ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 3, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 B 0, -0.125, 0.889, 1.903, 3.116 max_d=3.116 avg_d=0.889 std_dev=1.014
N4 B 0, -0.073, 1.158, 2.389, 3.822 max_d=3.822 avg_d=1.158 std_dev=1.231
C4 B 0, -0.068, 1.207, 2.481, 3.960 max_d=3.960 avg_d=1.207 std_dev=1.275
N3 A 0, -0.705, 0.605, 1.915, 3.534 max_d=3.534 avg_d=0.605 std_dev=1.310
N4 A 0, -0.714, 0.734, 2.182, 3.982 max_d=3.982 avg_d=0.734 std_dev=1.448
C4 A 0, -0.873, 0.740, 2.352, 4.347 max_d=4.347 avg_d=0.740 std_dev=1.613
C2 B 0, -0.540, 1.390, 3.321, 5.677 max_d=5.677 avg_d=1.390 std_dev=1.930
C5 B 0, -0.273, 1.945, 4.163, 6.783 max_d=6.783 avg_d=1.945 std_dev=2.218
C2 A 0, -1.224, 1.029, 3.283, 6.072 max_d=6.072 avg_d=1.029 std_dev=2.253
O2 B 0, -0.970, 1.454, 3.877, 6.866 max_d=6.866 avg_d=1.454 std_dev=2.424
N1 B 0, -0.590, 2.036, 4.661, 7.833 max_d=7.833 avg_d=2.036 std_dev=2.626
O2 A 0, -1.414, 1.241, 3.896, 7.181 max_d=7.181 avg_d=1.241 std_dev=2.655
C5 A 0, -1.452, 1.217, 3.887, 7.189 max_d=7.189 avg_d=1.217 std_dev=2.669
C6 B 0, -0.451, 2.267, 4.985, 8.231 max_d=8.231 avg_d=2.267 std_dev=2.718
N1 A 0, -1.683, 1.397, 4.477, 8.286 max_d=8.286 avg_d=1.397 std_dev=3.080
C6 A 0, -1.754, 1.470, 4.694, 8.684 max_d=8.684 avg_d=1.470 std_dev=3.224
C1' B 0, -0.979, 2.583, 6.145, 10.489 max_d=10.489 avg_d=2.583 std_dev=3.562
C2' B 0, -1.072, 2.747, 6.566, 11.214 max_d=11.214 avg_d=2.747 std_dev=3.819
C1' A 0, -2.222, 1.844, 5.911, 10.943 max_d=10.943 avg_d=1.844 std_dev=4.067
O4' B 0, -1.249, 3.011, 7.272, 12.474 max_d=12.474 avg_d=3.011 std_dev=4.261
C3' B 0, -1.310, 2.970, 7.251, 12.475 max_d=12.475 avg_d=2.970 std_dev=4.281
C2' A 0, -2.200, 2.232, 6.665, 12.150 max_d=12.150 avg_d=2.232 std_dev=4.432
O2' B 0, -1.293, 3.262, 7.816, 13.370 max_d=13.370 avg_d=3.262 std_dev=4.554
O4' A 0, -2.251, 2.394, 7.040, 12.776 max_d=12.776 avg_d=2.394 std_dev=4.645
O3' B 0, -1.595, 3.258, 8.111, 14.041 max_d=14.041 avg_d=3.258 std_dev=4.853
O5' B 0, -1.656, 3.240, 8.135, 14.125 max_d=14.125 avg_d=3.240 std_dev=4.895
C4' B 0, -1.579, 3.329, 8.237, 14.243 max_d=14.243 avg_d=3.329 std_dev=4.908
C3' A 0, -2.308, 2.746, 7.799, 14.041 max_d=14.041 avg_d=2.746 std_dev=5.053
O2' A 0, -2.605, 2.505, 7.616, 13.937 max_d=13.937 avg_d=2.505 std_dev=5.111
OP1 B 0, -1.631, 3.724, 9.079, 15.609 max_d=15.609 avg_d=3.724 std_dev=5.355
OP2 B 0, -1.659, 3.715, 9.090, 15.628 max_d=15.628 avg_d=3.715 std_dev=5.375
C5' B 0, -1.742, 3.646, 9.033, 15.614 max_d=15.614 avg_d=3.646 std_dev=5.388
O5' A 0, -2.437, 2.994, 8.424, 15.118 max_d=15.118 avg_d=2.994 std_dev=5.430
C4' A 0, -2.509, 2.932, 8.372, 15.099 max_d=15.099 avg_d=2.932 std_dev=5.440
P B 0, -1.855, 3.647, 9.149, 15.886 max_d=15.886 avg_d=3.647 std_dev=5.502
OP2 A 0, -2.634, 3.123, 8.880, 15.988 max_d=15.988 avg_d=3.123 std_dev=5.757
O3' A 0, -2.507, 3.273, 9.054, 16.192 max_d=16.192 avg_d=3.273 std_dev=5.780
C5' A 0, -2.496, 3.391, 9.278, 16.554 max_d=16.554 avg_d=3.391 std_dev=5.887
P A 0, -2.686, 3.393, 9.472, 16.976 max_d=16.976 avg_d=3.393 std_dev=6.079
OP1 A 0, -2.672, 3.665, 10.001, 17.818 max_d=17.818 avg_d=3.665 std_dev=6.337

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.10 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.07 0.03 0.07 0.05 0.14 0.07
