ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54363

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 7, 6, 9, 6, 9, 3, 10, 4, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.024, 0.048, 0.072, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.048 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.024, 0.058, 0.093, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.058 std_dev=0.034
C4 B 0, 0.422, 0.619, 0.817, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.619 std_dev=0.198
N3 B 0, 0.368, 0.586, 0.803, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.586 std_dev=0.218
C2 B 0, 0.291, 0.511, 0.732, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.511 std_dev=0.221
C5 B 0, 0.471, 0.717, 0.963, 1.459 max_d=1.459 avg_d=0.717 std_dev=0.246
N9 B 0, 0.521, 0.787, 1.053, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.787 std_dev=0.266
C8 B 0, 0.524, 0.790, 1.057, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.790 std_dev=0.266
N2 B 0, 0.234, 0.504, 0.773, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.504 std_dev=0.269
N7 B 0, 0.552, 0.839, 1.126, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.839 std_dev=0.287
C2' A 0, 0.137, 0.430, 0.723, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.430 std_dev=0.293
N1 B 0, 0.385, 0.679, 0.974, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.679 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.512, 0.836, 1.160, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.836 std_dev=0.324
O4' A 0, 0.080, 0.412, 0.744, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.412 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.641, 1.102, 1.563, 2.265 max_d=2.265 avg_d=1.102 std_dev=0.461
C3' A 0, 0.355, 0.825, 1.294, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.825 std_dev=0.469
C4' A 0, 0.234, 0.706, 1.178, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.706 std_dev=0.472
C1' B 0, 0.670, 1.179, 1.687, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.179 std_dev=0.509
C5' A 0, 0.469, 1.005, 1.541, 1.944 max_d=1.944 avg_d=1.005 std_dev=0.536
O2' A 0, 0.320, 0.878, 1.435, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.878 std_dev=0.557
O5' A 0, 0.594, 1.202, 1.809, 2.367 max_d=2.367 avg_d=1.202 std_dev=0.607
O3' A 0, 0.596, 1.372, 2.148, 2.612 max_d=2.612 avg_d=1.372 std_dev=0.776
C2' B 0, 1.087, 1.926, 2.765, 3.155 max_d=3.155 avg_d=1.926 std_dev=0.839
O4' B 0, 1.103, 2.231, 3.360, 4.014 max_d=4.014 avg_d=2.231 std_dev=1.129
P A 0, 0.284, 1.447, 2.610, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.447 std_dev=1.163
OP1 A 0, 0.320, 1.590, 2.860, 4.081 max_d=4.081 avg_d=1.590 std_dev=1.270
O2' B 0, 1.006, 2.285, 3.564, 4.629 max_d=4.629 avg_d=2.285 std_dev=1.279
