.59 0.40 0.79 0.80 0.52 0.20 0.36 0.32 0.00 0.01 0.04 0.00
OP1 0.21 0.34 0.17 0.38 0.40 0.26 0.53 0.37 0.54 0.56 0.44 0.30 0.63 0.63 0.39 0.18 0.61 0.38 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.28 0.84 0.40 0.38 0.37 0.47 0.32 0.45 0.60 0.32 0.34 0.58 0.65 0.47 0.89 0.30 0.48 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.32 0.41 0.29 0.37 0.07 0.50 0.01 0.51 0.52 0.41 0.29 0.61 0.61 0.35 0.34 0.32 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00