ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.006, 0.026, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.035 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.018, 0.044, 0.070, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.014, 0.043, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.021, 0.077, 0.133, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.077 std_dev=0.056
O2 A 0, 0.028, 0.093, 0.157, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.093 std_dev=0.065
O4' A 0, -0.123, 0.263, 0.648, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.263 std_dev=0.385
C2' A 0, -0.134, 0.273, 0.681, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.273 std_dev=0.408
N1 B 0, 0.174, 0.647, 1.119, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.647 std_dev=0.473
C2 B 0, 0.160, 0.670, 1.181, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.670 std_dev=0.511
C4 B 0, 0.089, 0.620, 1.152, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.620 std_dev=0.532
C5 B 0, 0.125, 0.669, 1.213, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.669 std_dev=0.544
C4' A 0, 0.010, 0.586, 1.161, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.586 std_dev=0.575
O2' A 0, -0.190, 0.387, 0.964, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.387 std_dev=0.577
C8 B 0, 0.077, 0.667, 1.257, 1.813 max_d=1.813 avg_d=0.667 std_dev=0.590
N9 B 0, 0.053, 0.653, 1.253, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.653 std_dev=0.600
C6 B 0, 0.150, 0.752, 1.353, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.752 std_dev=0.602
C3' A 0, -0.028, 0.581, 1.191, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.581 std_dev=0.609
N2 B 0, 0.174, 0.795, 1.416, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.795 std_dev=0.621
N3 B 0, 0.090, 0.717, 1.343, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.717 std_dev=0.627
N7 B 0, 0.089, 0.760, 1.431, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.760 std_dev=0.671
C5' A 0, 0.392, 1.139, 1.886, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.139 std_dev=0.747
OP2 A 0, 0.141, 0.895, 1.650, 2.421 max_d=2.421 avg_d=0.895 std_dev=0.754
C1' B 0, -0.051, 0.805, 1.660, 2.329 max_d=2.329 avg_d=0.805 std_dev=0.855
O5' A 0, 0.067, 0.927, 1.786, 2.674 max_d=2.674 avg_d=0.927 std_dev=0.859
O6 B 0, 0.052, 0.939, 1.825, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.939 std_dev=0.886
P A 0, 0.025, 0.949, 1.873, 2.916 max_d=2.916 avg_d=0.949 std_dev=0.924
O3' A 0, 0.214, 1.146, 2.078, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.146 std_dev=0.932
C2' B 0, -0.023, 0.970, 1.962, 2.865 max_d=2.865 avg_d=0.970 std_dev=0.993
O4' B 0, -0.076, 0.990, 2.055, 3.102 max_d=3.102 avg_d=0.990 std_dev=1.065
C3' B 0, 0.078, 1.184, 2.290, 3.140 max_d=3.140 avg_d=1.184 std_dev=1.106
