ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54357

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.012, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.010, 0.031, 0.053, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.031 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.032, 0.089, 0.145, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.089 std_dev=0.056
C2' A 0, 0.026, 0.091, 0.155, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.091 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.052, 0.125, 0.199, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.125 std_dev=0.074
C3' A 0, 0.018, 0.100, 0.181, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.100 std_dev=0.081
O3' A 0, 0.028, 0.120, 0.212, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.120 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.054, 0.168, 0.282, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.168 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.086, 0.230, 0.375, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.230 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.139, 0.315, 0.491, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.315 std_dev=0.176
C2 B 0, 0.157, 0.386, 0.615, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.386 std_dev=0.229
N3 B 0, 0.145, 0.383, 0.622, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.383 std_dev=0.239
N2 B 0, 0.184, 0.450, 0.716, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.450 std_dev=0.266
C4 B 0, 0.081, 0.362, 0.644, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.362 std_dev=0.282
N9 B 0, 0.038, 0.345, 0.653, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.345 std_dev=0.308
P A 0, 0.068, 0.380, 0.691, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.380 std_dev=0.312
N1 B 0, 0.101, 0.424, 0.746, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.424 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.010, 0.355, 0.700, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.355 std_dev=0.345
C1' B 0, 0.033, 0.378, 0.723, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.378 std_dev=0.345
C5 B 0, -0.022, 0.430, 0.882, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.430 std_dev=0.452
C8 B 0, -0.064, 0.400, 0.865, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.400 std_dev=0.465
OP2 A 0, -0.037, 0.456, 0.949, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.456 std_dev=0.493
C6 B 0, -0.015, 0.482, 0.979, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.482 std_dev=0.497
C2' B 0, -0.091, 0.500, 1.091, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.500 std_dev=0.591
N7 B 0, -0.111, 0.481, 1.074, 1.632 max_d=1.632 avg_d=0.481 std_dev=0.592
C4' B 0, -0.135, 0.479, 1.094, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.479 std_dev=0.615
O5' B 0, -0.180, 0.490, 1.161, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.490 std_dev=0.671
OP2 B 0, -0.170, 0.502, 1.175, 1.832 max_d=1.832 avg_d=0.502 std_dev=0.673
C5' B 0, -0.187, 0.504, 1.194, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.504 std_dev=0.691
O6 B 0, -0.094, 0.598, 1.289, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.598 std_dev=0.692
P B 0, -0.173, 0.533, 1.238, 1.923 max_d=1.923 avg_d=0.533 std_dev=0.705
C3' B 0, -0.212, 0.539, 1.290, 2.030 max_d=2.030 avg_d=0.539 std_dev=0.751
O2' B 0, -0.143, 0.618, 1.378, 2.115 max_d=2.115 avg_d=0.618 std_dev=0.760
OP1 B 0, -0.165, 0.667, 1.499, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.667 std_dev=0.832
O3' B 0, -0.349, 0.695, 1.739, 2.772 max_d=2.772 avg_d=0.695 std_dev=1.044
OP1 A 0, -0.341, 0.970, 2.281, 3.571 max_d=3.571 avg_d=0.970 std_dev=1.311

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.28 0.06 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.07 0.58 0.21 0.22
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.00 0.04 0.22 0.10 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.06 0.44 0.04 0.17
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.91 0.35 0.30
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.18 0.03
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.10 0.98 0.36 0.31
C5' 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.28 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.09 0.81 0.27 0.26
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.57 0.18 0.20
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.08 0.75 0.29 0.26
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.10 0.98 0.41 0.32
O2 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.12 0.07 0.04 0.07 0.44 0.15 0.18
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.03 0.12 0.00 0.01 0.00 0.04 0.34 0.14 0.10
O3' 0.04 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.00 0.04 0.06 0.46 0.09 0.18
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.38 0.06 0.11
