ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54362

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 6, 4, 6, 10, 8, 11, 10, 3, 4, 4, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.005 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.001, 0.013, 0.026, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.014, 0.047, 0.081, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.047 std_dev=0.034
N4 A 0, 0.014, 0.061, 0.108, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.061 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.053, 0.156, 0.260, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.156 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.080, 0.214, 0.348, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.214 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.057, 0.247, 0.437, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.247 std_dev=0.190
C3' A 0, 0.108, 0.339, 0.570, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.339 std_dev=0.231
C5' A 0, 0.167, 0.437, 0.706, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.437 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.234, 0.528, 0.821, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.528 std_dev=0.293
N2 B 0, 0.221, 0.517, 0.813, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.517 std_dev=0.296
N1 B 0, 0.249, 0.554, 0.859, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.554 std_dev=0.305
N3 B 0, 0.262, 0.583, 0.903, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.583 std_dev=0.320
C4 B 0, 0.289, 0.611, 0.934, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.611 std_dev=0.323
C5 B 0, 0.316, 0.647, 0.979, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.647 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.010, 0.346, 0.682, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.346 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.267, 0.630, 0.993, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.630 std_dev=0.363
C8 B 0, 0.362, 0.725, 1.088, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.725 std_dev=0.363
N9 B 0, 0.316, 0.680, 1.043, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.680 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.350, 0.727, 1.105, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.727 std_dev=0.378
C1' B 0, 0.383, 0.797, 1.212, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.797 std_dev=0.415
O3' A 0, 0.082, 0.538, 0.994, 2.273 max_d=2.273 avg_d=0.538 std_dev=0.456
O6 B 0, 0.217, 0.696, 1.174, 2.545 max_d=2.545 avg_d=0.696 std_dev=0.479
P A 0, 0.170, 0.686, 1.202, 2.445 max_d=2.445 avg_d=0.686 std_dev=0.516
O5' A 0, 0.277, 0.831, 1.384, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.831 std_dev=0.554
OP1 A 0, 0.149, 0.759, 1.369, 2.895 max_d=2.895 avg_d=0.759 std_dev=0.610
OP2 A 0, 0.160, 0.792, 1.424, 2.766 max_d=2.766 avg_d=0.792 std_dev=0.632
O2' B 0, 0.485, 1.365, 2.246, 3.383 max_d=3.383 avg_d=1.365 std_dev=0.881
C2' B 0, 0.469, 1.410, 2.352, 3.302 max_d=3.302 avg_d=1.410 std_dev=0.941
O4' B 0, 0.319, 1.676, 3.033, 4.104 max_d=4.104 avg_d=1.676 std_dev=1.357
C3' B 0, 0.330, 2.167, 4.003, 5.127 max_d=5.127 avg_d=2.167 std_dev=1.836
C4' B 0, 0.310, 2.210, 4.110, 5.305 max_d=5.305 avg_d=2.210 std_dev=1.900
O3' B 0, 0.261, 2.672, 5.083, 6.507 max_d=6.507 avg_d=2.672 std_dev=2.411
C5' B 0, -0.004, 3.185, 6.373, 8.213 max_d=8.213 avg_d=3.185 std_dev=3.188
O5' B 0, -0.129, 3.260, 6.650, 8.586 max_d=8.586 avg_d=3.260 std_dev=3.389
P B 0, -0.465, 4.066, 8.598, 11.046 max_d=11.046 avg_d=4.066 std_dev=4.531
OP2 B 0, -0.564, 4.460, 9.484, 12.159 max_d=12.159 avg_d=4.460 std_dev=5.024
OP1 B 0, -0.577, 4.881, 10.338, 13.131 max_d=13.131 avg_d=4.881 std_dev=5.457

