ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54378

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.012, 0.039, 0.065, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N4 A 0, 0.018, 0.048, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.048 std_dev=0.030
C2 B 0, 0.334, 0.612, 0.891, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.612 std_dev=0.279
C6 B 0, 0.370, 0.677, 0.984, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.677 std_dev=0.307
N1 B 0, 0.133, 0.488, 0.843, 0.939 max_d=0.939 avg_d=0.488 std_dev=0.355
N6 B 0, 0.361, 0.734, 1.108, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.734 std_dev=0.373
O3' A 0, 0.440, 0.895, 1.349, 1.546 max_d=1.546 avg_d=0.895 std_dev=0.455
N3 B 0, 0.311, 0.867, 1.423, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.867 std_dev=0.556
O4' A 0, 0.255, 0.828, 1.402, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.828 std_dev=0.573
C3' A 0, 0.346, 0.948, 1.550, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.948 std_dev=0.602
C5 B 0, 0.261, 0.909, 1.556, 1.772 max_d=1.772 avg_d=0.909 std_dev=0.648
C4' A 0, 0.294, 0.946, 1.598, 1.939 max_d=1.939 avg_d=0.946 std_dev=0.652
C2' A 0, 0.306, 0.968, 1.630, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.968 std_dev=0.662
C4 B 0, 0.209, 0.991, 1.774, 2.054 max_d=2.054 avg_d=0.991 std_dev=0.782
N7 B 0, 0.136, 1.145, 2.154, 2.542 max_d=2.542 avg_d=1.145 std_dev=1.009
C5' A 0, 0.535, 1.677, 2.819, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.677 std_dev=1.142
O2' A 0, 0.532, 1.688, 2.843, 3.131 max_d=3.131 avg_d=1.688 std_dev=1.156
N9 B 0, 0.160, 1.342, 2.524, 2.995 max_d=2.995 avg_d=1.342 std_dev=1.182
C8 B 0, 0.074, 1.383, 2.691, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.383 std_dev=1.309
C1' B 0, 0.306, 1.703, 3.100, 3.636 max_d=3.636 avg_d=1.703 std_dev=1.397
C2' B 0, 0.420, 1.858, 3.296, 3.813 max_d=3.813 avg_d=1.858 std_dev=1.438
O2' B 0, 0.624, 2.134, 3.644, 4.117 max_d=4.117 avg_d=2.134 std_dev=1.510
C3' B 0, 0.448, 2.076, 3.704, 4.320 max_d=4.320 avg_d=2.076 std_dev=1.628
OP2 B 0, 0.331, 1.974, 3.616, 4.212 max_d=4.212 avg_d=1.974 std_dev=1.642
O4' B 0, 0.348, 1.992, 3.636, 4.257 max_d=4.257 avg_d=1.992 std_dev=1.644
O3' B 0, 0.697, 2.427, 4.156, 4.748 max_d=4.748 avg_d=2.427 std_dev=1.730
C4' B 0, 0.407, 2.188, 3.969, 4.632 max_d=4.632 avg_d=2.188 std_dev=1.781
O5' B 0, 0.284, 2.118, 3.953, 4.670 max_d=4.670 avg_d=2.118 std_dev=1.835
P B 0, 0.388, 2.233, 4.079, 4.763 max_d=4.763 avg_d=2.233 std_dev=1.846
C5' B 0, 0.337, 2.295, 4.253, 4.962 max_d=4.962 avg_d=2.295 std_dev=1.958
OP1 B 0, 0.705, 2.746, 4.786, 5.422 max_d=5.422 avg_d=2.746 std_dev=2.040
O5' A 0, 1.125, 3.296, 5.467, 5.966 max_d=5.966 avg_d=3.296 std_dev=2.171
OP1 A 0, 1.199, 3.424, 5.649, 6.190 max_d=6.190 avg_d=3.424 std_dev=2.225
P A 0, 1.269, 3.985, 6.701, 7.204 max_d=7.204 avg_d=3.985 std_dev=2.716
OP2 A 0, 1.452, 4.726, 8.000, 7.973 max_d=7.973 avg_d=4.726 std_dev=3.274

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.25 0.00 0.23 0.54 0.30 0.32
C2 0.01 0.00 0.16 0.09 0.02 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.18 0.24 0.15 0.20 0.72 0.34 0.41
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.04 0.02 0.16 0.19 0.21 0.02 0.11 0.04 0.31 0.00 0.04 0.02 0.30 0.43 0.26 0.26