C3' B 0, 1.458, 2.921, 4.383, 4.982 max_d=4.982 avg_d=2.921 std_dev=1.463
C4' B 0, 1.422, 2.999, 4.576, 5.186 max_d=5.186 avg_d=2.999 std_dev=1.577
OP2 A 0, 0.341, 1.991, 3.641, 5.134 max_d=5.134 avg_d=1.991 std_dev=1.650
O3' B 0, 1.905, 3.838, 5.770, 6.139 max_d=6.139 avg_d=3.838 std_dev=1.932
C5' B 0, 1.700, 4.112, 6.524, 8.091 max_d=8.091 avg_d=4.112 std_dev=2.412
O5' B 0, 1.466, 3.950, 6.434, 8.500 max_d=8.500 avg_d=3.950 std_dev=2.484
P B 0, 1.126, 4.402, 7.678, 10.937 max_d=10.937 avg_d=4.402 std_dev=3.276
OP2 B 0, 0.659, 4.362, 8.066, 11.988 max_d=11.988 avg_d=4.362 std_dev=3.703
OP1 B 0, 2.343, 6.294, 10.244, 13.031 max_d=13.031 avg_d=6.294 std_dev=3.951

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.22 0.01 0.18 0.30 0.79 0.27
C2 0.02 0.00 0.11 0.19 0.01 0.05 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.18 0.07 0.29 0.36 0.89 0.36
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.03 0.12 0.21 0.13 0.05 0.09 0.09 0.21 0.01 0.05 0.02 0.42 0.54 0.87 0.46
C3' 0.02 0.19 0.01 0.00 0.34 0.01 0.38 0.03 0.33 0.21 0.26 0.36 0.13 0.04 0.01 0.02 0.41 0.36 0.67 0.27
C4 0.02 0.01 0.08 0.34 0.00 0.15 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.25 0.06 0.45 0.58 1.06 0.63
C4' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.20 0.09 0.09 0.17 0.06 0.28 0.05 0.01 0.02 0.31 0.46 0.13
C5 0.01 0.01 0.12 0.38 0.00 0.21 0.00 0.35 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.32 0.09 0.50 0.64 1.15 0.72
C5' 0.11 0.18 0.21 0.03 0.30 0.01 0.35 0.00 0.30 0.19 0.23 0.33 0.14 0.13 0.20 0.02 0.01 0.30 0.35 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.33 0.01 0.20 0.00 0.30 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.26 0.11 0.44 0.52 1.08 0.60
N1 0.01 0.01 0.05 0.21 0.01 0.09 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.13 0.03 0.29 0.37 0.92 0.40
N3 0.02 0.01 0.09 0.26 0.01 0.09 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.18 0.06 0.36 0.46 0.96 0.47
N4 0.02 0.02 0.09 0.36 0.00 0.17 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.38 0.28 0.06 0.49 0.66 1.10 0.69
O2 0.03 0.01 0.21 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.31 0.31 0.12 0.23 0.31 0.81 0.26
O2' 0.03 0.30 0.01 0.04 0.35 0.28 0.31 0.13 0.25 0.21 0.35 0.38 0.31 0.00 0.11 0.19 0.38 0.47 0.92 0.43
O3' 0.22 0.18 0.05 0.01 0.25 0.05 0.32 0.20 0.26 0.13 0.18 0.28 0.31 0.11 0.00 0.18 0.39 0.44 0.57 0.25
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.06 0.06 0.12 0.19 0.18 0.00 0.18 0.25 0.69 0.26
O5' 0.18 0.29 0.42 0.41 0.45 0.02 0.50 0.01 0.44 0.29 0.36 0.49 0.23 0.38 0.39 0.18 0.00 0.03 0.06 0.01
OP1 0.30 0.36 0.54 0.36 0.58 0.31 0.64 0.30 0.52 0.37 0.46 0.66 0.31 0.47 0.44 0.25 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.79 0.89 0.87 0.67 1.06 0.46 1.15 0.35 1.08 0.92 0.96 1.10 0.81 0.92 0.57 0.69 0.06 0.02 0.00 0.00