O5' B 0, 0.371, 1.600, 2.830, 3.346 max_d=3.346 avg_d=1.600 std_dev=1.230
C4' B 0, 0.093, 1.333, 2.573, 3.631 max_d=3.631 avg_d=1.333 std_dev=1.240
C5' B 0, 0.391, 1.638, 2.886, 3.735 max_d=3.735 avg_d=1.638 std_dev=1.247
P B 0, 0.084, 1.386, 2.689, 3.659 max_d=3.659 avg_d=1.386 std_dev=1.302
O2' B 0, -0.167, 1.142, 2.450, 3.830 max_d=3.830 avg_d=1.142 std_dev=1.308
OP1 A 0, 0.237, 1.679, 3.121, 4.511 max_d=4.511 avg_d=1.679 std_dev=1.442
O3' B 0, 0.057, 1.527, 2.997, 4.339 max_d=4.339 avg_d=1.527 std_dev=1.470
OP2 B 0, -0.250, 1.279, 2.808, 4.203 max_d=4.203 avg_d=1.279 std_dev=1.529
OP1 B 0, -0.147, 1.660, 3.466, 5.661 max_d=5.661 avg_d=1.660 std_dev=1.806

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.15 0.04 0.01 0.03 0.03 0.11 0.01 0.29 0.00 0.19 0.43 0.17 0.12
C2 0.05 0.00 0.19 0.26 0.02 0.09 0.03 0.25 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.12 0.33 0.07 0.21 0.27 0.41 0.22
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.09 0.04 0.14 0.24 0.17 0.03 0.16 0.11 0.35 0.01 0.03 0.02 0.30 0.64 0.36 0.33
C3' 0.04 0.26 0.01 0.00 0.28 0.01 0.26 0.04 0.21 0.16 0.29 0.32 0.33 0.03 0.02 0.03 0.11 0.62 0.32 0.23
C4 0.03 0.02 0.09 0.28 0.00 0.15 0.01 0.38 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.24 0.21 0.06 0.27 0.36 0.58 0.37
C4' 0.01 0.09 0.04 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.17 0.09 0.11 0.17 0.12 0.22 0.08 0.01 0.04 0.43 0.17 0.08
C5 0.04 0.03 0.14 0.26 0.01 0.19 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.28 0.14 0.07 0.26 0.34 0.54 0.36
C5' 0.15 0.25 0.24 0.04 0.38 0.01 0.43 0.00 0.39 0.27 0.31 0.41 0.20 0.20 0.16 0.04 0.01 0.31 0.21 0.04
C6 0.04 0.02 0.17 0.21 0.03 0.17 0.01 0.39 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.25 0.10 0.09 0.20 0.23 0.38 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.02 0.09 0.01 0.27 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.15 0.20 0.02 0.19 0.26 0.31 0.16
N3 0.03 0.01 0.16 0.29 0.01 0.11 0.01 0.31 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.31 0.06 0.23 0.30 0.51 0.30
N4 0.03 0.02 0.11 0.32 0.01 0.17 0.04 0.41 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.25 0.24 0.07 0.32 0.45 0.66 0.44
O2 0.11 0.01 0.35 0.33 0.03 0.12 0.04 0.20 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.18 0.49 0.11 0.22 0.31 0.39 0.22
O2' 0.01 0.12 0.01 0.03 0.24 0.22 0.28 0.20 0.25 0.15 0.18 0.25 0.18 0.00 0.08 0.15 0.29 0.66 0.42 0.31
O3' 0.29 0.33 0.03 0.02 0.21 0.08 0.14 0.16 0.10 0.20 0.31 0.24 0.49 0.08 0.00 0.26 0.31 0.71 0.42 0.32
O4' 0.00 0.07 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.04 0.09 0.02 0.06 0.07 0.11 0.15 0.26 0.00 0.22 0.38 0.24 0.16
