ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 2, 0, 4, 0, 3, 3, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.022, 0.033, 0.045, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.020, 0.032, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.023, 0.035, 0.048, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.021, 0.034, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.034 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.031 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.053, 0.085, 0.118, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.060, 0.099, 0.139, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.099 std_dev=0.040
O4' A 0, -0.073, 0.203, 0.479, 1.206 max_d=1.206 avg_d=0.203 std_dev=0.276
N1 B 0, 0.229, 0.523, 0.816, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.523 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.193, 0.489, 0.784, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.489 std_dev=0.295
N3 B 0, 0.296, 0.608, 0.921, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.608 std_dev=0.313
N6 B 0, 0.121, 0.440, 0.759, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.440 std_dev=0.319
C2' A 0, -0.083, 0.236, 0.555, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.236 std_dev=0.319
C4 B 0, 0.265, 0.586, 0.908, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.586 std_dev=0.322
C2 B 0, 0.263, 0.592, 0.921, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.592 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.201, 0.551, 0.901, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.551 std_dev=0.350
C3' A 0, -0.090, 0.283, 0.657, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.283 std_dev=0.374
C4' A 0, -0.023, 0.375, 0.773, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.375 std_dev=0.398
N9 B 0, 0.221, 0.628, 1.035, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.628 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.291, 0.726, 1.160, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.726 std_dev=0.434
O3' A 0, -0.005, 0.482, 0.968, 2.390 max_d=2.390 avg_d=0.482 std_dev=0.486
O2' B 0, 0.441, 0.943, 1.445, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.943 std_dev=0.502
N7 B 0, 0.110, 0.619, 1.128, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.619 std_dev=0.509
O2' A 0, -0.039, 0.482, 1.003, 2.349 max_d=2.349 avg_d=0.482 std_dev=0.521
C2' B 0, 0.293, 0.818, 1.343, 2.162 max_d=2.162 avg_d=0.818 std_dev=0.525
C8 B 0, 0.129, 0.667, 1.204, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.667 std_dev=0.538
O4' B 0, 0.206, 0.824, 1.442, 2.975 max_d=2.975 avg_d=0.824 std_dev=0.618
C5' A 0, -0.014, 0.617, 1.248, 2.546 max_d=2.546 avg_d=0.617 std_dev=0.631
C4' B 0, 0.183, 0.991, 1.798, 3.599 max_d=3.599 avg_d=0.991 std_dev=0.807
C3' B 0, 0.116, 0.925, 1.733, 3.258 max_d=3.258 avg_d=0.925 std_dev=0.809
O3' B 0, 0.107, 1.087, 2.066, 3.740 max_d=3.740 avg_d=1.087 std_dev=0.979
C5' B 0, 0.110, 1.162, 2.215, 4.595 max_d=4.595 avg_d=1.162 std_dev=1.053
O5' A 0, -0.334, 0.722, 1.778, 4.712 max_d=4.712 avg_d=0.722 std_dev=1.056
O5' B 0, 0.050, 1.287, 2.525, 4.722 max_d=4.722 avg_d=1.287 std_dev=1.238
OP1 A 0, -0.163, 1.212, 2.587, 6.587 max_d=6.587 avg_d=1.212 std_dev=1.375
P B 0, -0.241, 1.164, 2.569, 5.291 max_d=5.291 avg_d=1.164 std_dev=1.405
P A 0, -0.434, 0.999, 2.431, 6.806 max_d=6.806 avg_d=0.999 std_dev=1.432
OP1 B 0, 0.106, 1.545, 2.984, 5.412 max_d=5.412 avg_d=1.545 std_dev=1.439
OP2 A 0, -0.560, 1.124, 2.807, 8.096 max_d=8.096 avg_d=1.124 std_dev=1.683
OP2 B 0, -0.322, 1.388, 3.097, 7.336 max_d=7.336 avg_d=1.388 std_dev=1.710

