ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54361

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 13, 11, 12, 4, 4, 4, 3, 6, 3, 2, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.035, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.020 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.016, 0.044, 0.072, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.044 std_dev=0.028
N4 A 0, 0.022, 0.058, 0.095, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.058 std_dev=0.037
C2' A 0, 0.232, 0.364, 0.496, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.364 std_dev=0.132
O4' A 0, 0.024, 0.193, 0.361, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.193 std_dev=0.169
N1 B 0, 0.155, 0.360, 0.565, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.360 std_dev=0.205
C2 B 0, 0.128, 0.334, 0.540, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.334 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.766, 0.974, 1.182, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.974 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.436, 0.647, 0.857, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.647 std_dev=0.210
N3 B 0, 0.133, 0.371, 0.609, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.371 std_dev=0.238
C4' A 0, 0.051, 0.348, 0.644, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.348 std_dev=0.296
O3' A 0, 1.435, 1.748, 2.061, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.748 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.123, 0.480, 0.838, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.480 std_dev=0.357
N2 B 0, 0.114, 0.472, 0.830, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.472 std_dev=0.358
C6 B 0, 0.183, 0.570, 0.957, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.570 std_dev=0.387
C1' B 0, 0.155, 0.631, 1.107, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.631 std_dev=0.476
C5 B 0, 0.157, 0.637, 1.118, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.637 std_dev=0.481
N9 B 0, 0.110, 0.622, 1.134, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.622 std_dev=0.512
O6 B 0, 0.179, 0.706, 1.233, 2.405 max_d=2.405 avg_d=0.706 std_dev=0.527
C5' A 0, -0.079, 0.553, 1.184, 3.078 max_d=3.078 avg_d=0.553 std_dev=0.632
O5' A 0, 0.084, 0.747, 1.411, 3.885 max_d=3.885 avg_d=0.747 std_dev=0.664
C8 B 0, 0.120, 0.855, 1.590, 2.970 max_d=2.970 avg_d=0.855 std_dev=0.735
N7 B 0, 0.142, 0.887, 1.633, 2.818 max_d=2.818 avg_d=0.887 std_dev=0.746
O4' B 0, 0.073, 0.987, 1.901, 3.668 max_d=3.668 avg_d=0.987 std_dev=0.914
P A 0, 0.050, 1.025, 2.000, 5.491 max_d=5.491 avg_d=1.025 std_dev=0.975
C2' B 0, -0.089, 0.923, 1.935, 3.647 max_d=3.647 avg_d=0.923 std_dev=1.012
O2' B 0, -0.172, 1.036, 2.244, 5.008 max_d=5.008 avg_d=1.036 std_dev=1.208
C4' B 0, -0.092, 1.180, 2.453, 4.515 max_d=4.515 avg_d=1.180 std_dev=1.272
C3' B 0, -0.233, 1.237, 2.707, 4.708 max_d=4.708 avg_d=1.237 std_dev=1.470
OP1 A 0, -0.160, 1.411, 2.981, 6.405 max_d=6.405 avg_d=1.411 std_dev=1.571
OP2 A 0, -0.080, 1.502, 3.084, 5.687 max_d=5.687 avg_d=1.502 std_dev=1.582
O3' B 0, -0.361, 1.534, 3.430, 5.628 max_d=5.628 avg_d=1.534 std_dev=1.896
C5' B 0, -0.269, 1.748, 3.764, 6.402 max_d=6.402 avg_d=1.748 std_dev=2.016
O5' B 0, -0.297, 1.870, 4.038, 7.514 max_d=7.514 avg_d=1.870 std_dev=2.168
OP2 B 0, -0.641, 2.195, 5.030, 9.199 max_d=9.199 avg_d=2.195 std_dev=2.835
P B 0, -0.585, 2.371, 5.328, 9.022 max_d=9.022 avg_d=2.371 std_dev=2.957
OP1 B 0, -0.750, 3.009, 6.768, 11.485 max_d=11.485 avg_d=3.009 std_dev=3.759

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.18 0.01 0.12 0.21 0.36 0.18
C2 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.19 0.14 0.06 0.24 0.30 0.72 0.36