O5' 0.03 0.07 0.04 0.06 0.09 0.02 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.28 0.58 0.22 0.44 0.91 0.07 0.98 0.04 0.81 0.57 0.75 0.98 0.44 0.34 0.46 0.38 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.21 0.10 0.04 0.35 0.18 0.36 0.28 0.27 0.18 0.29 0.41 0.15 0.14 0.09 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.07 0.17 0.30 0.03 0.31 0.02 0.26 0.20 0.26 0.32 0.18 0.10 0.18 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.24 0.51 0.68 0.23 0.50 0.20 0.59 0.20 0.21 0.22 0.24 0.24 0.19 0.23 0.48 0.87 0.23 0.61 0.18 0.63 0.58 0.63
C2 0.32 0.27 0.57 0.74 0.25 0.56 0.20 0.63 0.18 0.21 0.22 0.28 0.28 0.16 0.26 0.56 0.92 0.28 0.65 0.14 0.62 0.62 0.64
C2' 0.26 0.25 0.53 0.69 0.21 0.50 0.16 0.56 0.15 0.15 0.21 0.28 0.25 0.11 0.21 0.51 0.89 0.22 0.58 0.10 0.56 0.54 0.58
C3' 0.25 0.25 0.51 0.67 0.22 0.49 0.19 0.57 0.19 0.19 0.23 0.26 0.25 0.17 0.22 0.47 0.87 0.22 0.59 0.16 0.60 0.56 0.61
C4 0.29 0.28 0.56 0.69 0.24 0.49 0.15 0.52 0.14 0.13 0.21 0.30 0.29 0.06 0.23 0.54 0.85 0.23 0.52 0.08 0.38 0.32 0.44
C4' 0.22 0.20 0.45 0.62 0.21 0.46 0.22 0.56 0.21 0.23 0.21 0.19 0.20 0.23 0.22 0.39 0.79 0.20 0.58 0.23 0.64 0.55 0.62
C5 0.22 0.25 0.47 0.60 0.20 0.40 0.13 0.44 0.14 0.10 0.20 0.27 0.25 0.05 0.18 0.44 0.75 0.16 0.44 0.08 0.36 0.28 0.39
C5' 0.18 0.17 0.39 0.55 0.17 0.39 0.18 0.50 0.18 0.19 0.18 0.16 0.17 0.20 0.18 0.32 0.70 0.16 0.51 0.20 0.57 0.47 0.55
C6 0.22 0.24 0.47 0.61 0.20 0.42 0.16 0.49 0.16 0.14 0.21 0.25 0.23 0.11 0.19 0.43 0.78 0.17 0.50 0.12 0.47 0.40 0.48
N1 0.27 0.25 0.52 0.68 0.23 0.50 0.19 0.57 0.18 0.19 0.22 0.26 0.25 0.16 0.23 0.49 0.86 0.23 0.59 0.15 0.58 0.54 0.59
N3 0.34 0.28 0.60 0.75 0.26 0.57 0.18 0.62 0.16 0.19 0.22 0.30 0.30 0.12 0.27 0.59 0.93 0.29 0.64 0.11 0.54 0.56 0.60
N4 0.31 0.29 0.58 0.70 0.24 0.48 0.11 0.46 0.10 0.06 0.20 0.33 0.31 0.10 0.22 0.58 0.85 0.22 0.45 0.07 0.21 0.08 0.27
O2 0.34 0.27 0.59 0.76 0.26 0.60 0.21 0.67 0.19 0.23 0.23 0.28 0.28 0.18 0.28 0.59 0.96 0.31 0.69 0.15 0.70 0.69 0.70
O2' 0.28 0.27 0.56 0.71 0.21 0.52 0.14 0.57 0.14 0.12 0.21 0.30 0.27 0.08 0.21 0.56 0.95 0.23 0.58 0.10 0.53 0.55 0.56
O3' 0.23 0.22 0.49 0.66 0.19 0.48 0.18 0.56 0.18 0.18 0.20 0.22 0.21 0.17 0.20 0.45 0.87 0.19 0.59 0.17 0.62 0.58 0.61
O4' 0.24 0.22 0.47 0.64 0.23 0.47 0.25 0.58 0.24 0.26 0.23 0.20 0.22 0.27 0.24 0.41 0.80 0.22 0.59 0.27 0.66 0.56 0.63
O5' 0.14 0.15 0.35 0.49 0.12 0.33 0.10 0.41 0.10 0.11 0.13 0.16 0.14 0.10 0.12 0.30 0.65 0.12 0.41 0.08 0.44 0.36 0.44
OP1 1.21 1.20 0.91 0.71 1.27 0.92 1.32 0.79 1.34 1.26 1.25 1.14 1.23 1.31 1.25 0.97 0.48 1.22 0.72 1.41 0.61 0.63 0.64
OP2 0.50 0.54 0.75 0.88 0.49 0.69 0.46 0.74 0.46 0.44 0.51 0.54 0.53 0.41 0.48 0.68 1.04 0.46 0.75 0.40 0.72 0.63 0.73
P 0.30 0.27 0.07 0.08 0.32 0.09 0.36 0.02 0.36 0.34 0.30 0.25 0.29 0.37 0.32 0.13 0.25 0.32 0.03 0.41 0.09 0.06 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.05 0.18 0.06
C2 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.04 0.01 0.10 0.09 0.07
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.08 0.04 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09
C4 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.09 0.15 0.03
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.02 0.12 0.15 0.07
C5' 0.02 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.13 0.10 0.10 0.06 0.04 0.13 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.17 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.08 0.01 0.16 0.09 0.12
C8 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.06 0.03 0.08 0.27 0.02
N1 0.03 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.07 0.01 0.14 0.07 0.10
N2 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.11 0.06 0.07
N3 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.07 0.12 0.03
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.04 0.03 0.13 0.22 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.06 0.21 0.03
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03 0.09 0.04 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.04 0.08 0.07 0.05 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.15 0.12 0.09 0.25 0.16
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.04 0.07 0.24 0.13
O5' 0.06 0.04 0.03 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.07 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.15 0.11 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.02 0.17 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.12 0.04 0.11 0.00 0.21 0.05 0.17
OP1 0.05 0.10 0.06 0.07 0.09 0.07 0.12 0.08 0.16 0.08 0.14 0.11 0.07 0.13 0.06 0.09 0.09 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.09 0.04 0.10 0.15 0.04 0.15 0.01 0.09 0.27 0.07 0.06 0.12 0.22 0.21 0.04 0.25 0.24 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.10 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.16 0.13 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00