ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54367

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 2, 3, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.014, 0.032, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.032 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.017, 0.042, 0.068, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.042 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.009, 0.039, 0.069, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.039 std_dev=0.030
N4 A 0, 0.044, 0.095, 0.147, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.095 std_dev=0.052
O2 A 0, 0.033, 0.088, 0.142, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.055
N3 B 0, 0.340, 0.567, 0.793, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.567 std_dev=0.226
C1' B 0, 0.369, 0.615, 0.861, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.615 std_dev=0.246
C2 B 0, 0.414, 0.683, 0.952, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.683 std_dev=0.269
N2 B 0, 0.209, 0.494, 0.779, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.494 std_dev=0.285
N9 B 0, 0.457, 0.795, 1.133, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.795 std_dev=0.338
C4 B 0, 0.482, 0.828, 1.174, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.828 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.535, 0.890, 1.245, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.890 std_dev=0.355
O2' B 0, 0.622, 0.997, 1.371, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.997 std_dev=0.374
C2' B 0, 0.614, 1.042, 1.469, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.042 std_dev=0.427
C4' A 0, 0.632, 1.133, 1.635, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.133 std_dev=0.501
N1 B 0, 0.622, 1.143, 1.664, 1.827 max_d=1.827 avg_d=1.143 std_dev=0.521
O4' A 0, 0.313, 0.868, 1.423, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.868 std_dev=0.555
C8 B 0, 0.613, 1.196, 1.779, 2.026 max_d=2.026 avg_d=1.196 std_dev=0.583
C5 B 0, 0.670, 1.301, 1.932, 2.148 max_d=2.148 avg_d=1.301 std_dev=0.631
C2' A 0, 0.430, 1.084, 1.738, 1.728 max_d=1.728 avg_d=1.084 std_dev=0.654
C4' B 0, 0.765, 1.426, 2.087, 2.440 max_d=2.440 avg_d=1.426 std_dev=0.661
C3' A 0, 0.554, 1.258, 1.961, 1.865 max_d=1.865 avg_d=1.258 std_dev=0.704
C3' B 0, 0.820, 1.525, 2.229, 2.736 max_d=2.736 avg_d=1.525 std_dev=0.705
C6 B 0, 0.765, 1.512, 2.259, 2.460 max_d=2.460 avg_d=1.512 std_dev=0.747
N7 B 0, 0.775, 1.545, 2.314, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.545 std_dev=0.770
O3' A 0, 0.525, 1.377, 2.229, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.377 std_dev=0.852
C5' A 0, 1.245, 2.207, 3.169, 3.015 max_d=3.015 avg_d=2.207 std_dev=0.962
O5' B 0, 0.692, 1.656, 2.620, 3.114 max_d=3.114 avg_d=1.656 std_dev=0.964
C5' B 0, 0.972, 1.953, 2.934, 3.812 max_d=3.812 avg_d=1.953 std_dev=0.981
O3' B 0, 1.101, 2.084, 3.066, 3.807 max_d=3.807 avg_d=2.084 std_dev=0.982
O6 B 0, 0.981, 1.988, 2.995, 3.205 max_d=3.205 avg_d=1.988 std_dev=1.007
O2' A 0, 0.672, 1.717, 2.763, 2.755 max_d=2.755 avg_d=1.717 std_dev=1.046
P B 0, 0.888, 1.973, 3.059, 3.566 max_d=3.566 avg_d=1.973 std_dev=1.085
P A 0, 2.064, 3.179, 4.293, 4.030 max_d=4.030 avg_d=3.179 std_dev=1.114
O5' A 0, 1.492, 2.690, 3.889, 3.674 max_d=3.674 avg_d=2.690 std_dev=1.199
OP1 A 0, 1.711, 2.929, 4.146, 4.618 max_d=4.618 avg_d=2.929 std_dev=1.217
OP2 A 0, 2.576, 3.963, 5.350, 5.110 max_d=5.110 avg_d=3.963 std_dev=1.387
OP1 B 0, 1.072, 2.476, 3.880, 4.813 max_d=4.813 avg_d=2.476 std_dev=1.404
OP2 B 0, 1.905, 3.824, 5.744, 6.067 max_d=6.067 avg_d=3.824 std_dev=1.919

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.10 0.01 0.12 0.42 0.46 0.31