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.12 0.12 0.03 0.09 0.08 0.21 0.00 0.02 0.03 0.31 0.42 0.46 0.36
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.25 0.00 0.28 0.02 0.25 0.15 0.19 0.26 0.11 0.02 0.01 0.01 0.18 0.36 0.39 0.19
C4 0.02 0.01 0.07 0.25 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.25 0.17 0.04 0.38 0.44 1.12 0.55
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.18 0.08 0.07 0.15 0.04 0.19 0.03 0.01 0.02 0.13 0.27 0.06
C5 0.02 0.01 0.11 0.28 0.01 0.19 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.23 0.07 0.41 0.44 1.14 0.55
C5' 0.06 0.13 0.12 0.02 0.27 0.01 0.32 0.00 0.29 0.16 0.19 0.30 0.08 0.12 0.13 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.25 0.01 0.18 0.01 0.29 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.24 0.19 0.08 0.35 0.35 0.89 0.44
N1 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.08 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.09 0.02 0.23 0.27 0.65 0.32
N3 0.02 0.00 0.09 0.19 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.13 0.04 0.31 0.37 0.94 0.46
N4 0.03 0.01 0.08 0.26 0.01 0.15 0.01 0.30 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.20 0.05 0.42 0.49 1.27 0.61
O2 0.04 0.00 0.21 0.11 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.28 0.25 0.09 0.19 0.27 0.57 0.30
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.25 0.19 0.27 0.12 0.24 0.14 0.23 0.28 0.28 0.00 0.05 0.13 0.26 0.46 0.51 0.34
O3' 0.18 0.14 0.02 0.01 0.17 0.03 0.23 0.13 0.19 0.09 0.13 0.20 0.25 0.05 0.00 0.12 0.18 0.44 0.45 0.19
O4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.05 0.09 0.13 0.12 0.00 0.12 0.14 0.32 0.17
O5' 0.12 0.24 0.31 0.18 0.38 0.02 0.41 0.01 0.35 0.23 0.31 0.42 0.19 0.26 0.18 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.30 0.42 0.36 0.44 0.13 0.44 0.09 0.35 0.27 0.37 0.49 0.27 0.46 0.44 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.72 0.46 0.39 1.12 0.27 1.14 0.25 0.89 0.65 0.94 1.27 0.57 0.51 0.45 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.36 0.36 0.19 0.55 0.06 0.55 0.01 0.44 0.32 0.46 0.61 0.30 0.34 0.19 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.15 0.16 0.39 0.57 0.14 0.37 0.14 0.62 0.14 0.14 0.14 0.20 0.16 0.14 0.14 0.31 0.75 0.28 0.65 0.16 1.00 1.11 0.75
C2 0.14 0.13 0.49 0.61 0.11 0.40 0.10 0.67 0.11 0.10 0.09 0.19 0.14 0.11 0.11 0.43 0.81 0.29 0.68 0.16 0.94 1.07 0.76
C2' 0.22 0.24 0.27 0.48 0.22 0.36 0.21 0.62 0.22 0.21 0.23 0.27 0.24 0.21 0.22 0.27 0.67 0.36 0.69 0.25 1.11 1.17 0.83
C3' 0.19 0.19 0.25 0.46 0.17 0.38 0.18 0.66 0.18 0.19 0.16 0.25 0.19 0.21 0.18 0.27 0.62 0.35 0.74 0.24 1.15 1.24 0.89
C4 0.18 0.10 0.68 0.81 0.12 0.53 0.11 0.87 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.14 0.64 1.09 0.35 0.92 0.18 1.27 1.37 1.08
C4' 0.16 0.17 0.34 0.52 0.16 0.37 0.17 0.63 0.19 0.17 0.17 0.20 0.17 0.19 0.16 0.29 0.69 0.28 0.68 0.23 1.04 1.18 0.80
C5 0.18 0.10 0.65 0.83 0.12 0.53 0.11 0.87 0.12 0.14 0.10 0.13 0.13 0.12 0.14 0.60 1.12 0.34 0.93 0.15 1.35 1.43 1.12
C5' 0.22 0.21 0.32 0.49 0.19 0.39 0.17 0.67 0.17 0.18 0.17 0.27 0.23 0.18 0.20 0.33 0.68 0.35 0.72 0.20 1.08 1.21 0.85
C6 0.17 0.12 0.57 0.76 0.13 0.49 0.11 0.79 0.11 0.13 0.09 0.15 0.14 0.12 0.14 0.50 1.01 0.32 0.85 0.14 1.25 1.34 1.01
N1 0.15 0.14 0.49 0.65 0.13 0.42 0.11 0.70 0.11 0.12 0.10 0.18 0.15 0.12 0.13 0.41 0.87 0.30 0.73 0.14 1.07 1.18 0.85
N3 0.15 0.10 0.59 0.70 0.10 0.46 0.11 0.77 0.14 0.10 0.12 0.14 0.13 0.11 0.11 0.55 0.93 0.32 0.79 0.19 1.06 1.18 0.90
N4 0.21 0.12 0.77 0.89 0.14 0.58 0.14 0.95 0.16 0.15 0.16 0.13 0.14 0.14 0.16 0.77 1.20 0.38 1.02 0.20 1.39 1.49 1.21
O2 0.14 0.18 0.39 0.49 0.12 0.32 0.10 0.55 0.11 0.10 0.12 0.25 0.17 0.12 0.12 0.34 0.64 0.26 0.53 0.17 0.72 0.88 0.56
