ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54373

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.005, 0.026, 0.046, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.016, 0.037, 0.058, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.037 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.017, 0.054, 0.090, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.054 std_dev=0.037
O2 A 0, 0.040, 0.081, 0.122, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.081 std_dev=0.041
O2 B 0, 0.152, 0.319, 0.486, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.319 std_dev=0.167
C2 B 0, 0.160, 0.378, 0.595, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.378 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.278, 0.519, 0.760, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.519 std_dev=0.241
N1 B 0, 0.167, 0.494, 0.821, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.494 std_dev=0.327
C2' B 0, 0.309, 0.658, 1.007, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.658 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.213, 0.579, 0.944, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.579 std_dev=0.366
C4 B 0, 0.311, 0.684, 1.056, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.684 std_dev=0.372
N4 B 0, 0.424, 0.862, 1.300, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.862 std_dev=0.438
O4' B 0, 0.253, 0.718, 1.183, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.718 std_dev=0.465
C6 B 0, 0.175, 0.652, 1.130, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.652 std_dev=0.477
O2' B 0, 0.423, 0.901, 1.380, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.901 std_dev=0.479
C3' B 0, 0.214, 0.730, 1.245, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.730 std_dev=0.516
C5 B 0, 0.209, 0.728, 1.247, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.728 std_dev=0.519
C4' B 0, 0.175, 0.740, 1.304, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.740 std_dev=0.565
O3' B 0, 0.402, 0.983, 1.563, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.983 std_dev=0.581
O4' A 0, 0.178, 0.919, 1.661, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.919 std_dev=0.741
C2' A 0, 0.315, 1.088, 1.860, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.088 std_dev=0.772
C5' B 0, -0.075, 0.748, 1.571, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.748 std_dev=0.823
OP2 B 0, 0.885, 1.870, 2.856, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.870 std_dev=0.986
C4' A 0, 0.406, 1.408, 2.410, 3.192 max_d=3.192 avg_d=1.408 std_dev=1.002
C3' A 0, 0.427, 1.483, 2.539, 3.426 max_d=3.426 avg_d=1.483 std_dev=1.056
O5' B 0, 0.539, 1.602, 2.664, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.602 std_dev=1.063
O3' A 0, 0.747, 1.928, 3.110, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.928 std_dev=1.181
O2' A 0, 0.567, 1.753, 2.939, 3.715 max_d=3.715 avg_d=1.753 std_dev=1.186
P B 0, 0.606, 1.844, 3.081, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.844 std_dev=1.237
C5' A 0, 0.327, 2.230, 4.133, 6.114 max_d=6.114 avg_d=2.230 std_dev=1.903
OP1 B 0, 1.713, 3.710, 5.708, 6.052 max_d=6.052 avg_d=3.710 std_dev=1.998
O5' A 0, -0.117, 2.370, 4.856, 7.744 max_d=7.744 avg_d=2.370 std_dev=2.486
P A 0, -0.542, 2.957, 6.456, 10.619 max_d=10.619 avg_d=2.957 std_dev=3.499
OP2 A 0, -0.866, 2.989, 6.844, 11.504 max_d=11.504 avg_d=2.989 std_dev=3.855
