ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54366

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 3, 2, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.019, 0.031, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.031 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.017, 0.030, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.030 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.020, 0.038, 0.057, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.038 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.012, 0.033, 0.053, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.020
N4 A 0, 0.060, 0.099, 0.137, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.099 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.038, 0.090, 0.141, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.090 std_dev=0.052
C2' A 0, -0.004, 0.206, 0.417, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.206 std_dev=0.211
O4' A 0, 0.006, 0.219, 0.432, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.219 std_dev=0.213
C3' A 0, 0.026, 0.281, 0.536, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.281 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.066, 0.363, 0.660, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.363 std_dev=0.297
N1 B 0, 0.216, 0.528, 0.840, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.528 std_dev=0.312
O2' A 0, 0.068, 0.391, 0.714, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.391 std_dev=0.323
C2 B 0, 0.223, 0.550, 0.877, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.550 std_dev=0.327
N3 B 0, 0.259, 0.587, 0.916, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.587 std_dev=0.329
C4 B 0, 0.233, 0.612, 0.992, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.612 std_dev=0.379
O3' A 0, 0.004, 0.433, 0.863, 1.994 max_d=1.994 avg_d=0.433 std_dev=0.429
C6 B 0, 0.202, 0.687, 1.172, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.687 std_dev=0.485
N9 B 0, 0.230, 0.723, 1.216, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.723 std_dev=0.493
C1' B 0, 0.217, 0.717, 1.217, 1.738 max_d=1.738 avg_d=0.717 std_dev=0.500
N2 B 0, 0.175, 0.684, 1.192, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.684 std_dev=0.509
C5 B 0, 0.179, 0.721, 1.263, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.721 std_dev=0.542
C5' A 0, 0.099, 0.679, 1.259, 2.296 max_d=2.296 avg_d=0.679 std_dev=0.580
C2' B 0, 0.170, 0.836, 1.502, 2.697 max_d=2.697 avg_d=0.836 std_dev=0.666
O6 B 0, 0.169, 0.838, 1.508, 2.497 max_d=2.497 avg_d=0.838 std_dev=0.669
C3' B 0, 0.244, 1.002, 1.759, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.002 std_dev=0.757
C8 B 0, 0.128, 0.885, 1.643, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.885 std_dev=0.757
C4' B 0, 0.288, 1.049, 1.810, 2.732 max_d=2.732 avg_d=1.049 std_dev=0.761
O4' B 0, 0.229, 1.015, 1.801, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.015 std_dev=0.786
N7 B 0, 0.096, 0.921, 1.746, 2.803 max_d=2.803 avg_d=0.921 std_dev=0.825
O3' B 0, 0.233, 1.112, 1.991, 3.460 max_d=3.460 avg_d=1.112 std_dev=0.879
O2' B 0, -0.011, 1.004, 2.019, 4.236 max_d=4.236 avg_d=1.004 std_dev=1.015
O5' A 0, -0.066, 0.969, 2.004, 4.371 max_d=4.371 avg_d=0.969 std_dev=1.035
C5' B 0, 0.016, 1.376, 2.737, 4.887 max_d=4.887 avg_d=1.376 std_dev=1.361
OP2 A 0, 0.258, 1.709, 3.160, 6.331 max_d=6.331 avg_d=1.709 std_dev=1.451
P A 0, -0.447, 1.138, 2.723, 6.601 max_d=6.601 avg_d=1.138 std_dev=1.585
O5' B 0, -0.172, 1.507, 3.186, 5.915 max_d=5.915 avg_d=1.507 std_dev=1.679
P B 0, -0.176, 1.677, 3.530, 6.472 max_d=6.472 avg_d=1.677 std_dev=1.853
OP2 B 0, -0.227, 1.656, 3.539, 7.038 max_d=7.038 avg_d=1.656 std_dev=1.883
OP1 A 0, -0.248, 1.639, 3.525, 7.883 max_d=7.883 avg_d=1.639 std_dev=1.887
OP1 B 0, -0.189, 1.946, 4.081, 8.047 max_d=8.047 avg_d=1.946 std_dev=2.135