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.14 0.00 0.16 0.15 0.58 0.19
C2 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.33 0.19 0.52 0.18
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.01 0.10 0.09 0.10 0.03 0.04 0.06 0.14 0.00 0.01 0.01 0.37 0.40 0.41 0.25
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.18 0.00 0.21 0.01 0.19 0.11 0.15 0.20 0.14 0.01 0.00 0.01 0.41 0.43 0.23 0.23
C4 0.01 0.01 0.06 0.18 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.15 0.03 0.44 0.22 0.43 0.20
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.11 0.05 0.15 0.01 0.00 0.01 0.16 0.47 0.08
C5 0.01 0.01 0.10 0.21 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.20 0.04 0.46 0.23 0.46 0.21
C5' 0.04 0.10 0.09 0.01 0.18 0.00 0.19 0.00 0.16 0.09 0.14 0.20 0.07 0.06 0.12 0.01 0.01 0.18 0.42 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.19 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.05 0.40 0.19 0.55 0.20
N1 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.07 0.01 0.31 0.17 0.56 0.19
N3 0.01 0.00 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.02 0.39 0.20 0.47 0.18
N4 0.01 0.01 0.06 0.20 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.20 0.17 0.03 0.47 0.24 0.37 0.21
O2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.15 0.17 0.04 0.28 0.19 0.54 0.19
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.18 0.15 0.16 0.06 0.13 0.10 0.18 0.20 0.15 0.00 0.03 0.11 0.20 0.35 0.44 0.19
O3' 0.14 0.08 0.01 0.00 0.15 0.01 0.20 0.12 0.17 0.07 0.09 0.17 0.17 0.03 0.00 0.09 0.38 0.55 0.18 0.32
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.04 0.11 0.09 0.00 0.13 0.13 0.69 0.30
O5' 0.16 0.33 0.37 0.41 0.44 0.01 0.46 0.01 0.40 0.31 0.39 0.47 0.28 0.20 0.38 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.15 0.19 0.40 0.43 0.22 0.16 0.23 0.18 0.19 0.17 0.20 0.24 0.19 0.35 0.55 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.58 0.52 0.41 0.23 0.43 0.47 0.46 0.42 0.55 0.56 0.47 0.37 0.54 0.44 0.18 0.69 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.19 0.18 0.25 0.23 0.20 0.08 0.21 0.01 0.20 0.19 0.18 0.21 0.19 0.19 0.32 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.17 0.57 0.83 0.17 0.28 0.20 0.38 0.21 0.20 0.17 0.21 0.17 0.22 0.18 0.40 1.10 0.24 0.60 0.26 0.81 2.01 0.86
C2 0.17 0.16 0.56 0.94 0.16 0.44 0.18 0.61 0.19 0.18 0.16 0.20 0.16 0.20 0.16 0.37 1.18 0.16 0.89 0.24 0.88 2.40 1.24
C2' 0.22 0.19 0.40 0.63 0.19 0.25 0.20 0.38 0.19 0.22 0.18 0.22 0.19 0.22 0.21 0.32 0.85 0.27 0.55 0.22 0.91 1.90 0.80
C3' 0.19 0.15 0.42 0.74 0.17 0.33 0.20 0.48 0.20 0.22 0.16 0.18 0.16 0.24 0.19 0.29 0.99 0.21 0.69 0.25 0.84 2.21 1.01
C4 0.15 0.14 0.62 1.30 0.15 0.83 0.18 1.25 0.21 0.17 0.18 0.14 0.14 0.19 0.15 0.34 1.58 0.29 1.67 0.25 1.85 3.41 2.22
C4' 0.18 0.15 0.55 0.86 0.17 0.31 0.20 0.43 0.20 0.21 0.16 0.18 0.16 0.23 0.18 0.38 1.15 0.22 0.66 0.25 0.83 2.14 0.95
C5 0.15 0.14 0.64 1.30 0.15 0.79 0.18 1.20 0.20 0.17 0.17 0.15 0.14 0.19 0.15 0.35 1.62 0.26 1.61 0.24 1.80 3.36 2.16
C5' 0.21 0.19 0.59 0.98 0.21 0.42 0.23 0.59 0.24 0.24 0.21 0.21 0.19 0.26 0.21 0.41 1.30 0.19 0.86 0.28 0.94 2.46 1.23
C6 0.16 0.14 0.62 1.16 0.15 0.61 0.18 0.91 0.20 0.18 0.16 0.16 0.14 0.20 0.15 0.36 1.46 0.19 1.26 0.24 1.34 2.94 1.73
N1 0.17 0.15 0.58 0.98 0.16 0.44 0.18 0.63 0.20 0.18 0.16 0.19 0.15 0.21 0.16 0.37 1.26 0.18 0.92 0.25 0.94 2.47 1.29
N3 0.15 0.14 0.58 1.11 0.15 0.65 0.18 0.95 0.20 0.17 0.16 0.18 0.14 0.19 0.15 0.35 1.35 0.21 1.30 0.24 1.32 2.92 1.75
N4 0.16 0.17 0.63 1.46 0.17 1.04 0.20 1.61 0.23 0.18 0.22 0.16 0.16 0.20 0.16 0.33 1.75 0.41 2.08 0.26 2.44 3.87 2.72
O2 0.19 0.20 0.51 0.73 0.18 0.26 0.20 0.32 0.20 0.20 0.18 0.24 0.19 0.22 0.18 0.38 0.93 0.19 0.51 0.24 0.73 1.85 0.75
