ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54358

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, -0.002, 0.009, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C1' A 0, -0.001, 0.011, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C2 A 0, -0.001, 0.012, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, -0.002, 0.011, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.012
C4 A 0, -0.001, 0.011, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.025, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N4 A 0, -0.003, 0.028, 0.059, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.028 std_dev=0.031
O4' A 0, -0.005, 0.034, 0.074, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.040
C4' A 0, -0.023, 0.086, 0.195, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.086 std_dev=0.109
C2' A 0, -0.027, 0.091, 0.208, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.091 std_dev=0.118
C5' B 0, -0.018, 0.133, 0.284, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.133 std_dev=0.151
P B 0, -0.025, 0.134, 0.293, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.134 std_dev=0.159
O5' B 0, -0.023, 0.139, 0.301, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.139 std_dev=0.162
OP2 B 0, -0.043, 0.120, 0.284, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.120 std_dev=0.163
C4' B 0, -0.024, 0.172, 0.368, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.172 std_dev=0.196
P A 0, -0.039, 0.163, 0.366, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.163 std_dev=0.202
O3' B 0, -0.024, 0.181, 0.387, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.181 std_dev=0.205
OP1 B 0, -0.019, 0.189, 0.396, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.189 std_dev=0.208
C3' B 0, -0.030, 0.178, 0.386, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.178 std_dev=0.208
C5' A 0, -0.051, 0.163, 0.377, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.163 std_dev=0.214
O5' A 0, -0.047, 0.174, 0.395, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.174 std_dev=0.221
OP1 A 0, -0.033, 0.195, 0.424, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.195 std_dev=0.228
O4' B 0, -0.038, 0.214, 0.466, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.214 std_dev=0.252
OP2 A 0, -0.034, 0.239, 0.513, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.239 std_dev=0.274
C2' B 0, -0.046, 0.238, 0.521, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.238 std_dev=0.283
C8 B 0, -0.055, 0.239, 0.533, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.239 std_dev=0.294
N9 B 0, -0.057, 0.245, 0.547, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.245 std_dev=0.302
C1' B 0, -0.052, 0.251, 0.554, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.251 std_dev=0.303
N7 B 0, -0.057, 0.251, 0.558, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.251 std_dev=0.308
C4 B 0, -0.061, 0.256, 0.573, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.256 std_dev=0.317
C5 B 0, -0.061, 0.262, 0.585, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.262 std_dev=0.323
N3 B 0, -0.070, 0.265, 0.599, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.265 std_dev=0.334
C3' A 0, -0.092, 0.256, 0.604, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.256 std_dev=0.348
C2 B 0, -0.078, 0.274, 0.627, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.274 std_dev=0.353
O2' B 0, -0.071, 0.289, 0.649, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.289 std_dev=0.360
N2 B 0, -0.075, 0.285, 0.645, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.285 std_dev=0.360
C6 B 0, -0.078, 0.283, 0.643, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.283 std_dev=0.360
N1 B 0, -0.087, 0.282, 0.650, 0.802 max_d=0.802 avg_d=0.282 std_dev=0.368
O6 B 0, -0.090, 0.312, 0.713, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.312 std_dev=0.401
O2' A 0, -0.159, 0.407, 0.974, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.407 std_dev=0.566
O3' A 0, -0.228, 0.590, 1.409, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.590 std_dev=0.818

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.24 0.00 0.09 0.08 0.23 0.15
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.22 0.28 0.01 0.06 0.11 0.26 0.16
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.07 0.12 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.22 0.15 0.30 0.23
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.01 0.18 0.04 0.17 0.08 0.06 0.13 0.06 0.01 0.00 0.01 0.13 0.22 0.16 0.16
C4 0.00 0.00 0.06 0.12 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.29 0.12 0.02 0.01 0.13 0.27 0.15
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.04 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.18 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.13 0.27 0.15
C5' 0.02 0.02 0.12 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.08 0.01 0.04 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.06 0.17 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.12 0.26 0.16
N1 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.17 0.16 0.01 0.06 0.11 0.26 0.16
