ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.033 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.017, 0.033, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.024, 0.042, 0.060, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.026, 0.046, 0.067, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.015, 0.038, 0.061, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.038 std_dev=0.023
N4 A 0, 0.047, 0.097, 0.146, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.097 std_dev=0.049
O2 A 0, 0.052, 0.104, 0.157, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.104 std_dev=0.053
N2 B 0, 0.392, 0.680, 0.969, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.680 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.370, 0.660, 0.950, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.660 std_dev=0.290
N1 B 0, 0.388, 0.702, 1.016, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.702 std_dev=0.314
O4' A 0, 0.017, 0.376, 0.734, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.376 std_dev=0.358
C2' A 0, 0.051, 0.443, 0.836, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.443 std_dev=0.392
N3 B 0, 0.355, 0.763, 1.170, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.763 std_dev=0.407
C6 B 0, 0.408, 0.859, 1.310, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.859 std_dev=0.451
C3' A 0, 0.158, 0.632, 1.105, 1.649 max_d=1.649 avg_d=0.632 std_dev=0.473
C4 B 0, 0.342, 0.844, 1.346, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.844 std_dev=0.502
C5 B 0, 0.369, 0.898, 1.426, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.898 std_dev=0.529
C4' A 0, 0.088, 0.621, 1.153, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.621 std_dev=0.532
O6 B 0, 0.465, 1.026, 1.588, 1.745 max_d=1.745 avg_d=1.026 std_dev=0.561
O3' A 0, 0.285, 0.883, 1.481, 2.125 max_d=2.125 avg_d=0.883 std_dev=0.598
N9 B 0, 0.339, 1.023, 1.706, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.023 std_dev=0.683
N7 B 0, 0.399, 1.098, 1.797, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.098 std_dev=0.699
O2' A 0, -0.086, 0.636, 1.357, 2.266 max_d=2.266 avg_d=0.636 std_dev=0.722
C8 B 0, 0.388, 1.141, 1.895, 2.024 max_d=2.024 avg_d=1.141 std_dev=0.753
C1' B 0, 0.358, 1.150, 1.941, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.150 std_dev=0.792
C5' A 0, 0.150, 1.007, 1.863, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.007 std_dev=0.856
O5' A 0, 0.276, 1.213, 2.149, 3.219 max_d=3.219 avg_d=1.213 std_dev=0.937
OP2 A 0, 0.633, 1.746, 2.859, 3.877 max_d=3.877 avg_d=1.746 std_dev=1.113
P A 0, 0.527, 1.655, 2.782, 3.809 max_d=3.809 avg_d=1.655 std_dev=1.127
O2' B 0, 1.652, 2.911, 4.170, 4.097 max_d=4.097 avg_d=2.911 std_dev=1.259
O4' B 0, 1.608, 2.904, 4.201, 4.184 max_d=4.184 avg_d=2.904 std_dev=1.296
