ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54376

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 1, 2, 1, 0, 3, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.018, 0.032, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.032 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.006, 0.029, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N1 B 0, 0.239, 0.410, 0.581, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.410 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.344, 0.550, 0.756, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.550 std_dev=0.206
C2 B 0, 0.283, 0.534, 0.785, 1.005 max_d=1.005 avg_d=0.534 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.356, 0.656, 0.957, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.656 std_dev=0.301
N6 B 0, 0.362, 0.669, 0.975, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.669 std_dev=0.306
C4 B 0, 0.339, 0.662, 0.985, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.662 std_dev=0.323
N3 B 0, 0.325, 0.663, 1.001, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.663 std_dev=0.338
N7 B 0, 0.484, 0.869, 1.255, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.869 std_dev=0.386
O4' A 0, -0.174, 0.242, 0.658, 1.658 max_d=1.658 avg_d=0.242 std_dev=0.416
C2' A 0, -0.161, 0.266, 0.694, 1.726 max_d=1.726 avg_d=0.266 std_dev=0.427
N9 B 0, 0.354, 0.791, 1.228, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.791 std_dev=0.437
C8 B 0, 0.388, 0.871, 1.354, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.871 std_dev=0.483
C1' B 0, 0.393, 0.917, 1.441, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.917 std_dev=0.524
O2' B 0, 0.489, 1.015, 1.540, 1.960 max_d=1.960 avg_d=1.015 std_dev=0.525
C2' B 0, 0.426, 0.963, 1.499, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.963 std_dev=0.537
C3' A 0, -0.278, 0.325, 0.927, 2.394 max_d=2.394 avg_d=0.325 std_dev=0.603
O2' A 0, -0.157, 0.448, 1.054, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.448 std_dev=0.606
C4' A 0, -0.330, 0.344, 1.018, 2.668 max_d=2.668 avg_d=0.344 std_dev=0.674
O3' A 0, -0.274, 0.416, 1.106, 2.780 max_d=2.780 avg_d=0.416 std_dev=0.690
C3' B 0, 0.440, 1.248, 2.057, 3.113 max_d=3.113 avg_d=1.248 std_dev=0.808
O4' B 0, 0.271, 1.181, 2.091, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.181 std_dev=0.910
C4' B 0, 0.362, 1.354, 2.347, 4.068 max_d=4.068 avg_d=1.354 std_dev=0.992
C5' A 0, -0.417, 0.596, 1.610, 4.077 max_d=4.077 avg_d=0.596 std_dev=1.013
O3' B 0, 0.395, 1.412, 2.430, 4.049 max_d=4.049 avg_d=1.412 std_dev=1.017
O5' A 0, -0.650, 0.825, 2.299, 5.868 max_d=5.868 avg_d=0.825 std_dev=1.475
O5' B 0, 0.081, 1.637, 3.193, 6.632 max_d=6.632 avg_d=1.637 std_dev=1.556
C5' B 0, 0.057, 1.635, 3.212, 6.628 max_d=6.628 avg_d=1.635 std_dev=1.577
P B 0, -0.030, 1.759, 3.548, 7.691 max_d=7.691 avg_d=1.759 std_dev=1.789
OP2 B 0, -0.154, 1.640, 3.435, 7.635 max_d=7.635 avg_d=1.640 std_dev=1.794
P A 0, -0.762, 1.162, 3.085, 7.758 max_d=7.758 avg_d=1.162 std_dev=1.923
OP1 A 0, -0.630, 1.315, 3.261, 7.924 max_d=7.924 avg_d=1.315 std_dev=1.945
OP1 B 0, -0.042, 1.963, 3.968, 8.605 max_d=8.605 avg_d=1.963 std_dev=2.005
OP2 A 0, -0.738, 1.584, 3.905, 9.486 max_d=9.486 avg_d=1.584 std_dev=2.321

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.20 0.00 0.16 0.21 0.31 0.17
C2 0.01 0.00 0.19 0.19 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.14 0.23 0.24 0.46 0.29
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.09 0.14 0.02 0.15 0.05 0.30 0.00 0.02 0.02 0.14 0.27 0.27 0.10