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.16 0.00 0.21 0.23 0.29 0.20
C2 0.04 0.00 0.10 0.06 0.01 0.04 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.19 0.07 0.32 0.39 0.43 0.36
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.13 0.11 0.03 0.09 0.06 0.16 0.01 0.04 0.02 0.39 0.48 0.52 0.45
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.07 0.10 0.11 0.03 0.01 0.01 0.31 0.57 0.45 0.40
C4 0.02 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.03 0.43 0.57 0.57 0.42
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.03 0.05 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.30 0.14 0.05
C5 0.02 0.02 0.09 0.11 0.01 0.08 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.06 0.07 0.46 0.55 0.57 0.37
C5' 0.06 0.12 0.13 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.14 0.15 0.21 0.11 0.08 0.12 0.01 0.01 0.30 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.11 0.01 0.08 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.06 0.09 0.41 0.43 0.48 0.30
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.12 0.02 0.33 0.34 0.39 0.29
N3 0.04 0.01 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.16 0.05 0.38 0.50 0.51 0.42
N4 0.02 0.02 0.06 0.10 0.01 0.05 0.02 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.13 0.07 0.04 0.46 0.65 0.63 0.46
O2 0.08 0.01 0.16 0.11 0.02 0.11 0.02 0.11 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.24 0.30 0.14 0.26 0.32 0.38 0.34
O2' 0.02 0.13 0.01 0.03 0.12 0.07 0.16 0.08 0.16 0.06 0.13 0.13 0.24 0.00 0.08 0.04 0.40 0.56 0.60 0.51
O3' 0.16 0.19 0.04 0.01 0.08 0.02 0.06 0.12 0.06 0.12 0.16 0.07 0.30 0.08 0.00 0.12 0.28 0.76 0.49 0.45
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.05 0.04 0.14 0.04 0.12 0.00 0.09 0.17 0.13 0.10
O5' 0.21 0.32 0.39 0.31 0.43 0.02 0.46 0.01 0.41 0.33 0.38 0.46 0.26 0.40 0.28 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.23 0.39 0.48 0.57 0.57 0.30 0.55 0.30 0.43 0.34 0.50 0.65 0.32 0.56 0.76 0.17 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.43 0.52 0.45 0.57 0.14 0.57 0.23 0.48 0.39 0.51 0.63 0.38 0.60 0.49 0.13 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.36 0.45 0.40 0.42 0.05 0.37 0.02 0.30 0.29 0.42 0.46 0.34 0.51 0.45 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.17 0.40 0.52 0.18 0.29 0.21 0.29 0.22 0.21 0.18 0.21 0.16 0.24 0.18 0.29 0.51 0.17 0.34 0.28 0.43 0.56 0.42
C2 0.16 0.12 0.45 0.50 0.11 0.22 0.13 0.20 0.16 0.12 0.11 0.19 0.13 0.15 0.12 0.36 0.51 0.15 0.24 0.23 0.30 0.31 0.25
C2' 0.19 0.19 0.24 0.41 0.17 0.25 0.22 0.32 0.23 0.24 0.16 0.30 0.18 0.28 0.19 0.34 0.40 0.22 0.39 0.34 0.46 0.62 0.47
C3' 0.20 0.18 0.23 0.39 0.19 0.28 0.26 0.36 0.29 0.28 0.18 0.29 0.18 0.34 0.21 0.39 0.38 0.23 0.43 0.42 0.54 0.71 0.54
C4 0.17 0.16 0.59 0.61 0.16 0.21 0.20 0.19 0.24 0.18 0.22 0.16 0.14 0.21 0.16 0.52 0.69 0.20 0.24 0.29 0.34 0.33 0.27
C4' 0.18 0.17 0.29 0.43 0.17 0.26 0.22 0.30 0.25 0.21 0.19 0.25 0.17 0.26 0.18 0.33 0.43 0.19 0.36 0.34 0.46 0.63 0.46
C5 0.17 0.14 0.59 0.66 0.15 0.26 0.17 0.25 0.18 0.18 0.16 0.20 0.14 0.19 0.16 0.46 0.73 0.16 0.32 0.22 0.42 0.50 0.38
C5' 0.31 0.26 0.31 0.41 0.25 0.31 0.24 0.33 0.23 0.26 0.19 0.36 0.29 0.27 0.27 0.48 0.50 0.33 0.38 0.31 0.44 0.64 0.45
C6 0.14 0.10 0.52 0.63 0.12 0.27 0.15 0.28 0.15 0.17 0.10 0.18 0.10 0.19 0.13 0.36 0.67 0.10 0.35 0.19 0.46 0.56 0.42
N1 0.14 0.10 0.46 0.55 0.11 0.25 0.14 0.25 0.14 0.14 0.09 0.17 0.11 0.17 0.13 0.32 0.57 0.11 0.30 0.19 0.39 0.48 0.36
N3 0.15 0.11 0.52 0.53 0.13 0.19 0.19 0.19 0.24 0.16 0.19 0.15 0.11 0.20 0.13 0.46 0.57 0.19 0.23 0.32 0.30 0.24 0.22
N4 0.22 0.23 0.66 0.63 0.23 0.21 0.27 0.20 0.31 0.25 0.29 0.23 0.21 0.28 0.22 0.65 0.74 0.28 0.24 0.36 0.33 0.27 0.24
O2 0.20 0.21 0.39 0.42 0.16 0.22 0.16 0.22 0.18 0.15 0.16 0.28 0.20 0.17 0.17 0.36 0.42 0.20 0.27 0.25 0.29 0.23 0.23
