ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54356

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 1, 4, 1, 1, 0, 3, 2, 1, 2, 3, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.014, 0.027, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.025 std_dev=0.017
C5 A 0, -0.002, 0.017, 0.036, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.017 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.026 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.009, 0.050, 0.091, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.050 std_dev=0.041
N4 A 0, 0.009, 0.060, 0.112, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.060 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.217, 0.417, 0.618, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.417 std_dev=0.200
C2' A 0, 0.150, 0.413, 0.676, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.413 std_dev=0.263
N7 B 0, 0.544, 0.912, 1.281, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.912 std_dev=0.368
O6 B 0, 0.420, 0.817, 1.215, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.817 std_dev=0.398
C5 B 0, 0.496, 0.907, 1.317, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.907 std_dev=0.411
C4' A 0, 0.237, 0.649, 1.061, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.649 std_dev=0.412
C8 B 0, 0.625, 1.042, 1.459, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.042 std_dev=0.417
C6 B 0, 0.446, 0.876, 1.306, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.876 std_dev=0.430
C5' A 0, 0.244, 0.704, 1.164, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.704 std_dev=0.460
O2' A 0, 0.343, 0.804, 1.264, 1.917 max_d=1.917 avg_d=0.804 std_dev=0.461
C4 B 0, 0.551, 1.017, 1.482, 1.740 max_d=1.740 avg_d=1.017 std_dev=0.465
N9 B 0, 0.613, 1.084, 1.555, 1.808 max_d=1.808 avg_d=1.084 std_dev=0.471
N1 B 0, 0.486, 0.990, 1.493, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.990 std_dev=0.504
N3 B 0, 0.547, 1.086, 1.624, 1.870 max_d=1.870 avg_d=1.086 std_dev=0.538
C1' B 0, 0.658, 1.212, 1.766, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.212 std_dev=0.554
C2 B 0, 0.514, 1.071, 1.627, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.071 std_dev=0.557
O4' B 0, 0.827, 1.389, 1.951, 2.164 max_d=2.164 avg_d=1.389 std_dev=0.562
N2 B 0, 0.556, 1.189, 1.822, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.189 std_dev=0.633
C2' B 0, 0.881, 1.560, 2.239, 3.380 max_d=3.380 avg_d=1.560 std_dev=0.679
C4' B 0, 0.975, 1.682, 2.389, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.682 std_dev=0.707
O5' A 0, 0.215, 0.925, 1.635, 2.211 max_d=2.211 avg_d=0.925 std_dev=0.710
C3' A 0, 0.120, 0.833, 1.545, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.833 std_dev=0.712
C3' B 0, 0.982, 1.732, 2.483, 3.584 max_d=3.584 avg_d=1.732 std_dev=0.751
O3' B 0, 1.147, 1.948, 2.748, 3.518 max_d=3.518 avg_d=1.948 std_dev=0.800
