ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54360

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 3, 9, 9, 9, 11, 11, 11, 7, 6, 4, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.019, 0.028, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.028 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.021, 0.033, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.033 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.025, 0.038, 0.050, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.020, 0.033, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.033 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.046, 0.082, 0.119, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.082 std_dev=0.036
N4 A 0, 0.056, 0.097, 0.137, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.097 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.061, 0.237, 0.413, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.237 std_dev=0.176
C2' A 0, 0.137, 0.342, 0.546, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.342 std_dev=0.204
N2 B 0, 0.328, 0.563, 0.799, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.563 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.281, 0.518, 0.755, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.518 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.168, 0.416, 0.663, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.416 std_dev=0.247
N3 B 0, 0.401, 0.692, 0.984, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.692 std_dev=0.291
C4' A 0, 0.383, 0.677, 0.971, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.677 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.428, 0.754, 1.080, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.754 std_dev=0.326
C6 B 0, 0.221, 0.566, 0.911, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.566 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.347, 0.714, 1.082, 2.099 max_d=2.099 avg_d=0.714 std_dev=0.367
N9 B 0, 0.574, 0.965, 1.355, 2.158 max_d=2.158 avg_d=0.965 std_dev=0.391
C5' A 0, 0.665, 1.064, 1.464, 2.379 max_d=2.379 avg_d=1.064 std_dev=0.399
C3' A 0, 0.202, 0.626, 1.050, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.626 std_dev=0.424
C1' B 0, 0.712, 1.143, 1.575, 2.527 max_d=2.527 avg_d=1.143 std_dev=0.432
O6 B 0, 0.248, 0.680, 1.112, 3.284 max_d=3.284 avg_d=0.680 std_dev=0.432
O2' A 0, 0.046, 0.494, 0.942, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.494 std_dev=0.448
C8 B 0, 0.587, 1.043, 1.500, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.043 std_dev=0.457
N7 B 0, 0.461, 0.928, 1.394, 3.016 max_d=3.016 avg_d=0.928 std_dev=0.467
O5' A 0, 0.457, 0.966, 1.476, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.966 std_dev=0.510
P A 0, 0.895, 1.420, 1.945, 3.689 max_d=3.689 avg_d=1.420 std_dev=0.525
C2' B 0, 1.088, 1.665, 2.242, 4.010 max_d=4.010 avg_d=1.665 std_dev=0.577
