ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54364

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 1, 5, 2, 4, 1, 4, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.017, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.024, 0.042, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.005, 0.025, 0.045, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.025 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.011, 0.060, 0.110, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.060 std_dev=0.050
N4 A 0, 0.014, 0.066, 0.117, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.066 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.244, 0.576, 0.908, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.576 std_dev=0.332
C1' B 0, 0.254, 0.639, 1.023, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.639 std_dev=0.385
C2' A 0, 0.283, 0.691, 1.099, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.691 std_dev=0.408
N3 B 0, 0.197, 0.609, 1.022, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.609 std_dev=0.412
N2 B 0, 0.270, 0.684, 1.097, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.684 std_dev=0.413
N9 B 0, 0.272, 0.700, 1.128, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.700 std_dev=0.428
C2 B 0, 0.171, 0.612, 1.053, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.612 std_dev=0.441
C4 B 0, 0.219, 0.663, 1.108, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.663 std_dev=0.444
C8 B 0, 0.324, 0.856, 1.389, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.856 std_dev=0.533
N1 B 0, 0.128, 0.673, 1.218, 2.153 max_d=2.153 avg_d=0.673 std_dev=0.545
C4' A 0, 0.283, 0.832, 1.382, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.832 std_dev=0.550
O5' A 0, 0.728, 1.282, 1.836, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.282 std_dev=0.554
C5 B 0, 0.217, 0.781, 1.344, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.781 std_dev=0.564
C5' A 0, 0.431, 1.058, 1.684, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.058 std_dev=0.626
C6 B 0, 0.171, 0.800, 1.428, 2.606 max_d=2.606 avg_d=0.800 std_dev=0.629
N7 B 0, 0.299, 0.934, 1.569, 2.616 max_d=2.616 avg_d=0.934 std_dev=0.635
O4' B 0, 0.158, 0.803, 1.448, 3.030 max_d=3.030 avg_d=0.803 std_dev=0.645
C4' B 0, 0.241, 0.887, 1.533, 3.598 max_d=3.598 avg_d=0.887 std_dev=0.646
C3' A 0, 0.278, 0.929, 1.580, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.929 std_dev=0.651
C2' B 0, 0.262, 0.927, 1.591, 2.815 max_d=2.815 avg_d=0.927 std_dev=0.665
O2' A 0, 0.635, 1.353, 2.071, 3.357 max_d=3.357 avg_d=1.353 std_dev=0.718
O6 B 0, 0.206, 0.965, 1.724, 3.222 max_d=3.222 avg_d=0.965 std_dev=0.759
O2' B 0, 0.556, 1.384, 2.212, 3.830 max_d=3.830 avg_d=1.384 std_dev=0.828
C3' B 0, 0.169, 1.047, 1.925, 4.478 max_d=4.478 avg_d=1.047 std_dev=0.878