O5' 0.19 0.21 0.30 0.11 0.27 0.04 0.26 0.01 0.20 0.19 0.23 0.32 0.22 0.29 0.31 0.22 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.43 0.27 0.64 0.62 0.36 0.43 0.34 0.31 0.23 0.26 0.30 0.45 0.31 0.66 0.71 0.38 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.41 0.36 0.32 0.58 0.17 0.54 0.21 0.38 0.31 0.51 0.66 0.39 0.42 0.42 0.24 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.22 0.33 0.23 0.37 0.08 0.36 0.04 0.23 0.16 0.30 0.44 0.22 0.31 0.32 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.19 0.23 0.31 0.15 0.19 0.16 0.38 0.18 0.16 0.18 0.24 0.17 0.18 0.15 0.18 0.49 0.27 0.33 0.26 0.74 0.72 0.27
C2 0.11 0.11 0.26 0.32 0.13 0.16 0.19 0.30 0.23 0.18 0.17 0.16 0.10 0.21 0.14 0.24 0.48 0.19 0.25 0.29 0.53 0.75 0.23
C2' 0.30 0.29 0.63 0.74 0.29 0.45 0.30 0.52 0.32 0.29 0.31 0.31 0.28 0.29 0.29 0.57 0.97 0.23 0.53 0.36 0.42 1.15 0.55
C3' 0.25 0.29 0.51 0.60 0.27 0.35 0.30 0.49 0.33 0.30 0.32 0.33 0.26 0.32 0.27 0.46 0.85 0.30 0.58 0.37 0.85 0.87 0.52
C4 0.23 0.23 0.33 0.36 0.24 0.26 0.28 0.32 0.31 0.26 0.29 0.20 0.21 0.28 0.24 0.34 0.48 0.26 0.31 0.35 0.39 0.72 0.27
C4' 0.37 0.30 0.13 0.18 0.31 0.33 0.27 0.50 0.24 0.33 0.25 0.33 0.33 0.30 0.34 0.13 0.38 0.54 0.54 0.27 1.13 0.43 0.45
C5 0.25 0.26 0.30 0.33 0.26 0.26 0.28 0.35 0.31 0.27 0.29 0.25 0.25 0.28 0.25 0.32 0.45 0.31 0.28 0.35 0.50 0.65 0.21
C5' 0.46 0.38 0.10 0.11 0.36 0.42 0.28 0.58 0.22 0.37 0.28 0.45 0.42 0.31 0.40 0.16 0.27 0.66 0.56 0.21 1.24 0.21 0.49
C6 0.22 0.23 0.26 0.30 0.22 0.23 0.24 0.36 0.26 0.23 0.24 0.24 0.22 0.25 0.22 0.26 0.44 0.32 0.25 0.32 0.61 0.64 0.17
N1 0.16 0.16 0.24 0.30 0.16 0.18 0.19 0.34 0.21 0.19 0.18 0.19 0.16 0.21 0.17 0.21 0.46 0.26 0.24 0.28 0.63 0.69 0.19
N3 0.16 0.15 0.32 0.36 0.18 0.21 0.24 0.29 0.29 0.21 0.24 0.13 0.13 0.25 0.18 0.31 0.50 0.19 0.30 0.34 0.40 0.76 0.29
N4 0.29 0.28 0.39 0.40 0.29 0.32 0.31 0.34 0.34 0.30 0.32 0.25 0.26 0.31 0.29 0.41 0.50 0.29 0.38 0.37 0.26 0.74 0.34
O2 0.06 0.12 0.25 0.32 0.09 0.12 0.16 0.29 0.19 0.16 0.10 0.23 0.09 0.21 0.10 0.21 0.50 0.15 0.24 0.28 0.56 0.80 0.25
O2' 0.28 0.23 0.56 0.70 0.25 0.46 0.26 0.55 0.25 0.27 0.23 0.25 0.24 0.26 0.26 0.49 0.92 0.23 0.56 0.27 0.35 1.31 0.63
O3' 0.70 0.65 0.71 0.79 0.70 0.74 0.74 0.90 0.74 0.77 0.69 0.63 0.66 0.79 0.72 0.66 0.95 0.78 1.05 0.75 1.35 1.05 0.98
O4' 0.45 0.40 0.15 0.15 0.38 0.43 0.30 0.60 0.24 0.36 0.30 0.44 0.43 0.30 0.40 0.21 0.20 0.61 0.52 0.22 1.14 0.38 0.44
O5' 0.35 0.23 0.28 0.28 0.29 0.28 0.28 0.36 0.26 0.33 0.23 0.18 0.28 0.31 0.33 0.33 0.52 0.52 0.43 0.29 1.04 0.32 0.34
OP1 0.36 0.23 0.32 0.32 0.36 0.34 0.43 0.47 0.42 0.49 0.31 0.11 0.27 0.51 0.40 0.34 0.56 0.56 0.48 0.48 1.20 0.17 0.43
OP2 0.33 0.37 0.66 0.69 0.35 0.40 0.39 0.43 0.43 0.35 0.42 0.39 0.34 0.38 0.34 0.64 0.92 0.27 0.36 0.50 0.53 0.74 0.28
P 0.15 0.11 0.32 0.37 0.14 0.16 0.20 0.33 0.24 0.21 0.19 0.11 0.09 0.24 0.16 0.30 0.61 0.33 0.33 0.32 0.94 0.40 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.24 0.04 0.28 0.42 0.21
