ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54386

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.033, 0.069, 0.105, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.069 std_dev=0.036
C2' A 0, 0.028, 0.098, 0.167, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.098 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.173, 0.319, 0.465, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.319 std_dev=0.146
C4 B 0, 0.083, 0.236, 0.390, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.236 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.186, 0.342, 0.498, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.342 std_dev=0.156
C4' A 0, 0.160, 0.321, 0.483, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.321 std_dev=0.161
O6 B 0, 0.203, 0.408, 0.613, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.408 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.321, 0.588, 0.854, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.588 std_dev=0.266
C5' A 0, 0.294, 0.591, 0.888, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.591 std_dev=0.297
C6 B 0, 0.157, 0.465, 0.774, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.465 std_dev=0.309
C5 B 0, 0.236, 0.572, 0.908, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.572 std_dev=0.336
O5' A 0, 0.420, 0.768, 1.116, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.768 std_dev=0.348
P A 0, 0.661, 1.203, 1.746, 1.539 max_d=1.539 avg_d=1.203 std_dev=0.543
N3 B 0, 0.626, 1.178, 1.731, 1.546 max_d=1.546 avg_d=1.178 std_dev=0.552
N9 B 0, 0.637, 1.207, 1.778, 1.821 max_d=1.821 avg_d=1.207 std_dev=0.571
C1' B 0, 0.681, 1.268, 1.855, 1.839 max_d=1.839 avg_d=1.268 std_dev=0.587
OP2 A 0, 0.768, 1.436, 2.104, 1.952 max_d=1.952 avg_d=1.436 std_dev=0.668
OP1 A 0, 0.811, 1.490, 2.169, 1.959 max_d=1.959 avg_d=1.490 std_dev=0.679
O2' B 0, 0.847, 1.567, 2.286, 2.236 max_d=2.236 avg_d=1.567 std_dev=0.719
C2' B 0, 0.851, 1.584, 2.317, 2.312 max_d=2.312 avg_d=1.584 std_dev=0.733
O4' B 0, 0.908, 1.667, 2.425, 2.281 max_d=2.281 avg_d=1.667 std_dev=0.758
OP2 B 0, 0.934, 1.706, 2.477, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.706 std_dev=0.772
N1 B 0, 0.900, 1.686, 2.473, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.686 std_dev=0.787
O5' B 0, 0.997, 1.831, 2.665, 2.506 max_d=2.506 avg_d=1.831 std_dev=0.834
N7 B 0, 1.012, 1.898, 2.783, 2.745 max_d=2.745 avg_d=1.898 std_dev=0.885
C2 B 0, 1.103, 2.029, 2.955, 2.583 max_d=2.583 avg_d=2.029 std_dev=0.926
C4' B 0, 1.132, 2.072, 3.012, 2.824 max_d=2.824 avg_d=2.072 std_dev=0.940
P B 0, 1.166, 2.135, 3.104, 2.856 max_d=2.856 avg_d=2.135 std_dev=0.969
C3' B 0, 1.156, 2.131, 3.105, 2.997 max_d=2.997 avg_d=2.131 std_dev=0.975
C8 B 0, 1.214, 2.241, 3.268, 3.112 max_d=3.112 avg_d=2.241 std_dev=1.027
OP1 B 0, 1.349, 2.480, 3.611, 3.448 max_d=3.448 avg_d=2.480 std_dev=1.131
O3' B 0, 1.367, 2.512, 3.656, 3.491 max_d=3.491 avg_d=2.512 std_dev=1.145
C5' B 0, 1.429, 2.612, 3.796, 3.537 max_d=3.537 avg_d=2.612 std_dev=1.184
N2 B 0, 1.824, 3.316, 4.808, 4.083 max_d=4.083 avg_d=3.316 std_dev=1.492

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.07
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.09 0.00 0.13 0.26 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.11 0.00 0.13 0.23 0.16
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.14 0.00 0.20 0.28 0.21
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.09 0.12 0.06 0.02 0.02 0.13 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.14 0.00 0.22 0.31 0.22
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.17 0.00 0.20 0.22 0.19
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.12 0.00 0.18 0.30 0.19
N2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04 0.08 0.01 0.11 0.25 0.15
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.08 0.00 0.10 0.22 0.14
N7 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.18 0.00 0.25 0.28 0.23
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.11 0.18 0.14
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.09 0.07 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.05
O5' 0.04 0.09 0.02 0.02 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.17 0.12 0.08 0.08 0.18 0.10 0.02 0.02 0.03 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.16 0.00 0.26 0.33 0.24
OP1 0.03 0.13 0.03 0.05 0.13 0.04 0.20 0.05 0.22 0.20 0.18 0.11 0.10 0.25 0.11 0.04 0.09 0.03 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.26 0.04 0.03 0.23 0.02 0.28 0.01 0.31 0.22 0.30 0.25 0.22 0.28 0.18 0.05 0.07 0.08 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.16 0.03 0.02 0.16 0.01 0.21 0.01 0.22 0.19 0.19 0.15 0.14 0.23 0.14 0.03 0.04 0.05 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.12 0.14 0.14 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.12 0.14 0.12 0.10 0.13 0.11 0.17 0.17 0.10 0.12 0.16 0.10 0.17 0.12
