ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54365

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 3, 2, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N1 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.006 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.009 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, -0.002, 0.023, 0.048, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.023 std_dev=0.025
N4 A 0, -0.002, 0.031, 0.064, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.031 std_dev=0.033
O4' A 0, -0.002, 0.117, 0.235, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.117 std_dev=0.118
C2' A 0, -0.003, 0.118, 0.239, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.118 std_dev=0.121
C4' A 0, 0.017, 0.214, 0.411, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.214 std_dev=0.197
N3 B 0, 0.145, 0.451, 0.758, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.451 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.189, 0.504, 0.819, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.504 std_dev=0.315
C2 B 0, 0.082, 0.397, 0.712, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.397 std_dev=0.315
N2 B 0, 0.069, 0.392, 0.714, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.392 std_dev=0.322
N9 B 0, 0.248, 0.576, 0.905, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.576 std_dev=0.328
C1' B 0, 0.360, 0.702, 1.043, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.702 std_dev=0.342
C8 B 0, 0.304, 0.678, 1.052, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.678 std_dev=0.374
C5' A 0, -0.017, 0.365, 0.747, 1.561 max_d=1.561 avg_d=0.365 std_dev=0.382
O5' A 0, 0.014, 0.418, 0.822, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.418 std_dev=0.404
C5 B 0, 0.199, 0.616, 1.034, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.616 std_dev=0.417
N1 B 0, 0.047, 0.477, 0.908, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.477 std_dev=0.431
C3' A 0, -0.125, 0.349, 0.823, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.349 std_dev=0.474
N7 B 0, 0.260, 0.739, 1.218, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.739 std_dev=0.479
O2' A 0, -0.179, 0.302, 0.782, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.302 std_dev=0.481
C6 B 0, 0.081, 0.623, 1.165, 2.011 max_d=2.011 avg_d=0.623 std_dev=0.542
P A 0, 0.019, 0.641, 1.262, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.641 std_dev=0.622
O4' B 0, 0.264, 0.942, 1.621, 2.592 max_d=2.592 avg_d=0.942 std_dev=0.679
OP2 A 0, -0.011, 0.749, 1.508, 2.889 max_d=2.889 avg_d=0.749 std_dev=0.760
O6 B 0, -0.010, 0.760, 1.529, 2.944 max_d=2.944 avg_d=0.760 std_dev=0.769
O3' A 0, -0.342, 0.617, 1.576, 3.138 max_d=3.138 avg_d=0.617 std_dev=0.959
OP1 A 0, -0.139, 0.975, 2.088, 3.679 max_d=3.679 avg_d=0.975 std_dev=1.114
C4' B 0, 0.112, 1.270, 2.429, 3.758 max_d=3.758 avg_d=1.270 std_dev=1.159
C2' B 0, 0.039, 1.255, 2.471, 3.916 max_d=3.916 avg_d=1.255 std_dev=1.216
C3' B 0, -0.143, 1.483, 3.109, 5.017 max_d=5.017 avg_d=1.483 std_dev=1.626
O2' B 0, -0.088, 1.542, 3.172, 5.255 max_d=5.255 avg_d=1.542 std_dev=1.630
C5' B 0, -0.395, 1.847, 4.090, 6.395 max_d=6.395 avg_d=1.847 std_dev=2.242
O3' B 0, -0.385, 1.939, 4.263, 6.951 max_d=6.951 avg_d=1.939 std_dev=2.324
O5' B 0, -0.768, 1.990, 4.749, 7.616 max_d=7.616 avg_d=1.990 std_dev=2.758
P B 0, -1.215, 2.528, 6.270, 10.030 max_d=10.030 avg_d=2.528 std_dev=3.743
OP2 B 0, -1.439, 2.621, 6.681, 10.541 max_d=10.541 avg_d=2.621 std_dev=4.060
OP1 B 0, -1.443, 3.042, 7.527, 11.711 max_d=11.711 avg_d=3.042 std_dev=4.485

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.09 0.53 0.49 0.27