P A 0, 0.548, 1.515, 2.483, 4.440 max_d=4.440 avg_d=1.515 std_dev=0.967
OP1 A 0, 0.653, 1.773, 2.893, 4.685 max_d=4.685 avg_d=1.773 std_dev=1.120
O3' A 0, 0.323, 1.500, 2.677, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.500 std_dev=1.177
O3' B 0, 0.322, 1.541, 2.759, 6.190 max_d=6.190 avg_d=1.541 std_dev=1.218
C5' B 0, 0.139, 1.392, 2.644, 6.376 max_d=6.376 avg_d=1.392 std_dev=1.253
OP2 A 0, 0.817, 2.384, 3.951, 6.427 max_d=6.427 avg_d=2.384 std_dev=1.567
O5' B 0, -0.008, 1.620, 3.247, 7.950 max_d=7.950 avg_d=1.620 std_dev=1.628
P B 0, -0.230, 2.071, 4.372, 10.743 max_d=10.743 avg_d=2.071 std_dev=2.301
OP2 B 0, -0.126, 2.381, 4.888, 11.682 max_d=11.682 avg_d=2.381 std_dev=2.507
OP1 B 0, -0.204, 2.428, 5.060, 12.414 max_d=12.414 avg_d=2.428 std_dev=2.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.28 0.01 0.21 0.51 0.60 0.33
C2 0.02 0.00 0.14 0.25 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.29 0.22 0.08 0.40 0.57 0.63 0.38
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.09 0.03 0.15 0.22 0.17 0.05 0.12 0.10 0.27 0.01 0.04 0.02 0.39 0.61 0.68 0.44
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.39 0.01 0.42 0.03 0.37 0.24 0.32 0.42 0.23 0.04 0.01 0.02 0.39 0.41 0.53 0.33
C4 0.03 0.01 0.09 0.39 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.32 0.30 0.04 0.59 0.63 0.77 0.54
C4' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.17 0.00 0.21 0.01 0.19 0.10 0.11 0.18 0.09 0.30 0.05 0.01 0.02 0.28 0.34 0.17
C5 0.03 0.01 0.15 0.42 0.01 0.21 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.37 0.08 0.62 0.66 0.80 0.58
C5' 0.08 0.13 0.22 0.03 0.24 0.01 0.28 0.00 0.24 0.13 0.18 0.27 0.12 0.14 0.20 0.02 0.01 0.24 0.20 0.03
C6 0.02 0.01 0.17 0.37 0.01 0.19 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.31 0.10 0.53 0.62 0.71 0.47
N1 0.01 0.01 0.05 0.24 0.02 0.10 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.18 0.17 0.02 0.38 0.57 0.63 0.37
N3 0.02 0.01 0.12 0.32 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.23 0.06 0.50 0.60 0.69 0.45
N4 0.03 0.02 0.10 0.42 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.35 0.35 0.04 0.64 0.66 0.84 0.61
O2 0.04 0.01 0.27 0.23 0.02 0.09 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.35 0.35 0.14 0.30 0.55 0.60 0.34
O2' 0.03 0.29 0.01 0.04 0.32 0.30 0.28 0.14 0.23 0.18 0.33 0.35 0.35 0.00 0.08 0.22 0.39 0.60 0.73 0.43
O3' 0.28 0.22 0.04 0.01 0.30 0.05 0.37 0.20 0.31 0.17 0.23 0.35 0.35 0.08 0.00 0.21 0.39 0.57 0.52 0.40
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.06 0.04 0.14 0.22 0.21 0.00 0.13 0.48 0.59 0.36