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.03 0.07 0.06 0.12 0.01 0.03 0.01 0.10 0.09 0.12 0.06
C3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.09 0.01 0.10 0.02 0.09 0.05 0.08 0.10 0.10 0.03 0.01 0.01 0.13 0.09 0.10 0.05
C4 0.02 0.02 0.05 0.09 0.00 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.04 0.14 0.12 0.19 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.07 0.05 0.06 0.03 0.01 0.02 0.13 0.05 0.04
C5 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.11 0.05 0.15 0.14 0.18 0.15
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.06 0.08 0.12 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.15 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.05 0.12 0.11 0.13 0.11
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.07 0.12 0.07
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.08 0.09 0.04 0.11 0.08 0.16 0.10
N4 0.02 0.03 0.06 0.10 0.01 0.07 0.02 0.12 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.12 0.04 0.15 0.15 0.23 0.17
O2 0.05 0.01 0.12 0.10 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.14 0.11 0.05 0.05 0.06 0.13 0.06
O2' 0.03 0.08 0.01 0.03 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.03 0.08 0.05 0.14 0.00 0.06 0.05 0.06 0.10 0.12 0.06
O3' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.10 0.03 0.11 0.04 0.09 0.05 0.09 0.12 0.11 0.06 0.00 0.03 0.14 0.09 0.10 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.08 0.14 0.10 0.09
O5' 0.04 0.07 0.10 0.13 0.14 0.02 0.15 0.01 0.12 0.07 0.11 0.15 0.05 0.06 0.14 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.10 0.05 0.09 0.09 0.12 0.13 0.14 0.15 0.11 0.07 0.08 0.15 0.06 0.10 0.09 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.14 0.12 0.10 0.19 0.05 0.18 0.03 0.13 0.12 0.16 0.23 0.13 0.12 0.10 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.06 0.05 0.13 0.04 0.15 0.02 0.11 0.07 0.10 0.17 0.06 0.06 0.05 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.13 0.14 0.20 0.19 0.24 0.32 0.20 0.14 0.12 0.26 0.09 0.18 0.11 0.15 0.26 0.45 0.43 0.29
C2 0.14 0.11 0.13 0.13 0.19 0.18 0.22 0.30 0.19 0.14 0.12 0.25 0.08 0.18 0.11 0.15 0.27 0.48 0.47 0.33
C2' 0.11 0.07 0.11 0.13 0.17 0.18 0.22 0.32 0.19 0.12 0.08 0.21 0.08 0.16 0.12 0.14 0.28 0.50 0.47 0.34
C3' 0.08 0.04 0.08 0.10 0.16 0.13 0.21 0.28 0.17 0.10 0.07 0.22 0.06 0.15 0.09 0.11 0.30 0.54 0.49 0.36
C4 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.12 0.13 0.21 0.12 0.12 0.11 0.18 0.13 0.18 0.09 0.12 0.36 0.56 0.57 0.40
C4' 0.11 0.09 0.10 0.10 0.19 0.15 0.23 0.29 0.19 0.12 0.11 0.26 0.07 0.17 0.07 0.13 0.28 0.49 0.45 0.31
C5 0.13 0.12 0.13 0.10 0.14 0.12 0.14 0.20 0.12 0.12 0.12 0.20 0.16 0.21 0.10 0.13 0.36 0.55 0.56 0.39
C5' 0.13 0.12 0.12 0.12 0.23 0.16 0.26 0.29 0.21 0.15 0.16 0.30 0.10 0.20 0.09 0.15 0.26 0.47 0.45 0.29
C6 0.12 0.11 0.12 0.09 0.17 0.13 0.18 0.24 0.15 0.12 0.12 0.24 0.14 0.20 0.08 0.12 0.32 0.51 0.51 0.36
N1 0.12 0.10 0.12 0.11 0.19 0.16 0.21 0.28 0.18 0.13 0.12 0.25 0.10 0.18 0.09 0.13 0.28 0.48 0.47 0.32
N3 0.12 0.10 0.11 0.10 0.16 0.14 0.17 0.25 0.15 0.12 0.11 0.20 0.08 0.17 0.09 0.12 0.32 0.52 0.53 0.37
N4 0.16 0.15 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.19 0.13 0.15 0.14 0.14 0.17 0.20 0.14 0.16 0.39 0.58 0.61 0.43
