ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54377

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.014, 0.021, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.021 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.015, 0.023, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.028 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.030, 0.048, 0.067, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.048 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.035, 0.066, 0.096, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.066 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.049, 0.133, 0.217, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.133 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.029, 0.121, 0.213, 0.357 max_d=0.357 avg_d=0.121 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.029, 0.136, 0.243, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.136 std_dev=0.107
C4' A 0, 0.052, 0.196, 0.340, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.196 std_dev=0.144
C3' A 0, 0.041, 0.195, 0.350, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.195 std_dev=0.155
N6 B 0, 0.141, 0.367, 0.593, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.367 std_dev=0.226
O5' A 0, 0.117, 0.352, 0.587, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.352 std_dev=0.235
O3' A 0, 0.069, 0.309, 0.550, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.309 std_dev=0.241
C5' A 0, 0.092, 0.340, 0.589, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.340 std_dev=0.248
OP2 A 0, 0.260, 0.528, 0.795, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.528 std_dev=0.268
P A 0, 0.217, 0.503, 0.788, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.503 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.196, 0.523, 0.851, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.523 std_dev=0.327
OP1 A 0, 0.288, 0.641, 0.994, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.641 std_dev=0.353
N7 B 0, 0.123, 0.485, 0.846, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.485 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.185, 0.568, 0.952, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.568 std_dev=0.383
N1 B 0, 0.266, 0.662, 1.058, 1.528 max_d=1.528 avg_d=0.662 std_dev=0.396
C8 B 0, 0.149, 0.606, 1.064, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.606 std_dev=0.457
C4 B 0, 0.260, 0.753, 1.246, 1.878 max_d=1.878 avg_d=0.753 std_dev=0.493
C2 B 0, 0.337, 0.838, 1.338, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.838 std_dev=0.501
N9 B 0, 0.220, 0.753, 1.286, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.753 std_dev=0.533
N3 B 0, 0.346, 0.900, 1.455, 2.197 max_d=2.197 avg_d=0.900 std_dev=0.554
C1' B 0, 0.239, 0.874, 1.508, 2.333 max_d=2.333 avg_d=0.874 std_dev=0.634
O4' B 0, 0.214, 0.864, 1.515, 2.409 max_d=2.409 avg_d=0.864 std_dev=0.651
C2' B 0, 0.260, 0.954, 1.648, 2.484 max_d=2.484 avg_d=0.954 std_dev=0.694
O5' B 0, 0.144, 0.853, 1.563, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.853 std_dev=0.710
C5' B 0, 0.209, 0.921, 1.634, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.921 std_dev=0.713
C3' B 0, 0.257, 0.972, 1.687, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.972 std_dev=0.715
C4' B 0, 0.237, 0.963, 1.690, 2.603 max_d=2.603 avg_d=0.963 std_dev=0.726
OP2 B 0, 0.104, 0.864, 1.623, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.864 std_dev=0.759
O2' B 0, 0.295, 1.070, 1.844, 2.747 max_d=2.747 avg_d=1.070 std_dev=0.775
P B 0, 0.151, 0.931, 1.711, 2.840 max_d=2.840 avg_d=0.931 std_dev=0.780
O3' B 0, 0.331, 1.125, 1.919, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.125 std_dev=0.794
OP1 B 0, 0.223, 1.056, 1.889, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.056 std_dev=0.833

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.04 0.05 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.08 0.12 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.08 0.12 0.08
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.06 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.05 0.07 0.12 0.08
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.06 0.09 0.13 0.09
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.03 0.04 0.05 0.10 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.06 0.05
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.11 0.07 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.05
O5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.05 0.07 0.08 0.03 0.08 0.03 0.06 0.04 0.07 0.09 0.05 0.06 0.11 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.11 0.06 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.10 0.12 0.13 0.10 0.06 0.07 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.04 0.04 0.08 0.02 0.08 0.01 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07
C2 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.06 0.07 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.04 0.05 0.08 0.09 0.08 0.08
C2' 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07
C3' 0.09 0.10 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06
C4 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.13 0.07 0.06 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.12 0.13 0.09 0.11
C4' 0.08 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.06 0.07 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07
C5 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.13 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.13 0.10 0.12
C5' 0.08 0.09 0.08 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.06 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.06
C6 0.07 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.07 0.09 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.11 0.10 0.10
N1 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.06 0.08 0.07 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.08 0.09 0.08 0.08
N3 0.04 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.10 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05 0.09 0.10 0.08 0.09
N4 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.07 0.16 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.07 0.08 0.11 0.07 0.14 0.15 0.10 0.13
O2 0.06 0.08 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.04 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07
O2' 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09
O3' 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.06 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.14 0.10 0.09 0.07 0.07 0.09 0.06
O4' 0.07 0.09 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07
O5' 0.08 0.10 0.09 0.05 0.08 0.04 0.07 0.07 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06 0.07 0.11 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06
OP1 0.09 0.10 0.10 0.06 0.09 0.05 0.08 0.06 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.09 0.09 0.12 0.06 0.07 0.06 0.07 0.10 0.06
OP2 0.11 0.12 0.12 0.08 0.12 0.06 0.12 0.05 0.13 0.11 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.14 0.08 0.09 0.06 0.06 0.10 0.06
P 0.09 0.11 0.09 0.06 0.09 0.05 0.09 0.06 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.04
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.04
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05 0.09 0.03 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.04
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.04
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.05 0.04
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.10 0.03 0.05 0.05 0.09 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.04
C8 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.05 0.10 0.05 0.06
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
N3 0.02 0.00 0.07 0.09 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.04 0.07 0.05 0.04
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.04 0.07 0.06 0.05
N7 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.06 0.10 0.06 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.11 0.04 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.09 0.07 0.10 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.04
O5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.09 0.08 0.02 0.07 0.10 0.06 0.07 0.07 0.10 0.09 0.11 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00