ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.000, 0.027, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N4 A 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O4' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.000, 0.156, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.000, 0.186, 0.371, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.186 std_dev=0.186
O3' A 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.000, 0.255, 0.510, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
O5' A 0, 0.000, 0.301, 0.603, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.301 std_dev=0.301
P A 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
O6 B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C6 B 0, 0.000, 0.502, 1.005, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.502 std_dev=0.502
C5 B 0, 0.000, 0.503, 1.006, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.503 std_dev=0.503
N7 B 0, 0.000, 0.511, 1.023, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.511 std_dev=0.511
C4 B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
C8 B 0, 0.000, 0.700, 1.401, 1.401 max_d=1.401 avg_d=0.700 std_dev=0.700
N1 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
N9 B 0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
N3 B 0, 0.000, 0.772, 1.544, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.772 std_dev=0.772
C2 B 0, 0.000, 0.793, 1.586, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.793 std_dev=0.793
C1' B 0, 0.000, 0.908, 1.817, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.908 std_dev=0.908
O4' B 0, 0.000, 0.932, 1.863, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.932 std_dev=0.932
N2 B 0, 0.000, 0.952, 1.904, 1.904 max_d=1.904 avg_d=0.952 std_dev=0.952
OP2 B 0, 0.000, 0.971, 1.942, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.971 std_dev=0.971
C5' B 0, 0.000, 1.010, 2.020, 2.020 max_d=2.020 avg_d=1.010 std_dev=1.010
C2' B 0, 0.000, 1.020, 2.040, 2.040 max_d=2.040 avg_d=1.020 std_dev=1.020
C4' B 0, 0.000, 1.037, 2.074, 2.074 max_d=2.074 avg_d=1.037 std_dev=1.037
C3' B 0, 0.000, 1.040, 2.079, 2.079 max_d=2.079 avg_d=1.040 std_dev=1.040
P B 0, 0.000, 1.064, 2.128, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.064 std_dev=1.064
O5' B 0, 0.000, 1.135, 2.270, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.135 std_dev=1.135
OP2 A 0, 0.000, 1.158, 2.316, 2.316 max_d=2.316 avg_d=1.158 std_dev=1.158
O3' B 0, 0.000, 1.165, 2.331, 2.331 max_d=2.331 avg_d=1.165 std_dev=1.165
OP1 B 0, 0.000, 1.178, 2.356, 2.356 max_d=2.356 avg_d=1.178 std_dev=1.178
O2' B 0, 0.000, 1.199, 2.399, 2.399 max_d=2.399 avg_d=1.199 std_dev=1.199
OP1 A 0, 0.000, 1.783, 3.567, 3.567 max_d=3.567 avg_d=1.783 std_dev=1.783

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.29 0.08 0.06
C2 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.45 0.17 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.35 0.14 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.31 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.09 0.63 0.27 0.15
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.16 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04 0.09 0.65 0.27 0.15
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.10 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.36 0.31 0.02
C6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.55 0.20 0.12
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.43 0.14 0.08
N3 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.54 0.22 0.12
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.03 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.05 0.11 0.70 0.34 0.19
O2 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.38 0.13 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.20 0.13 0.03
O3' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.10 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.37 0.44 0.03
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.22 0.11 0.06
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.09 0.02 0.09 0.01 0.07 0.05 0.07 0.11 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.29 0.45 0.35 0.41 0.63 0.24 0.65 0.36 0.55 0.43 0.54 0.70 0.38 0.20 0.37 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.17 0.14 0.31 0.27 0.16 0.27 0.31 0.20 0.14 0.22 0.34 0.13 0.13 0.44 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.10 0.05 0.03 0.15 0.03 0.15 0.02 0.12 0.08 0.12 0.19 0.08 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.07 0.20 0.24 0.12 0.16 0.10 0.14 0.05 0.14 0.05 0.07 0.10 0.12 0.13 0.16 0.25 0.11 0.24 0.00 0.16 0.23 0.21
