ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54368

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.004, 0.026, 0.047, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C6 A 0, 0.008, 0.038, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.030
N1 A 0, 0.008, 0.045, 0.081, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.009, 0.047, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.047 std_dev=0.037
C2 A 0, 0.009, 0.048, 0.086, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.048 std_dev=0.038
O2 A 0, 0.020, 0.090, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.090 std_dev=0.069
N4 A 0, 0.023, 0.105, 0.187, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.105 std_dev=0.082
O4' A 0, 0.061, 0.186, 0.310, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.186 std_dev=0.125
C2' A 0, 0.080, 0.236, 0.391, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.236 std_dev=0.155
C3' A 0, 0.141, 0.352, 0.563, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.352 std_dev=0.211
O2' A 0, 0.145, 0.403, 0.660, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.403 std_dev=0.257
N3 B 0, 0.276, 0.559, 0.842, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.559 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.337, 0.636, 0.935, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.636 std_dev=0.299
C4' A 0, 0.127, 0.433, 0.739, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.433 std_dev=0.306
C2 B 0, 0.313, 0.625, 0.937, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.625 std_dev=0.312
O3' A 0, 0.221, 0.559, 0.898, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.559 std_dev=0.339
N2 B 0, 0.348, 0.688, 1.029, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.688 std_dev=0.340
C4 B 0, 0.362, 0.714, 1.065, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.714 std_dev=0.351
N1 B 0, 0.380, 0.749, 1.118, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.749 std_dev=0.369
N9 B 0, 0.411, 0.807, 1.204, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.807 std_dev=0.397
C6 B 0, 0.469, 0.927, 1.385, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.927 std_dev=0.458
C5 B 0, 0.469, 0.928, 1.387, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.928 std_dev=0.459
C5' A 0, 0.178, 0.707, 1.236, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.707 std_dev=0.529
C8 B 0, 0.543, 1.075, 1.607, 1.533 max_d=1.533 avg_d=1.075 std_dev=0.532
O6 B 0, 0.563, 1.114, 1.665, 1.604 max_d=1.604 avg_d=1.114 std_dev=0.551
N7 B 0, 0.585, 1.163, 1.741, 1.643 max_d=1.643 avg_d=1.163 std_dev=0.578
OP2 A 0, 0.388, 1.156, 1.925, 1.927 max_d=1.927 avg_d=1.156 std_dev=0.769
O5' A 0, 0.339, 1.281, 2.223, 2.145 max_d=2.145 avg_d=1.281 std_dev=0.942
O4' B 0, 0.414, 1.360, 2.305, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.360 std_dev=0.945
P A 0, 0.369, 1.321, 2.272, 2.238 max_d=2.238 avg_d=1.321 std_dev=0.951
OP1 A 0, 0.474, 1.724, 2.975, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.724 std_dev=1.250
C2' B 0, 0.597, 2.094, 3.590, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.094 std_dev=1.497
O2' B 0, 0.684, 2.271, 3.858, 3.677 max_d=3.677 avg_d=2.271 std_dev=1.587
C4' B 0, 0.494, 2.270, 4.047, 3.943 max_d=3.943 avg_d=2.270 std_dev=1.776
C3' B 0, 0.604, 2.734, 4.863, 4.703 max_d=4.703 avg_d=2.734 std_dev=2.129
O3' B 0, 0.772, 3.620, 6.468, 6.286 max_d=6.286 avg_d=3.620 std_dev=2.848
C5' B 0, 0.697, 3.869, 7.041, 6.743 max_d=6.743 avg_d=3.869 std_dev=3.172
O5' B 0, 0.734, 4.210, 7.686, 7.308 max_d=7.308 avg_d=4.210 std_dev=3.476
P B 0, 0.939, 5.614, 10.288, 9.713 max_d=9.713 avg_d=5.614 std_dev=4.675
OP2 B 0, 0.993, 6.300, 11.607, 10.976 max_d=10.976 avg_d=6.300 std_dev=5.307
OP1 B 0, 1.218, 6.877, 12.537, 11.802 max_d=11.802 avg_d=6.877 std_dev=5.659