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.26 0.00 0.24 0.01 0.19 0.16 0.24 0.29 0.14 0.02 0.00 0.01 0.21 0.28 0.32 0.18
C4 0.02 0.00 0.04 0.26 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.10 0.04 0.52 0.40 0.94 0.65
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.19 0.01 0.20 0.07 0.04 0.12 0.14 0.20 0.03 0.00 0.01 0.14 0.21 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.24 0.00 0.19 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.09 0.70 0.52 1.18 0.84
C5' 0.03 0.08 0.09 0.01 0.21 0.01 0.31 0.00 0.30 0.12 0.11 0.23 0.15 0.10 0.11 0.01 0.01 0.18 0.08 0.01
C6 0.02 0.01 0.14 0.19 0.01 0.20 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.34 0.05 0.14 0.67 0.46 0.99 0.73
N1 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.05 0.02 0.37 0.27 0.58 0.40
N3 0.01 0.00 0.15 0.24 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.05 0.11 0.33 0.29 0.64 0.42
N4 0.02 0.01 0.05 0.29 0.00 0.12 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.23 0.13 0.04 0.55 0.44 1.04 0.70
O2 0.02 0.01 0.30 0.14 0.01 0.14 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.23 0.15 0.24 0.14 0.25 0.31 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.22 0.20 0.35 0.10 0.34 0.14 0.08 0.23 0.23 0.00 0.05 0.14 0.22 0.29 0.31 0.18
O3' 0.20 0.06 0.02 0.00 0.10 0.03 0.11 0.11 0.05 0.05 0.05 0.13 0.15 0.05 0.00 0.13 0.21 0.42 0.37 0.25
O4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.14 0.02 0.11 0.04 0.24 0.14 0.13 0.00 0.08 0.17 0.24 0.12
O5' 0.16 0.23 0.14 0.21 0.52 0.01 0.70 0.01 0.67 0.37 0.33 0.55 0.14 0.22 0.21 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.21 0.24 0.27 0.28 0.40 0.14 0.52 0.18 0.46 0.27 0.29 0.44 0.25 0.29 0.42 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.46 0.27 0.32 0.94 0.21 1.18 0.08 0.99 0.58 0.64 1.04 0.31 0.31 0.37 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.29 0.10 0.18 0.65 0.07 0.84 0.01 0.73 0.40 0.42 0.70 0.18 0.18 0.25 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.13 0.17 0.22 0.17 0.17 0.22 0.20 0.19 0.27 0.12 0.13 0.28 0.30 0.20 0.19 0.26 0.18 0.36 0.19 0.22 0.15
C2 0.16 0.13 0.16 0.21 0.15 0.13 0.19 0.20 0.19 0.21 0.13 0.13 0.31 0.25 0.16 0.19 0.25 0.10 0.38 0.17 0.23 0.17
C2' 0.21 0.18 0.29 0.39 0.23 0.35 0.31 0.39 0.29 0.36 0.22 0.17 0.38 0.40 0.26 0.22 0.43 0.29 0.50 0.36 0.36 0.35
C3' 0.18 0.23 0.27 0.39 0.23 0.33 0.30 0.39 0.31 0.33 0.28 0.20 0.39 0.38 0.24 0.19 0.43 0.26 0.52 0.38 0.40 0.37
C4 0.15 0.20 0.19 0.37 0.13 0.35 0.09 0.55 0.09 0.09 0.15 0.18 0.12 0.09 0.12 0.25 0.41 0.22 0.66 0.54 0.56 0.56
C4' 0.33 0.13 0.23 0.21 0.24 0.22 0.28 0.23 0.23 0.38 0.12 0.18 0.32 0.38 0.31 0.30 0.23 0.29 0.39 0.19 0.20 0.17
C5 0.15 0.20 0.20 0.39 0.13 0.36 0.09 0.58 0.09 0.09 0.15 0.19 0.12 0.10 0.11 0.26 0.44 0.21 0.68 0.57 0.59 0.58
C5' 0.33 0.10 0.22 0.23 0.23 0.21 0.27 0.25 0.22 0.37 0.09 0.17 0.31 0.38 0.31 0.32 0.28 0.28 0.44 0.22 0.27 0.21
C6 0.13 0.17 0.16 0.31 0.11 0.25 0.12 0.42 0.12 0.14 0.13 0.15 0.18 0.17 0.11 0.23 0.37 0.11 0.54 0.39 0.41 0.40
N1 0.16 0.14 0.15 0.23 0.14 0.16 0.18 0.25 0.17 0.21 0.13 0.13 0.25 0.24 0.16 0.20 0.28 0.09 0.41 0.21 0.25 0.21
N3 0.13 0.14 0.15 0.25 0.11 0.20 0.13 0.33 0.15 0.13 0.13 0.13 0.24 0.16 0.11 0.21 0.29 0.09 0.47 0.31 0.35 0.33
N4 0.22 0.27 0.27 0.49 0.20 0.51 0.13 0.76 0.10 0.14 0.20 0.26 0.04 0.10 0.19 0.31 0.52 0.37 0.86 0.76 0.77 0.79
O2 0.22 0.13 0.20 0.21 0.20 0.19 0.26 0.21 0.25 0.30 0.14 0.16 0.39 0.34 0.23 0.20 0.24 0.21 0.38 0.23 0.30 0.20