O2 0.19 0.15 0.19 0.19 0.23 0.25 0.28 0.37 0.25 0.20 0.15 0.26 0.10 0.22 0.17 0.21 0.23 0.44 0.41 0.28
O2' 0.16 0.12 0.16 0.20 0.19 0.25 0.25 0.39 0.23 0.16 0.13 0.22 0.11 0.19 0.19 0.19 0.24 0.45 0.44 0.32
O3' 0.09 0.04 0.08 0.11 0.16 0.15 0.22 0.29 0.18 0.10 0.06 0.22 0.06 0.14 0.11 0.12 0.32 0.56 0.49 0.37
O4' 0.13 0.11 0.12 0.11 0.21 0.17 0.24 0.31 0.20 0.14 0.14 0.27 0.10 0.18 0.08 0.15 0.27 0.45 0.42 0.29
O5' 0.14 0.13 0.15 0.15 0.24 0.16 0.26 0.26 0.21 0.16 0.17 0.32 0.10 0.23 0.14 0.15 0.27 0.47 0.46 0.29
OP1 0.14 0.10 0.17 0.16 0.18 0.14 0.20 0.21 0.16 0.13 0.11 0.25 0.14 0.25 0.18 0.13 0.35 0.59 0.55 0.39
OP2 0.14 0.13 0.15 0.13 0.24 0.13 0.25 0.18 0.20 0.15 0.17 0.32 0.10 0.22 0.14 0.14 0.40 0.51 0.51 0.34
P 0.10 0.07 0.11 0.07 0.20 0.08 0.22 0.18 0.17 0.11 0.12 0.29 0.06 0.20 0.08 0.10 0.34 0.51 0.50 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.02 0.03 0.00 0.24 0.26 0.33 0.12
C2 0.03 0.00 0.04 0.09 0.02 0.05 0.02 0.13 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.03 0.36 0.42 0.48 0.31
C2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.07 0.01 0.02 0.01 0.19 0.25 0.52 0.18
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.09 0.01 0.07 0.03 0.05 0.05 0.10 0.10 0.10 0.02 0.01 0.03 0.24 0.28 0.59 0.27
C4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.10 0.01 0.23 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.06 0.10 0.02 0.43 0.58 0.58 0.47
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.05 0.08 0.12 0.05 0.08 0.04 0.01 0.02 0.21 0.37 0.05
C5 0.02 0.02 0.04 0.07 0.01 0.11 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.07 0.05 0.44 0.56 0.55 0.46
C5' 0.04 0.13 0.02 0.03 0.23 0.01 0.24 0.00 0.20 0.13 0.19 0.26 0.09 0.08 0.09 0.01 0.01 0.26 0.26 0.01
C6 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.41 0.44 0.42 0.35
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.35 0.36 0.40 0.25
N3 0.03 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.02 0.19 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.02 0.41 0.52 0.55 0.41
N4 0.02 0.02 0.04 0.10 0.01 0.12 0.02 0.26 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.11 0.03 0.45 0.67 0.66 0.54
O2 0.06 0.01 0.07 0.10 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.09 0.11 0.06 0.32 0.37 0.47 0.25
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.06 0.08 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.08 0.09 0.00 0.04 0.06 0.11 0.19 0.50 0.12
O3' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.10 0.04 0.07 0.09 0.05 0.05 0.11 0.11 0.11 0.04 0.00 0.04 0.30 0.32 0.68 0.34
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04 0.00 0.26 0.29 0.25 0.17
O5' 0.24 0.36 0.19 0.24 0.43 0.02 0.44 0.01 0.41 0.35 0.41 0.45 0.32 0.11 0.30 0.26 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.26 0.42 0.25 0.28 0.58 0.21 0.56 0.26 0.44 0.36 0.52 0.67 0.37 0.19 0.32 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.48 0.52 0.59 0.58 0.37 0.55 0.26 0.42 0.40 0.55 0.66 0.47 0.50 0.68 0.25 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.31 0.18 0.27 0.47 0.05 0.46 0.01 0.35 0.25 0.41 0.54 0.25 0.12 0.34 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00