O4' B 0, 0.720, 1.349, 1.977, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.349 std_dev=0.628
C3' B 0, 0.842, 1.511, 2.179, 3.677 max_d=3.677 avg_d=1.511 std_dev=0.668
C4' B 0, 0.854, 1.525, 2.197, 3.295 max_d=3.295 avg_d=1.525 std_dev=0.672
OP1 A 0, 1.035, 1.792, 2.550, 4.365 max_d=4.365 avg_d=1.792 std_dev=0.757
O3' B 0, 1.273, 2.122, 2.971, 5.055 max_d=5.055 avg_d=2.122 std_dev=0.849
O3' A 0, -0.105, 0.746, 1.597, 3.193 max_d=3.193 avg_d=0.746 std_dev=0.851
O2' B 0, 1.315, 2.237, 3.159, 6.353 max_d=6.353 avg_d=2.237 std_dev=0.922
OP2 A 0, 0.587, 1.759, 2.931, 5.824 max_d=5.824 avg_d=1.759 std_dev=1.172
C5' B 0, 0.484, 1.886, 3.288, 6.244 max_d=6.244 avg_d=1.886 std_dev=1.402
O5' B 0, -0.195, 1.632, 3.459, 7.368 max_d=7.368 avg_d=1.632 std_dev=1.827
P B 0, -0.788, 1.868, 4.524, 10.150 max_d=10.150 avg_d=1.868 std_dev=2.656
OP1 B 0, 0.052, 2.784, 5.516, 11.262 max_d=11.262 avg_d=2.784 std_dev=2.732
OP2 B 0, 0.016, 2.824, 5.632, 11.331 max_d=11.331 avg_d=2.824 std_dev=2.808

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.23 0.01 0.30 0.44 0.46 0.21
C2 0.02 0.00 0.09 0.16 0.01 0.06 0.01 0.31 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.14 0.06 0.39 0.47 0.44 0.22
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.09 0.03 0.12 0.23 0.12 0.05 0.08 0.11 0.16 0.01 0.04 0.02 0.29 0.37 0.91 0.43
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.28 0.01 0.32 0.03 0.28 0.18 0.22 0.30 0.13 0.03 0.01 0.02 0.24 0.25 0.73 0.31
C4 0.02 0.01 0.09 0.28 0.00 0.16 0.01 0.49 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.21 0.03 0.48 0.52 0.49 0.32
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.21 0.10 0.09 0.18 0.08 0.24 0.03 0.01 0.02 0.28 0.39 0.09
C5 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.22 0.00 0.54 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.24 0.27 0.06 0.51 0.56 0.52 0.35
C5' 0.17 0.31 0.23 0.03 0.49 0.01 0.54 0.00 0.49 0.34 0.40 0.52 0.22 0.11 0.18 0.03 0.01 0.36 0.33 0.03
C6 0.02 0.02 0.12 0.28 0.01 0.21 0.01 0.49 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.23 0.07 0.48 0.55 0.45 0.30
N1 0.01 0.01 0.05 0.18 0.01 0.10 0.01 0.34 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.15 0.12 0.02 0.39 0.48 0.42 0.23
N3 0.02 0.01 0.08 0.22 0.01 0.09 0.02 0.40 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.27 0.13 0.05 0.44 0.49 0.45 0.26
N4 0.02 0.02 0.11 0.30 0.01 0.18 0.02 0.52 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.24 0.04 0.50 0.53 0.54 0.35
O2 0.03 0.01 0.16 0.13 0.01 0.08 0.02 0.22 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.26 0.26 0.11 0.36 0.45 0.46 0.20
O2' 0.03 0.23 0.01 0.03 0.27 0.24 0.24 0.11 0.20 0.15 0.27 0.30 0.26 0.00 0.08 0.16 0.26 0.33 1.04 0.42
O3' 0.23 0.14 0.04 0.01 0.21 0.03 0.27 0.18 0.23 0.12 0.13 0.24 0.26 0.08 0.00 0.23 0.24 0.44 0.64 0.31
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.04 0.11 0.16 0.23 0.00 0.40 0.58 0.40 0.38