O2' B 0, 0.887, 1.723, 2.558, 4.230 max_d=4.230 avg_d=1.723 std_dev=0.835
C5' B 0, 0.893, 1.963, 3.033, 4.619 max_d=4.619 avg_d=1.963 std_dev=1.070
O5' B 0, 0.775, 1.900, 3.025, 4.847 max_d=4.847 avg_d=1.900 std_dev=1.125
P A 0, 0.105, 1.385, 2.665, 3.793 max_d=3.793 avg_d=1.385 std_dev=1.280
O3' A 0, 0.032, 1.360, 2.687, 3.405 max_d=3.405 avg_d=1.360 std_dev=1.327
P B 0, 0.664, 1.994, 3.324, 5.501 max_d=5.501 avg_d=1.994 std_dev=1.330
OP2 B 0, 0.472, 1.826, 3.180, 5.438 max_d=5.438 avg_d=1.826 std_dev=1.354
OP1 B 0, 0.776, 2.252, 3.729, 6.003 max_d=6.003 avg_d=2.252 std_dev=1.477
OP2 A 0, 0.162, 1.757, 3.352, 4.685 max_d=4.685 avg_d=1.757 std_dev=1.595
OP1 A 0, -0.043, 1.604, 3.251, 5.565 max_d=5.565 avg_d=1.604 std_dev=1.647

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.32 0.01 0.22 0.39 0.37 0.23
C2 0.03 0.00 0.17 0.27 0.02 0.08 0.03 0.12 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.13 0.08 0.41 0.61 0.76 0.49
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.08 0.03 0.14 0.21 0.17 0.04 0.15 0.09 0.28 0.01 0.04 0.02 0.51 0.55 0.69 0.51
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.44 0.00 0.46 0.02 0.39 0.26 0.37 0.48 0.18 0.02 0.01 0.02 0.41 0.47 0.42 0.29
C4 0.02 0.02 0.08 0.44 0.00 0.16 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.33 0.27 0.05 0.62 1.04 1.14 0.85
C4' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.16 0.00 0.20 0.01 0.18 0.09 0.12 0.18 0.08 0.32 0.02 0.01 0.03 0.48 0.18 0.25
C5 0.02 0.03 0.14 0.46 0.01 0.20 0.00 0.29 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.33 0.35 0.08 0.66 1.10 1.17 0.92
C5' 0.09 0.12 0.21 0.02 0.24 0.01 0.29 0.00 0.25 0.14 0.17 0.27 0.11 0.15 0.22 0.01 0.01 0.25 0.34 0.02
C6 0.02 0.02 0.17 0.39 0.02 0.18 0.01 0.25 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.29 0.26 0.09 0.57 0.86 0.92 0.72
N1 0.01 0.01 0.04 0.26 0.02 0.09 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.12 0.02 0.40 0.59 0.69 0.47
N3 0.03 0.01 0.15 0.37 0.01 0.12 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.33 0.14 0.06 0.51 0.82 0.96 0.67
N4 0.03 0.02 0.09 0.48 0.01 0.18 0.01 0.27 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.36 0.34 0.06 0.67 1.19 1.28 0.97
O2 0.06 0.01 0.28 0.18 0.02 0.08 0.04 0.11 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.40 0.30 0.14 0.31 0.47 0.62 0.35
O2' 0.02 0.30 0.01 0.02 0.33 0.32 0.33 0.15 0.29 0.20 0.33 0.36 0.40 0.00 0.08 0.21 0.50 0.34 0.78 0.42
O3' 0.32 0.13 0.04 0.01 0.27 0.02 0.35 0.22 0.26 0.12 0.14 0.34 0.30 0.08 0.00 0.22 0.35 0.40 0.38 0.19
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.09 0.02 0.06 0.06 0.14 0.21 0.22 0.00 0.13 0.41 0.17 0.24