C2' B 0, 1.761, 3.079, 4.396, 4.273 max_d=4.273 avg_d=3.079 std_dev=1.318
OP1 A 0, 0.730, 2.176, 3.623, 4.927 max_d=4.927 avg_d=2.176 std_dev=1.447
C4' B 0, 2.482, 4.310, 6.137, 5.685 max_d=5.685 avg_d=4.310 std_dev=1.828
C3' B 0, 2.696, 4.639, 6.582, 6.160 max_d=6.160 avg_d=4.639 std_dev=1.943
O3' B 0, 3.436, 5.861, 8.287, 7.562 max_d=7.562 avg_d=5.861 std_dev=2.425
C5' B 0, 3.908, 6.664, 9.420, 8.457 max_d=8.457 avg_d=6.664 std_dev=2.756
O5' B 0, 4.165, 7.130, 10.096, 9.212 max_d=9.212 avg_d=7.130 std_dev=2.965
P B 0, 5.502, 9.359, 13.216, 11.863 max_d=11.863 avg_d=9.359 std_dev=3.857
OP2 B 0, 6.164, 10.448, 14.733, 12.763 max_d=12.763 avg_d=10.448 std_dev=4.285
OP1 B 0, 6.445, 10.948, 15.451, 13.764 max_d=13.764 avg_d=10.948 std_dev=4.503

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.09 0.02 0.27 0.01 0.13 0.12 0.40 0.10
C2 0.05 0.00 0.18 0.23 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.28 0.09 0.23 0.15 0.47 0.24
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.06 0.02 0.14 0.10 0.17 0.04 0.13 0.07 0.34 0.00 0.03 0.02 0.35 0.47 0.65 0.41
C3' 0.03 0.23 0.00 0.00 0.27 0.00 0.27 0.03 0.24 0.18 0.26 0.28 0.26 0.02 0.01 0.01 0.29 0.38 0.39 0.23
C4 0.03 0.01 0.06 0.27 0.00 0.16 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.33 0.19 0.06 0.41 0.47 0.71 0.51
C4' 0.01 0.10 0.02 0.00 0.16 0.00 0.22 0.00 0.22 0.10 0.11 0.17 0.16 0.21 0.03 0.00 0.02 0.18 0.37 0.07
C5 0.02 0.01 0.14 0.27 0.01 0.22 0.00 0.33 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.18 0.14 0.46 0.54 0.72 0.56
C5' 0.02 0.13 0.10 0.03 0.26 0.00 0.33 0.00 0.30 0.14 0.17 0.29 0.17 0.11 0.15 0.01 0.00 0.17 0.30 0.01
C6 0.02 0.01 0.17 0.24 0.01 0.22 0.00 0.30 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.37 0.16 0.16 0.39 0.37 0.53 0.40
N1 0.02 0.01 0.04 0.18 0.02 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.18 0.02 0.23 0.14 0.43 0.22
N3 0.04 0.01 0.13 0.26 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.19 0.25 0.05 0.32 0.30 0.59 0.38
N4 0.04 0.01 0.07 0.28 0.00 0.17 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.37 0.20 0.06 0.45 0.58 0.81 0.60
O2 0.09 0.00 0.34 0.26 0.02 0.16 0.01 0.17 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.19 0.40 0.19 0.17 0.09 0.43 0.17
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.33 0.21 0.41 0.11 0.37 0.19 0.19 0.37 0.19 0.00 0.05 0.14 0.15 0.36 0.76 0.36
O3' 0.27 0.28 0.03 0.01 0.19 0.03 0.18 0.15 0.16 0.18 0.25 0.20 0.40 0.05 0.00 0.16 0.26 0.32 0.27 0.16
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.00 0.14 0.01 0.16 0.02 0.05 0.06 0.19 0.14 0.16 0.00 0.12 0.10 0.45 0.20