OP1 A 0, -0.267, 3.667, 7.600, 12.164 max_d=12.164 avg_d=3.667 std_dev=3.933

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.26 0.01 0.35 0.33 0.33 0.33
C2 0.03 0.00 0.18 0.24 0.02 0.29 0.03 0.62 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.11 0.18 0.08 0.13 0.20 0.13
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.10 0.01 0.25 0.18 0.27 0.05 0.11 0.11 0.37 0.00 0.04 0.03 0.41 0.41 0.57 0.45
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.34 0.01 0.46 0.02 0.45 0.21 0.26 0.37 0.41 0.00 0.02 0.02 0.09 0.20 0.23 0.14
C4 0.04 0.02 0.10 0.34 0.00 0.12 0.01 0.17 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.34 0.18 0.04 0.66 0.70 0.81 0.76
C4' 0.01 0.29 0.01 0.01 0.12 0.00 0.30 0.01 0.34 0.08 0.23 0.13 0.54 0.25 0.06 0.01 0.03 0.13 0.15 0.04
C5 0.03 0.03 0.25 0.46 0.01 0.30 0.00 0.37 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.37 0.27 0.15 1.16 1.27 1.48 1.34
C5' 0.08 0.62 0.18 0.02 0.17 0.01 0.37 0.00 0.44 0.11 0.53 0.19 1.10 0.09 0.16 0.02 0.01 0.29 0.29 0.02
C6 0.02 0.02 0.27 0.45 0.02 0.34 0.01 0.44 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.31 0.21 0.20 1.17 1.21 1.36 1.28
N1 0.02 0.01 0.05 0.21 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.07 0.04 0.50 0.48 0.51 0.52
N3 0.03 0.01 0.11 0.26 0.01 0.23 0.03 0.53 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.25 0.05 0.14 0.16 0.15 0.19 0.18
N4 0.04 0.02 0.11 0.37 0.01 0.13 0.02 0.19 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.36 0.24 0.04 0.69 0.76 0.89 0.82
O2 0.06 0.01 0.37 0.41 0.02 0.54 0.03 1.10 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.11 0.28 0.30 0.66 0.77 0.93 0.76
O2' 0.03 0.17 0.00 0.00 0.34 0.25 0.37 0.09 0.31 0.18 0.25 0.36 0.11 0.00 0.04 0.17 0.32 0.34 0.67 0.41
O3' 0.26 0.11 0.04 0.02 0.18 0.06 0.27 0.16 0.21 0.07 0.05 0.24 0.28 0.04 0.00 0.20 0.16 0.27 0.26 0.19
O4' 0.01 0.18 0.03 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.20 0.04 0.14 0.04 0.30 0.17 0.20 0.00 0.32 0.34 0.19 0.27
O5' 0.35 0.08 0.41 0.09 0.66 0.03 1.16 0.01 1.17 0.50 0.16 0.69 0.66 0.32 0.16 0.32 0.00 0.03 0.05 0.01
OP1 0.33 0.13 0.41 0.20 0.70 0.13 1.27 0.29 1.21 0.48 0.15 0.76 0.77 0.34 0.27 0.34 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.33 0.20 0.57 0.23 0.81 0.15 1.48 0.29 1.36 0.51 0.19 0.89 0.93 0.67 0.26 0.19 0.05 0.03 0.00 0.00
P 0.33 0.13 0.45 0.14 0.76 0.04 1.34 0.02 1.28 0.52 0.18 0.82 0.76 0.41 0.19 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.21 0.21 0.09 0.16 0.12 0.23 0.10 0.07 0.05 0.14 0.12 0.26 0.25 0.09 0.84 1.53 0.62 0.84
C2 0.06 0.06 0.16 0.13 0.12 0.09 0.13 0.15 0.08 0.04 0.07 0.19 0.13 0.23 0.17 0.04 0.77 1.36 0.59 0.75
C2' 0.28 0.24 0.31 0.36 0.36 0.31 0.40 0.35 0.36 0.30 0.27 0.38 0.17 0.32 0.42 0.31 1.10 1.77 0.63 1.07
C3' 0.45 0.37 0.54 0.54 0.47 0.48 0.49 0.45 0.46 0.43 0.38 0.54 0.34 0.60 0.60 0.45 1.22 1.79 0.80 1.16
C4 0.08 0.04 0.18 0.17 0.17 0.11 0.17 0.14 0.12 0.07 0.12 0.21 0.08 0.26 0.21 0.07 0.66 1.09 0.40 0.60
C4' 0.48 0.48 0.48 0.50 0.70 0.49 0.71 0.48 0.63 0.53 0.56 0.80 0.37 0.50 0.52 0.50 1.21 1.66 1.12 1.17
C5 0.09 0.03 0.20 0.21 0.16 0.14 0.16 0.18 0.12 0.07 0.11 0.21 0.07 0.28 0.26 0.08 0.67 1.13 0.41 0.61
C5' 1.03 1.03 0.95 1.08 1.46 1.12 1.53 1.20 1.37 1.15 1.18 1.64 0.77 0.86 1.04 1.12 1.81 2.03 1.92 1.82