O2' 0.40 0.39 0.51 0.69 0.38 0.43 0.35 0.56 0.34 0.35 0.36 0.40 0.40 0.34 0.38 0.51 0.87 0.33 0.67 0.35 1.21 1.17 0.85
O3' 0.35 0.29 0.46 0.63 0.36 0.46 0.43 0.66 0.44 0.45 0.35 0.25 0.30 0.49 0.39 0.42 0.74 0.36 0.77 0.53 1.20 1.26 0.93
O4' 0.19 0.21 0.44 0.59 0.18 0.38 0.17 0.62 0.18 0.17 0.18 0.24 0.20 0.18 0.18 0.36 0.77 0.28 0.65 0.20 0.96 1.10 0.74
O5' 0.34 0.33 0.28 0.44 0.29 0.43 0.24 0.74 0.21 0.26 0.25 0.39 0.35 0.23 0.30 0.39 0.66 0.47 0.78 0.20 1.19 1.26 0.93
OP1 0.56 0.48 0.41 0.40 0.49 0.54 0.43 0.77 0.38 0.48 0.40 0.53 0.53 0.44 0.52 0.59 0.59 0.65 0.78 0.35 1.09 1.12 0.88
OP2 0.80 0.83 0.56 0.35 0.70 0.68 0.53 0.87 0.49 0.54 0.64 1.01 0.85 0.45 0.69 0.88 0.40 0.86 0.85 0.39 1.24 1.31 1.01
P 0.52 0.50 0.34 0.39 0.45 0.51 0.36 0.79 0.32 0.39 0.39 0.58 0.52 0.34 0.46 0.55 0.61 0.62 0.81 0.27 1.22 1.27 0.96

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.02 0.14 0.01 0.11 0.01 0.17 0.22 0.12
C2 0.02 0.00 0.35 0.39 0.01 0.32 0.01 0.60 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.28 0.49 0.31 0.58 0.01 0.67 0.78 0.60
C2' 0.00 0.35 0.00 0.00 0.17 0.01 0.08 0.10 0.14 0.17 0.26 0.42 0.35 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.15 0.10 0.34 0.33 0.18
C3' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.24 0.01 0.21 0.02 0.26 0.26 0.34 0.47 0.36 0.24 0.14 0.02 0.01 0.02 0.18 0.25 0.36 0.43 0.18
C4 0.01 0.01 0.17 0.24 0.00 0.13 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.25 0.16 0.24 0.01 0.35 0.47 0.23
C4' 0.01 0.32 0.01 0.01 0.13 0.00 0.08 0.01 0.12 0.21 0.23 0.42 0.31 0.16 0.06 0.14 0.03 0.01 0.02 0.10 0.17 0.23 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.21 0.08 0.28 0.01 0.41 0.65 0.32
C5' 0.04 0.60 0.10 0.02 0.26 0.01 0.17 0.00 0.26 0.32 0.45 0.78 0.55 0.27 0.11 0.05 0.11 0.01 0.01 0.22 0.08 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.14 0.26 0.01 0.12 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.30 0.14 0.29 0.01 0.44 0.69 0.31
C8 0.02 0.01 0.17 0.26 0.01 0.21 0.01 0.32 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.16 0.55 0.02 0.57 0.79 0.60
N1 0.02 0.00 0.26 0.34 0.01 0.23 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.42 0.24 0.43 0.01 0.55 0.72 0.43
N2 0.03 0.00 0.42 0.47 0.01 0.42 0.01 0.78 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.59 0.37 0.79 0.01 0.92 1.04 0.86
N3 0.02 0.00 0.35 0.36 0.00 0.31 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.43 0.31 0.51 0.01 0.58 0.63 0.51
N7 0.02 0.02 0.11 0.24 0.01 0.16 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.08 0.50 0.02 0.59 0.88 0.59
N9 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.24 0.02 0.30 0.43 0.25
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.10 0.14 0.12 0.05 0.12 0.26 0.19 0.39 0.27 0.23 0.10 0.00 0.05 0.10 0.14 0.13 0.33 0.40 0.19
O3' 0.14 0.49 0.02 0.01 0.25 0.03 0.21 0.11 0.30 0.19 0.42 0.59 0.43 0.17 0.09 0.05 0.00 0.11 0.21 0.28 0.46 0.64 0.27
O4' 0.01 0.31 0.01 0.02 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.16 0.24 0.37 0.31 0.08 0.01 0.10 0.11 0.00 0.08 0.10 0.09 0.19 0.14
O5' 0.11 0.58 0.15 0.18 0.24 0.02 0.28 0.01 0.29 0.55 0.43 0.79 0.51 0.50 0.24 0.14 0.21 0.08 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.10 0.25 0.01 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.28 0.10 0.31 0.00 0.48 0.78 0.36
OP1 0.17 0.67 0.34 0.36 0.35 0.17 0.41 0.08 0.44 0.57 0.55 0.92 0.58 0.59 0.30 0.33 0.46 0.09 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.78 0.33 0.43 0.47 0.23 0.65 0.21 0.69 0.79 0.72 1.04 0.63 0.88 0.43 0.40 0.64 0.19 0.02 0.78 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.60 0.18 0.18 0.23 0.08 0.32 0.02 0.31 0.60 0.43 0.86 0.51 0.59 0.25 0.19 0.27 0.14 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00