O5' 0.30 0.39 0.29 0.24 0.48 0.02 0.51 0.01 0.48 0.39 0.44 0.50 0.36 0.26 0.24 0.40 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.44 0.47 0.37 0.25 0.52 0.28 0.56 0.36 0.55 0.48 0.49 0.53 0.45 0.33 0.44 0.58 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.44 0.91 0.73 0.49 0.39 0.52 0.33 0.45 0.42 0.45 0.54 0.46 1.04 0.64 0.40 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.22 0.43 0.31 0.32 0.09 0.35 0.03 0.30 0.23 0.26 0.35 0.20 0.42 0.31 0.38 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.14 0.31 0.42 0.17 0.48 0.18 0.92 0.19 0.19 0.15 0.15 0.14 0.19 0.18 0.31 0.27 0.39 1.03 0.23 0.98 1.35 1.05
C2 0.14 0.12 0.37 0.44 0.14 0.56 0.15 1.10 0.16 0.15 0.13 0.15 0.12 0.15 0.14 0.23 0.31 0.42 1.24 0.20 1.20 1.57 1.30
C2' 0.26 0.22 0.33 0.48 0.26 0.60 0.27 1.01 0.27 0.28 0.25 0.22 0.23 0.27 0.27 0.44 0.28 0.54 1.14 0.31 1.00 1.55 1.17
C3' 0.22 0.21 0.33 0.53 0.20 0.62 0.18 1.04 0.18 0.19 0.19 0.24 0.20 0.18 0.20 0.39 0.26 0.52 1.18 0.20 1.02 1.65 1.23
C4 0.17 0.16 0.46 0.52 0.17 0.74 0.18 1.42 0.19 0.17 0.17 0.18 0.16 0.18 0.17 0.26 0.40 0.52 1.62 0.22 1.76 2.15 1.83
C4' 0.21 0.15 0.34 0.48 0.18 0.52 0.18 0.96 0.17 0.20 0.15 0.15 0.16 0.19 0.20 0.32 0.25 0.41 1.08 0.20 0.97 1.51 1.14
C5 0.15 0.14 0.43 0.51 0.15 0.72 0.16 1.38 0.17 0.16 0.15 0.16 0.14 0.17 0.15 0.25 0.35 0.51 1.59 0.22 1.71 2.15 1.80
C5' 0.31 0.30 0.21 0.28 0.30 0.49 0.27 0.95 0.26 0.28 0.28 0.34 0.30 0.26 0.30 0.55 0.44 0.46 1.08 0.27 1.14 1.54 1.18
C6 0.13 0.12 0.38 0.47 0.13 0.63 0.15 1.23 0.16 0.15 0.13 0.14 0.12 0.16 0.13 0.24 0.30 0.46 1.41 0.21 1.45 1.90 1.56
N1 0.14 0.11 0.35 0.44 0.14 0.56 0.15 1.09 0.16 0.15 0.13 0.14 0.11 0.16 0.14 0.25 0.29 0.42 1.24 0.21 1.21 1.62 1.31
N3 0.15 0.15 0.43 0.49 0.16 0.66 0.17 1.28 0.18 0.16 0.17 0.16 0.14 0.17 0.15 0.23 0.37 0.48 1.46 0.21 1.50 1.86 1.58
N4 0.21 0.20 0.51 0.57 0.20 0.82 0.20 1.57 0.21 0.21 0.20 0.21 0.21 0.21 0.21 0.33 0.47 0.57 1.80 0.24 2.05 2.40 2.07
O2 0.15 0.13 0.34 0.42 0.14 0.46 0.14 0.91 0.15 0.15 0.13 0.17 0.13 0.15 0.14 0.25 0.28 0.36 1.01 0.19 0.93 1.24 1.00
O2' 0.33 0.33 0.36 0.44 0.31 0.28 0.29 0.56 0.28 0.30 0.30 0.36 0.33 0.28 0.32 0.68 0.47 0.29 0.67 0.29 0.67 1.11 0.65
O3' 0.27 0.20 0.32 0.51 0.26 0.41 0.31 0.74 0.31 0.34 0.23 0.17 0.22 0.36 0.29 0.50 0.37 0.34 0.88 0.37 0.74 1.37 0.92
O4' 0.23 0.18 0.34 0.43 0.22 0.47 0.23 0.90 0.23 0.25 0.19 0.18 0.19 0.24 0.23 0.30 0.30 0.38 1.01 0.27 1.00 1.32 1.04
O5' 0.37 0.38 0.57 0.73 0.33 0.85 0.29 1.37 0.28 0.29 0.33 0.43 0.38 0.27 0.33 0.31 0.35 0.65 1.52 0.25 1.42 2.06 1.65
OP1 0.39 0.41 0.55 0.67 0.37 0.76 0.34 1.29 0.34 0.35 0.37 0.46 0.40 0.33 0.36 0.44 0.37 0.57 1.44 0.34 1.37 2.10 1.61
OP2 0.57 0.52 0.50 0.52 0.58 0.76 0.62 1.31 0.61 0.65 0.55 0.49 0.53 0.66 0.60 0.94 0.78 0.67 1.44 0.67 1.77 2.00 1.63
P 0.25 0.23 0.33 0.45 0.23 0.67 0.23 1.26 0.22 0.25 0.21 0.26 0.23 0.24 0.24 0.51 0.38 0.51 1.40 0.26 1.50 1.99 1.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.18 0.03 0.43 0.24 0.13