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.12 0.00 0.11 0.02 0.09 0.07 0.11 0.13 0.10 0.02 0.01 0.02 0.36 0.33 0.38 0.24
C4 0.02 0.02 0.04 0.12 0.00 0.03 0.00 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.16 0.02 0.44 1.07 0.45 0.78
C4' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.06 0.04 0.13 0.16 0.05 0.01 0.02 0.21 0.18 0.06
C5 0.01 0.01 0.16 0.11 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.12 0.13 0.64 1.23 0.62 0.99
C5' 0.07 0.19 0.19 0.02 0.18 0.00 0.21 0.00 0.21 0.14 0.21 0.19 0.24 0.07 0.19 0.01 0.00 0.15 0.24 0.01
C6 0.01 0.00 0.21 0.09 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.12 0.17 0.64 1.12 0.56 0.90
N1 0.01 0.00 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.19 0.01 0.35 0.80 0.31 0.53
N3 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.06 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.22 0.11 0.27 0.86 0.37 0.54
N4 0.02 0.02 0.04 0.13 0.00 0.04 0.01 0.19 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.23 0.16 0.02 0.45 1.14 0.50 0.84
O2 0.02 0.00 0.31 0.10 0.02 0.13 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.45 0.32 0.27 0.17 0.53 0.47 0.26
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.21 0.16 0.38 0.07 0.38 0.12 0.13 0.23 0.45 0.00 0.06 0.08 0.31 0.34 0.44 0.25
O3' 0.25 0.24 0.04 0.01 0.16 0.05 0.12 0.19 0.12 0.19 0.22 0.16 0.32 0.06 0.00 0.18 0.29 0.29 0.51 0.27
O4' 0.00 0.15 0.02 0.02 0.02 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.11 0.02 0.27 0.08 0.18 0.00 0.12 0.52 0.21 0.24
O5' 0.23 0.20 0.30 0.36 0.44 0.02 0.64 0.00 0.64 0.35 0.27 0.45 0.17 0.31 0.29 0.12 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.54 0.72 0.43 0.33 1.07 0.21 1.23 0.15 1.12 0.80 0.86 1.14 0.53 0.34 0.29 0.52 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.34 0.26 0.38 0.45 0.18 0.62 0.24 0.56 0.31 0.37 0.50 0.47 0.44 0.51 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.41 0.26 0.24 0.78 0.06 0.99 0.01 0.90 0.53 0.54 0.84 0.26 0.25 0.27 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.36 0.26 0.26 0.28 0.31 0.21 0.31 0.22 0.18 0.29 0.35 0.21 0.15 0.26 0.27 0.25 0.35 0.35 0.18 0.27 0.22
C2 0.30 0.36 0.23 0.22 0.27 0.28 0.21 0.26 0.22 0.18 0.31 0.34 0.21 0.16 0.25 0.25 0.21 0.34 0.28 0.17 0.23 0.13
C2' 0.36 0.34 0.32 0.36 0.34 0.42 0.37 0.48 0.37 0.39 0.33 0.34 0.45 0.43 0.35 0.31 0.34 0.43 0.54 0.42 0.39 0.35
C3' 0.28 0.31 0.23 0.24 0.25 0.28 0.22 0.29 0.25 0.20 0.28 0.31 0.31 0.21 0.24 0.23 0.24 0.32 0.37 0.22 0.28 0.20
C4 0.26 0.34 0.18 0.15 0.24 0.21 0.21 0.19 0.22 0.19 0.28 0.31 0.28 0.20 0.22 0.20 0.14 0.28 0.25 0.36 0.27 0.17
C4' 0.46 0.37 0.38 0.38 0.35 0.46 0.24 0.44 0.17 0.31 0.26 0.42 0.10 0.22 0.38 0.39 0.37 0.51 0.43 0.38 0.46 0.46
C5 0.25 0.31 0.19 0.16 0.22 0.21 0.18 0.19 0.20 0.15 0.25 0.30 0.28 0.17 0.21 0.20 0.16 0.27 0.26 0.35 0.26 0.17
C5' 0.64 0.43 0.54 0.52 0.48 0.62 0.35 0.58 0.22 0.48 0.27 0.53 0.08 0.37 0.54 0.57 0.50 0.69 0.52 0.53 0.61 0.62
C6 0.28 0.33 0.21 0.19 0.24 0.24 0.18 0.22 0.20 0.15 0.27 0.32 0.26 0.14 0.22 0.23 0.19 0.30 0.28 0.26 0.24 0.15
N1 0.29 0.35 0.23 0.22 0.26 0.28 0.20 0.26 0.21 0.17 0.29 0.34 0.22 0.14 0.24 0.24 0.21 0.33 0.30 0.19 0.24 0.16
N3 0.29 0.37 0.21 0.18 0.27 0.26 0.22 0.23 0.23 0.20 0.32 0.34 0.24 0.20 0.25 0.24 0.17 0.33 0.25 0.26 0.24 0.12