O2' 0.39 0.34 0.52 0.52 0.35 0.26 0.34 0.37 0.32 0.36 0.32 0.35 0.36 0.35 0.37 0.53 0.71 0.40 0.35 0.31 1.15 1.30 0.39
O3' 0.32 0.23 0.46 0.65 0.31 0.27 0.35 0.33 0.34 0.39 0.26 0.21 0.25 0.41 0.33 0.42 0.87 0.19 0.45 0.39 0.62 2.03 0.75
O4' 0.18 0.17 0.65 0.95 0.19 0.33 0.23 0.43 0.25 0.23 0.20 0.19 0.17 0.26 0.19 0.45 1.26 0.22 0.67 0.31 0.80 2.13 0.95
O5' 0.28 0.34 0.93 1.38 0.32 0.78 0.33 1.00 0.35 0.31 0.35 0.37 0.33 0.33 0.30 0.67 1.71 0.30 1.33 0.38 1.32 3.04 1.78
OP1 0.20 0.18 0.63 1.18 0.19 0.62 0.21 0.95 0.23 0.21 0.19 0.21 0.18 0.24 0.19 0.39 1.53 0.23 1.31 0.28 1.46 3.10 1.85
OP2 0.46 0.45 0.36 1.01 0.46 0.58 0.48 1.01 0.49 0.47 0.47 0.43 0.44 0.49 0.46 0.34 1.37 0.41 1.38 0.52 1.71 3.17 1.97
P 0.20 0.16 0.60 1.18 0.17 0.62 0.19 0.96 0.21 0.20 0.17 0.18 0.17 0.22 0.18 0.35 1.54 0.26 1.32 0.25 1.50 3.07 1.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.01 0.25 0.08 0.14
C2 0.02 0.00 0.53 1.04 0.00 0.67 0.00 0.90 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 1.14 0.29 1.19 0.00 1.03 2.28 1.44
C2' 0.00 0.53 0.00 0.00 0.27 0.01 0.14 0.03 0.25 0.24 0.42 0.64 0.52 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.20 0.14 0.27 0.22
C3' 0.01 1.04 0.00 0.00 0.42 0.00 0.12 0.01 0.34 0.62 0.75 1.34 1.00 0.41 0.09 0.01 0.00 0.03 0.11 0.21 0.15 0.44 0.22
C4 0.01 0.00 0.27 0.42 0.00 0.24 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.43 0.14 0.29 0.01 0.43 0.88 0.37
C4' 0.01 0.67 0.01 0.00 0.24 0.00 0.08 0.00 0.16 0.50 0.44 0.90 0.66 0.39 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.10 0.18 0.36 0.04
C5 0.00 0.00 0.14 0.12 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.15 0.05 0.39 0.01 0.93 0.51 0.36
C5' 0.06 0.90 0.03 0.01 0.24 0.00 0.23 0.00 0.20 0.84 0.56 1.29 0.84 0.73 0.26 0.04 0.04 0.01 0.01 0.24 0.26 0.46 0.01
C6 0.01 0.00 0.25 0.34 0.00 0.16 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.40 0.10 0.29 0.00 0.79 1.05 0.35
C8 0.01 0.01 0.24 0.62 0.00 0.50 0.00 0.84 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.59 0.18 1.20 0.01 1.53 0.83 1.23
N1 0.01 0.00 0.42 0.75 0.00 0.44 0.00 0.56 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.84 0.20 0.74 0.00 0.67 1.89 0.97
N2 0.02 0.00 0.64 1.34 0.01 0.90 0.01 1.29 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 1.51 0.36 1.70 0.01 1.67 2.99 2.06
N3 0.02 0.00 0.52 1.00 0.00 0.66 0.00 0.84 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 1.02 0.30 1.06 0.01 0.87 1.81 1.21
N7 0.00 0.01 0.11 0.41 0.00 0.39 0.00 0.73 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.40 0.12 1.07 0.02 1.66 0.58 1.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.43 0.01 0.66 0.12 0.37
O2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.14 0.04 0.13 0.04 0.18 0.07 0.22 0.28 0.21 0.08 0.05 0.00 0.04 0.10 0.07 0.18 0.11 0.36 0.16
O3' 0.01 1.14 0.01 0.00 0.43 0.02 0.15 0.04 0.40 0.59 0.84 1.51 1.02 0.40 0.06 0.04 0.00 0.02 0.15 0.27 0.33 0.67 0.21
O4' 0.00 0.29 0.01 0.03 0.14 0.00 0.05 0.01 0.10 0.18 0.20 0.36 0.30 0.12 0.02 0.10 0.02 0.00 0.07 0.07 0.15 0.11 0.15
O5' 0.18 1.19 0.11 0.11 0.29 0.01 0.39 0.01 0.29 1.20 0.74 1.70 1.06 1.07 0.43 0.07 0.15 0.07 0.00 0.37 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.20 0.21 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.27 0.07 0.37 0.00 1.11 0.82 0.37
OP1 0.25 1.03 0.14 0.15 0.43 0.18 0.93 0.26 0.79 1.53 0.67 1.67 0.87 1.66 0.66 0.11 0.33 0.15 0.01 1.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 2.28 0.27 0.44 0.88 0.36 0.51 0.46 1.05 0.83 1.89 2.99 1.81 0.58 0.12 0.36 0.67 0.11 0.01 0.82 0.01 0.00 0.00
P 0.14 1.44 0.22 0.22 0.37 0.04 0.36 0.01 0.35 1.23 0.97 2.06 1.21 1.15 0.37 0.16 0.21 0.15 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00