O2' 0.30 0.27 0.34 0.50 0.30 0.39 0.35 0.45 0.36 0.36 0.28 0.32 0.27 0.40 0.32 0.42 0.48 0.35 0.50 0.46 0.56 0.72 0.57
O3' 0.34 0.30 0.36 0.53 0.39 0.47 0.50 0.55 0.54 0.50 0.41 0.27 0.30 0.58 0.40 0.39 0.48 0.42 0.62 0.69 0.74 0.89 0.73
O4' 0.17 0.17 0.40 0.51 0.17 0.28 0.21 0.28 0.24 0.21 0.19 0.20 0.16 0.24 0.18 0.30 0.51 0.16 0.33 0.29 0.42 0.56 0.42
O5' 0.67 0.60 0.49 0.43 0.56 0.56 0.43 0.51 0.36 0.48 0.44 0.71 0.65 0.39 0.57 0.80 0.62 0.70 0.46 0.28 0.55 0.43 0.37
OP1 0.96 0.81 0.72 0.68 0.78 0.87 0.61 0.79 0.50 0.69 0.59 0.93 0.90 0.57 0.82 1.06 0.91 1.01 0.68 0.38 0.73 0.45 0.54
OP2 1.06 0.91 0.88 0.75 0.87 0.89 0.68 0.78 0.56 0.77 0.68 1.02 1.00 0.62 0.91 1.29 0.93 1.04 0.68 0.40 0.83 0.55 0.58
P 0.95 0.81 0.73 0.66 0.79 0.83 0.62 0.75 0.51 0.71 0.61 0.91 0.89 0.58 0.82 1.09 0.88 0.97 0.66 0.38 0.77 0.53 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.05 0.09 0.06 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.17 0.03 0.25 0.21 0.11
C2 0.06 0.00 0.35 0.35 0.01 0.10 0.02 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.33 0.14 0.21 0.03 0.31 0.22 0.18
C2' 0.01 0.35 0.00 0.01 0.17 0.01 0.06 0.12 0.13 0.20 0.25 0.45 0.35 0.13 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.10 0.56 0.52 0.37
C3' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.22 0.01 0.21 0.02 0.25 0.21 0.31 0.42 0.32 0.20 0.13 0.02 0.01 0.02 0.05 0.25 0.43 0.45 0.22
C4 0.03 0.01 0.17 0.22 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.08 0.24 0.02 0.26 0.14 0.16
C4' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.13 0.09 0.13 0.10 0.12 0.07 0.17 0.02 0.01 0.02 0.10 0.19 0.25 0.05
C5 0.02 0.02 0.06 0.21 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.04 0.30 0.01 0.27 0.20 0.22
C5' 0.06 0.14 0.12 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.18 0.22 0.16 0.14 0.13 0.23 0.14 0.06 0.11 0.02 0.01 0.20 0.12 0.14 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.25 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.15 0.18 0.07 0.29 0.01 0.29 0.26 0.24
C8 0.02 0.02 0.20 0.21 0.01 0.13 0.01 0.22 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.27 0.21 0.09 0.36 0.04 0.28 0.15 0.23
N1 0.05 0.01 0.25 0.31 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.17 0.27 0.12 0.24 0.03 0.30 0.26 0.21
N2 0.09 0.01 0.45 0.42 0.02 0.13 0.02 0.14 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.37 0.43 0.15 0.20 0.06 0.35 0.24 0.19
N3 0.06 0.01 0.35 0.32 0.01 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.25 0.29 0.14 0.19 0.02 0.29 0.16 0.15
N7 0.02 0.02 0.13 0.20 0.01 0.12 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.05 0.36 0.04 0.29 0.19 0.27
N9 0.01 0.02 0.02 0.13 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.25 0.02 0.24 0.12 0.13
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.11 0.17 0.16 0.06 0.15 0.27 0.17 0.37 0.25 0.26 0.11 0.00 0.04 0.13 0.19 0.17 0.54 0.59 0.34
O3' 0.14 0.33 0.02 0.01 0.14 0.02 0.13 0.11 0.18 0.21 0.27 0.43 0.29 0.19 0.07 0.04 0.00 0.10 0.16 0.19 0.41 0.63 0.29
O4' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.08 0.01 0.04 0.02 0.07 0.09 0.12 0.15 0.14 0.05 0.02 0.13 0.10 0.00 0.11 0.05 0.13 0.20 0.16
O5' 0.17 0.21 0.27 0.05 0.24 0.02 0.30 0.01 0.29 0.36 0.24 0.20 0.19 0.36 0.25 0.19 0.16 0.11 0.00 0.31 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.10 0.25 0.02 0.10 0.01 0.20 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.17 0.19 0.05 0.31 0.00 0.30 0.32 0.28
OP1 0.25 0.31 0.56 0.43 0.26 0.19 0.27 0.12 0.29 0.28 0.30 0.35 0.29 0.29 0.24 0.54 0.41 0.13 0.02 0.30 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.22 0.52 0.45 0.14 0.25 0.20 0.14 0.26 0.15 0.26 0.24 0.16 0.19 0.12 0.59 0.63 0.20 0.02 0.32 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.18 0.37 0.22 0.16 0.05 0.22 0.01 0.24 0.23 0.21 0.19 0.15 0.27 0.13 0.34 0.29 0.16 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00