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.18 0.01 0.24 0.52 0.15 0.23
C2 0.02 0.00 0.10 0.15 0.02 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.16 0.13 0.07 0.28 0.59 0.10 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.14 0.11 0.16 0.03 0.06 0.07 0.22 0.01 0.04 0.02 0.51 0.41 0.40 0.39
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.10 0.01 0.06 0.02 0.05 0.07 0.15 0.11 0.20 0.04 0.01 0.01 0.31 0.26 0.31 0.17
C4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.21 0.09 0.04 0.38 0.79 0.31 0.50
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.05 0.09 0.21 0.03 0.01 0.02 0.29 0.09 0.11
C5 0.02 0.02 0.14 0.06 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.23 0.07 0.06 0.46 0.89 0.47 0.62
C5' 0.05 0.09 0.11 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.18 0.10 0.11 0.16 0.10 0.11 0.10 0.02 0.01 0.14 0.26 0.03
C6 0.02 0.02 0.16 0.05 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.20 0.09 0.08 0.46 0.81 0.44 0.57
N1 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.11 0.11 0.02 0.33 0.63 0.21 0.36
N3 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.02 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.19 0.12 0.06 0.31 0.67 0.15 0.35
N4 0.03 0.03 0.07 0.11 0.01 0.05 0.02 0.16 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.24 0.09 0.04 0.38 0.83 0.34 0.53
O2 0.04 0.01 0.22 0.20 0.04 0.09 0.02 0.10 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.20 0.16 0.12 0.22 0.49 0.14 0.14
O2' 0.04 0.16 0.01 0.04 0.21 0.21 0.23 0.11 0.20 0.11 0.19 0.24 0.20 0.00 0.05 0.18 0.41 0.50 0.36 0.37
O3' 0.18 0.13 0.04 0.01 0.09 0.03 0.07 0.10 0.09 0.11 0.12 0.09 0.16 0.05 0.00 0.14 0.15 0.24 0.17 0.06
O4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.04 0.12 0.18 0.14 0.00 0.12 0.50 0.20 0.27
O5' 0.24 0.28 0.51 0.31 0.38 0.02 0.46 0.01 0.46 0.33 0.31 0.38 0.22 0.41 0.15 0.12 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.52 0.59 0.41 0.26 0.79 0.29 0.89 0.14 0.81 0.63 0.67 0.83 0.49 0.50 0.24 0.50 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.15 0.10 0.40 0.31 0.31 0.09 0.47 0.26 0.44 0.21 0.15 0.34 0.14 0.36 0.17 0.20 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.23 0.27 0.39 0.17 0.50 0.11 0.62 0.03 0.57 0.36 0.35 0.53 0.14 0.37 0.06 0.27 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.13 0.14 0.25 0.11 0.23 0.11 0.34 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.09 0.31 0.18 0.27 0.32 0.61 0.35
C2 0.09 0.15 0.14 0.23 0.10 0.19 0.09 0.28 0.11 0.10 0.15 0.13 0.11 0.10 0.10 0.09 0.30 0.14 0.25 0.34 0.66 0.39
C2' 0.10 0.12 0.15 0.26 0.07 0.20 0.09 0.31 0.08 0.12 0.11 0.09 0.11 0.13 0.09 0.09 0.34 0.14 0.29 0.41 0.71 0.43
C3' 0.15 0.11 0.17 0.30 0.12 0.27 0.14 0.38 0.12 0.17 0.11 0.11 0.15 0.18 0.14 0.11 0.36 0.21 0.32 0.34 0.64 0.36
C4 0.07 0.11 0.09 0.16 0.06 0.10 0.07 0.16 0.06 0.08 0.07 0.09 0.12 0.10 0.06 0.09 0.22 0.11 0.26 0.45 0.78 0.47
C4' 0.22 0.15 0.16 0.26 0.17 0.31 0.16 0.42 0.12 0.23 0.12 0.16 0.14 0.21 0.20 0.15 0.30 0.32 0.30 0.28 0.54 0.32
C5 0.09 0.09 0.09 0.16 0.07 0.11 0.08 0.17 0.07 0.10 0.05 0.09 0.12 0.11 0.08 0.10 0.21 0.14 0.25 0.44 0.76 0.45
C5' 0.26 0.21 0.17 0.20 0.19 0.31 0.16 0.38 0.12 0.24 0.16 0.22 0.11 0.20 0.23 0.22 0.22 0.37 0.27 0.36 0.62 0.40
C6 0.10 0.09 0.08 0.17 0.08 0.14 0.07 0.22 0.06 0.10 0.06 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.22 0.15 0.22 0.38 0.70 0.40
N1 0.10 0.12 0.11 0.21 0.09 0.18 0.09 0.28 0.09 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.08 0.27 0.16 0.24 0.34 0.66 0.38
N3 0.07 0.15 0.12 0.20 0.08 0.14 0.06 0.22 0.07 0.07 0.14 0.12 0.08 0.07 0.07 0.09 0.26 0.11 0.25 0.39 0.73 0.43