N3 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.27 0.24 0.02 0.03 0.12 0.27 0.16
N4 0.01 0.01 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.11 0.03 0.02 0.14 0.26 0.14
O2 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.42 0.01 0.08 0.10 0.26 0.16
O2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.29 0.17 0.26 0.04 0.20 0.17 0.27 0.31 0.16 0.00 0.03 0.12 0.16 0.07 0.34 0.18
O3' 0.24 0.28 0.01 0.00 0.12 0.01 0.00 0.17 0.01 0.16 0.24 0.11 0.42 0.03 0.00 0.16 0.28 0.59 0.35 0.39
O4' 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.12 0.16 0.00 0.06 0.07 0.19 0.13
O5' 0.09 0.06 0.22 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.08 0.16 0.28 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.11 0.15 0.22 0.13 0.05 0.13 0.01 0.12 0.11 0.12 0.14 0.10 0.07 0.59 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.26 0.30 0.16 0.27 0.03 0.27 0.00 0.26 0.26 0.27 0.26 0.26 0.34 0.35 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.16 0.23 0.16 0.15 0.01 0.15 0.01 0.16 0.16 0.16 0.14 0.16 0.18 0.39 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.29 0.12 0.12 0.23 0.13 0.25 0.10 0.31 0.15 0.32 0.29 0.25 0.19 0.17 0.13 0.10 0.13 0.08 0.37 0.12 0.12 0.11
C2 0.15 0.28 0.12 0.13 0.23 0.13 0.26 0.10 0.32 0.16 0.31 0.28 0.25 0.21 0.18 0.13 0.10 0.13 0.09 0.36 0.13 0.13 0.11
C2' 0.04 0.17 0.01 0.03 0.11 0.04 0.13 0.03 0.20 0.04 0.21 0.17 0.14 0.08 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.26 0.08 0.07 0.06
C3' 0.32 0.54 0.30 0.29 0.43 0.27 0.45 0.21 0.54 0.29 0.58 0.56 0.48 0.35 0.35 0.30 0.27 0.27 0.18 0.60 0.17 0.18 0.18
C4 0.15 0.28 0.13 0.13 0.23 0.13 0.26 0.09 0.30 0.14 0.30 0.27 0.25 0.20 0.17 0.14 0.11 0.12 0.06 0.33 0.07 0.08 0.07
C4' 0.23 0.39 0.21 0.20 0.31 0.20 0.32 0.15 0.40 0.21 0.42 0.40 0.35 0.25 0.25 0.21 0.18 0.20 0.12 0.44 0.15 0.15 0.14
C5 0.14 0.29 0.13 0.14 0.23 0.12 0.24 0.07 0.31 0.11 0.32 0.29 0.25 0.16 0.16 0.13 0.13 0.10 0.04 0.35 0.06 0.06 0.06
C5' 0.25 0.39 0.22 0.21 0.32 0.21 0.32 0.16 0.39 0.22 0.42 0.40 0.36 0.26 0.27 0.22 0.19 0.22 0.12 0.43 0.16 0.15 0.15
C6 0.14 0.29 0.12 0.13 0.22 0.12 0.24 0.08 0.31 0.11 0.32 0.29 0.25 0.16 0.16 0.13 0.12 0.10 0.05 0.36 0.08 0.09 0.07
N1 0.14 0.29 0.12 0.13 0.23 0.13 0.25 0.09 0.32 0.14 0.32 0.29 0.25 0.19 0.17 0.13 0.11 0.12 0.07 0.36 0.11 0.11 0.10
N3 0.15 0.28 0.12 0.13 0.24 0.14 0.26 0.10 0.31 0.16 0.30 0.27 0.25 0.22 0.18 0.14 0.10 0.13 0.09 0.34 0.11 0.12 0.11
N4 0.14 0.26 0.12 0.13 0.23 0.12 0.24 0.08 0.27 0.14 0.27 0.25 0.24 0.20 0.17 0.14 0.11 0.11 0.04 0.27 0.04 0.03 0.05
O2 0.15 0.28 0.11 0.12 0.23 0.14 0.26 0.11 0.31 0.17 0.31 0.28 0.25 0.22 0.18 0.13 0.09 0.13 0.11 0.36 0.15 0.14 0.13
O2' 0.22 0.05 0.30 0.30 0.11 0.25 0.07 0.26 0.02 0.18 0.01 0.05 0.10 0.11 0.18 0.30 0.35 0.22 0.27 0.11 0.18 0.22 0.21
O3' 0.15 0.51 0.15 0.11 0.32 0.04 0.34 0.05 0.49 0.11 0.56 0.57 0.41 0.19 0.19 0.16 0.09 0.05 0.07 0.56 0.16 0.10 0.12
O4' 0.18 0.31 0.16 0.16 0.26 0.16 0.27 0.12 0.33 0.17 0.34 0.32 0.28 0.21 0.20 0.16 0.14 0.16 0.08 0.37 0.14 0.13 0.12
O5' 0.19 0.37 0.16 0.15 0.27 0.14 0.27 0.09 0.36 0.15 0.40 0.39 0.31 0.18 0.20 0.16 0.13 0.15 0.05 0.40 0.07 0.06 0.07
OP1 0.05 0.09 0.07 0.06 0.01 0.07 0.02 0.11 0.04 0.10 0.10 0.12 0.04 0.09 0.05 0.07 0.06 0.08 0.14 0.06 0.08 0.09 0.09
OP2 0.09 0.15 0.09 0.10 0.02 0.14 0.05 0.20 0.06 0.18 0.17 0.21 0.07 0.18 0.10 0.08 0.09 0.15 0.25 0.07 0.22 0.23 0.23
P 0.01 0.20 0.01 0.01 0.08 0.03 0.06 0.08 0.14 0.05 0.22 0.24 0.14 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.13 0.17 0.09 0.10 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.06 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.07 0.13 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01
C3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.08 0.00 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.09
C4' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.09 0.12 0.11
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.04 0.00 0.12 0.16 0.13
C8 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.05
N1 0.01 0.00 0.05 0.11 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.15 0.12
N2 0.01 0.01 0.06 0.11 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.03 0.02 0.06 0.12 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.10 0.09
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.09 0.10 0.09
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
O3' 0.00 0.13 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.11 0.00 0.13 0.14 0.11 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.10 0.06 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.01
O5' 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.00 0.14 0.20 0.15
OP1 0.03 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.09 0.05 0.12 0.05 0.10 0.06 0.05 0.09 0.03 0.02 0.10 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.13 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.03 0.16 0.04 0.15 0.12 0.10 0.10 0.04 0.01 0.06 0.02 0.02 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.10 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.01 0.13 0.05 0.12 0.10 0.09 0.09 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00