C2 0.04 0.00 0.28 0.31 0.03 0.11 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.24 0.41 0.06 0.33 0.03 0.45 0.71 0.34
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05 0.02 0.10 0.12 0.21 0.34 0.28 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.07 0.20 0.38 0.07
C3' 0.02 0.31 0.01 0.00 0.17 0.01 0.13 0.02 0.17 0.18 0.25 0.37 0.29 0.14 0.07 0.02 0.02 0.03 0.21 0.14 0.20 0.44 0.14
C4 0.02 0.03 0.13 0.17 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.04 0.31 0.02 0.41 0.75 0.34
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.15 0.10 0.14 0.11 0.15 0.08 0.09 0.02 0.01 0.03 0.13 0.20 0.29 0.06
C5 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.11 0.00 0.31 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.04 0.36 0.03 0.45 0.95 0.41
C5' 0.07 0.21 0.02 0.02 0.24 0.01 0.31 0.00 0.31 0.32 0.26 0.19 0.19 0.35 0.22 0.10 0.09 0.02 0.01 0.35 0.21 0.29 0.02
C6 0.03 0.02 0.10 0.17 0.01 0.11 0.01 0.31 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.10 0.23 0.05 0.37 0.01 0.51 0.97 0.43
C8 0.02 0.02 0.12 0.18 0.01 0.15 0.02 0.32 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.06 0.34 0.06 0.34 0.95 0.42
N1 0.04 0.01 0.21 0.25 0.02 0.10 0.02 0.26 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.19 0.35 0.06 0.35 0.03 0.49 0.86 0.39
N2 0.05 0.01 0.34 0.37 0.03 0.14 0.03 0.19 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.31 0.51 0.07 0.32 0.04 0.45 0.63 0.31
N3 0.04 0.01 0.28 0.29 0.01 0.11 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.23 0.37 0.06 0.31 0.01 0.40 0.63 0.30
N7 0.01 0.03 0.07 0.14 0.01 0.15 0.01 0.35 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.15 0.04 0.39 0.06 0.41 1.07 0.46
N9 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.22 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.28 0.04 0.35 0.71 0.32
O2' 0.03 0.24 0.01 0.02 0.10 0.09 0.06 0.10 0.10 0.09 0.19 0.31 0.23 0.06 0.02 0.00 0.03 0.07 0.12 0.08 0.21 0.24 0.07
O3' 0.01 0.41 0.01 0.02 0.21 0.02 0.16 0.09 0.23 0.18 0.35 0.51 0.37 0.15 0.07 0.03 0.00 0.01 0.40 0.20 0.26 0.48 0.30
O4' 0.00 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.00 0.36 0.07 0.29 0.34 0.25
O5' 0.24 0.33 0.07 0.21 0.31 0.03 0.36 0.01 0.37 0.34 0.35 0.32 0.31 0.39 0.28 0.12 0.40 0.36 0.00 0.41 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.03 0.07 0.14 0.02 0.13 0.03 0.35 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.04 0.08 0.20 0.07 0.41 0.00 0.57 1.05 0.46
OP1 0.28 0.45 0.20 0.20 0.41 0.20 0.45 0.21 0.51 0.34 0.49 0.45 0.40 0.41 0.35 0.21 0.26 0.29 0.02 0.57 0.00 0.02 0.01
OP2 0.42 0.71 0.38 0.44 0.75 0.29 0.95 0.29 0.97 0.95 0.86 0.63 0.63 1.07 0.71 0.24 0.48 0.34 0.03 1.05 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.34 0.07 0.14 0.34 0.06 0.41 0.02 0.43 0.42 0.39 0.31 0.30 0.46 0.32 0.07 0.30 0.25 0.01 0.46 0.01 0.01 0.00