C2 0.04 0.00 0.19 0.18 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.12 0.30 0.80 0.99 0.69
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.22 0.06 0.26 0.02 0.13 0.09 0.39 0.00 0.04 0.02 0.14 0.53 0.39 0.33
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.17 0.00 0.22 0.01 0.23 0.13 0.19 0.18 0.26 0.03 0.02 0.02 0.12 0.36 0.10 0.13
C4 0.02 0.01 0.07 0.17 0.00 0.10 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.16 0.02 0.44 0.83 1.11 0.82
C4' 0.02 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.05 0.11 0.09 0.18 0.04 0.01 0.01 0.18 0.11 0.08
C5 0.03 0.01 0.22 0.22 0.01 0.16 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.36 0.23 0.08 0.48 0.65 0.92 0.73
C5' 0.03 0.10 0.06 0.01 0.25 0.01 0.33 0.00 0.29 0.14 0.16 0.27 0.06 0.13 0.14 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.03 0.01 0.26 0.23 0.01 0.15 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.34 0.22 0.12 0.42 0.51 0.70 0.57
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.09 0.01 0.29 0.60 0.76 0.55
N3 0.03 0.01 0.13 0.19 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.15 0.09 0.38 0.89 1.14 0.81
N4 0.02 0.01 0.09 0.18 0.00 0.11 0.02 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.17 0.03 0.47 0.88 1.16 0.88
O2 0.08 0.01 0.39 0.26 0.01 0.09 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.41 0.26 0.19 0.24 0.83 0.97 0.66
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.25 0.18 0.36 0.13 0.34 0.12 0.18 0.28 0.41 0.00 0.12 0.13 0.11 0.44 0.39 0.27
O3' 0.10 0.15 0.04 0.02 0.16 0.04 0.23 0.14 0.22 0.09 0.15 0.17 0.26 0.12 0.00 0.06 0.22 0.28 0.19 0.17
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.02 0.12 0.01 0.09 0.03 0.19 0.13 0.06 0.00 0.08 0.22 0.28 0.16
O5' 0.12 0.30 0.14 0.12 0.44 0.01 0.48 0.01 0.42 0.29 0.38 0.47 0.24 0.11 0.22 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.42 0.80 0.53 0.36 0.83 0.18 0.65 0.04 0.51 0.60 0.89 0.88 0.83 0.44 0.28 0.22 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.99 0.39 0.10 1.11 0.11 0.92 0.03 0.70 0.76 1.14 1.16 0.97 0.39 0.19 0.28 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.31 0.69 0.33 0.13 0.82 0.08 0.73 0.02 0.57 0.55 0.81 0.88 0.66 0.27 0.17 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.21 0.36 0.37 0.20 0.20 0.20 0.22 0.20 0.23 0.22 0.24 0.20 0.22 0.22 0.33 0.45 0.24 0.32 0.21 1.12 0.84 0.61
C2 0.16 0.13 0.32 0.33 0.15 0.12 0.16 0.16 0.15 0.18 0.11 0.16 0.14 0.19 0.17 0.27 0.43 0.19 0.25 0.17 1.04 0.72 0.56
C2' 0.56 0.54 0.75 0.82 0.57 0.59 0.62 0.53 0.64 0.61 0.60 0.48 0.53 0.64 0.58 0.68 0.93 0.48 0.90 0.67 0.80 1.44 0.94
C3' 0.39 0.39 0.61 0.69 0.42 0.40 0.47 0.34 0.51 0.46 0.47 0.35 0.37 0.49 0.42 0.53 0.81 0.29 0.66 0.58 0.77 1.17 0.66
C4 0.16 0.19 0.31 0.31 0.20 0.11 0.24 0.16 0.27 0.22 0.24 0.17 0.17 0.25 0.19 0.25 0.40 0.20 0.19 0.31 1.02 0.60 0.54
C4' 0.37 0.19 0.38 0.38 0.27 0.33 0.23 0.40 0.20 0.33 0.19 0.20 0.25 0.28 0.33 0.34 0.43 0.44 0.11 0.25 1.29 0.53 0.48
C5 0.15 0.15 0.31 0.31 0.17 0.11 0.20 0.16 0.21 0.20 0.17 0.15 0.15 0.21 0.18 0.26 0.40 0.19 0.19 0.24 1.06 0.63 0.55
C5' 0.40 0.16 0.35 0.34 0.26 0.36 0.21 0.46 0.16 0.33 0.15 0.18 0.25 0.26 0.34 0.32 0.39 0.52 0.17 0.23 1.40 0.38 0.54
C6 0.16 0.14 0.32 0.33 0.15 0.12 0.16 0.16 0.15 0.18 0.12 0.17 0.15 0.18 0.16 0.27 0.41 0.18 0.22 0.16 1.09 0.69 0.56
N1 0.17 0.14 0.33 0.34 0.15 0.13 0.15 0.16 0.12 0.18 0.12 0.19 0.15 0.17 0.17 0.28 0.43 0.19 0.25 0.13 1.09 0.74 0.57
N3 0.15 0.17 0.31 0.32 0.19 0.12 0.23 0.16 0.26 0.22 0.24 0.15 0.16 0.24 0.19 0.25 0.41 0.19 0.21 0.29 1.00 0.64 0.54
N4 0.17 0.25 0.31 0.31 0.24 0.13 0.29 0.17 0.34 0.26 0.32 0.22 0.21 0.29 0.22 0.24 0.40 0.21 0.17 0.38 0.98 0.54 0.52
O2 0.18 0.14 0.33 0.35 0.15 0.15 0.15 0.17 0.11 0.18 0.09 0.20 0.15 0.18 0.18 0.28 0.44 0.20 0.28 0.12 1.03 0.77 0.56
