ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54388

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O6 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
N2 A 0, 0.000, 0.041, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N7 A 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.000, 0.047, 0.094, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.047
C4 B 0, 0.000, 0.206, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.206 std_dev=0.206
O4' A 0, 0.000, 0.217, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C5 B 0, 0.000, 0.219, 0.437, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.219 std_dev=0.219
C2' A 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.000, 0.253, 0.506, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.253 std_dev=0.253
C4' A 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C3' A 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.000, 0.341, 0.683, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.341 std_dev=0.341
N7 B 0, 0.000, 0.388, 0.777, 0.777 max_d=0.777 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O3' A 0, 0.000, 0.401, 0.801, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.401 std_dev=0.401
C5' A 0, 0.000, 0.588, 1.175, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.588 std_dev=0.588
N9 B 0, 0.000, 0.653, 1.306, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.653 std_dev=0.653
C6 B 0, 0.000, 0.674, 1.348, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.674 std_dev=0.674
O5' A 0, 0.000, 0.707, 1.414, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.707 std_dev=0.707
C2 B 0, 0.000, 0.717, 1.434, 1.434 max_d=1.434 avg_d=0.717 std_dev=0.717
C8 B 0, 0.000, 0.774, 1.548, 1.548 max_d=1.548 avg_d=0.774 std_dev=0.774
O6 B 0, 0.000, 0.919, 1.837, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.919 std_dev=0.919
N1 B 0, 0.000, 0.935, 1.870, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.935 std_dev=0.935
C1' B 0, 0.000, 0.993, 1.985, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.993 std_dev=0.993
N2 B 0, 0.000, 1.044, 2.087, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.044 std_dev=1.044
O4' B 0, 0.000, 1.315, 2.631, 2.631 max_d=2.631 avg_d=1.315 std_dev=1.315
C2' B 0, 0.000, 1.423, 2.846, 2.846 max_d=2.846 avg_d=1.423 std_dev=1.423
P A 0, 0.000, 1.494, 2.987, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.494 std_dev=1.494
O2' B 0, 0.000, 1.603, 3.206, 3.206 max_d=3.206 avg_d=1.603 std_dev=1.603
OP2 A 0, 0.000, 1.693, 3.386, 3.386 max_d=3.386 avg_d=1.693 std_dev=1.693
C3' B 0, 0.000, 1.776, 3.552, 3.552 max_d=3.552 avg_d=1.776 std_dev=1.776
C4' B 0, 0.000, 1.781, 3.562, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.781 std_dev=1.781
OP1 A 0, 0.000, 1.851, 3.703, 3.703 max_d=3.703 avg_d=1.851 std_dev=1.851
O5' B 0, 0.000, 2.070, 4.141, 4.141 max_d=4.141 avg_d=2.070 std_dev=2.070
C5' B 0, 0.000, 2.145, 4.289, 4.289 max_d=4.289 avg_d=2.145 std_dev=2.145
O3' B 0, 0.000, 2.230, 4.460, 4.460 max_d=4.460 avg_d=2.230 std_dev=2.230
OP2 B 0, 0.000, 2.527, 5.053, 5.053 max_d=5.053 avg_d=2.527 std_dev=2.527
P B 0, 0.000, 2.622, 5.243, 5.243 max_d=5.243 avg_d=2.622 std_dev=2.622
OP1 B 0, 0.000, 3.200, 6.399, 6.399 max_d=6.399 avg_d=3.200 std_dev=3.200

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02
C2 0.03 0.00 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.15 0.01 0.21 0.16 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.24 0.12 0.09
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.28 0.15 0.13
C4 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00 0.13 0.06 0.04
C4' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.00 0.08 0.01 0.02
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.05
C8 0.00 0.01 0.07 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.02 0.06 0.00 0.03 0.15 0.08
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.15 0.00 0.18 0.13 0.09
N2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07 0.15 0.01 0.25 0.20 0.12
N3 0.03 0.00 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.13 0.00 0.20 0.13 0.08
N7 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.08 0.01 0.02 0.12 0.05
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.08 0.02 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.24 0.11 0.07
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.04 0.09 0.06 0.07 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.40 0.23 0.20
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.10
O5' 0.06 0.15 0.04 0.02 0.12 0.00 0.12 0.00 0.14 0.06 0.15 0.15 0.13 0.08 0.09 0.03 0.01 0.02 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.13 0.00 0.08 0.03 0.04