N4 0.25 0.31 0.16 0.12 0.23 0.19 0.23 0.18 0.23 0.22 0.26 0.28 0.30 0.24 0.22 0.19 0.11 0.27 0.25 0.47 0.32 0.25
O2 0.31 0.36 0.25 0.24 0.29 0.32 0.22 0.30 0.22 0.19 0.31 0.35 0.19 0.15 0.27 0.27 0.24 0.38 0.30 0.13 0.25 0.17
O2' 0.60 0.44 0.52 0.58 0.53 0.71 0.56 0.79 0.49 0.66 0.42 0.47 0.52 0.66 0.59 0.51 0.54 0.73 0.81 0.63 0.56 0.63
O3' 0.48 0.46 0.45 0.45 0.44 0.47 0.38 0.48 0.35 0.40 0.39 0.48 0.29 0.36 0.44 0.44 0.45 0.49 0.56 0.45 0.53 0.51
O4' 0.49 0.38 0.42 0.43 0.39 0.50 0.29 0.49 0.19 0.39 0.26 0.43 0.05 0.31 0.43 0.41 0.42 0.54 0.50 0.52 0.62 0.60
O5' 0.65 0.31 0.48 0.45 0.40 0.64 0.25 0.61 0.08 0.46 0.14 0.44 0.22 0.31 0.51 0.54 0.41 0.76 0.50 0.52 0.62 0.61
OP1 0.39 0.61 0.55 0.51 0.50 0.30 0.59 0.26 0.73 0.48 0.75 0.50 0.90 0.56 0.44 0.52 0.57 0.27 0.44 0.58 0.73 0.51
OP2 1.17 0.64 0.93 0.90 0.82 1.20 0.62 1.17 0.41 0.89 0.44 0.84 0.25 0.67 0.98 1.04 0.83 1.36 0.93 0.79 0.75 0.95
P 0.46 0.06 0.30 0.27 0.19 0.48 0.14 0.46 0.25 0.31 0.25 0.16 0.47 0.21 0.33 0.35 0.24 0.61 0.31 0.43 0.56 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.12 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.19 0.07 0.23 0.32 0.27 0.22
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.09 0.13 0.05 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.07 0.28 0.11 0.09
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.13 0.13 0.15 0.14 0.14 0.12 0.07 0.03 0.01 0.01 0.07 0.31 0.16 0.14
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.11 0.04 0.21 0.22 0.20 0.18
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.16 0.07 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.04 0.25 0.24 0.28 0.24
C5' 0.03 0.10 0.02 0.03 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.12 0.13 0.08 0.16 0.14 0.08 0.05 0.04 0.01 0.00 0.14 0.04 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.17 0.05 0.26 0.29 0.33 0.27
C8 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.14 0.04 0.21 0.15 0.16 0.19
N1 0.03 0.00 0.09 0.15 0.02 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.07 0.26 0.32 0.32 0.26
N3 0.02 0.00 0.13 0.14 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.16 0.07 0.21 0.28 0.21 0.18
N6 0.02 0.01 0.05 0.14 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.05 0.28 0.32 0.39 0.32
N7 0.02 0.01 0.07 0.12 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.25 0.23 0.28 0.27
N9 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.17 0.13 0.12 0.12
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.06 0.08 0.11 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.06 0.02 0.26 0.12 0.07
O3' 0.03 0.19 0.03 0.01 0.11 0.03 0.14 0.04 0.17 0.14 0.19 0.16 0.19 0.15 0.07 0.07 0.00 0.03 0.10 0.40 0.20 0.19
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.07 0.05 0.04 0.02 0.06 0.03 0.00 0.06 0.07 0.11 0.08
O5' 0.09 0.23 0.07 0.07 0.21 0.01 0.25 0.00 0.26 0.21 0.26 0.21 0.28 0.25 0.17 0.02 0.10 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.12 0.32 0.28 0.31 0.22 0.16 0.24 0.14 0.29 0.15 0.32 0.28 0.32 0.23 0.13 0.26 0.40 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.27 0.11 0.16 0.20 0.07 0.28 0.04 0.33 0.16 0.32 0.21 0.39 0.28 0.12 0.12 0.20 0.11 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.05 0.22 0.09 0.14 0.18 0.04 0.24 0.01 0.27 0.19 0.26 0.18 0.32 0.27 0.12 0.07 0.19 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00