O2' 0.83 0.74 0.96 1.03 0.83 0.86 0.87 0.82 0.87 0.89 0.80 0.65 0.76 0.90 0.85 0.89 1.11 0.78 1.23 0.90 0.81 1.83 1.23
O3' 0.49 0.49 0.71 0.80 0.53 0.51 0.59 0.46 0.62 0.58 0.57 0.44 0.48 0.61 0.53 0.60 0.92 0.36 0.82 0.70 0.52 1.33 0.68
O4' 0.40 0.21 0.34 0.31 0.30 0.39 0.23 0.48 0.13 0.34 0.12 0.21 0.29 0.28 0.36 0.34 0.31 0.50 0.15 0.10 1.44 0.49 0.63
O5' 0.18 0.19 0.37 0.39 0.15 0.12 0.18 0.17 0.25 0.19 0.26 0.22 0.14 0.19 0.17 0.29 0.53 0.25 0.16 0.32 1.17 0.57 0.49
OP1 0.76 0.85 1.15 1.23 0.83 0.79 0.88 0.68 0.92 0.84 0.91 0.83 0.81 0.87 0.80 1.03 1.44 0.56 1.00 0.96 0.52 1.27 0.77
OP2 0.90 0.96 1.25 1.32 0.92 0.96 0.93 0.85 0.95 0.90 0.98 0.97 0.93 0.90 0.90 1.18 1.52 0.74 1.12 0.93 0.68 1.37 0.98
P 0.48 0.61 0.84 0.90 0.55 0.51 0.59 0.39 0.66 0.54 0.68 0.62 0.55 0.58 0.52 0.75 1.10 0.30 0.67 0.70 0.78 0.96 0.61

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.18 0.03 0.65 0.36 0.40
C2 0.02 0.00 0.17 0.18 0.02 0.05 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.12 0.22 0.12 0.33 0.01 0.92 0.73 0.59
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.11 0.03 0.08 0.02 0.11 0.06 0.15 0.19 0.16 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.25 0.10 0.48 0.40 0.41
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.15 0.01 0.18 0.02 0.20 0.15 0.20 0.19 0.16 0.17 0.11 0.03 0.01 0.01 0.36 0.20 0.37 0.46 0.38
C4 0.02 0.02 0.11 0.15 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.16 0.07 0.39 0.02 0.83 0.80 0.60
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.04 0.08 0.05 0.11 0.05 0.10 0.02 0.01 0.03 0.04 0.32 0.11 0.15
C5 0.02 0.03 0.08 0.18 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.20 0.05 0.51 0.02 0.83 1.08 0.70
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.09 0.19 0.08 0.10 0.07 0.18 0.08 0.10 0.04 0.02 0.01 0.10 0.13 0.11 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.20 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.08 0.23 0.08 0.52 0.01 0.88 1.14 0.73
C8 0.01 0.03 0.06 0.15 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.16 0.05 0.55 0.02 0.66 1.05 0.67
N1 0.03 0.01 0.15 0.20 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.23 0.11 0.43 0.01 0.93 0.95 0.67
N2 0.03 0.01 0.19 0.19 0.03 0.08 0.03 0.10 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.15 0.23 0.13 0.27 0.02 0.94 0.62 0.56
N3 0.02 0.01 0.16 0.16 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.12 0.18 0.10 0.29 0.01 0.87 0.62 0.54
N7 0.00 0.04 0.05 0.17 0.01 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.20 0.02 0.60 0.02 0.72 1.25 0.74
N9 0.01 0.02 0.03 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.02 0.38 0.02 0.74 0.73 0.56
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.07 0.10 0.05 0.10 0.08 0.05 0.11 0.15 0.12 0.04 0.02 0.00 0.04 0.09 0.06 0.07 0.35 0.10 0.19
O3' 0.02 0.22 0.01 0.01 0.16 0.02 0.20 0.04 0.23 0.16 0.23 0.23 0.18 0.20 0.10 0.04 0.00 0.02 0.26 0.25 0.41 0.30 0.25
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.05 0.11 0.13 0.10 0.02 0.02 0.09 0.02 0.00 0.07 0.08 0.64 0.20 0.30
O5' 0.18 0.33 0.25 0.36 0.39 0.03 0.51 0.01 0.52 0.55 0.43 0.27 0.29 0.60 0.38 0.06 0.26 0.07 0.00 0.59 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.20 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.25 0.08 0.59 0.00 0.87 1.31 0.79
OP1 0.65 0.92 0.48 0.37 0.83 0.32 0.83 0.13 0.88 0.66 0.93 0.94 0.87 0.72 0.74 0.35 0.41 0.64 0.03 0.87 0.00 0.04 0.01
OP2 0.36 0.73 0.40 0.46 0.80 0.11 1.08 0.11 1.14 1.05 0.95 0.62 0.62 1.25 0.73 0.10 0.30 0.20 0.03 1.31 0.04 0.00 0.03
P 0.40 0.59 0.41 0.38 0.60 0.15 0.70 0.02 0.73 0.67 0.67 0.56 0.54 0.74 0.56 0.19 0.25 0.30 0.01 0.79 0.01 0.03 0.00