OP1 0.10 0.21 0.24 0.28 0.13 0.13 0.08 0.06 0.11 0.03 0.18 0.25 0.20 0.02 0.08 0.24 0.40 0.01 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.16 0.12 0.15 0.06 0.01 0.01 0.01 0.06 0.15 0.13 0.20 0.13 0.12 0.02 0.11 0.23 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.10 0.09 0.13 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.08 0.09 0.12 0.08 0.05 0.01 0.07 0.20 0.10 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.05 0.13 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.11 0.04 0.03 0.07 0.09 0.11 0.13 0.09 0.11 0.10 0.04 0.04 0.22 0.16
C2 0.30 0.07 0.38 0.36 0.09 0.30 0.05 0.26 0.03 0.19 0.08 0.14 0.03 0.11 0.20 0.45 0.39 0.26 0.26 0.05 0.23 0.34 0.30
C2' 0.15 0.03 0.17 0.15 0.05 0.14 0.03 0.15 0.02 0.11 0.04 0.07 0.03 0.07 0.11 0.18 0.16 0.15 0.16 0.04 0.14 0.29 0.24
C3' 0.12 0.04 0.13 0.12 0.04 0.12 0.01 0.13 0.03 0.09 0.06 0.07 0.01 0.05 0.09 0.13 0.12 0.14 0.15 0.05 0.13 0.29 0.24
C4 0.13 0.01 0.14 0.12 0.07 0.10 0.06 0.10 0.02 0.11 0.00 0.02 0.05 0.08 0.11 0.14 0.11 0.12 0.13 0.01 0.09 0.26 0.20
C4' 0.11 0.03 0.11 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.04 0.10 0.02 0.02 0.06 0.08 0.10 0.10 0.07 0.11 0.10 0.02 0.05 0.23 0.17
C5 0.06 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.08 0.09 0.03 0.07 0.25 0.19
C5' 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.18 0.12
C6 0.08 0.01 0.04 0.05 0.05 0.07 0.04 0.10 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.06 0.07 0.01 0.02 0.11 0.13 0.01 0.13 0.30 0.23
C8 0.01 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.09 0.05 0.04 0.03 0.12 0.12 0.03 0.03 0.06 0.01 0.20 0.13
N1 0.24 0.07 0.26 0.25 0.08 0.23 0.05 0.22 0.02 0.16 0.07 0.14 0.02 0.10 0.16 0.27 0.25 0.22 0.23 0.04 0.22 0.35 0.30
N2 0.42 0.11 0.58 0.56 0.10 0.49 0.05 0.40 0.07 0.25 0.13 0.20 0.01 0.14 0.26 0.70 0.64 0.38 0.36 0.10 0.34 0.38 0.37
N3 0.23 0.03 0.31 0.28 0.09 0.23 0.06 0.19 0.01 0.16 0.05 0.09 0.04 0.11 0.16 0.36 0.31 0.20 0.20 0.03 0.17 0.29 0.25
N7 0.02 0.07 0.11 0.10 0.03 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.05 0.03 0.01 0.19 0.16 0.02 0.03 0.06 0.00 0.21 0.14
N9 0.09 0.04 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.03 0.06 0.07 0.08 0.05 0.03 0.09 0.08 0.04 0.04 0.22 0.16
O2' 0.18 0.02 0.22 0.20 0.07 0.18 0.05 0.17 0.01 0.13 0.04 0.06 0.04 0.09 0.13 0.25 0.22 0.17 0.17 0.03 0.14 0.28 0.24
O3' 0.16 0.05 0.17 0.17 0.04 0.18 0.02 0.20 0.05 0.11 0.08 0.10 0.01 0.06 0.11 0.18 0.18 0.18 0.20 0.07 0.21 0.35 0.30
O4' 0.11 0.10 0.10 0.06 0.10 0.04 0.10 0.03 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.04 0.08 0.06 0.09 0.01 0.19 0.13
O5' 0.04 0.09 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.04 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.07 0.06 0.11 0.11 0.02 0.02 0.10 0.05 0.14 0.08
O6 0.01 0.01 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.17 0.10 0.06 0.09 0.02 0.11 0.29 0.22
OP1 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.03 0.17 0.09
OP2 0.05 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.06 0.25 0.18
P 0.07 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.07 0.07 0.00 0.04 0.23 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.21 0.13
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.12 0.05 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.15 0.10 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.17 0.11
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.10 0.19 0.13
C5' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00
C6 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.07 0.00 0.12 0.23 0.14
C8 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.06 0.10 0.08
N1 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.23 0.14
N2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.22 0.14
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.18 0.12
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.11 0.16 0.11
N9 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.11 0.08
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.14 0.05 0.04
O3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06 0.02 0.02 0.08 0.04 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.24 0.18 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.06
O5' 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.03 0.03 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.15 0.23 0.15
OP1 0.04 0.07 0.12 0.15 0.06 0.08 0.10 0.05 0.12 0.06 0.11 0.07 0.05 0.11 0.03 0.14 0.24 0.02 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.21 0.05 0.10 0.17 0.00 0.19 0.00 0.23 0.10 0.23 0.22 0.18 0.16 0.11 0.05 0.18 0.08 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.13 0.04 0.08 0.11 0.01 0.13 0.00 0.14 0.08 0.14 0.14 0.12 0.11 0.08 0.04 0.15 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00