C2 0.07 0.07 0.14 0.16 0.09 0.07 0.08 0.03 0.06 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.16 0.04 0.14 0.01 0.03 0.07 0.07
C2' 0.05 0.05 0.12 0.16 0.07 0.08 0.06 0.08 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.17 0.04 0.13 0.02 0.08 0.15 0.12
C3' 0.05 0.06 0.12 0.16 0.07 0.09 0.05 0.09 0.02 0.06 0.04 0.07 0.07 0.04 0.07 0.06 0.17 0.04 0.12 0.03 0.08 0.16 0.12
C4 0.18 0.18 0.23 0.22 0.20 0.14 0.20 0.07 0.15 0.21 0.16 0.18 0.19 0.21 0.20 0.20 0.22 0.13 0.19 0.09 0.01 0.04 0.08
C4' 0.12 0.07 0.20 0.25 0.11 0.17 0.09 0.17 0.04 0.13 0.04 0.07 0.10 0.10 0.13 0.15 0.26 0.11 0.23 0.02 0.19 0.27 0.22
C5 0.26 0.19 0.31 0.32 0.24 0.25 0.21 0.20 0.15 0.28 0.15 0.19 0.23 0.24 0.27 0.28 0.31 0.23 0.33 0.06 0.16 0.25 0.25
C5' 0.16 0.09 0.23 0.28 0.14 0.21 0.11 0.21 0.05 0.16 0.06 0.09 0.13 0.12 0.16 0.19 0.30 0.15 0.26 0.01 0.23 0.31 0.26
C6 0.22 0.15 0.28 0.31 0.20 0.24 0.17 0.21 0.11 0.23 0.11 0.15 0.18 0.20 0.23 0.25 0.31 0.20 0.32 0.03 0.20 0.29 0.27
N1 0.14 0.10 0.21 0.23 0.13 0.16 0.12 0.13 0.07 0.15 0.07 0.10 0.12 0.13 0.15 0.17 0.24 0.12 0.23 0.01 0.13 0.20 0.18
N3 0.07 0.11 0.13 0.13 0.11 0.05 0.11 0.01 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.10 0.14 0.02 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01
N4 0.22 0.26 0.27 0.22 0.28 0.13 0.28 0.02 0.23 0.28 0.24 0.25 0.27 0.30 0.26 0.23 0.20 0.14 0.15 0.16 0.10 0.14 0.03
O2 0.01 0.03 0.08 0.11 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.12 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.04
O2' 0.04 0.04 0.11 0.16 0.05 0.08 0.05 0.08 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.06 0.18 0.03 0.14 0.01 0.10 0.16 0.13
O3' 0.01 0.04 0.06 0.11 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.12 0.02 0.05 0.03 0.01 0.10 0.05
O4' 0.16 0.08 0.24 0.28 0.14 0.20 0.12 0.19 0.06 0.17 0.05 0.08 0.12 0.14 0.16 0.20 0.30 0.15 0.29 0.01 0.23 0.30 0.27
O5' 0.18 0.08 0.27 0.32 0.14 0.24 0.11 0.25 0.04 0.18 0.03 0.07 0.12 0.14 0.18 0.23 0.34 0.18 0.32 0.04 0.29 0.36 0.32
OP1 0.46 0.44 0.33 0.27 0.43 0.41 0.43 0.41 0.44 0.42 0.44 0.44 0.44 0.42 0.43 0.39 0.22 0.50 0.36 0.47 0.37 0.28 0.38
OP2 0.08 0.12 0.09 0.11 0.03 0.13 0.08 0.13 0.17 0.05 0.18 0.13 0.05 0.03 0.04 0.09 0.09 0.12 0.22 0.27 0.18 0.21 0.24
P 0.16 0.04 0.25 0.30 0.10 0.23 0.07 0.24 0.00 0.16 0.00 0.03 0.09 0.10 0.15 0.22 0.32 0.16 0.30 0.08 0.29 0.34 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.15 0.06
C2 0.04 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.02 0.01 0.05 0.15 0.04
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.03 0.08 0.02 0.06
C4 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.14 0.03
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.13 0.03
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.08 0.00 0.10 0.03 0.10 0.09 0.06 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.00 0.13 0.02
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.07 0.15 0.05
C8 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.06 0.05 0.00 0.10 0.01
N1 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.15 0.05
N2 0.03 0.00 0.06 0.11 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.06 0.16 0.05
N3 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.04 0.14 0.03
N7 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.06 0.05 0.02 0.10 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.13 0.03
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.11 0.05
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.13 0.08 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.13 0.02 0.10 0.00 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.12 0.06 0.07 0.19 0.10
O5' 0.04 0.02 0.05 0.13 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.13 0.12 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02
O6 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.03 0.13 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.00 0.00 0.11 0.18 0.09
OP1 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.07 0.00 0.11 0.00 0.02 0.01
OP2 0.15 0.15 0.07 0.02 0.14 0.12 0.13 0.13 0.15 0.10 0.15 0.16 0.14 0.10 0.13 0.11 0.00 0.19 0.02 0.18 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.07 0.10 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00