O5' 0.13 0.23 0.35 0.29 0.41 0.02 0.46 0.00 0.39 0.23 0.32 0.45 0.17 0.15 0.26 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.15 0.47 0.38 0.47 0.18 0.54 0.17 0.37 0.14 0.30 0.58 0.09 0.36 0.32 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.47 0.65 0.39 0.71 0.37 0.72 0.30 0.53 0.43 0.59 0.81 0.43 0.76 0.27 0.45 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.24 0.41 0.23 0.51 0.07 0.56 0.01 0.40 0.22 0.38 0.60 0.17 0.36 0.16 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.19 0.18 0.33 0.31 0.18 0.25 0.19 0.42 0.20 0.19 0.19 0.19 0.17 0.20 0.18 0.38 0.40 0.26 0.59 0.21 0.85 0.84 0.82
C2 0.12 0.11 0.30 0.35 0.10 0.27 0.09 0.46 0.09 0.09 0.10 0.14 0.10 0.09 0.09 0.34 0.43 0.26 0.65 0.08 0.85 0.94 0.86
C2' 0.36 0.31 0.34 0.41 0.35 0.51 0.38 0.68 0.38 0.38 0.35 0.27 0.32 0.39 0.36 0.38 0.43 0.52 0.89 0.41 1.18 1.12 1.15
C3' 0.31 0.29 0.39 0.39 0.30 0.31 0.31 0.40 0.31 0.32 0.30 0.29 0.28 0.32 0.31 0.44 0.46 0.31 0.56 0.33 0.75 0.89 0.78
C4 0.15 0.11 0.32 0.49 0.10 0.43 0.08 0.66 0.09 0.09 0.09 0.13 0.12 0.08 0.11 0.29 0.57 0.40 0.85 0.10 1.04 1.20 1.06
C4' 0.35 0.27 0.48 0.42 0.33 0.18 0.32 0.19 0.29 0.37 0.26 0.25 0.30 0.35 0.35 0.53 0.50 0.19 0.29 0.28 0.44 0.68 0.48
C5 0.14 0.09 0.33 0.49 0.08 0.43 0.06 0.67 0.06 0.07 0.06 0.11 0.10 0.05 0.09 0.31 0.59 0.39 0.83 0.08 1.03 1.17 1.04
C5' 0.36 0.26 0.50 0.46 0.32 0.21 0.31 0.23 0.27 0.37 0.24 0.24 0.29 0.35 0.36 0.54 0.54 0.19 0.31 0.27 0.38 0.76 0.48
C6 0.11 0.07 0.31 0.43 0.06 0.36 0.06 0.59 0.07 0.05 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.32 0.53 0.33 0.75 0.10 0.95 1.05 0.96
N1 0.11 0.10 0.30 0.36 0.09 0.29 0.10 0.50 0.11 0.09 0.11 0.12 0.09 0.10 0.09 0.34 0.45 0.27 0.67 0.12 0.88 0.95 0.88
N3 0.11 0.07 0.30 0.41 0.07 0.34 0.06 0.55 0.07 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.31 0.49 0.32 0.76 0.09 0.93 1.08 0.96
N4 0.22 0.18 0.33 0.55 0.17 0.51 0.14 0.76 0.14 0.15 0.14 0.21 0.19 0.13 0.18 0.27 0.63 0.49 0.96 0.15 1.16 1.34 1.17
O2 0.20 0.19 0.32 0.29 0.18 0.21 0.16 0.35 0.15 0.16 0.19 0.20 0.18 0.15 0.17 0.39 0.37 0.23 0.54 0.12 0.77 0.80 0.77
O2' 0.28 0.16 0.22 0.29 0.24 0.47 0.28 0.68 0.26 0.31 0.20 0.14 0.18 0.32 0.27 0.27 0.29 0.50 0.94 0.31 1.37 1.17 1.26
O3' 0.60 0.49 0.69 0.66 0.58 0.48 0.60 0.41 0.56 0.65 0.50 0.43 0.53 0.64 0.61 0.71 0.71 0.49 0.40 0.57 0.42 0.76 0.49
O4' 0.34 0.30 0.50 0.43 0.34 0.18 0.34 0.24 0.32 0.37 0.30 0.28 0.32 0.36 0.35 0.54 0.52 0.17 0.34 0.31 0.54 0.69 0.54
O5' 0.31 0.29 0.46 0.47 0.30 0.32 0.29 0.42 0.28 0.31 0.28 0.30 0.29 0.30 0.30 0.51 0.58 0.26 0.50 0.26 0.59 0.90 0.68
OP1 0.20 0.16 0.35 0.41 0.19 0.24 0.21 0.37 0.18 0.26 0.15 0.22 0.17 0.26 0.21 0.39 0.51 0.16 0.46 0.20 0.50 0.92 0.64
OP2 0.50 0.53 0.48 0.61 0.48 0.66 0.44 0.82 0.44 0.44 0.48 0.60 0.53 0.43 0.47 0.49 0.66 0.64 0.94 0.42 1.07 1.25 1.13
P 0.21 0.25 0.30 0.41 0.20 0.38 0.18 0.55 0.18 0.18 0.22 0.31 0.23 0.18 0.19 0.34 0.51 0.34 0.65 0.18 0.77 1.00 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.14 0.06 0.17