P 0.27 0.36 0.46 0.27 0.63 0.13 0.72 0.02 0.60 0.40 0.47 0.69 0.26 0.43 0.25 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.22 0.47 0.70 0.22 0.49 0.25 0.88 0.27 0.25 0.23 0.26 0.21 0.28 0.22 0.69 0.78 0.38 1.23 0.32 1.99 1.79 1.52
C2 0.17 0.17 0.48 0.77 0.18 0.57 0.21 0.99 0.24 0.21 0.19 0.23 0.17 0.24 0.18 0.68 0.85 0.41 1.40 0.31 2.04 2.13 1.75
C2' 0.35 0.32 0.51 0.70 0.37 0.59 0.43 0.95 0.44 0.44 0.37 0.31 0.33 0.47 0.38 0.74 0.72 0.51 1.24 0.51 2.05 1.80 1.58
C3' 0.28 0.24 0.47 0.73 0.30 0.57 0.35 0.94 0.35 0.37 0.28 0.24 0.25 0.40 0.31 0.69 0.78 0.43 1.23 0.42 2.02 1.92 1.59
C4 0.18 0.19 0.53 1.01 0.20 0.83 0.25 1.41 0.30 0.22 0.27 0.16 0.17 0.26 0.19 0.69 1.12 0.56 1.92 0.36 2.61 2.94 2.42
C4' 0.25 0.23 0.48 0.71 0.27 0.47 0.32 0.86 0.33 0.33 0.27 0.22 0.23 0.37 0.28 0.69 0.81 0.33 1.19 0.40 2.00 1.82 1.50
C5 0.17 0.17 0.53 1.00 0.18 0.82 0.23 1.39 0.27 0.21 0.24 0.16 0.16 0.25 0.18 0.68 1.14 0.55 1.89 0.34 2.64 2.90 2.40
C5' 0.20 0.19 0.48 0.78 0.22 0.54 0.28 0.97 0.30 0.29 0.23 0.22 0.19 0.33 0.23 0.73 0.94 0.36 1.34 0.38 2.15 2.07 1.70
C6 0.16 0.15 0.51 0.91 0.17 0.70 0.22 1.21 0.25 0.20 0.20 0.16 0.16 0.24 0.17 0.68 1.03 0.48 1.67 0.31 2.40 2.55 2.11
N1 0.17 0.17 0.49 0.80 0.18 0.59 0.22 1.03 0.24 0.21 0.19 0.21 0.17 0.24 0.18 0.69 0.89 0.42 1.44 0.30 2.14 2.18 1.80
N3 0.16 0.16 0.50 0.89 0.18 0.70 0.24 1.19 0.28 0.21 0.25 0.17 0.15 0.25 0.17 0.68 0.97 0.48 1.66 0.35 2.27 2.55 2.09
N4 0.22 0.26 0.55 1.12 0.25 0.98 0.30 1.64 0.35 0.26 0.34 0.24 0.23 0.30 0.24 0.69 1.24 0.66 2.19 0.39 2.94 3.30 2.76
O2 0.20 0.24 0.45 0.65 0.21 0.45 0.23 0.80 0.24 0.23 0.22 0.31 0.22 0.25 0.21 0.68 0.70 0.35 1.15 0.29 1.80 1.67 1.41
O2' 0.61 0.62 0.78 0.65 0.62 0.44 0.62 0.63 0.63 0.62 0.62 0.63 0.62 0.63 0.61 1.14 0.77 0.43 0.77 0.65 1.67 1.24 1.05
O3' 0.55 0.46 0.69 0.71 0.56 0.46 0.62 0.67 0.61 0.65 0.51 0.40 0.49 0.68 0.59 0.99 0.81 0.38 0.86 0.68 1.62 1.67 1.19
O4' 0.21 0.24 0.49 0.73 0.24 0.47 0.29 0.87 0.32 0.28 0.28 0.25 0.22 0.32 0.24 0.69 0.87 0.34 1.23 0.38 2.00 1.81 1.51
O5' 0.26 0.28 0.66 1.05 0.27 0.82 0.29 1.29 0.31 0.28 0.28 0.33 0.28 0.31 0.26 0.69 1.19 0.56 1.69 0.37 2.49 2.52 2.10
OP1 0.39 0.40 0.68 1.05 0.39 0.80 0.41 1.27 0.43 0.41 0.40 0.43 0.40 0.43 0.39 0.63 1.16 0.55 1.66 0.48 2.51 2.56 2.11
OP2 0.87 0.87 0.99 1.40 0.84 1.26 0.83 1.77 0.83 0.82 0.85 0.89 0.87 0.82 0.84 0.77 1.42 1.05 2.15 0.83 3.07 2.98 2.62
P 0.37 0.36 0.63 1.12 0.33 0.94 0.32 1.44 0.33 0.32 0.32 0.41 0.37 0.33 0.33 0.48 1.22 0.69 1.83 0.38 2.69 2.65 2.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.21 0.02 0.24 0.25 0.20
C2 0.03 0.00 0.42 0.79 0.01 0.60 0.01 0.92 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.50 0.79 0.42 1.29 0.01 1.54 1.81 1.50