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.03 0.15
C2 0.05 0.00 0.09 0.07 0.02 0.02 0.03 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.10 0.10 0.01 0.37 0.33 0.21 0.28
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.07 0.03 0.16 0.00 0.00 0.00 0.28 0.31 0.05 0.22
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.05 0.06 0.14 0.01 0.00 0.01 0.38 0.39 0.03 0.28
C4 0.00 0.02 0.03 0.04 0.00 0.15 0.01 0.37 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.07 0.30 0.24 0.22 0.22
C4' 0.00 0.02 0.02 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.17 0.06 0.07 0.18 0.10 0.06 0.00 0.00 0.01 0.13 0.25 0.01
C5 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.20 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.08 0.09 0.25 0.20 0.18 0.19
C5' 0.06 0.16 0.03 0.01 0.37 0.01 0.41 0.00 0.33 0.18 0.26 0.42 0.08 0.05 0.05 0.01 0.01 0.23 0.44 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.08 0.02 0.17 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.08 0.26 0.22 0.13 0.21
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.31 0.28 0.14 0.24
N3 0.03 0.01 0.07 0.05 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.10 0.08 0.03 0.36 0.30 0.23 0.26
N4 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.18 0.02 0.42 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.08 0.27 0.20 0.22 0.18
O2 0.10 0.01 0.16 0.14 0.03 0.10 0.04 0.08 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.19 0.18 0.07 0.40 0.38 0.23 0.32
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.05 0.01 0.10 0.05 0.19 0.00 0.03 0.02 0.12 0.19 0.07 0.10
O3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.05 0.08 0.02 0.08 0.05 0.18 0.03 0.00 0.02 0.34 0.41 0.04 0.26
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.03 0.08 0.07 0.02 0.02 0.00 0.13 0.15 0.14 0.09
O5' 0.19 0.37 0.28 0.38 0.30 0.01 0.25 0.01 0.26 0.31 0.36 0.27 0.40 0.12 0.34 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.33 0.31 0.39 0.24 0.13 0.20 0.23 0.22 0.28 0.30 0.20 0.38 0.19 0.41 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.21 0.05 0.03 0.22 0.25 0.18 0.44 0.13 0.14 0.23 0.22 0.23 0.07 0.04 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.28 0.22 0.28 0.22 0.01 0.19 0.02 0.21 0.24 0.26 0.18 0.32 0.10 0.26 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.10 0.61 0.90 0.11 0.34 0.15 0.37 0.15 0.18 0.08 0.19 0.11 0.20 0.13 0.42 1.14 0.11 0.51 0.24 0.21 1.99 0.76
C2 0.11 0.14 0.48 0.88 0.09 0.42 0.08 0.57 0.09 0.09 0.07 0.23 0.14 0.11 0.09 0.23 1.08 0.07 0.76 0.18 0.46 2.30 1.09
C2' 0.15 0.12 0.54 0.81 0.16 0.38 0.20 0.41 0.20 0.24 0.11 0.17 0.12 0.26 0.18 0.37 1.00 0.11 0.53 0.27 0.17 2.02 0.77
C3' 0.14 0.13 0.51 0.86 0.14 0.44 0.18 0.56 0.18 0.21 0.11 0.20 0.13 0.23 0.15 0.30 1.07 0.11 0.72 0.26 0.35 2.32 1.04
C4 0.05 0.04 0.57 1.25 0.05 0.79 0.10 1.19 0.15 0.08 0.10 0.11 0.05 0.12 0.05 0.18 1.50 0.18 1.52 0.23 1.59 3.24 2.03
C4' 0.12 0.15 0.57 0.91 0.11 0.36 0.14 0.45 0.14 0.18 0.08 0.27 0.15 0.21 0.13 0.35 1.17 0.12 0.62 0.24 0.27 2.19 0.92
C5 0.05 0.03 0.64 1.29 0.05 0.76 0.10 1.12 0.14 0.10 0.09 0.10 0.05 0.13 0.06 0.25 1.58 0.13 1.43 0.23 1.48 3.16 1.93
C5' 0.28 0.33 0.46 0.88 0.24 0.35 0.15 0.51 0.12 0.17 0.22 0.46 0.33 0.14 0.23 0.23 1.16 0.28 0.72 0.13 0.50 2.37 1.10
C6 0.08 0.07 0.62 1.15 0.06 0.58 0.09 0.83 0.11 0.10 0.04 0.16 0.09 0.12 0.07 0.30 1.44 0.04 1.08 0.20 0.94 2.74 1.50
N1 0.10 0.11 0.56 0.97 0.08 0.44 0.09 0.58 0.10 0.11 0.05 0.20 0.11 0.13 0.09 0.31 1.22 0.07 0.78 0.18 0.48 2.35 1.11
N3 0.08 0.10 0.49 1.04 0.06 0.61 0.08 0.90 0.12 0.07 0.05 0.21 0.11 0.10 0.06 0.16 1.23 0.11 1.18 0.22 1.06 2.81 1.60
N4 0.02 0.08 0.60 1.42 0.08 1.02 0.14 1.56 0.19 0.10 0.17 0.04 0.04 0.14 0.06 0.12 1.67 0.34 1.94 0.26 2.23 3.71 2.55
O2 0.14 0.19 0.38 0.65 0.13 0.24 0.09 0.28 0.08 0.11 0.13 0.26 0.18 0.11 0.12 0.22 0.81 0.14 0.39 0.14 0.26 1.79 0.62