C2 0.04 0.00 0.25 0.31 0.01 0.22 0.02 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.25 0.35 0.22 0.55 0.01 0.63 0.70 0.68
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.14 0.01 0.09 0.02 0.13 0.12 0.20 0.29 0.24 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.24 0.12 0.26 0.22 0.30
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.16 0.01 0.14 0.01 0.17 0.23 0.25 0.40 0.30 0.20 0.10 0.01 0.01 0.02 0.29 0.17 0.31 0.39 0.35
C4 0.02 0.01 0.14 0.16 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.13 0.41 0.01 0.49 0.39 0.51
C4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.10 0.15 0.17 0.29 0.21 0.12 0.07 0.06 0.04 0.01 0.01 0.10 0.08 0.13 0.05
C5 0.02 0.02 0.09 0.14 0.00 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.16 0.09 0.47 0.01 0.66 0.51 0.66
C5' 0.04 0.37 0.02 0.01 0.22 0.01 0.22 0.00 0.25 0.26 0.32 0.47 0.33 0.25 0.16 0.05 0.02 0.02 0.01 0.25 0.19 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.17 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.20 0.13 0.51 0.00 0.75 0.62 0.73
C8 0.03 0.01 0.12 0.23 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.24 0.12 0.48 0.02 0.57 0.50 0.62
N1 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.17 0.02 0.32 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.20 0.29 0.18 0.54 0.01 0.70 0.69 0.72
N2 0.06 0.01 0.29 0.40 0.01 0.29 0.02 0.47 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.29 0.46 0.27 0.64 0.02 0.71 0.86 0.76
N3 0.05 0.00 0.24 0.30 0.01 0.21 0.01 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.31 0.21 0.49 0.00 0.51 0.54 0.56
N7 0.03 0.02 0.08 0.20 0.01 0.12 0.01 0.25 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.22 0.09 0.52 0.02 0.74 0.60 0.75
N9 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.08 0.02 0.33 0.01 0.36 0.24 0.40
O2' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.13 0.06 0.10 0.05 0.14 0.09 0.20 0.29 0.23 0.07 0.05 0.00 0.05 0.08 0.13 0.12 0.10 0.18 0.13
O3' 0.03 0.35 0.01 0.01 0.16 0.04 0.16 0.02 0.20 0.24 0.29 0.46 0.31 0.22 0.08 0.05 0.00 0.04 0.28 0.21 0.34 0.50 0.35
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.13 0.01 0.09 0.02 0.13 0.12 0.18 0.27 0.21 0.09 0.02 0.08 0.04 0.00 0.14 0.11 0.16 0.27 0.19
O5' 0.13 0.55 0.24 0.29 0.41 0.01 0.47 0.01 0.51 0.48 0.54 0.64 0.49 0.52 0.33 0.13 0.28 0.14 0.00 0.54 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.12 0.17 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.21 0.11 0.54 0.00 0.86 0.70 0.81
OP1 0.14 0.63 0.26 0.31 0.49 0.08 0.66 0.19 0.75 0.57 0.70 0.71 0.51 0.74 0.36 0.10 0.34 0.16 0.02 0.86 0.00 0.02 0.01
OP2 0.06 0.70 0.22 0.39 0.39 0.13 0.51 0.14 0.62 0.50 0.69 0.86 0.54 0.60 0.24 0.18 0.50 0.27 0.02 0.70 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.68 0.30 0.35 0.51 0.05 0.66 0.01 0.73 0.62 0.72 0.76 0.56 0.75 0.40 0.13 0.35 0.19 0.00 0.81 0.01 0.01 0.00