C2 0.05 0.00 0.32 0.37 0.03 0.51 0.01 0.98 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.19 0.36 0.40 1.08 0.02 0.97 1.18 1.05
C2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.18 0.02 0.11 0.19 0.17 0.15 0.25 0.39 0.31 0.10 0.05 0.01 0.05 0.02 0.52 0.15 0.78 0.42 0.52
C3' 0.02 0.37 0.01 0.00 0.27 0.01 0.35 0.02 0.37 0.42 0.35 0.44 0.34 0.44 0.24 0.03 0.01 0.02 0.30 0.42 0.17 0.36 0.20
C4 0.01 0.03 0.18 0.27 0.00 0.23 0.01 0.42 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.21 0.42 0.02 0.49 0.44 0.32
C4' 0.01 0.51 0.02 0.01 0.23 0.00 0.15 0.01 0.22 0.31 0.38 0.66 0.49 0.23 0.09 0.30 0.03 0.01 0.02 0.19 0.30 0.23 0.11
C5 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.15 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.29 0.14 0.11 0.31 0.03 0.58 0.55 0.25
C5' 0.06 0.98 0.19 0.02 0.42 0.01 0.25 0.00 0.42 0.44 0.75 1.26 0.89 0.31 0.10 0.12 0.21 0.01 0.01 0.35 0.38 0.38 0.02
C6 0.02 0.03 0.17 0.37 0.01 0.22 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.28 0.17 0.18 0.48 0.01 0.51 0.67 0.38
C8 0.01 0.03 0.15 0.42 0.01 0.31 0.02 0.44 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.33 0.19 0.19 0.65 0.03 1.06 0.97 0.76
N1 0.04 0.01 0.25 0.35 0.03 0.38 0.01 0.75 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.23 0.23 0.31 0.83 0.01 0.70 0.97 0.78
N2 0.05 0.01 0.39 0.44 0.02 0.66 0.02 1.26 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.21 0.46 0.47 1.41 0.02 1.40 1.64 1.47
N3 0.05 0.01 0.31 0.34 0.01 0.49 0.02 0.89 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.17 0.39 0.40 0.94 0.04 0.85 0.91 0.88
N7 0.02 0.02 0.10 0.44 0.01 0.23 0.01 0.31 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.22 0.10 0.52 0.05 1.01 0.94 0.67
N9 0.01 0.04 0.05 0.24 0.01 0.09 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.20 0.13 0.02 0.20 0.02 0.57 0.39 0.20
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.20 0.30 0.29 0.12 0.28 0.33 0.23 0.21 0.17 0.35 0.20 0.00 0.07 0.21 0.43 0.32 0.74 0.41 0.47
O3' 0.34 0.36 0.05 0.01 0.20 0.03 0.14 0.21 0.17 0.19 0.23 0.46 0.39 0.22 0.13 0.07 0.00 0.23 0.30 0.22 0.41 0.45 0.28
O4' 0.01 0.40 0.02 0.02 0.21 0.01 0.11 0.01 0.18 0.19 0.31 0.47 0.40 0.10 0.02 0.21 0.23 0.00 0.12 0.13 0.23 0.20 0.15
O5' 0.18 1.08 0.52 0.30 0.42 0.02 0.31 0.01 0.48 0.65 0.83 1.41 0.94 0.52 0.20 0.43 0.30 0.12 0.00 0.44 0.04 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.15 0.42 0.02 0.19 0.03 0.35 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.05 0.02 0.32 0.22 0.13 0.44 0.00 0.56 0.75 0.37
OP1 0.43 0.97 0.78 0.17 0.49 0.30 0.58 0.38 0.51 1.06 0.70 1.40 0.85 1.01 0.57 0.74 0.41 0.23 0.04 0.56 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 1.18 0.42 0.36 0.44 0.23 0.55 0.38 0.67 0.97 0.97 1.64 0.91 0.94 0.39 0.41 0.45 0.20 0.03 0.75 0.02 0.00 0.01
P 0.13 1.05 0.52 0.20 0.32 0.11 0.25 0.02 0.38 0.76 0.78 1.47 0.88 0.67 0.20 0.47 0.28 0.15 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00