O2' 0.21 0.12 0.61 0.75 0.21 0.29 0.27 0.21 0.25 0.32 0.14 0.14 0.15 0.35 0.25 0.51 0.93 0.11 0.26 0.33 0.54 1.60 0.39
O3' 0.17 0.14 0.49 0.82 0.18 0.46 0.24 0.56 0.23 0.27 0.15 0.18 0.14 0.29 0.20 0.31 1.00 0.17 0.69 0.32 0.28 2.27 0.99
O4' 0.11 0.12 0.63 0.96 0.09 0.34 0.13 0.39 0.13 0.16 0.06 0.22 0.12 0.18 0.11 0.41 1.24 0.16 0.56 0.22 0.25 2.08 0.84
O5' 0.22 0.25 0.85 1.34 0.30 0.75 0.40 0.97 0.45 0.38 0.36 0.16 0.22 0.44 0.30 0.53 1.64 0.22 1.23 0.56 1.06 2.98 1.69
OP1 0.15 0.20 0.81 1.37 0.25 0.77 0.36 1.06 0.41 0.34 0.32 0.14 0.17 0.40 0.24 0.45 1.70 0.18 1.34 0.54 1.32 3.16 1.88
OP2 0.18 0.22 0.80 1.49 0.23 0.96 0.28 1.36 0.32 0.28 0.27 0.20 0.21 0.31 0.23 0.40 1.82 0.32 1.67 0.40 1.84 3.53 2.27
P 0.13 0.18 0.80 1.38 0.22 0.77 0.31 1.07 0.36 0.29 0.28 0.13 0.15 0.35 0.21 0.43 1.71 0.17 1.36 0.47 1.36 3.17 1.89

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.11 0.03 0.15 0.08 0.15
C2 0.02 0.00 0.48 1.05 0.01 0.71 0.01 0.99 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 1.14 0.23 1.26 0.02 1.04 2.35 1.49
C2' 0.00 0.48 0.00 0.01 0.23 0.01 0.08 0.02 0.18 0.29 0.36 0.59 0.48 0.17 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.12 0.07 0.30 0.24
C3' 0.01 1.05 0.01 0.00 0.44 0.00 0.15 0.01 0.36 0.60 0.77 1.35 1.02 0.40 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.23 0.12 0.46 0.22
C4 0.01 0.01 0.23 0.44 0.00 0.27 0.01 0.30 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.43 0.10 0.33 0.02 0.14 0.94 0.38
C4' 0.01 0.71 0.01 0.00 0.27 0.00 0.05 0.00 0.19 0.48 0.49 0.94 0.69 0.35 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.21 0.38 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.03 0.14 0.03 0.64 0.63 0.18
C5' 0.04 0.99 0.02 0.01 0.30 0.00 0.08 0.00 0.21 0.74 0.66 1.37 0.91 0.60 0.16 0.02 0.04 0.01 0.01 0.12 0.31 0.45 0.01
C6 0.02 0.01 0.18 0.36 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.08 0.40 0.07 0.24 0.00 0.40 1.21 0.33
C8 0.01 0.01 0.29 0.60 0.01 0.48 0.01 0.74 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.60 0.16 1.00 0.05 1.37 0.71 1.13
N1 0.02 0.01 0.36 0.77 0.02 0.49 0.01 0.66 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.85 0.17 0.83 0.01 0.52 2.03 1.05
N2 0.03 0.00 0.59 1.35 0.01 0.94 0.02 1.37 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 1.52 0.29 1.73 0.02 1.71 3.04 2.09
N3 0.02 0.01 0.48 1.02 0.00 0.69 0.01 0.91 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 1.03 0.24 1.12 0.02 0.87 1.83 1.23
N7 0.01 0.01 0.17 0.40 0.01 0.35 0.00 0.60 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.41 0.11 0.83 0.05 1.44 0.38 0.99
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.27 0.04 0.50 0.10 0.30
O2' 0.00 0.14 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05 0.02 0.08 0.04 0.12 0.17 0.13 0.02 0.02 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.08 0.38 0.19
O3' 0.02 1.14 0.01 0.01 0.43 0.01 0.16 0.04 0.40 0.60 0.85 1.52 1.03 0.41 0.06 0.05 0.00 0.02 0.12 0.27 0.31 0.67 0.23
O4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.16 0.17 0.29 0.24 0.11 0.02 0.04 0.02 0.00 0.05 0.05 0.12 0.09 0.13
O5' 0.11 1.26 0.04 0.05 0.33 0.01 0.14 0.01 0.24 1.00 0.83 1.73 1.12 0.83 0.27 0.02 0.12 0.05 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.03 0.02 0.12 0.23 0.02 0.11 0.03 0.12 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.07 0.27 0.05 0.14 0.00 0.73 1.01 0.20
OP1 0.15 1.04 0.07 0.12 0.14 0.21 0.64 0.31 0.40 1.37 0.52 1.71 0.87 1.44 0.50 0.08 0.31 0.12 0.01 0.73 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 2.35 0.30 0.46 0.94 0.38 0.63 0.45 1.21 0.71 2.03 3.04 1.83 0.38 0.10 0.38 0.67 0.09 0.01 1.01 0.01 0.00 0.01
P 0.15 1.49 0.24 0.22 0.38 0.07 0.18 0.01 0.33 1.13 1.05 2.09 1.23 0.99 0.30 0.19 0.23 0.13 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00