C6 0.08 0.04 0.20 0.21 0.14 0.14 0.15 0.19 0.11 0.06 0.09 0.20 0.08 0.27 0.25 0.07 0.74 1.27 0.49 0.69
N1 0.07 0.05 0.18 0.18 0.12 0.12 0.14 0.18 0.10 0.05 0.07 0.19 0.10 0.24 0.22 0.06 0.79 1.39 0.57 0.76
N3 0.06 0.04 0.15 0.12 0.17 0.08 0.16 0.13 0.10 0.05 0.10 0.22 0.11 0.22 0.16 0.04 0.72 1.22 0.51 0.67
N4 0.10 0.07 0.18 0.17 0.17 0.13 0.17 0.14 0.13 0.09 0.14 0.19 0.05 0.27 0.21 0.10 0.58 0.92 0.28 0.50
O2 0.10 0.12 0.18 0.13 0.09 0.10 0.10 0.17 0.08 0.09 0.11 0.16 0.17 0.22 0.17 0.08 0.77 1.43 0.69 0.78
O2' 0.22 0.22 0.39 0.54 0.29 0.38 0.35 0.48 0.31 0.24 0.24 0.33 0.26 0.28 0.67 0.23 0.89 1.65 0.83 0.93
O3' 0.19 0.09 0.44 0.49 0.19 0.34 0.13 0.38 0.07 0.09 0.14 0.36 0.17 0.50 0.62 0.16 0.97 1.66 0.70 0.95
O4' 0.28 0.30 0.32 0.31 0.41 0.28 0.40 0.25 0.35 0.31 0.35 0.46 0.26 0.36 0.35 0.27 0.91 1.43 0.86 0.88
O5' 0.53 0.49 0.47 0.61 1.11 0.66 1.23 0.81 1.00 0.68 0.69 1.38 0.21 0.48 0.58 0.67 1.52 1.81 1.69 1.59
OP1 0.81 0.73 0.69 0.95 1.49 1.05 1.73 1.32 1.45 1.00 0.95 1.78 0.34 0.62 0.89 1.04 2.02 2.31 2.43 2.22
OP2 0.94 0.88 0.79 1.09 1.77 1.21 2.01 1.50 1.68 1.18 1.14 2.11 0.42 0.66 0.99 1.19 2.18 2.39 2.61 2.38
P 0.70 0.65 0.61 0.86 1.42 0.93 1.62 1.18 1.33 0.90 0.88 1.73 0.28 0.54 0.80 0.91 1.86 2.12 2.24 2.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.39 0.54 0.10 0.32
C2 0.01 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.10 0.03 0.62 0.98 0.30 0.54
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.21 0.25 0.25 0.10
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.01 0.11 0.03 0.11 0.04 0.07 0.08 0.12 0.02 0.01 0.01 0.12 0.08 0.40 0.09
C4 0.03 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.08 0.86 1.47 0.65 0.85
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.04 0.06 0.10 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.16 0.34 0.05
C5 0.03 0.02 0.05 0.11 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.08 0.94 1.55 0.74 0.94
C5' 0.03 0.09 0.02 0.03 0.15 0.01 0.15 0.00 0.12 0.08 0.12 0.17 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.36 0.42 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.11 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.08 0.87 1.26 0.55 0.81
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.64 0.94 0.29 0.56
N3 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.10 0.05 0.73 1.23 0.47 0.68
N4 0.04 0.02 0.05 0.08 0.01 0.10 0.01 0.17 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.11 0.08 0.90 1.62 0.77 0.93
O2 0.03 0.00 0.13 0.12 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.15 0.15 0.04 0.49 0.78 0.19 0.41
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.09 0.06 0.15 0.00 0.06 0.03 0.03 0.09 0.34 0.11
O3' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.04 0.12 0.04 0.10 0.11 0.15 0.06 0.00 0.02 0.24 0.45 0.71 0.42
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.05 0.08 0.04 0.03 0.02 0.00 0.31 0.46 0.22 0.29
O5' 0.39 0.62 0.21 0.12 0.86 0.02 0.94 0.01 0.87 0.64 0.73 0.90 0.49 0.03 0.24 0.31 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.54 0.98 0.25 0.08 1.47 0.16 1.55 0.36 1.26 0.94 1.23 1.62 0.78 0.09 0.45 0.46 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.10 0.30 0.25 0.40 0.65 0.34 0.74 0.42 0.55 0.29 0.47 0.77 0.19 0.34 0.71 0.22 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.32 0.54 0.10 0.09 0.85 0.05 0.94 0.02 0.81 0.56 0.68 0.93 0.41 0.11 0.42 0.29 0.01 0.01 0.02 0.00