C2 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.28 0.15 0.02 0.18 0.71 0.37 0.26
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.13 0.06 0.02 0.04 0.04 0.10 0.00 0.01 0.01 0.23 0.63 0.44 0.35
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.27 0.01 0.33 0.04 0.31 0.17 0.18 0.29 0.08 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.10 0.12
C4 0.01 0.00 0.03 0.27 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.12 0.02 0.29 0.77 0.27 0.25
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.06 0.11 0.03 0.23 0.02 0.00 0.02 0.16 0.36 0.10
C5 0.01 0.00 0.05 0.33 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.21 0.24 0.03 0.32 0.75 0.28 0.26
C5' 0.04 0.05 0.13 0.04 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.05 0.08 0.13 0.06 0.11 0.18 0.01 0.01 0.18 0.26 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.31 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.20 0.04 0.27 0.69 0.36 0.26
N1 0.00 0.00 0.02 0.17 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.06 0.01 0.18 0.66 0.41 0.26
N3 0.01 0.00 0.04 0.18 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.32 0.08 0.01 0.24 0.76 0.31 0.25
N4 0.01 0.00 0.04 0.29 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.15 0.02 0.32 0.78 0.25 0.25
O2 0.01 0.00 0.10 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.31 0.33 0.04 0.14 0.69 0.41 0.26
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.29 0.23 0.21 0.11 0.15 0.16 0.32 0.32 0.31 0.00 0.04 0.16 0.18 0.52 0.45 0.27
O3' 0.21 0.15 0.01 0.01 0.12 0.02 0.24 0.18 0.20 0.06 0.08 0.15 0.33 0.04 0.00 0.14 0.33 0.32 0.11 0.23
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.16 0.14 0.00 0.06 0.37 0.59 0.27
O5' 0.09 0.18 0.23 0.24 0.29 0.02 0.32 0.01 0.27 0.18 0.24 0.32 0.14 0.18 0.33 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.53 0.71 0.63 0.28 0.77 0.16 0.75 0.18 0.69 0.66 0.76 0.78 0.69 0.52 0.32 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.49 0.37 0.44 0.10 0.27 0.36 0.28 0.26 0.36 0.41 0.31 0.25 0.41 0.45 0.11 0.59 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.26 0.35 0.12 0.25 0.10 0.26 0.01 0.26 0.26 0.25 0.25 0.26 0.27 0.23 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.12 0.32 0.69 0.10 0.52 0.16 0.83 0.19 0.16 0.12 0.19 0.11 0.20 0.11 0.26 0.80 0.29 1.06 0.28 1.49 1.83 1.41
C2 0.10 0.10 0.30 0.76 0.10 0.60 0.17 0.97 0.20 0.16 0.13 0.19 0.10 0.20 0.11 0.26 0.86 0.33 1.26 0.30 1.68 2.09 1.64
C2' 0.21 0.17 0.28 0.46 0.18 0.38 0.18 0.69 0.17 0.20 0.14 0.21 0.18 0.21 0.19 0.41 0.53 0.25 0.91 0.22 1.35 1.73 1.31
C3' 0.21 0.17 0.29 0.54 0.17 0.47 0.20 0.81 0.20 0.24 0.12 0.26 0.19 0.27 0.20 0.40 0.63 0.29 1.04 0.31 1.54 1.91 1.47
C4 0.16 0.17 0.27 0.97 0.19 0.83 0.25 1.41 0.30 0.22 0.27 0.13 0.16 0.26 0.18 0.36 1.08 0.46 1.84 0.36 2.48 2.91 2.37
C4' 0.12 0.11 0.30 0.68 0.11 0.53 0.17 0.87 0.19 0.18 0.11 0.19 0.12 0.23 0.13 0.28 0.81 0.29 1.11 0.29 1.59 1.92 1.49
C5 0.16 0.16 0.27 0.96 0.18 0.83 0.24 1.42 0.28 0.21 0.24 0.13 0.15 0.25 0.17 0.36 1.09 0.45 1.83 0.35 2.53 2.91 2.38
C5' 0.16 0.12 0.29 0.74 0.15 0.60 0.22 1.00 0.24 0.22 0.16 0.17 0.14 0.26 0.16 0.31 0.88 0.33 1.28 0.34 1.84 2.15 1.71
C6 0.12 0.11 0.28 0.87 0.14 0.73 0.20 1.23 0.23 0.18 0.17 0.12 0.11 0.22 0.14 0.31 1.00 0.40 1.59 0.31 2.20 2.59 2.08
N1 0.10 0.09 0.30 0.78 0.11 0.62 0.17 1.02 0.20 0.16 0.13 0.16 0.10 0.20 0.11 0.27 0.89 0.34 1.32 0.29 1.80 2.19 1.73
N3 0.12 0.10 0.28 0.87 0.14 0.72 0.21 1.18 0.26 0.19 0.20 0.14 0.11 0.23 0.14 0.29 0.96 0.40 1.54 0.33 2.04 2.49 1.98
N4 0.21 0.26 0.27 1.07 0.25 0.95 0.31 1.63 0.35 0.27 0.34 0.22 0.22 0.31 0.23 0.43 1.19 0.52 2.12 0.39 2.86 3.25 2.69
O2 0.10 0.18 0.32 0.64 0.11 0.47 0.15 0.72 0.19 0.15 0.16 0.27 0.14 0.19 0.11 0.25 0.72 0.27 0.93 0.29 1.26 1.61 1.22