O5' 0.21 0.40 0.39 0.39 0.59 0.02 0.62 0.01 0.53 0.38 0.50 0.64 0.30 0.39 0.39 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.51 0.57 0.61 0.41 0.63 0.28 0.66 0.24 0.62 0.57 0.60 0.66 0.55 0.60 0.57 0.48 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.60 0.63 0.68 0.53 0.77 0.34 0.80 0.20 0.71 0.63 0.69 0.84 0.60 0.73 0.52 0.59 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.33 0.38 0.44 0.33 0.54 0.17 0.58 0.03 0.47 0.37 0.45 0.61 0.34 0.43 0.40 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.26 0.39 0.52 0.24 0.40 0.27 0.59 0.28 0.29 0.24 0.34 0.25 0.32 0.25 0.53 0.53 0.31 0.76 0.36 1.16 1.24 0.99
C2 0.24 0.23 0.45 0.57 0.23 0.45 0.28 0.67 0.31 0.28 0.24 0.32 0.24 0.31 0.24 0.56 0.60 0.31 0.87 0.40 1.28 1.41 1.14
C2' 0.41 0.37 0.50 0.61 0.42 0.48 0.48 0.64 0.48 0.50 0.39 0.40 0.38 0.53 0.44 0.54 0.57 0.43 0.76 0.58 1.09 1.24 0.99
C3' 0.44 0.40 0.56 0.67 0.41 0.51 0.45 0.67 0.45 0.48 0.38 0.45 0.41 0.51 0.44 0.59 0.66 0.43 0.83 0.55 1.17 1.31 1.06
C4 0.25 0.26 0.52 0.70 0.27 0.59 0.34 0.92 0.41 0.30 0.37 0.23 0.24 0.35 0.26 0.59 0.76 0.38 1.20 0.49 1.75 1.92 1.59
C4' 0.29 0.29 0.42 0.55 0.29 0.42 0.34 0.62 0.35 0.35 0.29 0.34 0.28 0.39 0.30 0.50 0.55 0.34 0.78 0.44 1.20 1.23 1.01
C5 0.25 0.25 0.51 0.68 0.27 0.58 0.34 0.92 0.40 0.31 0.34 0.23 0.24 0.36 0.26 0.58 0.73 0.38 1.19 0.49 1.77 1.91 1.60
C5' 0.26 0.23 0.40 0.56 0.26 0.45 0.34 0.70 0.36 0.35 0.26 0.28 0.23 0.40 0.28 0.47 0.58 0.36 0.90 0.46 1.36 1.36 1.16
C6 0.24 0.23 0.47 0.62 0.25 0.52 0.31 0.81 0.36 0.30 0.29 0.25 0.23 0.35 0.25 0.56 0.66 0.35 1.05 0.46 1.57 1.70 1.40
N1 0.24 0.23 0.44 0.57 0.24 0.45 0.29 0.69 0.32 0.29 0.24 0.30 0.24 0.32 0.25 0.55 0.59 0.32 0.90 0.41 1.34 1.46 1.19
N3 0.24 0.23 0.50 0.64 0.25 0.52 0.31 0.79 0.37 0.28 0.32 0.25 0.23 0.33 0.25 0.58 0.69 0.34 1.04 0.45 1.50 1.67 1.36
N4 0.26 0.32 0.57 0.77 0.30 0.66 0.37 1.04 0.44 0.32 0.42 0.28 0.27 0.37 0.28 0.61 0.85 0.43 1.35 0.50 1.98 2.13 1.80
O2 0.25 0.29 0.41 0.52 0.24 0.37 0.25 0.53 0.26 0.27 0.24 0.40 0.27 0.29 0.24 0.55 0.53 0.28 0.69 0.34 1.04 1.13 0.89
O2' 0.52 0.55 0.59 0.60 0.52 0.48 0.52 0.52 0.53 0.53 0.53 0.60 0.54 0.54 0.51 0.80 0.66 0.47 0.52 0.58 0.76 0.98 0.66
O3' 0.42 0.35 0.56 0.62 0.41 0.39 0.50 0.53 0.52 0.54 0.39 0.38 0.37 0.60 0.44 0.66 0.69 0.34 0.74 0.68 1.00 1.24 0.93
O4' 0.27 0.27 0.41 0.55 0.26 0.46 0.29 0.66 0.29 0.30 0.25 0.33 0.26 0.33 0.26 0.54 0.58 0.37 0.82 0.37 1.27 1.26 1.05
O5' 0.53 0.52 0.67 0.76 0.49 0.68 0.46 0.88 0.45 0.47 0.46 0.59 0.54 0.46 0.50 0.71 0.74 0.58 1.06 0.48 1.58 1.58 1.37
OP1 0.63 0.62 0.78 0.84 0.62 0.70 0.63 0.88 0.64 0.63 0.61 0.65 0.63 0.65 0.62 0.83 0.88 0.61 1.10 0.70 1.59 1.60 1.37
OP2 0.86 0.78 1.03 1.04 0.76 0.93 0.68 1.06 0.66 0.71 0.69 0.85 0.82 0.67 0.77 1.10 1.00 0.82 1.24 0.65 1.79 1.76 1.55
P 0.55 0.52 0.71 0.78 0.49 0.68 0.46 0.87 0.46 0.47 0.46 0.59 0.54 0.47 0.50 0.76 0.75 0.57 1.08 0.51 1.63 1.61 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.21 0.01 0.17 0.02 0.28 0.35 0.21