C2 0.12 0.13 0.13 0.13 0.10 0.13 0.11 0.13 0.12 0.11 0.14 0.16 0.10 0.11 0.10 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13 0.13 0.16 0.14
C2' 0.10 0.12 0.14 0.14 0.10 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.14 0.13 0.09 0.12 0.10 0.18 0.17 0.11 0.12 0.16 0.11 0.18 0.12
C3' 0.11 0.10 0.15 0.14 0.10 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.10 0.08 0.12 0.10 0.17 0.18 0.10 0.12 0.14 0.11 0.17 0.13
C4 0.13 0.12 0.16 0.15 0.12 0.13 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.10 0.14 0.12 0.18 0.17 0.12 0.13 0.16 0.13 0.16 0.13
C4' 0.11 0.12 0.15 0.15 0.11 0.10 0.12 0.09 0.13 0.13 0.14 0.14 0.10 0.13 0.11 0.18 0.19 0.10 0.14 0.15 0.11 0.19 0.15
C5 0.14 0.13 0.17 0.16 0.13 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15 0.16 0.14 0.12 0.16 0.14 0.19 0.18 0.14 0.14 0.18 0.14 0.16 0.14
C5' 0.11 0.16 0.16 0.16 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.15 0.21 0.12 0.11 0.11 0.18 0.21 0.10 0.14 0.13 0.11 0.17 0.14
C6 0.16 0.14 0.17 0.17 0.14 0.15 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.15 0.13 0.17 0.15 0.17 0.17 0.15 0.16 0.18 0.16 0.17 0.16
C8 0.13 0.13 0.17 0.16 0.13 0.13 0.15 0.12 0.16 0.14 0.16 0.13 0.11 0.15 0.13 0.20 0.20 0.12 0.13 0.18 0.12 0.16 0.13
N1 0.15 0.13 0.15 0.15 0.13 0.15 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.16 0.11 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.17 0.15
N2 0.10 0.14 0.11 0.12 0.08 0.13 0.09 0.12 0.11 0.08 0.13 0.18 0.11 0.08 0.07 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.17 0.14
N3 0.11 0.12 0.13 0.13 0.10 0.12 0.11 0.11 0.13 0.11 0.14 0.14 0.09 0.11 0.10 0.15 0.15 0.11 0.13 0.14 0.12 0.17 0.13
N7 0.15 0.14 0.18 0.17 0.14 0.14 0.16 0.13 0.17 0.16 0.17 0.14 0.13 0.17 0.14 0.20 0.20 0.13 0.14 0.19 0.14 0.16 0.14
N9 0.12 0.12 0.16 0.15 0.12 0.12 0.13 0.11 0.15 0.13 0.15 0.13 0.10 0.14 0.12 0.19 0.18 0.11 0.13 0.17 0.12 0.16 0.13
O2' 0.09 0.16 0.13 0.12 0.12 0.09 0.14 0.09 0.17 0.12 0.18 0.19 0.13 0.14 0.11 0.16 0.16 0.09 0.13 0.19 0.09 0.23 0.14
O3' 0.11 0.09 0.15 0.14 0.09 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.09 0.08 0.12 0.10 0.18 0.18 0.10 0.13 0.15 0.11 0.20 0.14
O4' 0.11 0.14 0.15 0.15 0.12 0.11 0.13 0.09 0.14 0.13 0.15 0.17 0.12 0.14 0.12 0.18 0.19 0.10 0.13 0.15 0.11 0.18 0.14
O5' 0.13 0.23 0.15 0.15 0.15 0.12 0.14 0.11 0.16 0.12 0.21 0.30 0.19 0.12 0.13 0.16 0.18 0.12 0.13 0.16 0.12 0.14 0.13
O6 0.16 0.15 0.18 0.18 0.16 0.16 0.18 0.16 0.19 0.18 0.18 0.16 0.14 0.19 0.17 0.17 0.18 0.16 0.17 0.20 0.17 0.18 0.17
OP1 0.14 0.31 0.15 0.15 0.20 0.12 0.19 0.11 0.23 0.14 0.29 0.40 0.26 0.15 0.16 0.15 0.17 0.13 0.13 0.23 0.12 0.16 0.13
OP2 0.32 0.45 0.33 0.33 0.35 0.31 0.32 0.30 0.34 0.29 0.41 0.54 0.41 0.29 0.32 0.32 0.34 0.31 0.32 0.32 0.31 0.33 0.32
P 0.18 0.33 0.19 0.19 0.22 0.16 0.20 0.16 0.23 0.16 0.30 0.42 0.28 0.16 0.18 0.19 0.21 0.17 0.17 0.22 0.17 0.18 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.08 0.09 0.01 0.12 0.15 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.11 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.05 0.09 0.07
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.08 0.14 0.11
C4 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.03 0.00 0.06 0.05 0.04
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.06 0.10 0.08
C5' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.07 0.03 0.08 0.09 0.07 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05 0.00 0.08 0.08 0.06
C8 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.18 0.01 0.08 0.23 0.19
N1 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.06 0.05 0.00 0.11 0.10 0.07
N2 0.01 0.00 0.11 0.08 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.09 0.13 0.01 0.15 0.22 0.16
N3 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.08 0.08 0.00 0.10 0.14 0.09
N7 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.16 0.01 0.07 0.24 0.19
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.03 0.07 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.12 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.06 0.05 0.04
O3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.12 0.08 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.05 0.12 0.18 0.13
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.07 0.03
O5' 0.02 0.09 0.07 0.11 0.03 0.00 0.07 0.00 0.05 0.18 0.05 0.13 0.08 0.16 0.06 0.04 0.12 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.00 0.08 0.12 0.09
OP1 0.01 0.12 0.05 0.08 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.11 0.15 0.10 0.07 0.03 0.06 0.12 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.15 0.09 0.14 0.05 0.01 0.10 0.01 0.08 0.23 0.10 0.22 0.14 0.24 0.07 0.05 0.18 0.07 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.11 0.07 0.11 0.04 0.00 0.08 0.01 0.06 0.19 0.07 0.16 0.09 0.19 0.07 0.04 0.13 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00