O5' 0.22 0.41 0.51 0.41 0.62 0.03 0.66 0.01 0.57 0.40 0.51 0.67 0.31 0.50 0.35 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.39 0.61 0.55 0.47 1.04 0.48 1.10 0.25 0.86 0.59 0.82 1.19 0.47 0.34 0.40 0.41 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.76 0.69 0.42 1.14 0.18 1.17 0.34 0.92 0.69 0.96 1.28 0.62 0.78 0.38 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.49 0.51 0.29 0.85 0.25 0.92 0.02 0.72 0.47 0.67 0.97 0.35 0.42 0.19 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.18 0.27 0.10 0.17 0.11 0.15 0.11 0.14 0.12 0.13 0.10 0.13 0.12 0.39 0.28 0.16 0.29 0.12 0.19 0.23 0.21
C2 0.13 0.13 0.19 0.28 0.11 0.17 0.11 0.14 0.12 0.16 0.14 0.14 0.11 0.15 0.13 0.37 0.29 0.15 0.26 0.13 0.13 0.16 0.15
C2' 0.23 0.37 0.30 0.27 0.27 0.19 0.27 0.23 0.34 0.21 0.39 0.42 0.31 0.21 0.23 0.46 0.29 0.21 0.36 0.37 0.21 0.22 0.23
C3' 0.48 0.40 0.55 0.49 0.44 0.49 0.43 0.54 0.40 0.48 0.39 0.39 0.42 0.46 0.47 0.71 0.51 0.48 0.59 0.40 0.57 0.58 0.55
C4 0.18 0.24 0.18 0.26 0.20 0.27 0.22 0.29 0.26 0.17 0.26 0.24 0.22 0.18 0.18 0.47 0.22 0.27 0.37 0.28 0.23 0.30 0.31
C4' 0.16 0.13 0.25 0.21 0.14 0.15 0.13 0.16 0.13 0.16 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.50 0.22 0.15 0.28 0.13 0.23 0.27 0.21
C5 0.22 0.23 0.22 0.29 0.22 0.33 0.23 0.38 0.24 0.21 0.25 0.23 0.22 0.21 0.21 0.52 0.24 0.34 0.46 0.25 0.35 0.44 0.44
C5' 0.20 0.13 0.31 0.21 0.16 0.22 0.16 0.26 0.14 0.21 0.13 0.13 0.14 0.20 0.19 0.59 0.23 0.21 0.35 0.13 0.35 0.37 0.34
C6 0.18 0.18 0.19 0.27 0.17 0.28 0.17 0.31 0.19 0.18 0.19 0.18 0.17 0.17 0.17 0.48 0.24 0.28 0.41 0.20 0.32 0.39 0.38
N1 0.13 0.13 0.18 0.27 0.12 0.19 0.12 0.18 0.13 0.14 0.15 0.14 0.12 0.13 0.13 0.41 0.26 0.18 0.30 0.14 0.19 0.25 0.24
N3 0.13 0.17 0.17 0.27 0.13 0.18 0.13 0.16 0.18 0.15 0.20 0.19 0.14 0.14 0.13 0.38 0.25 0.17 0.27 0.22 0.14 0.18 0.17
N4 0.23 0.32 0.23 0.28 0.29 0.33 0.31 0.37 0.34 0.22 0.33 0.32 0.30 0.27 0.24 0.52 0.23 0.35 0.44 0.34 0.26 0.35 0.37
O2 0.18 0.13 0.25 0.34 0.15 0.19 0.15 0.18 0.13 0.20 0.13 0.14 0.13 0.20 0.17 0.34 0.37 0.18 0.25 0.14 0.16 0.17 0.14
O2' 0.39 0.43 0.32 0.42 0.37 0.41 0.37 0.43 0.41 0.40 0.44 0.46 0.39 0.38 0.38 0.34 0.38 0.45 0.55 0.42 0.40 0.37 0.46
O3' 0.34 0.16 0.35 0.32 0.23 0.41 0.22 0.55 0.15 0.35 0.16 0.19 0.19 0.31 0.31 0.50 0.31 0.42 0.61 0.14 0.62 0.63 0.61
O4' 0.15 0.13 0.18 0.29 0.13 0.23 0.14 0.24 0.13 0.17 0.13 0.13 0.13 0.16 0.15 0.43 0.28 0.21 0.34 0.11 0.33 0.37 0.34
O5' 0.60 0.44 0.73 0.52 0.52 0.54 0.51 0.57 0.45 0.61 0.42 0.40 0.49 0.57 0.57 1.00 0.53 0.54 0.61 0.42 0.65 0.63 0.61
OP1 1.10 0.80 1.22 1.10 0.96 1.08 0.94 1.09 0.82 1.12 0.77 0.74 0.90 1.05 1.06 1.44 1.13 1.07 1.02 0.77 1.22 1.11 1.13
OP2 1.20 0.90 1.38 1.12 1.05 1.10 1.02 1.09 0.89 1.19 0.84 0.84 0.99 1.12 1.15 1.68 1.13 1.11 1.11 0.82 1.08 1.04 1.07
P 0.87 0.61 1.02 0.81 0.75 0.80 0.73 0.80 0.62 0.88 0.57 0.55 0.69 0.82 0.84 1.30 0.82 0.81 0.79 0.57 0.87 0.80 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.05 0.03 0.07 0.09 0.07 0.03 0.01 0.02 0.17 0.01 0.13 0.04 0.30 0.32 0.19