O2' 0.52 0.45 0.56 0.40 0.51 0.27 0.52 0.26 0.51 0.54 0.47 0.41 0.48 0.55 0.53 0.70 0.46 0.30 0.36 0.53 0.72 1.08 0.66
O3' 0.44 0.28 0.46 0.36 0.42 0.22 0.50 0.46 0.48 0.55 0.34 0.24 0.33 0.59 0.46 0.63 0.45 0.16 0.65 0.60 1.13 1.55 1.08
O4' 0.07 0.09 0.37 0.80 0.09 0.59 0.17 0.93 0.20 0.16 0.12 0.17 0.09 0.21 0.09 0.24 0.95 0.31 1.18 0.30 1.63 1.95 1.52
O5' 0.19 0.17 0.43 0.94 0.14 0.80 0.15 1.28 0.17 0.15 0.12 0.24 0.18 0.18 0.15 0.38 1.08 0.48 1.60 0.25 2.25 2.59 2.11
OP1 0.88 0.86 0.87 0.78 0.87 0.62 0.88 0.91 0.88 0.89 0.87 0.84 0.86 0.90 0.88 1.16 0.91 0.57 1.21 0.89 1.89 2.25 1.73
OP2 0.33 0.34 0.25 0.82 0.37 0.72 0.46 1.34 0.52 0.43 0.44 0.29 0.32 0.50 0.37 0.51 0.99 0.38 1.72 0.62 2.57 2.81 2.31
P 0.30 0.30 0.34 0.81 0.32 0.68 0.38 1.22 0.41 0.36 0.35 0.28 0.29 0.40 0.32 0.51 0.98 0.35 1.57 0.49 2.30 2.59 2.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.10 0.09
C2 0.01 0.00 0.30 0.79 0.00 0.65 0.00 0.99 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.78 0.41 1.29 0.01 1.47 1.92 1.57
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.14 0.01 0.05 0.02 0.11 0.18 0.22 0.38 0.30 0.11 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.09 0.16 0.11
C3' 0.01 0.79 0.00 0.00 0.31 0.00 0.09 0.01 0.24 0.47 0.55 1.03 0.77 0.33 0.07 0.02 0.01 0.02 0.05 0.14 0.10 0.25 0.13
C4 0.01 0.00 0.14 0.31 0.00 0.27 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.28 0.21 0.43 0.01 0.50 0.73 0.59
C4' 0.01 0.65 0.01 0.00 0.27 0.00 0.08 0.00 0.21 0.40 0.47 0.85 0.63 0.27 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.09 0.19 0.05
C5 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.09 0.18 0.01 0.32 0.47 0.29
C5' 0.03 0.99 0.02 0.01 0.35 0.00 0.13 0.00 0.31 0.64 0.71 1.32 0.89 0.48 0.13 0.03 0.05 0.01 0.01 0.20 0.14 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.24 0.00 0.21 0.00 0.31 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.24 0.18 0.38 0.00 0.55 0.86 0.60
C8 0.01 0.00 0.18 0.47 0.00 0.40 0.00 0.64 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.44 0.23 0.91 0.01 0.91 0.92 0.85
N1 0.01 0.00 0.22 0.55 0.00 0.47 0.00 0.71 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.56 0.32 0.92 0.00 1.12 1.56 1.21
N2 0.01 0.00 0.38 1.03 0.01 0.85 0.01 1.32 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 1.06 0.49 1.74 0.01 2.04 2.53 2.09
N3 0.01 0.00 0.30 0.77 0.00 0.63 0.00 0.89 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.72 0.40 1.15 0.01 1.21 1.54 1.32
N7 0.01 0.01 0.11 0.33 0.00 0.27 0.00 0.48 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.33 0.12 0.72 0.01 0.80 0.79 0.69
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.23 0.01 0.24 0.22 0.18
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.10 0.04 0.05 0.03 0.10 0.12 0.18 0.31 0.22 0.08 0.03 0.00 0.06 0.05 0.04 0.08 0.09 0.21 0.10
O3' 0.02 0.78 0.02 0.01 0.28 0.02 0.08 0.05 0.24 0.44 0.56 1.06 0.72 0.33 0.07 0.06 0.00 0.02 0.11 0.14 0.15 0.38 0.15
O4' 0.00 0.41 0.01 0.02 0.21 0.00 0.09 0.01 0.18 0.23 0.32 0.49 0.40 0.12 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.13 0.08 0.11 0.11
O5' 0.09 1.29 0.04 0.05 0.43 0.01 0.18 0.01 0.38 0.91 0.92 1.74 1.15 0.72 0.23 0.04 0.11 0.05 0.00 0.24 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.13 0.24 0.00 0.45 0.71 0.43
OP1 0.08 1.47 0.09 0.10 0.50 0.09 0.32 0.14 0.55 0.91 1.12 2.04 1.21 0.80 0.24 0.09 0.15 0.08 0.01 0.45 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 1.92 0.16 0.25 0.73 0.19 0.47 0.22 0.86 0.92 1.56 2.53 1.54 0.79 0.22 0.21 0.38 0.11 0.02 0.71 0.01 0.00 0.01
P 0.09 1.57 0.11 0.13 0.59 0.05 0.29 0.01 0.60 0.85 1.21 2.09 1.32 0.69 0.18 0.10 0.15 0.11 0.00 0.43 0.00 0.01 0.00