C2' 0.01 0.42 0.00 0.01 0.22 0.03 0.14 0.17 0.22 0.20 0.34 0.50 0.41 0.12 0.05 0.01 0.04 0.02 0.38 0.18 0.44 0.44 0.42
C3' 0.02 0.79 0.01 0.00 0.38 0.01 0.29 0.03 0.38 0.50 0.60 0.99 0.75 0.41 0.20 0.04 0.01 0.03 0.24 0.35 0.28 0.46 0.30
C4 0.02 0.01 0.22 0.38 0.00 0.26 0.00 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.33 0.32 0.22 0.55 0.01 0.78 0.67 0.60
C4' 0.01 0.60 0.03 0.01 0.26 0.00 0.18 0.01 0.25 0.42 0.44 0.78 0.58 0.34 0.12 0.27 0.06 0.01 0.02 0.23 0.18 0.35 0.06
C5 0.02 0.01 0.14 0.29 0.00 0.18 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.36 0.20 0.13 0.50 0.01 0.95 0.45 0.51
C5' 0.09 0.92 0.17 0.03 0.36 0.01 0.33 0.00 0.42 0.69 0.68 1.23 0.83 0.60 0.23 0.13 0.18 0.02 0.01 0.42 0.26 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.22 0.38 0.01 0.25 0.01 0.42 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.44 0.32 0.20 0.64 0.00 1.14 0.80 0.72
C8 0.01 0.01 0.20 0.50 0.01 0.42 0.01 0.69 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.45 0.25 0.92 0.02 1.10 0.94 0.92
N1 0.03 0.00 0.34 0.60 0.01 0.44 0.01 0.68 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.49 0.59 0.33 1.00 0.01 1.37 1.46 1.19
N2 0.03 0.01 0.50 0.99 0.01 0.78 0.01 1.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.56 1.05 0.50 1.70 0.01 2.03 2.41 2.00
N3 0.03 0.01 0.41 0.75 0.00 0.58 0.01 0.83 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.44 0.72 0.41 1.14 0.01 1.26 1.44 1.26
N7 0.01 0.01 0.12 0.41 0.01 0.34 0.00 0.60 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.36 0.16 0.82 0.02 1.22 0.80 0.84
N9 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.12 0.05 0.36 0.02 0.54 0.30 0.31
O2' 0.04 0.50 0.01 0.04 0.33 0.27 0.36 0.13 0.44 0.26 0.49 0.56 0.44 0.32 0.19 0.00 0.07 0.19 0.27 0.46 0.39 0.48 0.35
O3' 0.18 0.79 0.04 0.01 0.32 0.06 0.20 0.18 0.32 0.45 0.59 1.05 0.72 0.36 0.12 0.07 0.00 0.12 0.33 0.28 0.50 0.75 0.43
O4' 0.01 0.42 0.02 0.03 0.22 0.01 0.13 0.02 0.20 0.25 0.33 0.50 0.41 0.16 0.05 0.19 0.12 0.00 0.12 0.17 0.15 0.22 0.17
O5' 0.21 1.29 0.38 0.24 0.55 0.02 0.50 0.01 0.64 0.92 1.00 1.70 1.14 0.82 0.36 0.27 0.33 0.12 0.00 0.62 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.18 0.35 0.01 0.23 0.01 0.42 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.46 0.28 0.17 0.62 0.00 1.26 0.66 0.68
OP1 0.24 1.54 0.44 0.28 0.78 0.18 0.95 0.26 1.14 1.10 1.37 2.03 1.26 1.22 0.54 0.39 0.50 0.15 0.02 1.26 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 1.81 0.44 0.46 0.67 0.35 0.45 0.43 0.80 0.94 1.46 2.41 1.44 0.80 0.30 0.48 0.75 0.22 0.02 0.66 0.02 0.00 0.01
P 0.20 1.50 0.42 0.30 0.60 0.06 0.51 0.02 0.72 0.92 1.19 2.00 1.26 0.84 0.31 0.35 0.43 0.17 0.00 0.68 0.01 0.01 0.00