N4 0.08 0.11 0.11 0.17 0.07 0.09 0.11 0.14 0.12 0.12 0.08 0.09 0.19 0.15 0.08 0.11 0.22 0.10 0.33 0.53 0.84 0.53
O2 0.13 0.19 0.19 0.30 0.15 0.25 0.15 0.36 0.17 0.14 0.19 0.17 0.17 0.14 0.14 0.14 0.37 0.16 0.29 0.30 0.61 0.36
O2' 0.20 0.26 0.31 0.42 0.23 0.33 0.24 0.44 0.26 0.24 0.27 0.23 0.28 0.26 0.22 0.26 0.51 0.19 0.45 0.65 0.87 0.63
O3' 0.19 0.23 0.25 0.37 0.20 0.32 0.21 0.46 0.22 0.21 0.23 0.21 0.23 0.22 0.20 0.20 0.44 0.22 0.41 0.31 0.58 0.32
O4' 0.25 0.18 0.20 0.28 0.22 0.34 0.22 0.44 0.18 0.28 0.16 0.20 0.19 0.26 0.25 0.19 0.31 0.35 0.33 0.33 0.57 0.38
O5' 0.41 0.33 0.32 0.31 0.33 0.44 0.31 0.48 0.29 0.38 0.32 0.34 0.29 0.33 0.37 0.36 0.31 0.52 0.34 0.48 0.71 0.53
OP1 0.30 0.60 0.47 0.44 0.42 0.25 0.44 0.20 0.55 0.32 0.64 0.49 0.60 0.38 0.34 0.46 0.51 0.24 0.41 0.55 0.88 0.60
OP2 0.55 0.17 0.36 0.42 0.35 0.66 0.33 0.73 0.18 0.54 0.14 0.27 0.16 0.46 0.48 0.40 0.39 0.76 0.52 0.64 0.81 0.72
P 0.19 0.26 0.15 0.17 0.12 0.26 0.12 0.31 0.21 0.18 0.30 0.17 0.26 0.15 0.14 0.16 0.23 0.35 0.15 0.37 0.69 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.16 0.21 0.14
C2 0.04 0.00 0.14 0.20 0.01 0.11 0.02 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.10 0.24 0.03 0.23 0.33 0.58 0.34
C2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.07 0.07 0.11 0.14 0.07 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.16 0.35 0.27 0.11
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.13 0.01 0.13 0.02 0.16 0.11 0.19 0.18 0.16 0.12 0.07 0.02 0.01 0.01 0.21 0.42 0.25 0.17
C4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.08 0.01 0.14 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.14 0.02 0.21 0.25 0.49 0.30
C4' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.02 0.24 0.06 0.10
C5 0.02 0.02 0.05 0.13 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.15 0.03 0.24 0.29 0.58 0.37
C5' 0.03 0.16 0.02 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.19 0.17 0.18 0.14 0.21 0.19 0.11 0.04 0.04 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.16 0.02 0.11 0.01 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.19 0.04 0.25 0.34 0.65 0.41
C8 0.02 0.02 0.07 0.11 0.01 0.09 0.01 0.17 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.04 0.12 0.04 0.25 0.20 0.42 0.29
N1 0.03 0.01 0.11 0.19 0.02 0.11 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.23 0.04 0.24 0.35 0.65 0.39
N3 0.04 0.01 0.14 0.18 0.01 0.10 0.01 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.10 0.21 0.04 0.21 0.29 0.50 0.29
N6 0.04 0.02 0.07 0.16 0.02 0.12 0.02 0.21 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.20 0.05 0.27 0.39 0.71 0.45
N7 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.10 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.14 0.04 0.27 0.29 0.56 0.38
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.19 0.17 0.38 0.24
O2' 0.01 0.10 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.08 0.10 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.06 0.41 0.11 0.10
O3' 0.02 0.24 0.02 0.01 0.14 0.02 0.15 0.04 0.19 0.12 0.23 0.21 0.20 0.14 0.07 0.04 0.00 0.02 0.20 0.57 0.18 0.20
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.07 0.24 0.14 0.22
O5' 0.10 0.23 0.16 0.21 0.21 0.02 0.24 0.02 0.25 0.25 0.24 0.21 0.27 0.27 0.19 0.06 0.20 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.16 0.33 0.35 0.42 0.25 0.24 0.29 0.08 0.34 0.20 0.35 0.29 0.39 0.29 0.17 0.41 0.57 0.24 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.21 0.58 0.27 0.25 0.49 0.06 0.58 0.06 0.65 0.42 0.65 0.50 0.71 0.56 0.38 0.11 0.18 0.14 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.14 0.34 0.11 0.17 0.30 0.10 0.37 0.02 0.41 0.29 0.39 0.29 0.45 0.38 0.24 0.10 0.20 0.22 0.01 0.02 0.02 0.00