C2 0.07 0.00 0.35 0.24 0.01 0.20 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.38 0.24 0.31 0.36 0.02 0.36 0.38 0.34
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.01 0.09 0.13 0.15 0.20 0.27 0.43 0.34 0.12 0.03 0.01 0.02 0.01 0.28 0.11 0.57 0.47 0.41
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.18 0.01 0.19 0.03 0.21 0.16 0.24 0.26 0.22 0.18 0.12 0.02 0.01 0.02 0.13 0.21 0.38 0.24 0.17
C4 0.04 0.01 0.17 0.18 0.00 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.17 0.24 0.02 0.28 0.32 0.23
C4' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.07 0.16 0.15 0.26 0.19 0.12 0.04 0.18 0.03 0.01 0.02 0.05 0.18 0.22 0.08
C5 0.03 0.01 0.09 0.19 0.01 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.12 0.08 0.23 0.02 0.23 0.28 0.19
C5' 0.06 0.35 0.13 0.03 0.19 0.01 0.13 0.00 0.19 0.16 0.29 0.42 0.31 0.12 0.06 0.08 0.14 0.03 0.01 0.16 0.07 0.15 0.02
C6 0.05 0.01 0.15 0.21 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.17 0.14 0.27 0.01 0.25 0.29 0.23
C8 0.03 0.02 0.20 0.16 0.01 0.16 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.39 0.10 0.17 0.20 0.03 0.15 0.27 0.15
N1 0.07 0.01 0.27 0.24 0.02 0.15 0.01 0.29 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.24 0.22 0.24 0.33 0.02 0.32 0.34 0.30
N2 0.09 0.01 0.43 0.26 0.01 0.26 0.02 0.42 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.53 0.30 0.37 0.41 0.03 0.41 0.41 0.39
N3 0.07 0.01 0.34 0.22 0.01 0.19 0.01 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.22 0.31 0.33 0.02 0.35 0.37 0.32
N7 0.03 0.02 0.12 0.18 0.01 0.12 0.01 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.34 0.11 0.10 0.22 0.03 0.17 0.25 0.17
N9 0.01 0.03 0.03 0.12 0.01 0.04 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.13 0.07 0.01 0.15 0.03 0.23 0.30 0.17
O2' 0.02 0.38 0.01 0.02 0.12 0.18 0.14 0.08 0.13 0.39 0.24 0.53 0.37 0.34 0.13 0.00 0.05 0.12 0.19 0.16 0.54 0.53 0.39
O3' 0.17 0.24 0.02 0.01 0.13 0.03 0.12 0.14 0.17 0.10 0.22 0.30 0.22 0.11 0.07 0.05 0.00 0.12 0.19 0.16 0.26 0.28 0.13
O4' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.17 0.01 0.08 0.03 0.14 0.17 0.24 0.37 0.31 0.10 0.01 0.12 0.12 0.00 0.10 0.11 0.14 0.30 0.16
O5' 0.13 0.36 0.28 0.13 0.24 0.02 0.23 0.01 0.27 0.20 0.33 0.41 0.33 0.22 0.15 0.19 0.19 0.10 0.00 0.27 0.02 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.11 0.21 0.02 0.05 0.02 0.16 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.16 0.16 0.11 0.27 0.00 0.23 0.27 0.21
OP1 0.30 0.36 0.57 0.38 0.28 0.18 0.23 0.07 0.25 0.15 0.32 0.41 0.35 0.17 0.23 0.54 0.26 0.14 0.02 0.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.38 0.47 0.24 0.32 0.22 0.28 0.15 0.29 0.27 0.34 0.41 0.37 0.25 0.30 0.53 0.28 0.30 0.02 0.27 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.34 0.41 0.17 0.23 0.08 0.19 0.02 0.23 0.15 0.30 0.39 0.32 0.17 0.17 0.39 0.13 0.16 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00