ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 54393

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C2' A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.000, 0.034, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.034 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O6 A 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O4' A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
O3' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O5' A 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
N6 B 0, 0.000, 0.104, 0.207, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.104 std_dev=0.104
N9 B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C2' B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C5 B 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4 B 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C6 B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C1' B 0, 0.000, 0.120, 0.239, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.120 std_dev=0.120
N7 B 0, 0.000, 0.122, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C8 B 0, 0.000, 0.123, 0.245, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.123 std_dev=0.123
OP2 A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
P A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
N3 B 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
N1 B 0, 0.000, 0.135, 0.271, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.135 std_dev=0.135
O2' B 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C2 B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
OP1 A 0, 0.000, 0.201, 0.401, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.201 std_dev=0.201
O4' B 0, 0.000, 0.208, 0.415, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C3' B 0, 0.000, 0.213, 0.426, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.213 std_dev=0.213
C4' B 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
OP2 B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
OP1 B 0, 0.000, 0.308, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.308 std_dev=0.308
P B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.000, 0.313, 0.625, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C5' B 0, 0.000, 0.363, 0.726, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.363 std_dev=0.363

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01
C2 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.02 0.01 0.05 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05
C4 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01
C5' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00
C6 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01
C8 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01
N1 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.02
N2 0.05 0.01 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04
N3 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00
N9 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01
O2' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.10 0.08 0.09
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04
O5' 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02
OP1 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.10 0.06 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.01 0.01
C2 0.09 0.04 0.07 0.09 0.06 0.12 0.04 0.14 0.03 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.07 0.06 0.07 0.15 0.10 0.06 0.02 0.04
C2' 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.10 0.04 0.15 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.12 0.11 0.06 0.02 0.04
C3' 0.04 0.04 0.02 0.05 0.03 0.09 0.02 0.14 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.11 0.10 0.05 0.02 0.04
C4 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.09 0.04 0.13 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.03 0.03 0.13 0.09 0.05 0.02 0.03
C4' 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.11 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.10 0.08 0.03 0.00 0.02
C5 0.07 0.06 0.04 0.06 0.06 0.08 0.05 0.12 0.04 0.06 0.04 0.07 0.02 0.05 0.06 0.01 0.02 0.12 0.09 0.06 0.03 0.04
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01
C6 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04 0.09 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.00 0.01 0.10 0.07 0.05 0.02 0.02
C8 0.07 0.07 0.04 0.06 0.06 0.09 0.05 0.12 0.05 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.13 0.10 0.06 0.03 0.05
N1 0.08 0.04 0.05 0.07 0.06 0.09 0.05 0.11 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.07 0.03 0.04 0.12 0.09 0.05 0.02 0.03
N2 0.08 0.00 0.07 0.10 0.03 0.13 0.02 0.15 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.08 0.15 0.10 0.06 0.01 0.03
N3 0.08 0.04 0.06 0.08 0.05 0.11 0.04 0.14 0.03 0.05 0.03 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.06 0.14 0.10 0.06 0.01 0.04
N7 0.07 0.07 0.03 0.05 0.06 0.08 0.05 0.11 0.04 0.06 0.05 0.07 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.12 0.09 0.06 0.03 0.04
N9 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.09 0.04 0.13 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.13 0.09 0.05 0.02 0.04
O2' 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.15 0.08 0.20 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.16 0.15 0.10 0.06 0.09
O3' 0.06 0.05 0.04 0.08 0.04 0.12 0.03 0.18 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.06 0.13 0.13 0.08 0.04 0.07
O4' 0.03 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.02 0.00
O5' 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.07 0.03 0.00 0.02
O6 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.10 0.04 0.13 0.03 0.05 0.04 0.07 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.13 0.10 0.06 0.02 0.04
OP2 0.05 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.07 0.03 0.00 0.01
P 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.08 0.03 0.12 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.11 0.09 0.04 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.07 0.06
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04 0.04
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02
N1 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03
N3 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01
N6 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.09 0.08 0.07 0.07
N7 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.10 0.10
O5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.00 0.02 0.07 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.04 0.02 0.04 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00