O2' 0.13 0.17 0.20 0.23 0.13 0.19 0.19 0.22 0.16 0.27 0.17 0.13 0.22 0.29 0.17 0.19 0.24 0.18 0.35 0.25 0.26 0.19
O3' 0.22 0.11 0.21 0.22 0.17 0.22 0.23 0.25 0.20 0.32 0.14 0.10 0.27 0.34 0.23 0.22 0.23 0.23 0.37 0.26 0.24 0.20
O4' 0.43 0.26 0.29 0.21 0.35 0.28 0.35 0.26 0.28 0.43 0.21 0.32 0.32 0.42 0.40 0.39 0.20 0.39 0.40 0.23 0.24 0.22
O5' 0.26 0.19 0.13 0.30 0.14 0.22 0.22 0.33 0.23 0.32 0.22 0.13 0.36 0.34 0.22 0.23 0.38 0.22 0.53 0.38 0.47 0.36
OP1 0.33 0.24 0.18 0.22 0.17 0.17 0.14 0.34 0.10 0.27 0.16 0.24 0.22 0.26 0.24 0.41 0.29 0.21 0.55 0.56 0.70 0.52
OP2 0.24 0.54 0.24 0.54 0.26 0.41 0.30 0.60 0.43 0.28 0.57 0.41 0.52 0.33 0.20 0.25 0.65 0.29 0.72 0.81 0.97 0.75
P 0.22 0.32 0.11 0.38 0.13 0.27 0.19 0.44 0.26 0.27 0.34 0.23 0.38 0.30 0.17 0.22 0.48 0.21 0.59 0.59 0.71 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.14 0.35 0.18
C2 0.03 0.00 0.10 0.42 0.00 0.46 0.00 0.72 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.41 0.33 0.82 0.74 0.76 0.79
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.08 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.10 0.38 0.12
C3' 0.02 0.42 0.00 0.00 0.18 0.00 0.10 0.01 0.17 0.29 0.31 0.42 0.14 0.22 0.08 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.39 0.18
C4 0.02 0.00 0.05 0.18 0.00 0.20 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.10 0.16 0.17 0.35 0.27 0.35 0.32
C4' 0.01 0.46 0.01 0.00 0.20 0.00 0.08 0.00 0.17 0.31 0.34 0.46 0.13 0.23 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.18 0.24 0.12
C5 0.02 0.00 0.03 0.10 0.00 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.11 0.06 0.33 0.17 0.37 0.19
C5' 0.03 0.72 0.02 0.01 0.27 0.00 0.16 0.00 0.26 0.53 0.52 0.67 0.21 0.43 0.13 0.05 0.04 0.01 0.01 0.20 0.11 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.17 0.01 0.17 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.17 0.14 0.39 0.22 0.30 0.26
C8 0.01 0.01 0.07 0.29 0.01 0.31 0.01 0.53 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.11 0.27 0.21 0.70 0.55 0.81 0.57
N1 0.02 0.00 0.08 0.31 0.00 0.34 0.00 0.52 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.31 0.25 0.62 0.51 0.53 0.56
N3 0.03 0.00 0.10 0.42 0.00 0.46 0.01 0.67 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.23 0.38 0.33 0.75 0.68 0.69 0.74
N6 0.03 0.01 0.05 0.14 0.02 0.13 0.02 0.21 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.15 0.10 0.39 0.23 0.35 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.22 0.01 0.23 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.23 0.13 0.62 0.54 0.79 0.55
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.26 0.09 0.40 0.14
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.10 0.05 0.03 0.05 0.08 0.11 0.17 0.23 0.05 0.08 0.01 0.00 0.07 0.04 0.07 0.17 0.32 0.13
O3' 0.02 0.41 0.02 0.01 0.16 0.02 0.11 0.04 0.17 0.27 0.31 0.38 0.15 0.23 0.07 0.07 0.00 0.03 0.23 0.35 0.43 0.25
O4' 0.00 0.33 0.01 0.02 0.17 0.00 0.06 0.01 0.14 0.21 0.25 0.33 0.10 0.13 0.01 0.04 0.03 0.00 0.14 0.27 0.40 0.30
O5' 0.11 0.82 0.13 0.17 0.35 0.01 0.33 0.01 0.39 0.70 0.62 0.75 0.39 0.62 0.26 0.07 0.23 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.74 0.10 0.23 0.27 0.18 0.17 0.20 0.22 0.55 0.51 0.68 0.23 0.54 0.09 0.17 0.35 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.35 0.76 0.38 0.39 0.35 0.24 0.37 0.11 0.30 0.81 0.53 0.69 0.35 0.79 0.40 0.32 0.43 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.79 0.12 0.18 0.32 0.12 0.19 0.01 0.26 0.57 0.56 0.74 0.25 0.55 0.14 0.13 0.25 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00