C2 0.05 0.00 0.29 0.46 0.01 0.36 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.50 0.24 0.85 0.02 1.14 1.32 1.06
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.09 0.15 0.13 0.17 0.22 0.36 0.29 0.13 0.04 0.01 0.04 0.02 0.32 0.11 0.58 0.56 0.43
C3' 0.01 0.46 0.01 0.00 0.26 0.01 0.28 0.03 0.31 0.40 0.38 0.58 0.44 0.38 0.19 0.03 0.01 0.02 0.21 0.34 0.37 0.38 0.23
C4 0.02 0.01 0.15 0.26 0.00 0.17 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.23 0.13 0.44 0.01 0.57 0.68 0.51
C4' 0.02 0.36 0.02 0.01 0.17 0.00 0.14 0.01 0.17 0.28 0.27 0.47 0.35 0.23 0.09 0.24 0.04 0.01 0.03 0.17 0.17 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.09 0.28 0.00 0.14 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.21 0.08 0.40 0.01 0.46 0.55 0.40
C5' 0.07 0.60 0.15 0.03 0.28 0.01 0.24 0.00 0.32 0.41 0.47 0.77 0.54 0.36 0.15 0.10 0.18 0.02 0.01 0.31 0.15 0.28 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.17 0.01 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.31 0.27 0.12 0.50 0.00 0.63 0.76 0.57
C8 0.02 0.01 0.17 0.40 0.01 0.28 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.33 0.14 0.54 0.02 0.50 0.56 0.50
N1 0.04 0.01 0.22 0.38 0.01 0.27 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.35 0.38 0.19 0.70 0.02 0.94 1.12 0.88
N2 0.06 0.01 0.36 0.58 0.01 0.47 0.01 0.77 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.42 0.66 0.28 1.05 0.03 1.47 1.64 1.35
N3 0.05 0.01 0.29 0.44 0.01 0.35 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.33 0.47 0.23 0.75 0.01 0.98 1.12 0.91
N7 0.02 0.01 0.13 0.38 0.01 0.23 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.32 0.09 0.50 0.02 0.49 0.57 0.47
N9 0.01 0.02 0.04 0.19 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.15 0.12 0.04 0.26 0.02 0.30 0.37 0.23
O2' 0.03 0.37 0.01 0.03 0.25 0.24 0.26 0.10 0.31 0.21 0.35 0.42 0.33 0.25 0.15 0.00 0.09 0.17 0.18 0.32 0.52 0.61 0.37
O3' 0.21 0.50 0.04 0.01 0.23 0.04 0.21 0.18 0.27 0.33 0.38 0.66 0.47 0.32 0.12 0.09 0.00 0.14 0.29 0.29 0.41 0.58 0.33
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.13 0.01 0.08 0.02 0.12 0.14 0.19 0.28 0.23 0.09 0.04 0.17 0.14 0.00 0.08 0.10 0.17 0.29 0.20
O5' 0.17 0.85 0.32 0.21 0.44 0.03 0.40 0.01 0.50 0.54 0.70 1.05 0.75 0.50 0.26 0.18 0.29 0.08 0.00 0.48 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.34 0.01 0.17 0.01 0.31 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.32 0.29 0.10 0.48 0.00 0.59 0.72 0.53
OP1 0.28 1.14 0.58 0.37 0.57 0.17 0.46 0.15 0.63 0.50 0.94 1.47 0.98 0.49 0.30 0.52 0.41 0.17 0.02 0.59 0.00 0.01 0.00
OP2 0.35 1.32 0.56 0.38 0.68 0.27 0.55 0.28 0.76 0.56 1.12 1.64 1.12 0.57 0.37 0.61 0.58 0.29 0.03 0.72 0.01 0.00 0.00
P 0.21 1.06 0.43 0.23 0.51 0.08 0.40 0.02 0.57 0.50 0.88 1.35 0.91 0.47 0.23 0.37 0.33 0.20 0.01 0.53 0.00 0.00 0.00